ChIPseeker

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIPseeker

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ChIPseeker。

ChIPseeker对芯片峰值注释、比较和可视化

Bioconductor版本:3.11

这个包实现函数来检索最近的基因在高峰,注释基因组区域的峰值,statstical方法估计芯片之间的重叠峰的数据集的意义,并结合地理数据库对用户比较自己的数据集与存入数据库。比较可以用来推断合作监管,因此可用于生成假设。一些可视化功能实现的报道总结峰实验,平均剖面和热图的山峰绑定TSS地区,基因组注释,距离TSS和重叠峰或基因。

作者:Guangchuang Yu (aut (cre),云颜施,Herve页面(施),迈克尔·克鲁格(施),托马斯Schwarzl[所有],Zhougeng徐(施)

维护人员:Guangchuang于< guangchuangyu gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ChIPseeker”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ChIPseeker”)

HTML	R脚本	ChIPseeker: R包芯片注释,峰值比较和可视化
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文本		新闻

细节

biocViews	注释,ChIPSeq,MultipleComparison,软件,可视化
版本	1.24.0
Bioconductor自	BioC 2.14 (r - 3.1)(6.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	AnnotationDbi,BiocGenerics,引导,enrichplot,IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges,GenomicFeatures,ggplot2,gplots、图形、grDevicesgtools、方法、plotrix,dplyr平行,magrittr,RColorBrewer,rtracklayer,S4Vectors统计数据,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,跑龙套
链接
建议	clusterProfiler(> = 3.15.4),ggimage,ggplotify,ggupset,ReactomePA,org.Hs.eg.db,knitr,rmarkdown,testthat,宠物猫
SystemRequirements
增强了
URL	https://guangchuangyu.github.io/software/ChIPseeker
BugReports	https://github.com/YuLab-SMU/ChIPseeker/issues
取决于我
进口我	阿尔卑斯山脉,esATAC,profileplyr,TCGAWorkflow
建议我	curatedAdipoChIP
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ChIPseeker_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	ChIPseeker_1.24.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	ChIPseeker_1.24.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChIPseeker
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ChIPseeker
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ChIPseeker/
包下载报告	下载数据