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Bioconductor软件包
Bioconductor版本:3.11
| 包 | 维护人员 | 标题 |
|---|---|---|
| a4 | Tobias Verbeke, Laure counnaud | 自动Affymetrix阵列分析伞包 |
| a4Base | Tobias Verbeke, Laure counnaud | 自动Affymetrix阵列分析基础包 |
| a4Classif | Tobias Verbeke, Laure counnaud | 自动Affymetrix阵列分析分类包 |
| a4Core | Tobias Verbeke, Laure counnaud | 自动Affymetrix阵列分析核心包 |
| a4Preproc | Tobias Verbeke, Laure counnaud | 自动Affymetrix阵列分析预处理包 |
| a4Reporting | Tobias Verbeke, Laure counnaud | 自动Affymetrix阵列分析报告包 |
| ABAEnrichment | 施特菲·格罗特 | 人类大脑区域的基因表达富集 |
| ABarray | 孙永明 | 微阵列质量保证和统计数据分析应用生物系统基因组调查微阵列(AB1700)基因表达数据。 |
| abseqR | 嘉鸿方 | 抗体库的Rep-Seq数据集的报告和数据分析功能 |
| ABSSeq | Wentao杨 | ABSSeq:一种新的基于绝对表达差异建模的RNA-Seq分析方法 |
| acde | 胡安·巴勃罗·阿科斯塔 | 差异表达基因的人工成分检测 |
| 王牌 | 何塞·B·普尔 | 低覆盖率全基因组测序的绝对拷贝数估计 |
| aCGH | 季米特洛夫彼得 | 阵列比较基因组杂交数据的类和函数 |
| ACME | 肖恩·戴维斯 | 计算微阵列富集(ACME)算法 |
| ADaCGH2 | 雷蒙Diaz-Uriarte | 利用并行计算和ff对象分析aCGH实验大数据 |
| 亚当 | 何塞·路易斯·雷巴奇克·菲略 | ADAM:活性和多样性分析模块 |
| ADAMgui | 何塞·路易斯·雷巴奇克·菲略 | 活动和多样性分析模块图形用户界面 |
| 适应 | Weixin蔡 | 高维多重测试的数据自适应统计 |
| adductomicsR | 乔西海耶斯 | 内收质谱数据集的处理 |
| adSplit | 克劳迪奥·Lottaz | 注解驱动的集群 |
| AffiXcan | 亚历山德罗Lussana | 遗传调控表达的功能方法 |
| affxparser | 卡斯珀·丹尼尔·汉森 | Affymetrix文件解析SDK |
| affy | 拉斐尔·a·伊瑞扎里 | Affymetrix寡核苷酸阵列方法 |
| affycomp | 拉斐尔·a·伊瑞扎里 | 非词形表达度量评估的图形工具箱 |
| AffyCompatible | 马丁•摩根 | Affymetrix基因芯片软件兼容性 |
| affyContam | 诉凯利 | affymetrix cel文件数据的结构化损坏 |
| affycoretools | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 对使用Affymetrix基因芯片进行重复分析有用的函数 |
| AffyExpress | 李学军 | Affymetrix质量评估和分析工具 |
| affyILM | 米里亚姆·克罗尔和法布里斯·伯杰 | 背景减法的线性模型和朗缪尔等温线 |
| affyio | 本Bolstad | 用于解析Affymetrix数据文件的工具 |
| affylmGUI | 戈登•史密斯 | 使用Affymetrix微阵列的limma包的GUI |
| affyPara | 马库斯Schmidberger | Affymetrix寡核苷酸阵列的并行预处理方法 |
| affypdnn | Laurent Gautier | 探测affy包的依赖近邻(PDNN) |
| affyPLM | 本Bolstad | 探针级模型的拟合方法 |
| affyQCReport | 克雷格Parman | 为affyBatch对象生成QC报告 |
| AffyRNADegradation | 马里奥Fasold | 分析和纠正微阵列数据中由于RNA降解引起的探针位置偏差 |
| AGDEX | 翠兰拉尼高 | 微分表达式分析的一致性 |
| agilp | 本尼链 | 安捷伦表达式数组处理包 |
| AgiMicroRna | 佩德罗Lopez-Romero | 安捷伦microRNA芯片的加工与差异表达分析 |
| 目标 | 埃里克·R·帕克特 | 目的:乳腺癌内在分子亚型的绝对赋值 |
| ALDEx2 | 格雷格Gloor | 考虑样本变异的差异丰度分析 |
| alevinQC | 夏洛特Soneson | 为Alevin输出生成QC报告 |
| AllelicImbalance | Jesper R Gadin | 研究等位基因特异性表达 |
| AlphaBeta | Yadollah Shahryary Dizaji | 植物中高通量DNA甲基化数据的表观突变率和谱的计算推断 |
| 高山 | 迈克尔的爱 | 高山 |
| 阿尔卑斯山脉 | 维纳Thatikonda | 表观基因组学数据分析例程 |
| 阿尔萨斯 | 罗恩Wehrens | ALS用于混合物的自动化学勘探 |
| altcdfenvs | Laurent Gautier | 备选CDF环境(又名探针集映射) |
| 意大利苦杏酒 | 奥利弗Gevaert | 使用综合多组学分析和惩罚回归的调控网络推断和驱动基因评估 |
| AMOUNTAIN | 李董 | 多层加权基因共表达网络的有源模块:一种持续优化方法 |
| amplican | 大船瓦伦 | CRISPR实验自动化分析 |
| AnalysisPageServer | 布拉德·弗里德曼 | 通过web共享R中的交互数据和图表的框架 |
| anamiR | Ti-Tai王 | miRNA和mRNA表达数据的集成分析包 |
| Anaquin | 泰德黄 | 亮片的统计分析 |
| AneuFinder | 亚伦Taudt | 单细胞测序数据拷贝数变异分析 |
| 曾帮工 | 马天乐 | 复杂患者聚类的亲和网络融合 |
| 微生物 | 悦赵 | 交互式微生物组分析工具包 |
| annaffy | 科林·a·史密斯 | Affymetrix生物元数据的注释工具 |
| annmap | 克里斯Wirth | 与Affymetrix阵列和NGS分析相关的基因组注释和可视化包。 |
| 注释 | 生物导体包维护者 | 微阵列注释 |
| AnnotationDbi | 生物导体包维护者 | 在Bioconductor中操作基于sqlite的注释 |
| AnnotationFilter | 生物导体包维护者 | 过滤生物导体注释资源的设施 |
| AnnotationForge | 生物导体包维护者 | 用于构建基于sqlite的注释数据包的工具 |
| AnnotationFuncs | 斯蒂芬·麦金农·爱德华兹 | 注释翻译函数 |
| AnnotationHub | 生物导体包维护者 | 客户端访问AnnotationHub资源 |
| AnnotationHubData | 生物导体包维护者 | 将公共数据资源转换为Bioconductor数据结构 |
| annotationTools | 亚历山大·库恩 | 注释微阵列和执行跨物种基因表达分析使用平面文件数据库 |
| annotatr | 雷蒙德·g·卡瓦尔坎特 | 基因组区域注释到基因组注释 |
| anota | Ola拉尔森 | 翻译活性分析(ANOTA)。 |
| anota2seq | 克里斯蒂安·奥特林，朱莉·洛伦特 | 使用anota2seq一般适用于转录组范围的翻译效率分析 |
| antiProfiles | 赫克托·科拉达·布拉沃 | 基因表达反谱的实现 |
| 铁砧 | 马丁•摩根 | AnVIL计算环境上的Bioconductor |
| APAlyzer | Ruijia王 | 使用RNA-seq数据进行APA分析的工具包 |
| apComplex | 丹尼斯Scholtens | 利用AP-MS蛋白质数据估计蛋白质复合体的隶属度 |
| apeglm | Anqi朱 | GLM系数的近似后验估计 |
| appreci8R | 莎拉Sandmann | 欣见8r: R/Bioconductor封装，用于过滤snv和短索引，具有高灵敏度和高PPV |
| aroma.light | 亨利克·本特松 | 仅使用基本R数据类型的微阵列数据规范化和可视化的轻量级方法 |
| ArrayExpress | 哈姆·默罕默德 | 在EBI访问ArrayExpress Microarray数据库并构建Bioconductor数据结构:ExpressionSet, AffyBatch, NChannelSet |
| ArrayExpressHTS | Angela Goncalves, Andrew Tikhonov | ArrayExpress高通量测序处理流水线 |
| arrayMvout | 诉凯利 | 表达数组质量保证的多元离群值检测 |
| arrayQuality | 艾格尼丝Paquet | 评估点状阵列上的阵列质量 |
| arrayQualityMetrics | 迈克•史密斯 | 微阵列数据集的质量度量报告 |
| ArrayTools | 亚瑟•李 | 基因芯片分析包 |
| ArrayTV | 埃坦Halper-Stromberg | 阵列波校正的实现 |
| ARRmNormalization | 让-菲利普•福丁 | Illumina甲基化数据的自适应稳健回归归一化 |
| artMS | 大卫Jimenez-Morales | 质谱分析工具 |
| 一只 | 张倩 | 祖先特定等位基因频率估计 |
| ASEB | Likun王 | 预测乙酰化赖氨酸位点 |
| ASGSCA | 海拉Romdhani | 使用广义结构方程模型对多个SNPs和多个性状进行关联研究 |
| 亚瑟士 | 流行Lefort | 复杂光谱中的自动统计识别 |
| ASpediaFI | Doyeong余 | ASpedia-FI:可选剪接事件的功能交互分析 |
| ASpli | 给曼奇尼 | 利用RNA-Seq分析替代剪接 |
| AssessORF | Deepank Korandla | 利用蛋白质组学和进化保护评估基因预测 |
| 资产 | Samsiddhi保护好 | 一个基于子集的异质性状和子类型关联分析的R包 |
| 分配 | 沈莹，W. Evan Johnson, David Jenkins, Mumtehena Rahman | 自适应签名选择与集成(ASSIGN) |
| ATACseqQC | Jianhong欧 | ATAC-seq质量控制 |
| atSNP | Sunyoung胫骨 | 亲和性试验用于识别调节snp |
| 吸引 | 塞缪尔·齐默尔曼 | 寻找代表Kauffman吸引子景观驱动因子的基因表达模块的方法 |
| AUCell | 莎拉Aibar | AUCell:分析单细胞RNA-seq数据中的“基因集”活性(例如，识别具有特定基因签名的细胞) |
| 自动调谐 | 克雷格·麦克莱恩 | 非靶向代谢组学数据处理的自动参数选择 |
| AWFisher | Zhiguang霍 | 一个用于自适应加权fisher方法快速计算的R包 |
| BaalChIP | 伊内斯·德·圣地亚哥 | BaalChIP:癌症基因组中等位基因特异性转录因子结合的贝叶斯分析 |
| BAC | 拉斐尔Gottardo | 芯片实验的贝叶斯分析 |
| 培根 | Maarten van Iterson | 使用经验零分布控制关联研究中的偏倚和膨胀 |
| 贝德 | Andreas Neudecker | RNA测序数据差异表达的贝叶斯分析 |
| BadRegionFinder | 莎拉Sandmann | BadRegionFinder:一个R/Bioconductor包，用于识别覆盖不良的区域 |
| 袋 | 亚历杭德罗Quiroz-Zarate | 基因集选择的贝叶斯方法 |
| 舞会礼服 | 杰克傅 | 灵活的，异构体水平的差异表达分析 |
| bamsignals | 约翰内斯·赫尔穆特 | 从bam文件中提取读计数信号 |
| 强盗 | 西蒙Tiberi | 差分拼接的贝叶斯分析 |
| banocc | 乔治·温加特，柯蒂斯·胡滕豪尔 | 成分协方差的贝叶斯分析 |
| basecallQC | 托马斯•卡罗尔 | 使用Illumina基本调用和解复用输入和输出文件 |
| BaseSpaceR | 贾里德·奥康奈尔 | R SDK for BaseSpace RESTful API |
| Basic4Cseq | 卡罗琳沃尔特 | Basic4Cseq: R/Bioconductor用于分析4C-seq数据的包 |
| 基础知识 | 卡特琳娜Vallejos | 单细胞测序数据的贝叶斯分析 |
| BasicSTARRseq | 安妮卡方式 | STARR-seq数据的基本峰值调用 |
| 蛇怪 | 亚伦Lun | 在Bioconductor包中冻结Python版本 |
