dexseq
doi：10.18129/b9.bioc.dexseq
此软件包适用于3.11版的生物导体；对于稳定的最新版本，请参阅dexseq。
RNA-Seq中差分外显子使用的推断
生物导体版本：3.11
该软件包的重点是使用具有不同实验设计的样品之间的RNA-Seq外显子计数查找差分外显子使用情况。它提供了允许用户根据模型进行必要的统计测试的功能，该模型使用负二项式分布来估计生物学重复和广义线性模型之间的差异进行测试。该软件包还提供了可视化和探索结果的功能。
作者：fs.tum.de>的Simon Anders
维护者：Alejandro Reyes
引用（从r内，输入引用（“ dexseq”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ dexseq”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“ dexseq”）
| html | R脚本 | 用DexSeq软件包推断RNA-Seq数据中的差分外显子使用情况 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 替代方案，，，，差异性，，，，差速器，，，，基因表达，，，，免疫学，，，，rnaseq，，，，测序，，，，软件，，，，可视化 |
| 版本 | 1.34.1 |
| 在生物导体中 | Bioc 2.9（R-2.14）（9年） |
| 执照 | GPL（> = 3） |
| 要看 | 生物比较，，，，生物酶，，，，总结性特征，，，，iranges（> = 2.5.17），基因组机（> = 1.23.7），deseq2（> = 1.9.11），AnnotationDbi，，，，rcolorbrewer，，，，S4VECTORS（> = 0.23.18） |
| 进口 | 生物基因，，，，Biomart，，，，HWRITER， 方法，Stringr，，，，rsamtools，，，，Statmod，，，，Geneplotter，，，，GeneFilter |
| 链接 | |
| 建议 | GenomicFeatures（> = 1.13.29），帕西拉（> = 0.2.22），甲状旁腺，，，，生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，测试 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | 同工型间分析仪，，，，rnaseqdtu |
| 进口我 | 兴趣 |
| 建议我 | 基因组机，，，，JCTSEQDATA，，，，帕西拉，，，，斯塔格，，，，subseq |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | dexseq_1.34.1.tar.gz |
| Windows二进制 | dexseq_1.34.1.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | dexseq_1.34.1.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dexseq |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/dexseq |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/dexseq/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
