CountClust

DOI:10.18129 / B9.bioc.CountClust

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅CountClust。

集群使用会员等级和可视化RNA-Seq表达数据模型

Bioconductor版本:3.11

适合会员等级模型(傻子,也被称为混合模型)集群RNA-seq基因表达计数数据,识别特征基因推动集群成员,并提供了一个视觉的集群成员。

作者:Kushal戴伊(aut (cre),乔伊斯·萧(aut),马修·斯蒂芬斯(aut)

维护人员:Kushal戴伊< kkdey uchicago.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“CountClust”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“CountClust”)

HTML	R脚本	装饰图案的标题
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类,GeneExpression,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件,StatisticalMethod,可视化
版本	1.16.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(4.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.4),ggplot2(> = 2.1.0的)
进口	SQUAREM,大满贯,maptpx,plyr(> = 1.7.1上),cowplot,gtools,flexmix,激情似火,limma平行,reshape2统计,跑龙套,图形,grDevices
链接
建议	knitr,kableExtra,BiocStyle,Biobase,roxygen2,RColorBrewer,devtools,xtable
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/kkdey/CountClust
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	CountClust_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	CountClust_1.16.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	CountClust_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CountClust
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CountClust
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CountClust/
包下载报告	下载数据