| basilisk.utils | 亚伦Lun | Basilisk安装实用程序 |
| 后面; | 亚伦Lun | 单细胞批量校正方法 |
| BatchQC | Solaiappan Manimaran | 批量效果质量控制软件 |
| BayesKnockdown | 威廉·查德·杨 | BayesKnockdown:从Knockdown数据边缘的后验概率 |
| BayesPeak | 乔纳森·凯恩斯 | ChIP-seq数据的贝叶斯分析 |
| bayNorm | 朱文昊唐 | 单细胞RNA测序数据规范化 |
| baySeq | 托马斯·哈德卡斯尔 | 计数数据中差异表达模式的经验贝叶斯分析 |
| BBCAnalyzer | 莎拉Sandmann | BBCAnalyzer: R/Bioconductor用于可视化碱基计数的软件包 |
| BCRANK | 亚当Ameur | 从排序的DNA序列预测结合位点一致性 |
| bcSeq | 嘉兴林 | 高通量shRNA和CRISPR屏幕中的快速序列映射 |
| BDMMAcorrect | 振威戴 | 元分析的宏基因组读计数数据来自不同的队列 |
| beachmat | 亚伦Lun | 编译生物导体处理每个矩阵类型 |
| beadarray | 马克·邓宁 | Illumina BeadArray数据的质量评估和底层分析 |
| beadarraySNP | 1月东 | Illumina SNP珠阵列的规范化和报告 |
| BeadDataPackR | 迈克•史密斯 | Illumina BeadArray数据压缩 |
| BEARscc | 本杰明Schuster-Boeckler | 单细胞簇稳健性的贝叶斯ERCC评估 |
| 击败 | 凯末尔Akman | BEAT - BS-Seq变异分析工具包 |
| BEclear | 大卫粗声粗气地说 | DNA甲基化数据中的批效应修正 |
| bgafun | 伊恩•华莱士 | 一种鉴定蛋白质家族残基的方法 |
| BgeeCall | 朱利安Wollbrett | 自动RNA-Seq存在/缺失基因表达调用生成 |
| BgeeDB | Julien Wollbrett, Julien Roux, Andrea Komljenovic, Frederic Bastian | Bgee数据库注释与基因表达数据检索。TopAnat，一个用于UBERON本体的解剖实体丰富分析工具 |
| BGmix | 亚历克斯·列文 | 差异基因表达的贝叶斯模型 |
| bgx | 欧内斯特Turro | 贝叶斯基因表达 |
| 六氯 | 丰富的野蛮 | 贝叶斯层次聚类 |
| BicARE | 皮埃尔Gestraud | 聚类分析与结果探索 |
| BiFET | Ahrim梦想 | 无偏差足迹富集测试 |
| BiGGR | Anand K. Gavai, Hannes Hettling | 在R中使用代谢重建数据库进行基于约束的建模 |
| bigmelon | 泰勒·j·戈里-斯通 | 大型实验用Illumina甲基化阵列分析 |
| bigmemoryExtras | 彼得·m·哈弗蒂 | 大内存包的扩展，增加了安全性、便利性和因子类 |
| bigPint | 林赛·拉特 | 交互式绘制大多元数据 |
| bioassayR | 泰勒辅助工 | 小分子生物活性的交叉靶标分析 |
| Biobase | 生物导体包维护者 | Biobase: Bioconductor的基函数 |
| biobroom | 约翰·d·斯托里和安德鲁·j·巴斯 | 将Bioconductor对象转换成整齐的数据帧 |
| biobtreeR | 温和的电流的 | 使用R . biobtree工具 |
| bioCancer | 卡里姆Mezhoud | 交互式多组学癌症数据可视化与分析 |
| BiocCaseStudies | 生物导体包维护者 | bioccasionally Studies:支持案例研究专著 |
| BiocCheck | 生物导体包维护者 | 生物导体特定包装检查 |
| BiocDockerManager | 维护人员 | 访问Bioconductor docker图像 |
| BiocFileCache | Lori牧羊人 | 跨会话管理文件 |
| BiocGenerics | 生物导体包维护者 | 在Bioconductor中使用的S4通用函数 |
| biocGraph | Florian Hahne | 生物信息学中的图表示例和用例 |
| BiocNeighbors | 亚伦Lun | 生物导体封装的最近邻检测 |
| BiocOncoTK | VJ凯里 | 用于一般癌症基因组学的生物导体组件 |
| BioCor | Lluís雷维拉·桑丘 | 功能相似 |
| BiocParallel | 生物导体包维护者 | 用于并行评估的生物导体设备 |
| BiocPkgTools | 肖恩·戴维斯 | 用于学习有关Bioc包的简单工具的集合 |
| BiocSet | 凯拉莫雷尔 | 代表不同的生物集 |
| BiocSingular | 亚伦Lun | 生物导体包的奇异值分解 |
| BiocSklearn | VJ凯里 | 通过Rstudio reticulate接口到python sklearn |
| BiocStyle | 生物导体包维护者 | 小插图和其他Bioconductor文档的标准样式 |
| BiocVersion | 生物导体包维护者 | 设置适当版本的Bioconductor包 |
| biocViews | 生物导体包维护者 | R包存储库的分类视图 |
| BiocWorkflowTools | 迈克•史密斯 | 帮助Bioconductor工作流包开发的工具 |
| bioDist | 生物导体包维护者 | 不同的距离测量 |
| biomaRt | 迈克•史密斯 | 与BioMart数据库(即Ensembl)的接口 |
| biomformat | 保罗·j·麦克默迪 | BIOM文件格式的接口包 |
| BioMM | Junfang陈 | BioMM:使用组学数据进行表型预测的生物知情多阶段机器学习框架 |
| BioMVCClass | 伊丽莎白·惠伦 | 模型-视图-控制器(MVC)类使用Biobase |
| biomvRCNS | 杨杜 | 多元生物数据拷贝数研究与分割 |
| 生命网络 | 马库斯> | 生物网络功能分析的例程 |
| BioNetStat | 维尼Jardim | 生物网络分析 |
| BioQC | 张季涛 | 用基因集检测组织表达谱的异质性 |
| BioSeqClass | 李红 | 生物序列分类 |
| biosigner | Philippe Rinaudo, Etienne Thevenot | 从组学数据中发现特征 |
| Biostrings | h .页面 | 生物弦的有效操作 |
| biosvd | 安娜琳·戴曼，马修·布劳尔 | 用于高通量数据处理、异常值检测、噪声去除和动态建模的软件包 |
| BioTIP | 王哲珍，X Holly Yang和Yuxi (Jennifer) Sun | BioTIP:描述生物临界点的R包 |
| biotmle | 尼玛赫亚兹 | 生物标记发现的有调节统计的目标学习 |
| biovizBase | 迈克尔•劳伦斯 | 基因组数据可视化的基本图形实用程序。 |
| BiRewire | 安德里亚·米兰球迷 | 用于二部图(或二进制事件矩阵)、无向和有向符号图保持度分布(或边际总数)的随机化的高性能例程 |
| birta | Benedikt Zacher, Holger Froehlich | 转录活性调控的贝叶斯推断 |
| biscuiteer | “雅各莫里森” | 饼干的方便函数 |
| BiSeq | 卡佳Hebestreit | 亚硫酸氢盐测序数据的处理和分析 |
| BitSeq | Antti Honkela, Panagiotis Papastamoulis | RNA-seq数据的转录本表达推断和差异表达分析 |
| blacksheepr | RugglesLab | 两两差异比较的离群值分析 |
| blima | Vojtěch Kulvait | 用于探测器(珠)水平上Illumina微阵列预处理和分析的工具 |
| BLMA | 锡阮 | BLMA:一个用于双层元分析的包 |
| bnbc | 腌鱼Fletez-Brant | Hi-C数据的带向归一化和批量校正 |
| BPRMeth | Chantriolnt-Andreas Kapourani | 建模高阶甲基化剖面 |
| 大脑 | 彼得亚雷Dittwald | 同位素分布计算的困惑递归算法 |
| brainflowprobes | 阿曼达价格 | 选择BrainFlow目标探针序列的图和注释 |
| BrainStars | Itoshi NIKAIDO | 查询BrainStars的基因表达数据和图(B*) |
| 分歧点 | 贝丝信号 | 内含子剪接分支点的预测 |
| breakpointR | 大卫Porubsky | 在Strand-seq数据中查找断点 |
| brendaDb | 易周 | BRENDA酶数据库 |
| BRGenomics | 迈克DeBerardine | 高效分析高分辨率基因组数据的工具 |
| 桥 | 拉斐尔Gottardo | 差异基因表达的贝叶斯鲁棒推理 |
| BridgeDbR | 大多Willighagen | 从R中使用BridgeDb标识符映射框架的代码 |
| BrowserViz | 保罗·香农 | BrowserViz:使用websockets和JSON的交互式R/浏览器图形 |
| BSgenome | h .页面 | 高效表示全基因组及其snp的软件基础设施 |
| bsseq | 卡斯珀·丹尼尔·汉森 | 分析、管理和存储亚硫酸氢盐测序数据 |
| BubbleTree | Todd Creasy, Wei Zhu | BubbleTree:利用下一代测序数据来阐明体细胞镶嵌中的肿瘤非整倍体和克隆性的直观可视化 |
| BufferedMatrix | 本Bolstad | 在临时文件中保存的矩阵数据存储对象 |
| BufferedMatrixMethods | 本Bolstad | 使用BufferedMatrix对象的Microarray数据相关方法 |
| BUMHMM | Alina Selega | 利用结构探测实验数据计算修正概率的计算管道 |
| bumphunter | 拉斐尔·a·伊瑞扎里 | 撞猎人 |
| 公共汽车 | 远华刘 | 基因网络重建 |
| BUScorrect | 象屿罗 | 批效应校正与未知子类型 |
| BUSpaRse | λ摩西 | kallisto | bustools R公用事业 |
| 咖啡馆 | 桑德博伦 | 表达数据中的染色体畸变查找器 |
| CAGEfightR | 马尔特Thodberg | 利用Bioconductor对基因表达(CAGE)数据进行Cap分析 |
| 篮球选手 | Vanja Haberle, Charles Plessy, Damir Baranasic, Sarvesh Nikumbh | 分析CAGE (Cap Analysis of Gene Expression)测序数据，精确定位转录起始位点和启动子组挖掘 |
| CALIB | 回族赵 | 从微阵列数据估计绝对表达水平的校准模型 |
| 平静 | 库恩梁 | 协变量辅助大规模多重测试 |
| 相机 | 史蒂芬诺依曼 | 收集质谱数据注释相关方法 |
| CAMTHC | 露露陈 | 组织异质性表征混合物的凸分析 |
| 癌症 | 卡里姆Mezhoud | 用于访问和建模MSKCC癌症基因组数据的图形用户界面 |
| cancerclass | 丹尼尔Kosztyla | 从高维分子数据开发和验证诊断测试 |
| CancerInSilico | 托马斯·d·谢尔曼，伊莱娜·j·费蒂格 | 肿瘤进展的计算建模的R接口 |
| CancerMutationAnalysis | Simina M. Boca | 癌症突变分析 |
| CancerSubtypes | Taosheng徐 | 基于多个基因组数据集的癌症亚型识别、验证和可视化 |
| 萤石 | 凯特琳麦克休 | 执行染色体血统差异(CAnD)分析 |
| caOmicsV | 亨利张 | 多维癌症基因组数据可视化 |
| 红衣主教 | 凯莉·a·贝米斯 | 用于统计分析的质谱成像工具箱 |
| 狂欢节 | Enio Gjerga | 使用整数值编程的网络识别(从基因表达数据)的因果推理工具 |
| 卡斯珀 | 大卫Rossell | 基于成对读的可选剪接的表征 |
| 催化剂 | 海伦娜·l·克罗威尔 | 细胞仪数据分析工具 |
| 类别 | 生物导体包维护者 | 类别分析 |
| categoryCompare | Robert M. Flight | 使用特征注释的高通量实验元分析 |
| CausalR | 格林·布拉德利，史蒂文·巴雷特 | 因果网络分析方法 |
| cbaf | 阿尔曼Shahrisa | 自动比较来自cbioportal.org的各种omic数据的功能 |
| cBioPortalData | 马塞尔·拉莫斯 | 暴露并提供来自cBioPortal web资源的数据 |
| ccfindR | 小君吸引 | 癌症克隆查找器 |
