Brgenomics
doi：10.18129/b9.bioc.brgenomics
此软件包适用于3.11版的生物导体；对于稳定的最新版本，请参阅Brgenomics。
有效分析高分辨率基因组学数据的工具
生物导体版本：3.11
该软件包提供了使用标准生物导体方法和类别分析高分辨率基因组数据的有用且有效的效率。Brgenomics具有丰富的功能，简化了许多后对齐的处理步骤和数据处理。重点是对多个数据集的有效分析，并支持标准化和黑名单。包括以下功能：SPIKE-IN归一化数据；生成基台分辨率的读数和覆盖范围数据（例如，用于热图）；导入和处理BAM文件（例如，用于转换为Bigwig文件）；产生具有置信区间的Metaplots/Metaprofiles（自举平均值）；方便地调用DESEQ2，而无需使用Genewise色散的样品盲估计；除其他功能。
作者：Mike Deberardine [AUT，CRE]
维护者：Mike Deberardine
引用（从r内，输入引用（“ Brgenomics”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ brgenomics”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Brgenomics”）
| html | R脚本 | 分析多个数据集 |
| html | R脚本 | 带有全局扰动的DESEQ2 |
| html | R脚本 | 入门 |
| html | R脚本 | 导入和修改注释 |
| html | R脚本 | 导入和处理数据 |
| html | 概述 | |
| html | R脚本 | 配置文件图和引导 |
| html | R脚本 | 序列提取 |
| html | R脚本 | 信号计数 |
| html | R脚本 | 峰值归一化 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | Atacseq，，，，chipseq，，，，覆盖范围，，，，DataImport，，，，基因表达，，，，结肠管制，，，，正常化，，，，rnaseq，，，，测序，，，，软件，，，，转录 |
| 版本 | 1.0.3 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.11（R-4.0）（0.5岁） |
| 执照 | 艺术2.0 |
| 要看 | r（> = 4.0），rtracklayer，，，，GenomeInfodB，，，，S4VECTORS |
| 进口 | 基因组机， 平行，iranges，统计rsamtools，，，，基因组签名，，，，deseq2，，，，总结性特征，utils，方法 |
| 链接 | |
| 建议 | 生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，测试，，，，apeglm，，，，远程，，，，GGPLOT2，，，，RESHAPE2，，，，生物弦 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | https://mdeber.github.io |
| BugReports | https://github.com/mdeber/brgenomics/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | brgenomics_1.0.3.tar.gz |
| Windows二进制 | brgenomics_1.0.3.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | brgenomics_1.0.3.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/brgenomics |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/brgenomics |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/brgenomics/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
