文案
DOI:10.18129 / B9.bioc.CopywriteR
这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅文案。
从目标是使用不相干的读取的序列拷贝数信息
Bioconductor版本:3.11
文案中提取DNA拷贝数的信息有针对性的测序utiizing脱靶读取。它允许提取均匀分布拷贝数信息,可以使用没有参考,可以应用于测序数据来自各种技术包括基因染色质免疫沉淀反应和目标浓缩在小板。因此,文案构成广泛适用的选择可用的拷贝数检测工具。
作者:托马斯Kuilman
维护人员:奥斯卡Krijgsman < o.krijgsman在nki.nl >
从内部引用(R,回车引用(文案)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“文案”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
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| R脚本 | 文案 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | CopyNumberVariation,报道,ExomeSeq,ImmunoOncology,预处理,软件,TargetedResequencing,可视化 |
| 版本 | 2.20.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.1 (r - 3.2)(5.5年) |
| 许可证 | GPL-2 |
| 取决于 | R (> = 3.2),BiocParallel |
| 进口 | matrixStats,gtools,data.table,S4Vectors,chipseq,IRanges,Rsamtools,DNAcopy,GenomicAlignments,GenomicRanges,CopyhelpeR,GenomeInfoDb,futile.logger |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle,SCLCBam,雪 |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/PeeperLab/CopywriteR |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | CopywriteR_2.20.0.tar.gz |
| Windows二进制 | CopywriteR_2.20.0.zip |
| macOS 10.13(高山脉) | CopywriteR_2.20.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CopywriteR |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/文案 |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/CopywriteR/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
