CytoML

DOI:10.18129 / B9.bioc.CytoML

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本,请参见CytoML

跨平台细胞检测数据共享的GatingML接口

Bioconductor版本:3.11

使用GatingML2.0标准的特定平台实现与其他软件平台交换门控细胞术数据。

作者:Mike Jiang, J. Spidlen。,N. Gopalakrishnan, F. Hahne, B. Ellis, R. Gentleman, M. Dalphin, N. Le Meur, B. Purcell

维护者:Mike Jiang , Jake Wagner

引文(从R内,输入引用(“CytoML”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("巨细胞")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“CytoML”)

超文本标记语言 R脚本 如何导出一个GatingSet到GatingML
超文本标记语言 R脚本 如何将Cytobank导入GatingSet
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews DataImportDataRepresentationFlowCytometryImmunoOncology软件
版本 2.0.5
在Bioconductor BioC 3.4 (R-3.3)(4年)
许可证 文件许可证
取决于 R (>= 3.5.0)
进口 cytolib(> = 2.0.3),flowCore(> = 1.99.10),flowWorkspace(> = 3.99.15),openCyto(> = 1.99.2),XMLdata.tablejsonliteRBGLRgraphvizBiobase、方法、,图形,utils,base64encplyrdplyr, grDevices,方法,ggcyto(> = 1.11.4),yaml晶格统计数据,corpcorRUnit宠物猫RcppParallelxml2
链接 Rcpp黑洞(> = 1.62.0-1),RProtoBufLibcytolib(>= 2.0.3),Rhdf5libRcppArmadilloRcppParallel(> = 4.4.2-1),flowWorkspace
建议 testthatflowWorkspaceDataknitr、并行
SystemRequirements xml2, GNU make, c++ 11
增强了
URL https://github.com/RGLab/CytoML
BugReports https://github.com/RGLab/CytoML/issues
全靠我
进口我 FlowSOM
建议我 flowWorkspaceopenCyto
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 CytoML_2.0.5.tar.gz
Windows二进制 CytoML_2.0.5.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra) CytoML_2.0.5.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CytoML
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/巨细胞
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/CytoML/
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