CrispRVariants

DOI:10.18129 / B9.bioc.CrispRVariants

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅CrispRVariants。

计算工具和想象突变在目标位置

Bioconductor版本:3.11

CrispRVariants提供了分析工具CRISPR-Cas9诱变测序实验的结果,或其他测序实验变量在给定地区感兴趣的。这些工具允许用户定位变异等位基因组合对任何基因位置(如Cas9减少站点),情节等位基因组合并计算突变率与灵活的过滤不相关的变量。

作者:海伦·林赛(aut (cre)

维护人员:海伦林赛<海伦。林赛在uzh.ch >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“CrispRVariants”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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PDF	R脚本	CrispRVariants
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CRISPR,DataRepresentation,GeneticVariability,GenomicVariation,ImmunoOncology,软件,VariantDetection,可视化
版本	1.16.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(4.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.5),ggplot2(> = 2.2.0)
进口	AnnotationDbi,BiocParallel,Biostrings、方法、GenomeInfoDb,GenomicAlignments,GenomicRanges、grDevices、网格gridExtra,IRanges,reshape2,Rsamtools,S4Vectors(> = 0.9.38),跑龙套
链接
建议	BiocStyle,gdata,GenomicFeatures,knitr,rmarkdown,rtracklayer,sangerseqR,testthat,VariantAnnotation
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	CrispRVariants_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	CrispRVariants_1.16.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	CrispRVariants_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CrispRVariants
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CrispRVariants
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CrispRVariants/
包下载报告	下载数据