此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本,请参见DEScan2.
Bioconductor版本:3.11
集成峰值和差分调用器,专门为广泛的表观基因组信号设计。
作者:Dario Righelli [aut, cre], John Koberstein [aut], Bruce Gomes [aut], Nancy Zhang [aut], Claudia Angelini [aut], Lucia Peixoto [aut], Davide Risso [aut]
维护者:Dario Righelli < Dario。Righelli在gmail.com>
引文(从R内,输入引用(“DEScan2”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“DEScan2”)
超文本标记语言 | R脚本 | DEScan2装饰图案 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 报道,表观遗传学,ImmunoOncology,PeakDetection,测序,软件 |
版本 | 1.8.0 |
在Bioconductor | BioC 3.7 (R-3.5)(2.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (>= 3.5),GenomicRanges |
进口 | BiocParallel,BiocGenerics,ChIPpeakAnno,data.table,DelayedArray,GenomeInfoDb,GenomicAlignments,胶水,IRanges,plyr,Rcpp(> = 0.12.13),rtracklayer,S4Vectors(> = 0.23.19),SummarizedExperiment,工具,utils |
链接 | Rcpp,RcppArmadillo |
建议 | BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat,刨边机,limma,EDASeq,RUVSeq,RColorBrewer,statmod |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | DEScan2_1.8.0.tar.gz |
Windows二进制 | DEScan2_1.8.0.zip(32位和64位) |
macOS 10.13 (High Sierra) | DEScan2_1.8.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DEScan2 |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DEScan2 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/DEScan2/ |
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