CellScore

DOI:10.18129 / B9.bioc.CellScore

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见CellScore．

从转录谱评估细胞身份的工具

Bioconductor版本:3.11

CellScore包包含评估测试样本的细胞身份的函数，给定用起始(供体)细胞类型和期望的目标细胞类型定义的细胞转换。评估基于一个评分系统，该系统使用一组已知细胞类型的标准样本作为参考集。这些功能是在一个平台(Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0)的大量微阵列数据上进行的。原则上，该方法可以应用于任何表达式数据集，只要有足够数量的标准样本，并且数据是标准化的。

作者:Nancy Mah, Katerina Taskova

维护者:Nancy Mah < Nancy .l。我在googlemail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("CellScore")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“CellScore”)

PDF	R脚本	R包:CellScore
PDF		参考手册

细节

biocViews	DataImport，GeneExpression，微阵列，MultipleComparison，ReportWriting，软件，转录，可视化
版本	1.8.0
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.5.0)
进口	Biobase(> = 2.39.1)、图形(> = 3.5.0),grDevices (> = 3.5.0),gplots(> = 3.0.1),文理学院(>= 0.73.1)，方法(>= 3.5.0)RColorBrewer(> = 1.1 2),南瓜(>= 1.0.8)， stats (>= 3.5.0)， utils (>= 3.5.0)
链接
建议	hgu133plus2CellScore，knitr
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	CellScore_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	CellScore_1.8.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	CellScore_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CellScore
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CellScore
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CellScore/
软件包下载报告	下载数据