BgeeDB

DOI:10.18129 / B9.bioc.BgeeDB

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅BgeeDB。

从数据库Bgee注释和基因表达数据检索。TopAnat,解剖实体浓缩UBERON本体的分析工具

Bioconductor版本:3.11

注释和基因表达数据的包从Bgee下载数据库,和TopAnat分析:像浓缩的解剖术语中,映射到基因表达模式。

作者:安德里亚Komljenovic (aut (cre),朱利安Roux (aut (cre)

维护人员:朱利安Wollbrett <朱利安。wollbrett unil。ch >,朱利安Roux <朱利安。在unibas面粉糊。Andrea Komljenovic ch >, < andreakomljenovic gmail.com >,弗雷德里克·巴斯蒂安·< bgee在sib.swiss >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“BgeeDB”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“BgeeDB”)

HTML	R脚本	BgeeDB, R包检索的策划和基因表达数据集浓缩测试列表
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DataImport,去,GeneExpression,GeneSetEnrichment,微阵列,测序,软件
版本	2.14.5
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(4.5年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (> = 3.6.0),topGO,tidyr
进口	data.table,旋度,RCurl,消化、方法、统计跑龙套,dplyr,RSQLite,图,Biobase
链接
建议	knitr,BiocStyle,testthat,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/BgeeDB/BgeeDB_R
BugReports	https://github.com/BgeeDB/BgeeDB_R/issues
取决于我
进口我	psygenet2r,日坛
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	BgeeDB_2.14.5.tar.gz
Windows二进制	BgeeDB_2.14.5.zip
macOS 10.13(高山脉)	BgeeDB_2.14.5.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BgeeDB
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BgeeDB
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BgeeDB/
包下载报告	下载数据