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AssessORF
DOI:10.18129 / B9.bioc.AssessORF
这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅AssessORF。
评估预测使用蛋白质组学和基因进化的保护
Bioconductor版本:3.11
为了评估质量的一组预测基因的基因组,证据必须首先被映射到基因组。接下来,每个基因都必须分类基于强度的证据支持或反对基因。AssessORF包提供了完成这些任务所需的函数和类结构,使用蛋白质组支安打,进化保存起始密码子作为形式的证据。
作者:Deepank Korandla (aut (cre),埃里克·赖特(aut)
维护人员:Deepank Korandla < dkorandl alumni.cmu.edu >
从内部引用(R,回车引用(“AssessORF”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“AssessORF”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“AssessORF”)
| R脚本 | 使用AssessORF | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | ComparativeGenomics,GenePrediction,遗传学,GenomeAnnotation,蛋白质组学,质量控制,软件,可视化 |
| 版本 | 1.6.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.8 (r - 3.5)(2年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (> = 3.5.0),解读(> = 2.10.0) |
| 进口 | Biostrings,GenomicRanges,IRanges,图形,grDevices,方法,属性,跑龙套 |
| 链接 | |
| 建议 | AssessORFData,BiocStyle,knitr,rmarkdown |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | AssessORFData |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | AssessORF_1.6.0.tar.gz |
| Windows二进制 | AssessORF_1.6.0.zip |
| macOS 10.13(高山脉) | AssessORF_1.6.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/AssessORF |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ AssessORF |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/AssessORF/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
