AnnotationHub

doi：10.18129/b9.bioc.annotationHub

此软件包适用于3.11版的生物导体；对于稳定的最新版本，请参阅AnnotationHub。

客户访问AnnotationHub资源

生物导体版本：3.11

该软件包为生物导体AnnotationHub Web资源提供了一个客户端。AnnotationHub Web资源提供了一个中心位置，可以从标准位置（例如UCSC，Ensembl）中发现基因组文件（例如VCF，BED，假发）和其他资源。资源包括有关每个资源的元数据，例如文本描述，标签和修改日期。客户端创建并管理用户检索到的本地文件缓存，并帮助快速且可重复可访问。

作者：Bioconductor软件包维护者[CRE]，Martin Morgan [AUT]，Marc Carlson [CTB]，Dan Tenenbaum [CTB]，Sonali Arora [CTB] [CTB]，Valerie Oberchain [CTB]，Kayla Morrell [CTB]，Lori Shepherd [Aut] [CTB]

维护者：bioconductor.org>的生物导体套件维护器<维护器>

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ AnnotationHub”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ AnnotationHub”）

html	R脚本	AnnotationHub：访问AnnotationHub Web服务
html	R脚本	AnnotationHub：AnnotationHub如何进行
html		AnnotationHub：创建一个AnnotationHub软件包
html	R脚本	故障排除集线器
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	DataImport，，，，GUI，，，，基础设施，，，，软件，，，，第三派对人
版本	2.20.2
在生物导体中	Bioc 2.12（R-3.0）（7。5年）
执照	艺术2.0
依靠	生物基因（> = 0.15.10），Biocfilecache（> = 1.5.1）
进口	utils，方法，grdevices，rsqlite，，，，生物管理器，，，，生物群，，，，卷曲，，，，Rappdirs，，，，AnnotationDbi（> = 1.31.19），S4VECTORS，，，，InteractiveSplayBase，，，，httr，，，，Yaml，，，，dplyr
链接
建议	iranges，，，，基因组机，，，，GenomeInfodB，，，，变体，，，，rsamtools，，，，rtracklayer，，，，生物使用，，，，尼特，，，，注释，，，，rbiopaxparser，，，，运行，，，，GenomicFeatures，，，，MSNBase，，，，MZR，，，，生物弦，，，，总结性特征，，，，实验室，，，，GDSFMT
系统要求
增强	AnnotationHubdata
URL
取决于我	加合体，，，，注解，，，，AnnotationHubdata，，，，策划的元素元素，，，，epitxdb.hs.hg38，，，，epitxdb.mm.mm10，，，，epitxdb.sc.saccer3，，，，eupathdb，，，，实验室，，，，基因组态，，，，Hipathia，，，，IPDDB，，，，metagxbreast，，，，Metagxovarian，，，，metagxpancreas，，，，雏形，，，，org.mxanthus.db，，，，panther.db，，，，phastcons30way.ucsc.hg38，，，，蛋白质组学杂志，，，，refnet，，，，测序，，，，Sesamedata，，，，art
进口我	加合物，，，，Alpinedata，，，，替代方案，，，，替代方案，，，，Annotatr，，，，Biscuiteerdata，，，，chipseqdbdata，，，，Circrnaprofiler，，，，策展，，，，DEPMAP，，，，DMRSEQ，，，，EncodeXplorer，，，，enmix，，，，GenomicsCores，，，，grasp2db，，，，GSEABENCHMARKER，，，，HCADATA，，，，HMP16SDATA，，，，HMP2DATA，，，，McSurvdata，，，，途径图，，，，psichomics，，，，杂种，，，，Regutools，，，，REMP，，，，安息，，，，Scmeth，，，，sctensor，，，，Singlecellmultimodal，，，，空间Libd，，，，tcgaworkflow，，，，tenxbraindata，，，，tenxbusdata，，，，tenxpbmcdata，，，，tsrchitect，，，，tximeta，，，，Ularcirc
建议我	Ahensdbs，，，，BGEECALL，，，，芝加哥，，，，Cindex，，，，clusterProfiler，，，，cnvranger，，，，可可，，，，dnashaper，，，，杜普拉达尔，，，，EncodexplorerData，，，，Ensembldb，，，，Epinem，，，，epitxdb，，，，epivizrchart，，，，epivizrdata，，，，基因组机，，，，Gosemsim，，，，Gwascat，，，，Harmonizedtcgadata，，，，马瑟，，，，米拉，，，，MSNBase，，，，有机体，，，，scrnaseq，，，，辛格，，，，变体
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	AnnotationHub_2.20.2.2.tar.gz
Windows二进制	AnnotationHub_2.20.2.2.zip
MacOS 10.13（高山脉）	AnnotationHub_2.20.2.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/annotationHub
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/AnnotationHub
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/annotationhub/
软件包下载报告	下载统计