| ccmap | 亚历克斯·皮克林 | 组合连接映射 |
| CCPROMISE | 学苑曹 | 两种高维遗传数据典型相关的PROMISE分析 |
| ccrepe | 艾玛·施瓦格，克雷格·贝尔斯基，乔治·温加特 | ccrepe_and_nc.score |
| celaref | 莎拉·威廉姆斯 | 单细胞RNAseq细胞集群参照标记 |
| celda | 约书亚·坎贝尔 | 细胞潜狄利克雷分配 |
| cellbaseR | 穆罕默德·OE·阿卜杜拉 | 从高性能的Cellbase web中查询注释数据 |
| CellBench | Shian苏 | 构建单细胞分析方法的基准 |
| cellGrowth | 朱利安Gagneur | 拟合细胞群生长模型 |
| cellHTS2 | 约瑟夫·巴里 | 细胞筛选的分析。cellHTS的修订版 |
| cellity | Tomislav Ilicic | 单细胞rna序列数据的质量控制 |
| CellMapper | 布拉德那里提取 | 预测特定细胞类型中选择性表达的基因 |
| CellMixS | Almut Lutge | 评估细胞特异性混合 |
| CellNOptR | A.Gabor | 利用先验知识网络和摄动数据训练信号网络布尔逻辑模型 |
| cellscape | 玛雅史密斯 | 探索单单元树上下文中的单单元拷贝数配置文件 |
| CellScore | 南希Mah | 从转录谱评估细胞身份的工具 |
| CellTrails | 丹尼尔Ellwanger | 分支轨迹的重建、可视化和分析 |
| cellTree | 大卫duVerle | 作为层次树结构的单细胞RNA-seq数据的推断和可视化 |
| CEMiTool | 举行Nakaya | 共表达式模块识别工具 |
| ceRNAnetsim | Selcen Ari Yuka | miRNA与竞争rna (ceRNA)相互作用调控模拟器 |
| CeTF | Carlos Alberto Oliveira de Biagi Junior | 利用调控影响因子、偏相关和信息论分析转录因子的共表达 |
| CexoR | 佩德罗情歌 | 在ChIP-exo复制中发现高分辨率蛋白质- dna相互作用的R包 |
| CFAssay | 赫伯特Braselmann | 菌落形成分析的统计分析 |
| CGEN | 威廉-惠勒 | 遗传流行病学中病例对照研究分析的R包 |
| CGHbase | 马克·范德威尔 | CGHbase:用于arrayCGH数据分析的基函数和类。 |
| CGHcall | 马克·范德威尔 | 调用阵列CGH肿瘤剖面畸变。 |
| cghMCR | j .张 | 找到显示共同增益/损失的染色体区域 |
| CGHnormaliter | 巴特·p·范·豪特 | 不平衡像差阵列CGH数据的归一化。 |
| CGHregions | 会发生Vosse | 最小化信息损失的阵列CGH数据降维方法。 |
| 冠军 | 元田 | Illumina HumanMethylation450和EPIC芯片分析甲基化管道 |
| 负责 | 本杰明·梅恩 | 从基因表达数据评估R染色体 |
| ChemmineOB | 托马斯Girke | R接口到OpenBabel功能的子集 |
| ChemmineR | 托马斯Girke | 化学信息学工具箱 |
| 印度豹 | Jurrian de Kanter | 快速准确的scRNA-seq细胞类型鉴定 |
| 别致的 | 卡门·玛丽亚·利维 | ChIP-Seq数据质量控制管道 |
| 芝加哥 | 米哈伊尔·Spivakov | 芝加哥:基因组组织捕获Hi-C分析 |
| 嵌合体 | Raffaele A Calogero | 熔合产品的二次分析包 |
| chimeraviz | Stian Lagstad | 基因融合的可视化工具 |
| ChIPanalyser | 帕特里克·马丁 | chipanalyzer:预测转录因子结合位点 |
| ChIPComp | 李陈 | 多个ChIP-seq数据集的定量比较 |
| chipenrich | 雷蒙德·g·卡瓦尔坎特 | ChIP-seq峰值数据的基因集富集 |
| ChIPexoQual | 雷内·韦尔奇 | ChIPexoQual |
| ChIPpeakAnno | 朱丽华朱丽丽，欧建宏 | 从ChIP-seq、ChIP-chip实验或任何实验中识别的峰的批量注释导致大量的染色体范围 |
| ChIPQC | 汤姆·卡罗，罗里·斯塔克 | ChIPseq数据的质量度量 |
| ChIPseeker | Guangchuang余 | 用于芯片峰值注释、比较和可视化的ChIPseeker |
| chipseq | 生物导体包维护者 | chipseq:用于分析chipseq数据的包 |
| ChIPseqR | 彼得汉保格 | 在高通量测序数据中识别蛋白质结合位点 |
| ChIPSeqSpike | 尼古拉斯Descostes | ChIP-Seq数据缩放根据spike-in控制 |
| ChIPsim | 彼得汉保格 | 模拟ChIP-seq实验 |
| ChIPXpress | 乔治·吴 | ChIPXpress:利用公开的基因表达谱，从ChIP-seq和ChIP-chip数据中识别转录因子靶基因 |
| 筷子 | Hin-Tak梁 | “snp。矩阵'和'X.snp。矩阵的类 |
| chroGPS | 奥斯卡雷纳 | chroGPS2:表观基因组图谱的生成、可视化和差异分析 |
| chromDraw | Jan Janecka | chromDraw是一个R包，用于以线性和圆形方式绘制核型方案。 |
| ChromHeatMap | 蒂姆·f·雷纳 | 基因组坐标绘制热图 |
| chromPlot | 凯伦·y·奥罗斯蒂卡 | 基因组数据的全球可视化工具 |
| chromstaR | 亚伦Taudt | ChIP-Seq数据的组合和差异染色质状态分析 |
| chromswitch | 《杰莎 | 从表观基因组数据中检测染色质状态开关的R包 |
| chromVAR | 艾丽西亚Schep | 染色质跨区域变化 |
| CHRONOS | 帕诺斯Balomenos | CHRONOS: microrna介导的亚通路富集分析的时变方法 |
| 西塞罗 | 汉娜多段线 | 从单细胞染色质可达性数据中精确顺式共可达性 |
| CINdex | 看门人尤里卡 | 染色体不稳定性指数 |
| circRNAprofiler | 西蒙娜Aufiero | circRNAprofiler:一种基于r的循环rna下游分析计算框架 |
| cisPath | Likun王 | 蛋白质-蛋白质相互作用网络的可视化和管理。 |
| CiteFuse | Yingxin林 | CiteFuse: CITE-seq数据的多模态分析 |
| ClassifyR | 达里奥Strbenac | 交叉验证分类问题的框架，应用于差异可变性和差异分布测试 |
| cleanUpdTSeq | 欧建宏;朱丽华朱丽华 | 该包将假定的多聚腺苷酸位点分类为true或false/内部寡核苷酸引物 |
| 切肉刀 | 塞巴斯蒂安·吉布 | 多肽序列的裂解 |
| clippda | Stephen Nyangoma | 一个用于临床蛋白质组分析数据的软件包 |
| 限幅器 | 保罗•马提尼 | 利用路径拓扑的基因集分析 |
| cliqueMS | Oriol Senan Campos | 源内LC/MS代谢组学数据的同位素、加合物和碎片加合物注释 |
| Clomial | Habil Zare | 推断肿瘤的克隆组成 |
| 单克隆 | Irina Ostrovnaya | 单克隆测试 |
| clonotypeR | 查尔斯·普莱西 | T细胞抗原受体序列高通量分析 |
| 凯 | 诺亚·霍夫曼 | 根据局部相似度阈值进行分类 |
| clstutils | 诺亚·霍夫曼 | 执行分类学赋值的工具。 |
| CluMSID | 托拜厄斯Depke | MS2谱聚类在代谢物鉴定中的应用 |
| clustComp | 奥罗拉多浪迪警官 | 聚类比较包 |
| clusterExperiment | 伊丽莎白Purdom | 比较单细胞测序的聚类 |
| ClusterJudge | Adrian Pasculescu | 利用互信息判断聚类方法的质量 |
| clusterProfiler | Guangchuang余 | 基因和基因簇功能谱的统计分析和可视化 |
| clusterSeq | 托马斯·哈德卡斯尔 | 通过识别共表达模式对高通量测序数据进行聚类 |
| ClusterSignificance | 杰森·T·瑟维斯 | ClusterSignificance包提供了工具来评估降维数据表示中的类集群是否与排列数据有分离 |
| clusterStab | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 计算微阵列数据的集群稳定性分数 |
| clustifyr | 瑞福 | 基于细胞簇的单细胞rna序列分类器 |
| CMA | 罗马霍农 | 基于微阵列的综合分类 |
| cmapR | 泰德Natoli | R中的CMap工具 |
| cn.farms | Andreas Mitterecker | cn。农场-因子分析拷贝数估计 |
| cn.mops | Gundula Povysil | cn.mops- Mixture of Poissons for CNV detection in NGS data |
| CNAnorm | 斯特凡诺拜里 | 肿瘤样本拷贝数畸变的归一化方法 |
| cn | 通用电气谭 | CNE检测与可视化 |
| CNORdt | 答:业务 | 附加到CellNOptR:离散时间处理 |
| CNORfeeder | E.Gjerga | 集成CellNOptR以添加缺失的链接 |
| CNORfuzzy | t . Cokelaer | 附加到CellNOptR:模糊逻辑 |
| CNORode | Enio Gjerga | CellNOptR的ODE插件 |
| CNTools | j .张 | 通过样本矩阵将分段数据转换为区域，以便进行其他高级计算分析。 |
| CNVfilteR | 何塞·马科斯·莫雷诺-卡布雷拉 | 通过SNV呼叫识别CNV呼叫工具的误报 |
| cnvGSA | 约瑟夫·卢戈 | (罕见)拷贝数变异的基因集分析 |
| CNVPanelizer | 托马斯•沃尔夫 | 在靶向测序应用中可靠的CNV检测 |
| CNVRanger | 路德维希Geistlinger | CNV范围的总结及表达/表型相关性 |
| CNVrd2 | 阮黄丹 | CNVrd2:一种基于读深的方法，用于从下一代测序数据中检测复杂的常见拷贝数变异并进行基因分型。 |
| CNVtools | 克里斯·巴恩斯 | 用CNV数据检测遗传关联的软件包 |
| cobindR | 曼Benary | 寻找转录因子结合位点的共现基序 |
| CoCiteStats | 生物导体包维护者 | 基于共引的不同测试统计。 |
| 可可 | 约翰·劳森 | 坐标共变分析 |
| codelink | 迭戈Diez | Codelink微阵列数据的操作 |
| 食典委 | 江刘宇超(音) | 外显子组全序列归一化和拷贝数变异检测方法 |
| coexnet | Juan David Henao | coexnet:一个用微阵列数据构建CO-EXpression网络的R包 |
| CoGAPS | 伊莱娜·j·费蒂格，托马斯·d·谢尔曼 | 模式集中的协调基因活动 |
| cogena | Zhilong贾 | 共表达基因集富集分析 |
| coGPS | 迎迎魏 | 癌症异常基因谱集 |
| COHCAP | 查尔斯·沃登 | 用于Illumina甲基化阵列和靶向BS-Seq数据的CpG岛分析管道 |
| 可乐 | Zuguang顾 | 共识划分框架 |
| 结合 | 尤里斯最大经济产量 | 基于视觉整合的成分组学模型 |
| 彗星 | Tiphaine马丁 | coMET:区域表观基因组全关联扫描(EWAS)结果和DNA共甲基化模式的可视化 |
| compartmap | 本杰明•约翰逊 | 从ATAC-seq和甲基化阵列数据推断A/B区 |
| 指南针 | 格雷格Finak | 单细胞的组合多功能分析 |
| compcodeR | 夏洛特Soneson | RNAseq数据仿真、差分表达式分析和差分表达式方法性能比较 |
| compEpiTools | 卡马尔•基 | 计算表观基因组学的工具 |
| CompGO | 阿什利·j·瓦登伯格 | 一个用于。bed文件注释的R管道，比较基因集和数据可视化之间的GO术语富集 |
| ComplexHeatmap | Zuguang顾 | 制作复杂的热图 |
| 承认 | 戴安娜低 | 细胞排序荧光信号 |
| 共识 | Tim Peters | 通过实验室间检测方法进行基因组测量的跨平台共识分析 |
| ConsensusClusterPlus | 马特·威尔克森 | ConsensusClusterPlus |
| consensusDE | 阿什利·j·瓦登伯格 | RNA-seq分析使用多种算法 |
| consensusOV | 本杰明Haibe-Kains | 基于基因表达的高级别浆液性卵巢癌亚型分类 |
