BaalChIP

DOI:10.18129 / B9.bioc.BaalChIP

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅BaalChIP。

BaalChIP:贝叶斯分析allele-specific在癌症基因组转录因子结合

Bioconductor版本:3.11

包提供函数来处理多个ChIP-seq BAM文件和检测allele-specific事件。在个人计算等位基因数变异(snp / SNVs),实现了广泛的质量控制步骤删除有问题的变异,并利用贝叶斯框架确定统计学意义等位基因——特定事件。BaalChIP能够占到两个等位基因拷贝数之间的差异,一个已知的癌症样本的表型特征。

作者:伊内斯·德·圣地亚哥,魏Liu柯原著,马丁·O ' reilly钱德拉SR Chilamakuri,布鲁斯·思考Kerstin Meyer Florian Markowetz

维修工:伊内斯·德·圣地亚哥< inesdesantiago gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“BaalChIP”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“BaalChIP”)

HTML	R脚本	分析ChIP-seq和FAIRE-seq BaalChIP包数据
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文本		新闻

细节

biocViews	贝叶斯,ChIPSeq,测序,软件
版本	1.14.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(4年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.3.1),GenomicRanges,IRanges,Rsamtools
进口	GenomicAlignments,GenomeInfoDb,doParallel平行,杜比环绕声系统,reshape2,尺度,coda,foreach,ggplot2、方法、跑龙套、图形、统计数据
链接
建议	RUnit,BiocGenerics,knitr,rmarkdown,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
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取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	BaalChIP_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	BaalChIP_1.14.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	BaalChIP_1.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BaalChIP
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ BaalChIP
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BaalChIP/
包下载报告	下载数据