CINdex

DOI:10.18129 / B9.bioc.CINdex

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见CINdex．

染色体不稳定性指数

Bioconductor版本:3.11

CINdex包涉及高通量基因组分析的重要领域。它允许自动处理和分析由Affymetrix SNP 6.0阵列或类似的高通量技术生成的实验DNA拷贝数数据。它计算染色体不稳定性(CIN)指数，允许定量地描述全基因组DNA拷贝数改变作为染色体不稳定性的衡量标准。该软件包不仅计算整体基因组的不稳定性，而且在染色体和细胞带水平上分别计算拷贝数增加和损失的不稳定性。

作者:宋磊，Krithika Bhuvaneshwar，王岳，冯元健，shiie - ming, Subha Madhavan, Yuriy Gusev

维护者:Yuriy Gusev

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("CINdex")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“CINdex”)

PDF	R脚本	CINdex教程
PDF	R脚本	为CINdex准备输入数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation，遗传学，GenomicVariation，微阵列，测序，软件，aCGH
版本	1.16.0
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(4.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.3)，GenomicRanges
进口	bitops，gplotsgrDevices,耶鲁大学管理学院，dplyr，gridExtra，png，stringr，S4Vectors，IRanges，GenomeInfoDb，图形，统计，效用
链接
建议	knitr，testthat，ReactomePA，RUnit，BiocGenerics，AnnotationHub，rtracklayer，pd.genomewidesnp.6，org.Hs.eg.db，biovizBase，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene、方法、Biostrings，Homo.sapiens
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	CINdex_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	CINdex_1.16.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	CINdex_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CINdex
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CINdex
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CINdex/
软件包下载报告	下载数据