| consensusSeekeR | 阿斯特丽德Deschenes | 使用基因组位置和基因组范围检测一组经验中的共识区域 |
| contiBAIT | 基兰奥尼尔 | 利用Strand-Seq数据改进早期构建基因组组装 |
| conumee | Volker Hovestadt | 使用Illumina DNA甲基化阵列进行增强拷贝数变异分析 |
| 转换 | 杨怡华(Jean) | 转换微阵列数据对象 |
| 国王杯 | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 执行癌症异常值分析的功能。 |
| copynumber | Gro流行病学 | 基于惩罚最小二乘回归的单轨和多轨拷贝数数据分割。 |
| CopyNumberPlots | Bernat凝胶 | 使用核型分析仪功能创建拷贝数图 |
| 文案 | 奥斯卡Krijgsman | 使用脱靶读取从目标测序中复制编号信息 |
| 警戒线 | Anamaria Elek | 密码子使用分析与基因表达性预测 |
| CoRegFlux | Pauline Trébulle和Mohamed Elati | CoRegFlux |
| CoRegNet | 雷米总 | CoRegNet:共同调控网络的重建与整合分析 |
| CoreGx | 本杰明Haibe-Kains | 类和函数作为其他“Gx”包的基础 |
| Cormotif | 迎迎魏 | 相关Motif拟合 |
| CorMut | 振鹏李 | 基于选择压力检测相关突变 |
| CORREP | Dongxiao朱 | 多元相关估计和统计推断程序。 |
| coseq | 安德里亚·劳 | 测序数据的共表达分析 |
| cosmiq | 大卫•菲舍尔 | cosmiq -将单个质量组合成数量 |
| COSNet | 马可Frasca | 成本敏感网络用于高度不平衡标签图上的节点标签预测 |
| CountClust | 库什戴伊 | 利用隶属度模型的聚类和可视化RNA-Seq表达数据 |
| countsimQC | 夏洛特Soneson | 比较计数数据集的特征特征 |
| covEB | c . Pacini | 块对角协方差矩阵的经验贝叶斯估计 |
| CoverageView | 埃内斯托•罗伊 | R的覆盖可视化包 |
| covRNA | 劳拉的城市 | 转录组数据的多变量分析 |
| cpvSNP | 凯特琳麦克休 | 在给定的基因集中，SNP关联p值的基因集分析方法 |
| cqn | 卡斯珀·丹尼尔·汉森 | 条件分位数归一化 |
| CRImage | Henrik Failmezger，袁银银 | CRImage是一个用于细胞分类和计算肿瘤细胞数的程序包 |
| CRISPRseek | 朱丽华朱丽华 | CRISPR-Cas9基因组编辑系统中靶向导向rna的设计 |
| crisprseekplus | 高山Kucukural | crisprseekplus |
| CrispRVariants | 海伦林赛 | 用于计算和可视化目标位置突变的工具 |
| crlmm | Benilton S Carvalho, Robert Scharpf, Matt Ritchie | 用于Affymetrix SNP 5.0和6.0和Illumina阵列的基因型呼叫(CRLMM)和拷贝数分析工具 |
| CrossICC | 于太阳 | 面向多平台数据分析的交互式共识聚类框架 |
| crossmeta | 亚历克斯·皮克林 | 微阵列数据的跨平台元分析 |
| CSAR | 何塞·穆伊诺 | 用于分析ChIP-seq数据的统计工具 |
| csaw | 亚伦Lun | Windows芯片序列分析 |
| CSSP | 钱德勒左 | ChIP-Seq统计能力 |
| CSSQ | 乔治亚理工学院风扇实验室 | Chip-seq信号量化器管道 |
| ctc | 安东尼·卢卡斯 | 集群和树转换。 |
| CTDquerier | 卡莱斯Hernandez-Ferrer | 用于CTDbase数据查询、可视化和下游分析 |
| ctgGEM | 生物医学工程 | 从基因表达数据生成树层次可视化 |
| cTRAP | 努诺·Saraiva-Agostinho | 从差异基因表达数据识别候选因果扰动 |
| ctsGE | 米甲Sharabi-Schwager | 时间序列基因表达数据的聚类 |
| 腰带 | 洛伊特·a·戈夫 | 袖扣高通量测序数据的分析、探索、操作和可视化。 |
| customProDB | 王晓静，文博 | 从NGS数据生成定制的蛋白质数据库，以RNA-Seq数据为重点，用于蛋白质组学搜索 |
| CVE | Andreas模拟 | 癌症变异探索者 |
| 周期 | 马提亚Futschik | 周期表达式模式在时间序列数据中的意义 |
| cydar | 亚伦Lun | 用质量细胞仪进行差异丰度分析 |
| CytoDx | Zicheng胡 | 无细胞门控的细胞计数数据对临床结果的可靠预测 |
| cytofast | ·斯塔姆 | 一个用于CyTOF数据的快速可视化和分析工具 |
| cytolib | 迈克·江，杰克·瓦格纳 | 用于表示门控细胞仪并与之交互的c++基础结构 |
| cytomapper | 尼尔斯·咨询 | R中高度多重成像细胞术数据的可视化 |
| CytoML | 迈克·江，杰克·瓦格纳 | 跨平台细胞检测数据共享的GatingML接口 |
| dada2 | 本杰明·卡拉汉 | 从扩增子测序数据准确、高分辨率的样本推断 |
| dagLogo | Jianhong欧 | dagLogo:一个Bioconductor包，用于基于概率论在组中可视化保守的氨基酸序列模式 |
| daMA | Jobst Landgrebe | 阶乘双色微阵列数据的高效设计与分析 |
| DAMEfinder | Stephany Orjuela | 发现DAMEs -差异等位基因甲基化区域 |
| DaMiRseq | Mattia基 | RNA-seq数据挖掘:归一化，特征选择和分类 |
| DAPAR | 撒母耳Wieczorek | 蛋白质丰度差异分析工具与R |
| 飞镖 | 郑世杰 | 基于相关网络拓扑的去噪算法 |
| DBChIP | 库恩梁 | 转录因子与ChIP-seq的差异结合 |
| dcanr | Dharmesh D. Bhuva | 微分共表达/关联网络分析 |
| dcGSA | Jiehuan太阳 | 纵向基因表达谱的距离相关基因集分析 |
| DChIPRep | 贝恩德•克劳斯 | 分析染色质修饰ChIP-Seq数据与复制 |
| ddCt | 张季涛 | 实时定量PCR (qRT-PCR)分析的ddCt算法 |
| ddPCRclust | 本尼迪克特·g·布林克 | ddPCR数据的聚类算法 |
| dearseq | 鲍里斯·p·海布卢姆 | 通过稳健方差分量检验对RNA-seq数据进行差分表达式分析 |
| debCAM | 露露陈 | 混合物的凸分析反褶积 |
| debrowser | 高山Kucukural | 交互式微分表达式分析浏览器 |
| 解读 | 埃里克·赖特 | 用于策划、分析和操纵生物序列的工具 |
| 德科 | Francisco Jose Campos Laborie | 使用Omic数据分析分解异构队列 |
| DEComplexDisease | “孟 | 一种基于双聚类分析的复杂疾病的差异表达分析和DEGs调查工具 |
| decompTumor2Sig | 罗萨里奥·m·皮罗 | 通过特征修饰将单个肿瘤分解为突变特征 |
| DeconRNASeq | Ting龚 | 用于mRNA-Seq数据的异构组织样本反褶积 |
| decontam | 本杰明·卡拉汉 | 在标记基因和宏基因组测序数据中识别污染物 |
| DEDS | 肖渊源 | 微阵列数据的距离汇总差分表达式 |
| 位深蓝 | Felipe Albrecht, Markus List | 位深蓝 |
| deepSNV | 莫里茨Gerstung | 深度测序数据中亚克隆snv的检测。 |
| 反编排 | Andrzej Oleś | 差异基因表达数据格式转换器 |
| DEGraph | 洛朗•雅各布 | 图上的两样本测试 |
| DEGreport | 曾淡水沼泽 | DEG分析报告 |
| DEGseq | Likun王 | 从RNA-seq数据中识别差异表达基因 |
| DelayedArray | Herve页面 | 用于透明地处理磁盘上和内存中类似阵列的数据集的统一框架 |
| DelayedDataFrame | 钱氏 | 使用标准的DataFrame隐喻对数据帧进行延迟操作 |
| DelayedMatrixStats | 彼得希 | 适用于'DelayedMatrix'对象的行和列的函数 |
| deltaCaptureC | 迈克尔·夏皮罗 | 这个包从3C数据中发现中尺度染色质重塑 |
| deltaGseg | 戴安娜低 | deltaGseg |
| 需求 | Jung Hoon Woo, Mariano Alvarez | 需求 |
| DeMixT | 曹少龙，杨鹏 | 使用来自RNAseq或微阵列平台的表达数据对具有两到三种成分的异构肿瘤样本进行细胞类型特异性反褶积 |
| 部 | 阿恩史密特 | 蛋白质组学数据的差异富集分析 |
| 服饰 | Jakob Theorell | 确定高维实体中集群的基本表型要素 |
| DEqMS | Yafeng朱 | 一种对定量蛋白质组数据进行差异蛋白表达统计分析的工具。 |
| derfinder | 莱昂纳多Collado-Torres | 通过DER Finder方法在碱基对分辨率下对RNA-seq数据进行注释不可知的差异表达分析 |
| derfinderHelper | 莱昂纳多Collado-Torres | Derfinder帮助包 |
| derfinderPlot | 莱昂纳多Collado-Torres | derfinder绘图函数 |
| DEScan2 | 达里奥Righelli | 差异富集扫描2 |
| DESeq | 西蒙•安德斯 | 基于负二项分布的差异基因表达分析 |
| DESeq2 | 迈克尔的爱 | 基于负二项分布的差异基因表达分析 |
| DEsingle | 逸苗 | DEsingle用于检测单细胞RNA-seq数据中的三种差异表达 |
| 命运 | 菲利普·安格勒 | 创建扩散图 |
| DEsubs | 阿里斯蒂迪斯·g·弗拉哈斯，帕诺斯·巴洛梅诺斯 | DEsubs:一个R包，用于使用RNA-seq表达实验灵活识别差异表达子通路 |
| DEWSeq | Hentze生物信息学团队 | 基于负二项分布的微分表达窗 |
| DEXSeq | 亚历杭德罗雷耶斯 | RNA-Seq中差异外显子使用的推断 |
| dexus | 京特·Klambauer | DEXUS -在未知条件下或没有重复的RNA-Seq研究中识别差异表达 |
| DFP | 罗德里戈Alvarez-Glez | 基因选择 |
| DIAlignR | Shubham古普塔 | 基于动态规划的MS2色谱图谱比对 |
| DiffBind | 罗里斯塔克 | ChIP-Seq峰值数据的差分绑定分析 |
| diffcoexp | Wenbin魏 | 微分共表达分析 |
| diffcyt | 卢卡斯·m·韦伯 | 通过高分辨率聚类的高维细胞仪鉴别发现 |
| diffGeneAnalysis | Choudary Jagarlamudi | 执行差异基因表达分析 |
| diffHic | 亚伦Lun | Hi-C数据的微分分析 |
| DiffLogo | •Treutler | DiffLogo:生物低聚物基序的比较可视化 |
| diffloop | 迦勒Lareau | 从染色质拓扑数据识别差异DNA环 |
| diffuStats | 塞吉奥Picart-Armada | 生物网络上的扩散分数 |
| diggit | 马里亚诺·J·阿尔瓦雷斯 | 遗传变异驱动细胞表型的推断 |
| 导演 | 凯瑟琳Icay | 多层次数据的动态可视化工具 |
| DirichletMultinomial | 马丁•摩根 | 微生物组数据的dirichlet -多项式混合模型机器学习 |
| 不和谐的 | 夏洛特Siska | 不协调法:微分相关的一种新方法 |
| DiscoRhythm | 马修·卡卢奇 | 在生物数据中发现节律性的交互式工作流 |
| 截然不同的 | 西蒙Tiberi | Distinct:一种通过层次排列测试进行差异分析的方法 |
| dittoSeq | 丹尼尔Bunis | 用户友好的单细胞和批量RNA测序可视化 |
| 散度 | Wikum Dinalankara, Luigi Marchionni | 差异:通过与基线的差异来评估组学数据的功能 |
| dk | Jeffrey T. Leek | 用于评估多种测试程序的双Kolmogorov-Smirnov包。 |
| DMCFB | Farhad Shokoohi | 基于贝叶斯功能方法的差异甲基化胞嘧啶 |
| DMCHMM | Farhad Shokoohi | 基于隐马尔可夫模型的差异甲基化CpG |
| DMRcaller | 尼古拉·拉杜·扎贝特 | 差异甲基化区域调用者 |
