CopyNumberPlots

DOI:10.18129 / B9.bioc.CopyNumberPlots

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅CopyNumberPlots。

使用karyoploteR功能创建人类的阴谋

Bioconductor版本:3.11

CopyNumberPlots有一组函数扩展karyoploteRs功能创造美丽,可定制的和灵活的情节相关的人类基因组数据。

作者:Bernat凝胶< bgel igtp。猫>和米里亚姆Magallon < mmagallon在igtp.cat >

维护人员:Bernat凝胶< bgel在igtp.cat >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“CopyNumberPlots”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“CopyNumberPlots”)

HTML	R脚本	CopyNumberPlots装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation,报道,DNASeq,DataImport,OneChannel,测序,软件,可视化
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.6),karyoploteR
进口	地区,IRanges,Rsamtools,SummarizedExperiment,VariantAnnotation、方法、统计数据GenomeInfoDb,GenomicRanges,cn.mops,rhdf5,跑龙套
链接
建议	BiocStyle,knitr,panelcn.mops,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked,DNAcopy,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/bernatgel/CopyNumberPlots
BugReports	https://github.com/bernatgel/CopyNumberPlots/issues
取决于我
进口我	CNVfilteR
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	CopyNumberPlots_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	CopyNumberPlots_1.4.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	CopyNumberPlots_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CopyNumberPlots
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CopyNumberPlots
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CopyNumberPlots/
包下载报告	下载数据