DESeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.DESeq

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅DESeq。

差异基因表达分析基于负二项分布

Bioconductor版本:3.11

估计variance-mean依赖在计数高通量测序数据分析和测试基于模型的微分表达式使用负二项分布

作者:西蒙•安德斯EMBL海德堡<桑德斯在fs.tum.de >

维修工:西蒙·安德斯<桑德斯在fs.tum.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“DESeq”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“DESeq”)

PDF	R脚本	分析RNA-Seq数据与“DESeq”包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq,DifferentialExpression,ImmunoOncology,RNASeq,圣人,测序,软件
版本	1.39.0
Bioconductor自	BioC 2.6 (r - 2.11)(10.5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	BiocGenerics(> = 0.7.5),Biobase(> = 2.21.7),locfit,晶格
进口	genefilter,geneplotter、方法、质量,RColorBrewer
链接
建议	pasilla(> = 0.2.10),vsn,gplots
SystemRequirements
增强了
URL	http://www-huber.embl.de/users/anders/DESeq
取决于我	DBChIP,埃达,metaseqR,Polyfit,SeqGSEA,移行细胞癌,tRanslatome
进口我	APAlyzer,ArrayExpressHTS,DEsubs,easyRNASeq,EDASeq,埃达,gCMAP,HTSFilter,metaseqR2,rnaSeqMap,scGPS,火神
建议我	BitSeq,compcodeR,dexus,DiffBind,肘,计,genefilter,IHWpaper,适当的,regionReport,SSPA,ToPASeq,XBSeq
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	DESeq_1.39.0.tar.gz
Windows二进制	DESeq_1.39.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DESeq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DESeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DESeq/
包下载报告	下载数据