| DMRcate | Tim Peters | 甲基化阵列和测序空间分析方法 |
| DMRforPairs | 马丁Rijlaarsdam | DMRforPairs:使用基于甲基化轮廓的阵列识别独特样品之间的差异甲基化区域 |
| DMRScan | 克里斯蒂安·M·佩奇 | 差异甲基化区域的检测 |
| dmrseq | 基冈Korthauer | 亚硫酸氢盐全基因组测序中差异甲基化区域的检测和推断 |
| DNABarcodeCompatibility | 席琳Trebeau | 下一代测序平台上用于多路复用实验的DNA条形码组合优化工具 |
| DNABarcodes | Tilo Buschmann | 用于创建和分析用于下一代测序多路复用实验的DNA条形码的工具 |
| DNAcopy | Venkatraman E. Seshan | DNA拷贝数数据分析 |
| DNAshapeR | Tsu-Pei赵 | DNA形状特征的高通量预测 |
| DominoEffect | Marija Buljan, Peter Blattmann | 蛋白质热点残基的鉴定与注释 |
| doppelgangR | 李维沃尔德伦 | 从基因组或元数据中识别可能的重复样本 |
| Doscheda | 布鲁诺Contrino | 下游化学蛋白质组学分析管道 |
| 剂量 | Guangchuang余 | 疾病本体语义与丰富分析 |
| 定量给料器 | ake.vastermark | 定量给料器 |
| dpeak | 东峻涌 | dPeak (ChIP-seq分析中峰的反褶积) |
| drawProteins | 保罗•布伦南 | 从Uniprot API输出中绘制蛋白质示意图的包 |
| DRIMSeq | 马格达雷娜Nowicka | RNA-seq中dirichlet多项模型的差异转录本使用和tuQTL分析 |
| DriverNet | Jiarui叮 | 驱动网络:揭示调节癌症转录网络的体细胞驱动突变 |
| DropletUtils | 亚伦Lun | 处理单细胞液滴数据的实用程序 |
| DrugVsDisease | j。Saez-Rodriguez | 利用基因集富集分析比较疾病和药物概况 |
| DSS | 吴浩，冯浩 | 测序数据的离散度收缩 |
| DTA | Bjoern Schwalb | 动态转录组分析 |
| dualKS | Eric J. Kort，杨雅荣 | 双KS判别分析与分类 |
| 沙丘 | Hector Roux de Bezieux | 提高单细胞RNA-Seq细胞类型发现的可复制性 |
| DupChecker | “Quanhu盛” | 在元分析中检查高通量基因组数据冗余的包 |
| dupRadar | Sergi Sayols, Holger Klein | RNA-Seq数据集重复率的评估 |
| dyebias | 菲利普Lijnzaad | 修正滑动依赖基因特异性染料偏倚的GASSCO方法 |
| DynDoc | 生物导体包维护者 | 动态文档工具 |
| EasyqpcR | Le Pape Sylvain | EasyqpcR用于低通量实时定量PCR数据分析 |
| easyreporting | 达里奥Righelli | 帮助创建报告，以改进可复制计算研究 |
| easyRNASeq | 尼古拉斯Delhomme | RNA-Seq数据计数汇总和归一化 |
| EBarrays | 明元 | 同时进行基因聚类和差异表达识别的统一方法 |
| EBcoexpress | 约翰·a·道森 | 微分共表达分析的EBcoexpress |
| EBImage | Andrzej Oleś | 图像处理和分析工具箱R |
| EBSEA | 阿尔发Mehmood | 基于外显子的基因表达分析策略 |
| EBSeq | 宁愣了 | 用于RNA-seq数据的基因和异构体差异表达分析的R包 |
| EBSeqHMM | 宁愣了 | 在有序RNA-seq实验中识别基因或异构体表达变化的贝叶斯分析 |
| ecolitk | Laurent Gautier | 大肠杆菌的元数据和工具 |
| EDASeq | 大卫。Risso | RNA-Seq的探索性数据分析和归一化 |
| 埃达 | Chia Kuan Hui Burton, Niranjan Nagarajan | 差异丰度分析的实验设计 |
| 边缘 | 约翰·d·斯托里，安德鲁·j·巴斯 | 差异基因表达的提取 |
| 刨边机 | 陈云顺，戈登·史密斯，艾伦·伦，马克·罗宾逊 | R .数字基因表达数据的实证分析 |
| eegc | 小袁周 | 基因分类工程评价(eegc) |
| 天哪 | 莎拉Ballouz | 通过关联和程度扩大罪恶感 |
| EGSEA | 妈Alhamdoosh | 基因集富集分析集成 |
| eiR | 托马斯Girke | 加速小分子相似性搜索 |
| eisa | 伽柏Csardi | 通过迭代签名算法进行表达式数据分析 |
| eisaR | 迈克尔·施 | 外显子-内含子分裂分析(EISA) |
| 肘 | Graham Alvare，张湘丽 | 肘关节-通过lOgit方法评估折叠变化 |
| 埃尔默 | Tiago Chedraoui Silva | 利用癌症甲基化组推断调控元件格局和转录因子网络 |
| EMDomics | Sadhika Malladi和Daniel Schmolze | 基因组学数据差分分析的地球移动距离 |
| EmpiricalBrownsMethod | 大卫·吉布斯 | 使用布朗的方法组合来自相关测试的p值 |
| ENCODExplorer | 查尔斯·乔利·博帕朗 | ENCODE元数据的编译 |
| EnhancedVolcano | 凯文Blighe | 准备出版的火山图，增强了颜色和标签 |
| EnMCB | 鑫昱 | 使用集成模型基于甲基化相关块预测疾病进展 |
| ENmix | Zongli徐 | Illumina HumanMethylation450和MethylationEPIC BeadChip的数据预处理和质量控制 |
| EnrichedHeatmap | Zuguang顾 | 制作丰富的热图 |
| EnrichmentBrowser | 路德维希Geistlinger | 基于集的和基于网络的丰富分析相结合的无缝导航 |
| enrichplot | Guangchuang余 | 功能丰富结果的可视化 |
| enrichTF | 郑魏 | 转录因子富集分析 |
| ensembldb | 约翰内斯Rainer | 用于创建和使用基于ensemble的注释数据库的实用程序 |
| ensemblVEP | 生物导体包维护者 | 集成变异效应预测器的R接口 |
| ENVISIONQuery | 亚历克斯·利索维奇，罗杰·戴 | 从ENVISION生物信息学数据门户检索到R |
| EpiDISH | 郑世杰 | 样本内异质性的表观遗传学解剖 |
| epigenomix | 汉斯克莱因 | 表观遗传和基因转录数据的归一化和混合模型的集成 |
| epihet | 晓文陈 | 从亚硫酸氢盐测序数据确定表观遗传异质性 |
| epiNEM | 马丁Pirkl | epiNEM |
| EpiTxDb | 菲利克斯·恩斯特 | 使用AnnotationDbi接口存储和访问外延脚本组信息 |
| epivizr | 赫克托·科拉达·布拉沃 | R epviz web应用程序的接口 |
| epivizrChart | 赫克托·科拉达·布拉沃 | R接口到epiviz web组件 |
| epivizrData | 赫克托·科拉达·布拉沃 | 数据管理API的epiviz交互可视化应用程序 |
| epivizrServer | 赫克托·科拉达·布拉沃 | 用于epivizr应用程序和包的WebSocket服务器基础设施 |
| epivizrStandalone | 赫克托·科拉达·布拉沃 | 在R中运行Epiviz交互式基因组数据可视化应用程序 |
| erccdashboard | 莎拉·芒罗 | 用ERCC对照评估差异基因表达实验 |
| erma | VJ凯里 | 表观基因组冒险路线图 |
| ERSSA | Zixuan邵 | 经验RNA-seq样本量分析 |
| esATAC | 郑魏 | 易于使用的ATACseq数据分析系统管道 |
| esetVis | 罗兰Cougnaud | expressionSet Bioconductor对象的可视化 |
| eudysbiome | 小袁周 | 16S微生物资料的笛卡儿图及偶然性检验 |
| evaluomeR | José安东尼奥Bernabé-Díaz | 生物信息学指标评价 |
| EventPointer | 胡安·巴勃罗·罗梅罗 | 使用结阵列和RNA-Seq数据有效识别可选剪接事件 |
| ExCluster | 马修·坦纳 | ExCluster可以在两种条件的RNA-seq数据中检测差异表达的外显子，每个条件至少需要两个独立的生物重复 |
| ExiMiR | Sylvain Gubian | R函数用于Exiqon miRNA阵列数据的归一化 |
| exomeCopy | 迈克尔的爱 | 从外显子组测序读取深度检测拷贝数变异 |
| exomePeak2 | 魏甄 | 偏差感知的MeRIP-Seq峰值调用和量化 |
| ExperimentHub | 生物导体包维护者 | 客户端访问ExperimentHub资源 |
| ExperimentHubData | 生物导体包维护者 | 向ExperimentHub添加资源 |
| explorase | 迈克尔•劳伦斯 | 用于系统生物学数据的探索性数据分析的GUI |
| ExploreModelMatrix | 夏洛特Soneson | 设计矩阵的图形探索 |
| ExpressionAtlas | 哈姆·默罕默德 | 从EMBL-EBI Expression Atlas下载数据集 |
| ExpressionView | 伽柏Csardi | 可视化在基因表达数据中识别的双簇 |
| fabia。 | Andreas Mitterecker | FABIA:双簇采集的因子分析 |
| factDesign | 丹尼斯Scholtens | 析因设计微阵列实验分析 |
| FamAgg | 约翰内斯Rainer | 谱系分析与家族聚集 |
| 农场 | Djork-Arne Clevert | 农场-因子分析稳健的微阵列总结 |
| fastLiquidAssociation | 蒂娜甘德森 | 功能的全基因组应用液体协会 |
| FastqCleaner | 莱安德罗拱形门 | FASTQ文件质量控制、过滤和裁剪的闪亮应用 |
| fastseg | 京特·Klambauer | Fastseg -一种快速分割算法 |
| FCBF | 蒂亚戈Lubiana | 基于快速相关的特征选择滤波器 |
| fCCAC | 佩德罗情歌 | 功能典型相关分析用于评估核酸测序数据集之间的协方差 |
| fCI | Shaojun唐 | 转录组学和蛋白质组学差异表达分析的f-发散截断指数 |
| fcoex | 蒂亚戈Lubiana | 基于fcbf的单细胞共表达网络 |
| fcScan | Pierre Khoueiry Abdallah El-Kurdi | fsccan用于检测用户定义选项的坐标集群 |
| fdrame | 有效率切尼克斯贝格 | 微阵列实验FDR调整(FDR- ame) |
| 小伙子 | 塞吉奥Picart-Armada | 代谢组学数据的解释和丰富 |
| 有限元法 | 甄杨 | 功能表观遗传模块的鉴定 |
| ffpe | 李维沃尔德伦 | FFPE芯片表达数据的质量评估与控制 |
| FGNet | 莎拉Aibar | 功能基因网络来源于生物富集分析 |
| fgsea | Alexey Sergushichev | 快速基因集富集分析 |
| FindMyFriends | Thomas Lin Pedersen | 微生物比较基因组学研究 |
| FISHalyseR | Karesh Arunakirinathan, Andreas Heindl | FISHalyseR是一个用于自动FISH量化的包 |
| 鱼池 | 迈克尔的爱 | 鱼塘:差异转录和基因表达推理复制 |
| FitHiC | Ruyu谭 | 染色体内接触图的置信度估计 |
| flagme | 马克·罗宾逊，里卡多·罗莫利 | 代谢组学GC/MS数据分析 |
| flowAI | 詹尼·摩纳哥 | 流式细胞仪数据自动交互式质量控制 |
| flowBeads | 尼古拉·Pontikos | flowBeads:流珠数据分析 |
| flowBin | 基兰奥尼尔 | 结合多管流式细胞术数据 |
| flowcatchR | 费德里科•马里尼 | 分析体内显微镜成像数据的工具集中在跟踪流动的血细胞 |
| flowCHIC | 作者:约阿希姆·舒曼 | 利用直方图信息分析流式细胞术数据 |
| flowCL | 贾斯汀Meskas | 流式细胞术细胞群的语义标记 |
| flowClean | 腌鱼Fletez-Brant | flowClean |
| flowClust | 格雷格·菲纳克，迈克·江，杰克·瓦格纳 | 流式细胞术的聚类 |
| flowCore | 迈克·江，杰克·瓦格纳 | flowCore:流式细胞仪数据的基本结构 |
