食典委

DOI:10.18129 / B9.bioc.CODEX

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅食典委。

标准化和拷贝数变异检测方法全外显子组测序

Bioconductor版本:3.11

归一化和DNA拷贝数变异过程呼吁全外显子组测序数据。法典依赖于可用性的多个样品使用相同的测序管道为归一化处理,并且不需要匹配控制。法典中的归一化模型包括条款,特别是由于GC含量,消除偏见外显子长度和定位和扩增效率和潜在的系统性工件。食典委还包括一个基于泊松基于可能性递归分割过程,明确模型点外显子组测序数据。

作者:江刘宇超(音),南希·r·张

维护人员:江刘宇超(音)在wharton.upenn.edu < yuchaoj >

安装

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如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“法典”)

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文档

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browseVignettes(“法典”)

PDF	R脚本	使用食品
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细节

biocViews	CopyNumberVariation,ExomeSeq,ImmunoOncology,归一化,质量控制,软件
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(5.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.2.3),Rsamtools,GenomeInfoDb,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,IRanges,Biostrings,S4Vectors
进口
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建议	WES.1KG.WUGSC
SystemRequirements
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包档案

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源包	CODEX_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	CODEX_1.20.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	CODEX_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CODEX
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/法典
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CODEX/
包下载报告	下载数据