生命网络

DOI:10.18129 / B9.bioc.BioNet

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本,请参见生命网络

生物网络功能分析的例程

Bioconductor版本:3.11

该软件包提供了蛋白质-蛋白质相互作用网络的集成分析和功能模块的检测功能。通过将统计检验的p值分配给网络节点,可以将不同的数据集集成到网络中。例如,从Affymetrix阵列的基因差异表达中获得的p值被分配给网络的节点。通过拟合β -均匀混合模型并根据p值计算得分,可以计算网络区域的总体得分,并通过整数线性规划算法确定得分最高的子网络。

作者:Marcus Dittrich和Daniela Beisser

维护者:Marcus Dittrich < Marcus。迪特里希在生物中心。uni- wurzburg .de>

引文(从R内,输入引用(“生命网络”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("BioNet")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“生命网络”)

PDF R脚本 生命网络教程
PDF 参考手册

细节

biocViews DataImportDifferentialExpressionGeneExpressionGraphAndNetwork微阵列网络NetworkEnrichment软件
版本 1.47.0
在Bioconductor BioC 2.7 (R-2.12)(10年)
许可证 GPL (>= 2)
取决于 R (>= 2.10.0),RBGL
进口 igraph(> = 1.0.1),AnnotationDbiBiobase
链接
建议 rgl嫁祸于DLBCLgenefilterxtable所有limmahgu95av2.dbXML
SystemRequirements
增强了
URL http://bionet.bioapps.biozentrum.uni-wuerzburg.de/
全靠我
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建议我 圣诞老人
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 BioNet_1.47.0.tar.gz
Windows二进制 BioNet_1.47.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BioNet
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BioNet
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/BioNet/
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