| flowCyBar | 约阿希姆舒曼 | 利用门信息分析流式细胞术数据 |
| flowDensity | Mehrnoush马列 | 序贯流式细胞术数据门控 |
| flowFit | 大卫。Rambaldi | 估计细胞跟踪染料研究中的增殖 |
| flowFP | 草Holyst | 流式细胞术指纹图谱 |
| flowMap | 萧卓文 | 在流式细胞术数据中绘制细胞群，使用Friedman-Rafsky测试进行交叉样本比较 |
| flowMatch | Ariful Azad | 流式细胞术的匹配和元聚类 |
| flowMeans | 尼玛Aghaeepour | 非参数流式细胞术数据门控 |
| flowMerge | 格雷格Finak | 流式细胞术数据的聚类合并 |
| flowPeaks | Yongchao通用电气 | 用于流数据聚类的R包 |
| flowPloidy | 泰勒史密斯 | 分析流式细胞仪数据，确定样品倍性 |
| flowPlots | n .霍金斯 | flowPlots:门控流式细胞术数据的分析图和数据类 |
| FlowRepositoryR | 约瑟夫Spidlen | FlowRepository R接口 |
| FlowSOM | 苏菲·范·加森 | 使用自组织图进行细胞术数据的可视化和解释 |
| flowSpecs | Jakob Theorell | 高维细胞术数据处理工具 |
| flowSpy | 个戴 | 流式和大规模细胞术数据工具箱 |
| flowStats | 格雷格·菲纳克，迈克·江，杰克·瓦格纳 | 流式细胞术数据分析的统计学方法 |
| flowTime | 克雷·赖特 | 生物动力系统的流式细胞仪注释与分析 |
| flowTrans | 格雷格Finak | 流式细胞术数据转换的参数优化 |
| flowType | 尼玛Aghaeepour | 流式细胞仪表型分析 |
| flowUtils | 约瑟夫Spidlen | 流式细胞仪实用程序 |
| flowViz | 迈克·江，杰克·瓦格纳 | 流式细胞术可视化 |
| flowVS | Ariful Azad | 流式细胞仪(和微阵列)的方差稳定 |
| flowWorkspace | 格雷格·菲纳克，迈克·江，杰克·瓦格纳 | 表示门控和非门控细胞术数据集并与之交互的基础设施。 |
| fmcsR | 托马斯Girke | 错配容忍度最大公共子结构搜索 |
| focalCall | 奥斯卡Krijgsman | DNA拷贝数数据中焦点畸变的检测 |
| FoldGO | 丹尼尔Wiebe | 特定折叠GO术语识别包 |
| FourCSeq | 迈克•史密斯 | 封装分析4C测序数据 |
| 弗雷泽 | 基督教莫特 | 在RNA-Seq数据中找到罕见的剪接事件 |
| frenchFISH | 亚当•伯曼 | 从组织切片的FISH图像量化DNA拷贝数的泊松模型 |
| FRGEpistasis | Futao张 | 数量性状的功能回归分析 |
| frma | 马修·n·麦高 | 冷冻RMA和条形码 |
| frmaTools | 马修·n·麦高 | 冻结RMA工具 |
| FunChIP | 爱丽丝Parodi | 基于形状的ChIP-Seq峰的聚类和对齐 |
| FunciSNP | 西蒙·g·库切 | 整合功能性非编码数据集与遗传关联研究以识别候选调控snp |
| funtooNorm | 凯瑟琳·克莱因 | Infinium HumanMethylation450珠片试剂盒的归一化程序 |
| GA4GHclient | Welliton Souza | 用于访问GA4GH API数据服务器的Bioconductor包 |
| GA4GHshiny | Welliton Souza | 与基于ga4gh的数据服务器交互的闪亮应用程序 |
| gaga | 大卫Rossell | 用于高通量数据分析的GaGa层次模型 |
| 计 | Weijun罗 | 途径分析的一般适用基因集富集 |
| 群 | 克里斯托弗·裸 | R和Gaggle之间的广播数据 |
| 盖亚 | 美国摩根氏菌属 | GAIA:用于显著染色体畸变的基因组分析的R包。 |
| GAPGOM | 卡斯帕·范·穆里克 | GAPGOM(新的基因注释预测和其他GO指标) |
| GAprediction | 乔恩·波林 | 利用Illumina HumanMethylation450数据预测胎龄 |
| 加菲尔德 | 瓦伦蒂娜Iotchkova | 用LD校正的调控或功能信息富集的GWAS分析 |
| 空对空导弹 | Mattia基 | GARS:用于在高维和具有挑战性的数据集中识别变量的鲁棒子集的遗传算法 |
| GateFinder | 尼玛Aghaeepour | 基于投影的流式和大规模细胞检测门控策略优化 |
| gcapc | Mingxiang腾 | GC支持的峰值调用者 |
| gcatest | 魏昊，约翰·d·斯托里 | 基因型条件关联检验 |
| gCMAP | 托马斯Sandmann | 用于连接图类分析的工具 |
| gCMAPWeb | 托马斯Sandmann | 一个用于基因集富集分析的web界面 |
| gCrisprTools | 罗素贝恩 | 集合Crispr筛选QC和分析的功能套件 |
| gcrma | z吴 | 利用序列信息进行背景调整 |
| GCSConnection | Jiefei王 | 使用谷歌云存储创建R连接 |
| GCSscore | 盖伊·m·哈里斯 | GCSscore:用于Affymetrix/Thermo Fisher阵列微阵列分析的R包 |
| GDCRNATools | 李瑞东，曲汉 | GDCRNATools:用于GDC中lncRNA、mRNA和miRNA数据综合分析的R/Bioconductor包 |
| GDSArray | 钱氏 | 将GDS文件表示为类数组对象 |
| gdsfmt | Xiuwen郑 | CoreArray基因组数据结构(GDS)文件的R接口 |
| geecc | 马库斯Boenn | 基因集富集分析扩展到权数立方 |
| 宝石 | 香港锅 | 基因、环境和甲基化相互作用的快速关联研究 |
| 双子座 | Sidharth耆那教徒的 | GEMINI:从成对CRISPR屏幕推断遗传相互作用的变分推理方法 |
| genArise | 国际金融公司发展小组 | 微阵列分析工具 |
| genbankr | 盖伯瑞尔贝克 | 将GenBank文件解析为语义上有用的对象 |
| GeneAccord | 阿丽亚娜·l·摩尔 | 在癌症患者队列中检测克隆专属基因或途径对 |
| GeneAnswers | 黄磊，冯刚 | 基因的综合解释 |
| geneAttribution | 亚瑟香肠 | 与遗传变异相关的候选基因鉴定 |
| GeneBreak | 埃弗特·范·登·布鲁克 | 基因断裂检测 |
| geneClassifiers | R柯伊伯 | 基因分类器的应用 |
| GeneExpressionSignature | 曹阳，李飞，鹿晗 | 基于相似性度量的基因表达特征 |
| genefilter | 生物导体包维护者 | 基因过滤器:从高通量实验中过滤基因的方法 |
| genefu | 本杰明Haibe-Kains | 乳腺癌基因表达特征的计算 |
| GeneGA | 振鹏李 | 基于mRNA二级结构和密码子使用偏倚的遗传算法设计基因 |
| GeneGeneInteR | Mathieu Emily Magalie Houee-Bigot | 在基因水平测试基因-基因相互作用的工具 |
| GeneMeta | 生物导体包维护者 | 高通量实验的元分析 |
| GeneNetworkBuilder | Jianhong欧 | GeneNetworkBuilder:使用ChIP-chip/ChIP-seq数据和基因表达数据构建调控网络的生物导体包 |
| GeneOverlap | 李申，西奈山 | 测试和可视化基因重叠 |
| geneplast | 毛罗·卡斯特罗 | 同源群的进化和可塑性分析 |
| geneplotter | 生物导体包维护者 | 与Bioconductor图形相关的功能 |
| geneRecommender | 格雷格已经 | 一种基因推荐算法，用于识别与查询集基因共表达的基因 |
| GeneRegionScan | Lasse Folkersen | GeneRegionScan |
| geneRxCluster | 查尔斯·贝瑞 | gRx微分聚类 |
| GeneSelectMMD | Weiliang邱 | 基于三分量多元分布混合特征的基因谱边缘分布的基因选择 |
| 《创世纪》 | Stephanie M. Gogarten | 结构化样本中的遗传估计和推断(GENESIS):用于分析来自具有群体结构和/或相关性的样本的遗传数据的统计方法 |
| GeneStructureTools | 贝丝信号 | 剪接基因结构操作与分析工具 |
| geNetClassifier | 莎拉Aibar | 利用基因表达谱对疾病进行分类并建立相关基因网络 |
| GeneticsDesign | R遗传学项目 | 设计遗传学研究的功能 |
| GeneticsPed | 大卫·亨德森 | 谱系和遗传关系功能 |
| GeneTonic | 费德里科•马里尼 | 喜欢分析和整合微分表达式分析和功能丰富分析的结果 |
| geneXtendeR | 波丹Khomtchouk | 优化的ChIP-seq数据功能注释 |
| GENIE3 | Van Anh Huynh-Thu | 树集合的基因网络推理 |
| genoCN | 魏太阳 | 基因分型和拷贝数研究工具 |
| GenoGAM | Georg斯特里克 | 基于GAM的ChIP-Seq数据分析框架 |
| genomation | Altuna Akalin, Vedran Franke, Katarzyna Wreczycka | 基因组数据汇总、注释和可视化 |
| GenomeInfoDb | 生物导体包维护者 | 用于操作染色体名称的实用程序，包括修改它们以遵循特定的命名风格 |
| genomeIntervals | 朱利安Gagneur | 基因组区间操作 |
| 基因组 | 克里斯Stubben | 基因组测序项目元数据 |
| GenomicAlignments | 生物导体包维护者 | 短基因组排列的表示和操作 |
| GenomicDataCommons | 肖恩·戴维斯 | NIH / NCI基因组数据共享访问 |
| GenomicFeatures | 生物导体包维护者 | 方便导入和查询基因模型 |
| GenomicFiles | 生物导体包维护者 | 按文件或范围的分布式计算 |
| GenomicInteractions | 莉斯Ing-Simmons | 处理基因组相互作用数据的实用程序 |
| GenomicOZone | 钟华，宋明洲 | 描绘差异基因活性的突出基因组区 |
| GenomicRanges | 生物导体包维护者 | 基因组间隔的表示和操作 |
| GenomicScores | 罗伯特Castelo | 用于全基因组位置特定评分的基础设施 |
| GenomicTuples | 彼得希 | 基因组元组的表示与操作 |
| Genominator | 布拉德 | 分析、管理和存储基因组数据 |
| genoset | 彼得·m·哈弗蒂 | 拷贝数分析方法的范围总结实验 |
| genotypeeval | 詹妮弗·汤姆 | gVCF或VCF文件的QA/QC |
| genphen | 单Kitanovski | 在全基因组关联研究(GWAS)中，用贝叶斯推断和统计学习量化基因型和表型之间的关联的工具 |
| GenRank | Chakravarthi Kanduri | 基于收敛证据的候选基因优先级排序 |
| GenVisR | 圣扎迦利斯基德莫尔 | 基因组可视化R |
| GEOmetadb | 杰克朱 | 来自NCBI GEO的元数据汇编 |
| GEOquery | 肖恩·戴维斯 | 从NCBI基因表达Omnibus (GEO)获取数据 |
| GEOsubmission | 亚历山大·库恩 | 准备提交给GEO的微阵列数据 |
| gep2pep | 弗朗西斯科·纳波利塔诺 | 途径表达谱(PEPs)的创建与分析 |
| gespeR | 费边Schmich | 基因特异性表型估计器 |
| GEWIST | 邓伟强 | 基因环境宽互作搜索阈值 |
| GGBase | VJ凯里 | GGBase基础设施为遗传学基因表达包GGtools |
| ggbio | 迈克尔•劳伦斯 | 基因组数据的可视化工具 |
| ggcyto | 迈克·江，杰克·瓦格纳 | 用ggplot可视化细胞计数数据 |
| GGPA | 东峻涌 | graph-GPA:为GWAS结果排序和研究多向架构的图形模型 |
| GGtools | VJ凯里 | 基因表达遗传学分析软件和数据 |
| ggtree | Guangchuang余 | 一个用于树和注释数据可视化的R包 |
| GIGSEA | 家朱 | 基因型估算基因集富集分析 |
| girafe | j . Toedling | 用于功能探索的基因组间隔和读取比对 |
| GISPA | 巴克提已经受理 | GISPA:基因集成集剖面分析方法 |
