ArrayExpressHTS

DOI:10.18129 / B9.bioc.ArrayExpressHTS

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本,请参见ArrayExpressHTS

ArrayExpress高通量测序处理流水线

Bioconductor版本:3.11

用于公共ArrayExpress实验或本地数据集的RNA-Seq处理管道

作者:Angela Goncalves, Andrew Tikhonov

维护者:Angela Goncalves

引文(从R内,输入引用(“ArrayExpressHTS”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“ArrayExpressHTS”)

PDF R脚本 ArrayExpressHTS: RNA-Seq管道转录分析实验
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews ImmunoOncologyRNASeq测序软件
版本 1.38.0
在Bioconductor BioC 2.8 (R-2.13)(9.5年)
许可证 艺术许可2.0
取决于 抽样Rsamtools(> = 1.99.0),
进口 BiobaseBiocGenericsBiostringsDESeqGenomicRangesHmiscIRanges(> = 2.13.11),R2HTMLRColorBrewerRsamtoolsShortReadXMLbiomaRt刨边机, grDevices,图形,方法,rJava统计数据,svMisc跑龙套,sendmailRbitops
链接 Rhtslib(> = 1.15.3)
建议
SystemRequirements GNU使
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 ArrayExpressHTS_1.38.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra) ArrayExpressHTS_1.38.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ArrayExpressHTS
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ArrayExpressHTS
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/ArrayExpressHTS/
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  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网