cexor

doi:10.18129/b9.bioc.cexor

此软件包适用于3.11版的生物导体;对于稳定的最新版本,请参阅cexor

R包,以发现ChIP-EXO重复中的高分辨率蛋白-DNA相互作用

生物导体版本:3.11

CHIP-EXO中的特定峰值对重复。累积的Skellam分布函数(包装“ Skellam”)用于检测每个DNA链(峰对)处的相对符号的显着归一化计数差异。使用“ IDR”软件包估算了跨生物重复重叠的峰值对重叠峰值对的不可培养的发现率。

作者:pedro madrigal

维护者:pedro madrigal

引用(从r内,输入引用(“ cexor”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.0”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ cexor”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ cexor”)

PDF R脚本 Cexor Vignette
PDF 参考手册
文本 执照

细节

生物浏览 遗传学,,,,测序,,,,软件,,,,转录
版本 1.26.0
在生物导体中 Bioc 2.13(R-3.0)(7年)
执照 Artistic-2.0 |GPL-2 +文件执照
要看 r(> = 2.10.0),S4VECTORS,,,,iranges
进口 rsamtools,,,,GenomeInfodB,,,,基因组机,,,,rtracklayer,,,,IDR,,,,rcolorbrewer,,,,基因组化
链接
建议 运行,,,,生物基因,,,,生物使用
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 cexor_1.26.0.tar.gz
Windows二进制 cexor_1.26.0.zip
MacOS 10.13(高山脉) cexor_1.26.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cexor
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/cexor
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/cexor/
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