| 很高兴 | 菲利普Hupe | DNA得失分析 |
| GladiaTOX | PMP S.A. R支持 | 用于处理高含量筛选数据的R包 |
| Glimma | Shian苏 | 交互式HTML图形 |
| glmGamPoi | 江诗丹顿Ahlmann-Eltze | 拟合γ -泊松广义线性模型 |
| glmSparseNet | 安德烈Verissimo | 弹性网络正则化模型的网络中心度度量 |
| GlobalAncova | 曼胡默尔 | 通过模型比较对变量组进行全局测试 |
| globalSeq | 阿明罗森伯格 | 全球计数测验 |
| globaltest | Jelle Goeman | 与响应变量相关的协变量/特征的测试组，与基因集测试的应用 |
| gmapR | 迈克尔•劳伦斯 | GMAP/GSNAP/GSTRUCT套件的R接口 |
| GmicR | 理查德Virgen-Slane | 结合WGCNA和xCell读数与贝叶斯网络学习，生成基因模块免疫细胞网络(GMIC) |
| gmoviz | 凯萨琳Zeglinski | 转基因生物和编辑细胞系中复杂基因组变异的无缝可视化 |
| GMRP | Yuan-De谭 | 基于gwas的孟德尔随机化和路径分析 |
| GNET2 | 陈陈 | 通过功能模块推理从表达数据构建基因调控网络 |
| GOexpress | 凯文Rue-Albrecht | 使用基因本体注释可视化微阵列和RNAseq数据 |
| GOfuncR | 施特菲·格罗特 | 利用FUNC富集基因本体 |
| GOFunction | 王静 | GO-function:从统计上显著的函数中推导出生物学上相关的函数 |
| 还装有 | 莉迪亚Chrabaszcz | 为人类基因组找到最具特征的基因本体术语 |
| goProfiles | 亚历克斯·桑切斯 | goProfiles:一个用于功能配置文件统计分析的R包 |
| GOSemSim | Guangchuang余 | 语义相似性度量 |
| goseq | 马修·杨，纳迪亚·戴维森 | 用于RNA-seq和其他长度偏倚数据的基因本体分析器 |
| GOSim | Holger Froehlich | GO术语与基因产物功能相似性的计算氧化石墨烯富集分析 |
| goSTAG | 布莱恩·d·贝内特 | 一个工具，使用GO子树标记和注释基因在一个集合 |
| GOstats | 生物导体包维护者 | 用于操作GO和微阵列的工具 |
| GOsummaries | Raivo Kolde | GO富集分析的词云摘要 |
| 哥特 | Borbala Mifsud | Hi-C数据分析的二项式检验 |
| goTools | 艾格尼丝Paquet | 基因本体数据库功能 |
| 平均绩点 | 东峻涌 | GPA (Genetic analysis in Pleiotropy and Annotation) |
| gpart软件 | 金善亚 | 通过识别单倍型块对高密度测序数据进行人类基因组划分 |
| gpl | 生物导体包维护者 | 广义偏最小二乘分类 |
| gprege | 阿尔弗雷多Kalaitzis | 基因表达时间序列的高斯过程排序与估计 |
| gpuMagic | Jiefei王 | 一个openCL编译器，能够编译R函数并在GPU上运行代码 |
| gQTLBase | VJ凯里 | gQTLBase:用于eQTL、mQTL和类似研究的基础设施 |
| gQTLstats | VJ凯里 | gQTLstats: eQTL和相关研究的计算效率分析 |
| gramm4R | Tianlu陈 | 代谢组与微生物组的广义相关分析及模型构建策略 |
| 葡萄 | 布丽塔一起创造Velten | 自适应惩罚在高维回归和分类与外部协变量使用变分贝叶斯 |
| 图 | 生物导体包维护者 | graph:处理图数据结构的包 |
| GraphAlignment | 约翰·p·迈耶 | GraphAlignment |
| GraphAT | 托马斯LaFramboise | 图论关联测验 |
| 石墨 | Gabriele销售 | 路径拓扑环境的相互作用 |
| GraphPAC | 格里高利Ryslik | 用图理论方法鉴定蛋白质突变簇。 |
| GRENITS | 爱德华·莫 | 使用时间序列的基因调控网络推理 |
| GreyListChIP | 英国首相戈登•布朗(Gordon Brown) | 灰色列表——基于芯片输入的掩码人工制品区域 |
| GRmetrics | 尼古拉斯·克拉克，马里奥·梅德弗德维奇 | 计算生长速率抑制(GR)指标 |
| groHMM | 阿努莎·纳加里，图利普·南都，w·李·克劳斯 | GRO-seq分析管道 |
| GRridge | Mark A. van de Wiel | 利用协同数据更好的预测:自适应组正则化岭回归 |
| GSALightning | 比利香永昌 | 基于排列的快速基因集分析 |
| GSAR | Yasir Rahmatallah, Galina Glazko | 基因集分析 |
| GSCA | 志诚记 | GSCA:基因集上下文分析 |
| gscreend | 凯瑟琳Imkeller | 汇总基因筛选分析 |
| GSEABase | 生物导体包维护者 | 基因集富集数据结构与方法 |
| GSEABenchmarkeR | 路德维希Geistlinger | 可重复的GSEA基准测试 |
| GSEAlm | 艾瑟夫巴德或者 | 基因集富集分析的线性模型工具集 |
| gsean | Dongmin荣格 | 网络基因集富集分析 |
| GSReg | Bahman Afsari, Elana J. Fertig | 基因集调控(GS-Reg) |
| GSRI | 朱利安格林 | 基因集调控指数 |
| GSVA | 贾斯汀Guinney | 微阵列和RNA-seq数据的基因集变异分析 |
| gtrellis | Zuguang顾 | 基因组级网格布局 |
| GUIDEseq | 朱丽华朱丽华 | GUIDE-seq分析管道 |
| 吉他 | 贾孟 | 吉他 |
| Gviz | 罗伯特Ivanek | 沿着基因组坐标绘制数据和注释信息 |
| gwascat | VJ凯里 | 在EMBL-EBI GWAS目录中表示和建模数据 |
| GWASTools | Stephanie M. Gogarten | 全基因组关联研究工具 |
| gwasurvivr | 阿巴斯Rizvi | gwasurvivr:用于全基因组生存分析的R包 |
| h5vc | 保罗·西奥多·派尔 | 使用hdf5后端管理对齐计数 |
| hapFabia | Andreas Mitterecker | hapFabia:在大量测序数据中以罕见变异为特征的非常短的遗传片段鉴定(IBD) |
| 哈曼 | 杰森·罗斯 | 使用PCA和基于约束优化的技术从数据集中去除批处理效应 |
| Harshlight | 莫里吉奥Pellegrino | 一种微阵列芯片的“校正化妆”程序 |
| HCABrowser | 生物导体包维护者 | 浏览人类细胞图谱数据门户 |
| HCAExplorer | 生物导体包维护者 | 浏览人类细胞图谱数据门户 |
| HDF5Array | Herve页面 | DelayedArray对象的HDF5后端 |
| HDTD | Anestis Touloumis | 高维转置数据中均值矩阵和协方差矩阵的统计推断 |
| 的热图 | 马尔科姆·佩里 | 功能基因组学和序列特征的灵活热图 |
| Heatplus | 亚历山大plone ( | 带有行和/或列协变量和彩色簇的热图 |
| HelloRanges | 迈克尔•劳伦斯 | 向床具用户介绍*Ranges |
| 帮助 | 里德·f·汤普森 | 帮助数据分析工具 |
| 哼哼 | HyungJun曹 | 多条件下差异表达基因鉴别的异构误差模型 |
| hiAnnotator | 尼拉夫V马拉尼 | 注释GRanges对象的函数 |
| HIBAG | Xiuwen郑 | HLA基因型植入与属性套袋 |
| HiCBricks | Koustav朋友 | 通过HDF文件存储和访问Hi-C数据的框架 |
| HiCcompare | 约翰·斯坦斯菲尔德 | HiCcompare:多个Hi-C数据集的联合归一化和比较分析 |
| hicrep | 杨涛 | 测量Hi-C数据的再现性 |
| hierGWAS | 劳拉Buzdugan | 评估预见性GWA研究的统计显著性 |
| hierinf | 克劳德Renaux | 分层推理 |
| HilbertCurve | Zuguang顾 | 制作二维希尔伯特曲线 |
| HilbertVis | 西蒙•安德斯 | 希尔伯特曲线可视化 |
| HilbertVisGUI | 西蒙•安德斯 | HilbertVisGUI |
| 希尔达 | 杨直 | 利用分层潜狄利克雷分配对突变特征的突变暴露进行统计推断 |
| hipathia | 玛尔塔·r·伊达尔戈 | HiPathia:高通量通路分析 |
| 河马 | Kim Tae | 异构诱导预处理工具 |
| hiReadsProcessor | 尼拉夫V马拉尼 | 从454/Illumina数据中处理LM-PCR reads的函数 |
| HIREewas | 象屿罗 | 全表观基因组关联研究中细胞类型特异性风险- cpg位点的检测 |
| HiTC | 尼古拉斯的仆人 | 高通量染色体构象捕获分析 |
| hmdbQuery | VJ凯里 | 探索人类代谢组数据库的实用程序 |
| HMMcopy | Daniel Lai, Sohrab Shah | 拷贝数预测与校正GC和HTS数据的映射偏差 |
| hopach | 凯瑟琳·s·波拉德 | 分层有序分区和折叠混合(HOPACH) |
| HPAanalyze | 安一行 | 检索和分析人类蛋白质图谱的数据 |
| hpar | 劳伦特与 | 人类蛋白质图谱 |
| HTqPCR | 海蒂Dvinge | 自动分析高通量qPCR数据 |
| HTSeqGenie | 延斯•里德 | 一个NGS分析管道。 |
| HTSFilter | 安德里亚·劳 | 筛选复制的高通量转录组测序数据 |
| HumanTranscriptomeCompendium | VJ凯里 | 使用181000个人类转录组测序研究纲要的工具 |
| HybridMTest | Demba Fofana | 混合多重测试 |
| 超 | 安东尼费德里科• | 超浓缩 |
| hyperdraw | 保罗马雷尔 | 可视化Hypergaphs |
| 超图 | 生物导体包维护者 | 提供超图数据结构的包 |
| iASeq | 迎迎魏 | iASeq:整合多个测序数据集，用于检测等位基因特异性事件 |
| iasva | 李东亨，Anthony Cheng | 迭代调整代理变量分析 |
| iBBiG | Aedin Culhane | 基因集的迭代二元聚类 |
| ibh | Kircicegi Korkmaz | 基于相互作用的同质性评估基因列表 |
| iBMQ | 格雷格Imholte | eQTL数据的综合贝叶斯模型 |
| iCARE | 比尔·惠勒 | 一种个性化相干绝对风险估计工具(iCARE) |
| Icens | 生物导体包维护者 | 删减和截断数据的NPMLE |
| icetea | Vivek Bhardwaj | Cap富集与转录本表达分析的集成 |
| iCheck | Weiliang邱 | 用于高维Illumina mRNA表达数据的QC管道和数据分析工具 |
| iChip | Qianxing莫 | 基于隐Ising模型的芯片数据贝叶斯建模 |
| iClusterPlus | 莫千行，沈荣来 | 多类型基因组数据的整合聚类 |
| iCNV | 子路(周 | 集成拷贝数变化检测 |
| iCOBRA | 夏洛特Soneson | 排名与分配方法的比较与可视化 |
| 理想的 | 费德里科•马里尼 | 交互式微分表达式分析 |
| IdeoViz | 信心派 | 沿着染色体表意图绘制数据(连续/离散) |
| 染色体组型 | 卡尔·j·戴科玛 | 染色体组型 |
| IdMappingAnalysis | 亚历克斯·利索维奇，罗杰·戴 | ID映射分析 |
| IdMappingRetrieval | 亚历克斯·利索维奇，罗杰·戴 | ID映射数据检索 |
| idr2d | 康斯坦丁·Krismer | 基因组相互作用数据的不可复制发现率 |
| iGC | 梁波著王 | 基因表达和拷贝数改变的综合分析包 |
| IgGeneUsage | 单Kitanovski | 不同基因在免疫系统中的应用 |
| igvR | 保罗·香农 | igvR:整合基因组viewer |
| IHW | Nikos Ignatiadis | 独立假设加权 |
| illuminaio | 卡斯珀·丹尼尔·汉森 | 解析Illumina Microarray输出文件 |
| imageHTS | 约瑟夫·巴里 | 基于高通量显微镜的屏幕分析 |
| ima | Seonggyun汉 | 选择性剪接的多组学数据综合分析 |
| Imetagene | 奥黛丽勒马特 | 元基因包的图形界面 |
| IMMAN | Minoo阿什蒂亚尼 | 基于映射与挖掘分析的互连蛋白网络重构 |
