CellTrails

DOI:10.18129 / B9.bioc.CellTrails

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本,请参见CellTrails

分支轨迹的重建、可视化和分析

Bioconductor版本:3.11

CellTrails是一种无监督算法,用于单细胞表达数据的从头时间顺序、可视化和分析。CellTrails使用了几何激励的低维流形学习概念,它展示了许多优点,可以抵消由退出、技术方差和预测变量冗余引起的单细胞数据的固有噪声。CellTrails支持分支轨迹的重建,并同时提供沿着所有分支的表达模式的直观图形表示。它允许用户定义和推断不同表型的个体和多条途径的表达动态。

作者:丹尼尔·埃尔旺格[aut, cre, cph]

维护者:Daniel Ellwanger

引文(从R内,输入引用(“CellTrails”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("CellTrails")

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文档

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browseVignettes(“CellTrails”)

PDF R脚本 CellTrails:从单细胞表达数据中重建、可视化和分析分支轨迹
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文本 新闻

细节

biocViews 聚类DataRepresentationDifferentialExpressionDimensionReductionGeneExpressionImmunoOncology测序SingleCell软件TimeCourse
版本 1.6.1
在Bioconductor BioC 3.8 (R-3.5)(2年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 3.5),SingleCellExperiment
进口 BiocGenericsBiobasecbadendextenddtwEnvStatsggplot2ggrepelgrDevices,igraphmaptree、方法、mgcvreshape2Rtsne,统计,样条,SummarizedExperiment,跑龙套
链接
建议 AnnotationDbi命运RUnit食物knitrorg.Mm.eg.dbrmarkdown
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包档案

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源包 CellTrails_1.6.1.tar.gz
Windows二进制 CellTrails_1.6.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra) CellTrails_1.6.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CellTrails
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CellTrails
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/CellTrails/
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