DEScan2

DOI:10.18129 / B9.bioc.DEScan2

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本,请参见DEScan2

差异富集扫描2

Bioconductor版本:3.11

集成峰值和差分调用器,专门为广泛的表观基因组信号设计。

作者:Dario Righelli [aut, cre], John Koberstein [aut], Bruce Gomes [aut], Nancy Zhang [aut], Claudia Angelini [aut], Lucia Peixoto [aut], Davide Risso [aut]

维护者:Dario Righelli < Dario。Righelli在gmail.com>

引文(从R内,输入引用(“DEScan2”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“DEScan2”)

超文本标记语言 R脚本 DEScan2装饰图案
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 报道表观遗传学ImmunoOncologyPeakDetection测序软件
版本 1.8.0
在Bioconductor BioC 3.7 (R-3.5)(2.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 3.5),GenomicRanges
进口 BiocParallelBiocGenericsChIPpeakAnnodata.tableDelayedArrayGenomeInfoDbGenomicAlignments胶水IRangesplyrRcpp(> = 0.12.13),rtracklayerS4Vectors(> = 0.23.19),SummarizedExperiment,工具,utils
链接 RcppRcppArmadillo
建议 BiocStyleknitrrmarkdowntestthat刨边机limmaEDASeqRUVSeqRColorBrewerstatmod
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 DEScan2_1.8.0.tar.gz
Windows二进制 DEScan2_1.8.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra) DEScan2_1.8.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DEScan2
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DEScan2
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/DEScan2/
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