亚当
DOI:10.18129 / B9.bioc.ADAM
这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅亚当。
亚当:活动和多样性分析模块
Bioconductor版本:3.11
亚当是一个GSEA R包创建组,一组基因比较样本(控制和实验)根据各自属于不同的物种(基因本体和KEGG通路为默认)和展示他们的意义通过计算假定值引用togene多样性和活动。每组的基因被称为GFAG功能相关的基因(集团)。
作者:安德烈·路易斯Molan <安德烈。molan unesp。br >,布鲁诺Sanches <佐丹奴入股事宜。在unesp布鲁诺。br >,艾格尼丝·亚历山德拉Sekijima武田<艾格尼丝。在unesp武田。br >何塞•路易斯Rybarczyk球场<何塞。路易斯在unesp.br >
维护人员:何塞•路易斯Rybarczyk球场<何塞。路易斯在unesp.br >
从内部引用(R,回车引用(“亚当”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“亚当”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes(“亚当”)
| HTML | R脚本 | 用亚当 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | GeneSetEnrichment,KEGG,通路,软件 |
| 版本 | 1.4.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.9 (r - 3.6)(1.5年) |
| 许可证 | GPL (> = 2) |
| 取决于 | R(> = 3.5),统计,跑龙套,方法 |
| 进口 | Rcpp(> = 0.12.18),GO.db(> = 3.6.0),KEGGREST(> = 1.20.2),knitr,pbapply(> = 1.3 - 4),dplyr(> = 0.7.6),DT(> = 0.4),stringr(> = 1.3.1),SummarizedExperiment(> = 1.10.1) |
| 链接 | Rcpp |
| 建议 | testthat |
| SystemRequirements | c++ 11 |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | ADAMgui |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | ADAM_1.4.0.tar.gz |
| Windows二进制 | ADAM_1.4.0.zip(32位和64位) |
| macOS 10.13(高山脉) | ADAM_1.4.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ADAM |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/亚当 |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/ADAM/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
