DEGreport

DOI:10.18129 / B9.bioc.DEGreport

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本,请参见DEGreport

DEG分析报告

Bioconductor版本:3.11

创建计数数据差异表达式分析的HTML报告。它集成了DESeq2和edgeR小插图中提到的一些代码,并根据每个选定基因的折叠变化平均值和变异性报告了一个排序的基因列表。

作者:Lorena Pantano [aut, cre], John Hutchinson [ctb], Victor Barrera [ctb], Mary Piper [ctb], Radhika Khetani [ctb], Kenneth Daily [ctb], Thanneer Malai Perumal [ctb], Rory Kirchner [ctb], Michael Steinbaugh [ctb]

维护者:Lorena Pantano < Lorena。Pantano在gmail.com>

引文(从R内,输入引用(“DEGreport”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“DEGreport”)

超文本标记语言 R脚本 差异表达RNA-seq的QC和下游分析
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews DifferentialExpressionGeneExpressionImmunoOncologyRNASeqReportWriting软件可视化
版本 1.24.1
在Bioconductor bio3.0 (R-3.1)(6年)
许可证 MIT +文件许可证
取决于 R (>= 3.6.0)
进口 跑龙套、方法BiobaseBiocGenerics扫帚circlizeComplexHeatmapcowplotConsensusClusterPlus集群DESeq2dplyr刨边机ggplot2ggdendro、网格ggrepelgrDevices,knitr日志记录lasso2magrittr喷嘴。R1心理RColorBrewer重塑rlang尺度统计数据,stringrS4VectorsSummarizedExperimenttidyr宠物猫
链接
建议 BiocStyleAnnotationDbilimmapheatmaprmarkdownstatmodtestthat
SystemRequirements
增强了
URL http://lpantano.github.io/DEGreport/
BugReports https://github.com/lpantano/DEGreport/issues
全靠我
进口我 isomiRs
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 DEGreport_1.24.1.tar.gz
Windows二进制 DEGreport_1.24.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra) DEGreport_1.24.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DEGreport
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DEGreport
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/DEGreport/
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