| ImmuneSpaceR | ImmuneSpace包维护者 | 免疫空间数据库的薄包装器 |
| immunoClust | 直到Soerensen | 免疫聚类-流式细胞术中群体检测的自动化管道 |
| IMPCdata | 杰里米·梅森 | 从IMPC数据库中检索数据 |
| ImpulseDE | 吉尔·桑德，尼尔·约瑟夫 | 脉冲模型在时间序列数据中DE基因的检测 |
| ImpulseDE2 | 大卫·S·费舍尔 | 纵向计数数据集的差分表达式分析 |
| 嫁祸于 | Balasubramanian纳史木汗 | impute:微阵列数据的impute |
| 事实上 | 瑞索姆集团，左一鸣 | 生物标志物候选选择包集成差分表达和差分网络分析的交互式可视化 |
| infercnv | 克利斯朵夫Georgescu | 从单细胞RNA-Seq数据推断拷贝数变化 |
| InPAS | 欧建宏，朱丽华 | InPAS:一种生物导体包，用于使用RNA-seq数据识别新的替代聚腺苷酸位点(PAS) |
| INPower | 比尔·惠勒 | 一个R包，用于计算磁化率snp的数量 |
| 检查 | 斯特凡诺·德·普雷蒂斯，马蒂亚·弗兰 | 利用RNA-seq数据建模RNA合成、处理和降解 |
| InTAD | 康斯坦丁·Okonechnikov | 寻找TADs表观遗传信号与基因表达的相关性 |
| intansv | 温么 | 结构变异的综合分析 |
| InteractionSet | 亚伦Lun | 用于存储基因组相互作用数据的基类 |
| interactiveDisplay | 肖恩Balcome | 软件包，用于启用强大的闪亮的Bioconductor对象的web显示 |
| interactiveDisplayBase | 肖恩Balcome | 支持强大的闪亮的Bioconductor对象的web显示的基本包 |
| 感兴趣 | Ali Oghabian, Mikko Frilander | 内含子-外显子保留估计器 |
| InterMineR | InterMine团队 | R接口与intermine驱动的数据库 |
| IntramiRExploreR | Surajit巴塔查里亚 | 预测果蝇基因内miRNAs的靶点 |
| 反演 | 亚历杭德罗卡塞雷斯 | 基因型数据倒置 |
| 电离 | 迈克•史密斯 | 牛津纳米孔MinION数据的质量评估工具 |
| iPAC | 格里高利Ryslik | 蛋白质氨基酸聚类的鉴定 |
| ipdDb | 史蒂芬Klasberg | 智人IPD IMGT/HLA和IPD KIR数据库 |
| 首次公开募股 | 托马斯Riebenbauer | XCMS数据处理参数的自动化优化 |
| IPPD | 马丁Slawski | 模板匹配蛋白质质谱的同位素峰模式反褶积 |
| IRanges | 生物导体包维护者 | 生物导体中整数范围操作的基础 |
| iSEE | 夏洛特Soneson | 交互式摘要实验浏览器 |
| iSEEu | 凯文Rue-Albrecht | iSEE宇宙 |
| iSeq | Qianxing莫 | 基于隐Ising模型的ChIP-seq数据贝叶斯分层建模 |
| 等压线 | Florian P Breitwieser | 等压标记的MSMS蛋白质组学数据的分析和定量 |
| IsoCorrectoR | 基督教科勒 | 从稳定同位素标记实验中校正MS和MS/MS数据中的天然同位素丰度和示踪剂纯度 |
| IsoCorrectoRGUI | 基督教科勒 | IsoCorrectoR图形用户界面 |
| IsoformSwitchAnalyzeR | 克里斯汀Vitting-Seerup | 从短读和长读RNA-seq数据识别，注释和可视化具有功能后果的替代剪接和异构体开关。 |
| IsoGeneGUI | Setia Pramana | 对微阵列数据进行剂量反应分析的图形用户界面 |
| 伊索尔德 | Christelle雷恩 | 等位基因依赖表达的综合统计 |
| isomiRs | 曾淡水沼泽 | 分析小RNA-seq中的异构体和mirna |
| 斜体 | Guillem Rigaill | 斜体 |
| iterativeBMA | 杨嘉怡 | 迭代贝叶斯模型平均算法 |
| iterativeBMAsurv | 杨嘉怡 | 生存分析的迭代贝叶斯模型平均(BMA)算法 |
| iterClust | 经由叮 | 迭代聚类 |
| iteremoval | 嘉成栓 | 特征选择的迭代去除方法 |
| iva | Seonggyun汉 | 影响选择性剪接的遗传变异鉴定 |
| ivygapSE | VJ凯里 | 常青藤gap数据实验综述 |
| IWTomics | Marzia A Cremona | 组学数据的区间检验 |
| joda | Ewa Szczurek | 利用知识量化基因调控的JODA算法 |
| JunctionSeq | 斯蒂芬·哈特利 | JunctionSeq:用于检测RNA-Seq数据中的差异外显子和剪接结使用的实用程序 |
| karyoploteR | Bernat凝胶 | 绘制可定制的线性基因组，显示任意数据 |
| KCsmart | Jorma de Ronde | 多样本aCGH分析包使用核卷积 |
| 烤肉串 | 乌尔里希Bodenhofer | 生物序列的核分析 |
| KEGGgraph | 张季涛 | KEGGgraph: R和Bioconductor中KEGG通路的图形方法 |
| KEGGlincs | 莎娜·怀特，马里奥·麦德弗德维奇 | 可视化KEGG路径中的所有边并覆盖LINCS数据 |
| keggorthology | VJ凯里 | 图形支持KO, KEGG Orthology |
| KEGGprofile | 石林赵 | KEGG通路中多类型多组表达数据的注释和可视化包 |
| KEGGREST | 生物导体包维护者 | 客户端对KEGG的REST访问 |
| kimod | M·L·津加莱蒂 | 采用k-表方法集成多个组学数据 |
| KinSwingR | 阿什利·j·瓦登伯格 | KinSwingR:基于网络的激酶活性预测 |
| kissDE | Aurelie Siberchicot | 检索RNA-Seq数据中的条件特定变体 |
| KnowSeq | 丹尼尔Castillo-Secilla | KnowSeq R/Bioc包:超越传统的转录组学管道 |
| 花边 | 大卫。Maspero | 癌症进化的纵向分析(LACE) |
| lapmix | Yann Ruffieux | 微阵列实验中的拉普拉斯混合模型 |
| LBE | 西里尔Dalmasso | 错误发现率的估计。 |
| ldblock | VJ凯里 | 群体中连锁不平衡测量的数据结构 |
| LEA | 奥利维尔·弗朗索瓦，埃里克·弗里肖 | LEA:景观与生态关联研究的R包 |
| LedPred | Aitor冈萨雷斯 | 从DNA中学习预测增强子 |
| 莱斯 | 朱利安格林 | 识别平铺微阵列数据中的差异效应 |
| 利瓦伊 | 何塞·路易斯·雷巴奇克·菲略 | 景观表达可视化界面 |
| lfa | 魏昊，约翰·d·斯托里 | 分类数据的Logistic因子分析 |
| limma | 戈登•史密斯 | 微阵列数据的线性模型 |
| limmaGUI | 戈登•史密斯 | GUI的limma包与两种颜色微阵列 |
| 林肯 | Manuel Goepferich | lincRNAs与蛋白编码基因的共表达 |
| LineagePulse | 大卫·S·费舍尔 | 单细胞RNA-seq数据的差异表达分析和模型拟合 |
| LinkHD | 《劳拉·M·津加莱蒂》 | LinkHD:用于探索和集成异构数据的多功能框架 |
| Linnorm | 叶舜衡 | 基于线性模型和正态性的归一化和变换方法(Linnorm) |
| lionessR | Ping-Han谢长廷 | 使用LIONESS为单个样本建模网络 |
| lipidr | 艾哈迈德穆罕默德 | 脂质组学数据集的数据挖掘与分析 |
| LiquidAssociation | Yen-Yi何 | LiquidAssociation |
| lmdme | 克里斯托瓦尔弗雷斯诺 | 设计多元实验的线性模型分解 |
| LMGene | 布莱斯Durbin-Johnson | 用于基因表达阵列中差异表达基因的数据转换和鉴定的LMGene软件 |
| LOBSTAHS | 詹姆斯•柯林斯 | 用加合物层次序列筛选脂质和氧脂素生物标志物 |
| loci2path | Tianlei徐 | Loci2path:基于组织特异性表达QTLs的基因组间隔调控注释 |
| logicFS | Holger Schwender | SNP相互作用的鉴定 |
| logitT | 托拜厄斯Guennel | logit-t包 |
| Logolas | 库什戴伊 | 具有字符串标识的EDLogo图和位置权重矩阵的自适应缩放 |
| 哈哈 | 茵茵元 | 大量套索 |
| 萝拉 | 内森·谢菲尔德 | 位点重叠分析富集基因组范围 |
| LoomExperiment | 生物导体包维护者 | LoomExperiment容器 |
| LowMACA | Stefano de Pretis, Giorgio Melloni | LowMACA -通过一致性比对的低频突变分析 |
| 简述 | Nitin耆那教徒的 | 微阵列数据的局部合并误差分析方法 |
| LPEadj | 卡尔Murie | 修正局部合并误差(LPE)方法，以基于样本量的无偏调整取代渐近方差调整。 |
| lpNet | 佬司Kaderali | 网络推理的线性规划模型 |
| lpsymphony | 弗拉季斯拉夫•金 | 交响整数线性规划求解器在R |
| LRBaseDbi | 露崎引人入胜 | DBI构造lrbase相关包 |
| 光民 | Lei黄 | 用于Illumina甲基化和表达微阵列的BeadArray特定方法 |
| LVSmiRNA | 斯特凡诺Calza | Agilent miRNA数据的LVS归一化 |
| LymphoSeq | 大卫·科菲 | 分析T和B细胞受体的高通量测序 |
| M3C | 约翰克里斯多夫 | 基于蒙特卡洛引用的共识聚类 |
| M3D | 汤姆·梅奥 | 在测试组中识别不同甲基化区域 |
| M3Drop | 塔卢拉安德鲁斯 | 单细胞RNASeq中dropout的michaellis - menten模型 |
| maanova | 基思·谢泼德 | 分析微阵列实验的工具 |
| Maaslin2 | 劳伦McIver | Maaslin2 |
| macat | Joern Toedling | 微阵列染色体分析工具 |
| maCorrPlot | 亚历山大plone ( | 可视化微阵列数据中的人工相关性 |
| MACPET | Ioannis Vardaxis | 基于模型的配对端数据分析 |
| MACSQuantifyR | 拉斐尔阀盖 | 快速处理MACSQuantify FACS数据 |
| made4 | Aedin Culhane | 利用ADE4对微阵列数据进行多元分析 |
| MADSEQ | 于香港 | 基于海量并行测序数据的镶嵌非整倍体检测与定量 |
| maftools | Anand Mayakonda | 总结，分析和可视化MAF文件 |
| MAGeCKFlute | 吕张 | 聚合CRISPR功能遗传筛选的综合分析管道 |
| maigesPack | Gustavo H. Esteves | 处理cDNA微阵列数据的功能，包括数据分析的几种方法 |
| MAIT | 波尔Sola-Santos | 代谢组学数据的统计分析 |
| makecdfenv | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | CDF环境生成器 |
| 庄园 | 皮埃尔Neuvial | CGH微阵列归一化 |
| 外套 | Chris Berthiaume, Adrian Marchetti | 微生物组合归一化转录本分析 |
| MantelCorr | 布莱恩Steinmeyer | 计算壁炉架集群相关性 |
| mAPKL | 萨凯拉里欧Argiris | 基因表达数据的混合特征选择方法 |
| maPredictDSC | 阿迪·劳伦提乌·塔尔卡 | 使用微阵列数据进行表型预测:在IMPROVER诊断签名挑战中最佳整体团队的方法 |
| mapscape | 玛雅史密斯 | mapscape |
| marray | 杨怡华(Jean) | 双色斑点微阵列数据的探索性分析 |
| 马提尼 | 赫克托耳Climente-Gonzalez | GWAS合并网络 |
| 微波激射器 | Diogo F.T. Veiga | 将可选剪接事件映射到蛋白质 |
| maSigPro | 玛丽亚·何塞·努埃达 | 时间进程基因表达数据的显著基因表达谱差异 |
| maskBAD | 迈克尔Dannemann | 具有结合亲和力差异的屏蔽探针 |
| MassArray | 里德·f·汤普森 | MassArray数据分析工具 |
| massiR | 山姆Buckberry | massiR: MicroArray样本性别标识符 |
| MassSpecWavelet | 杜潘 | 基于小波算法的质谱处理 |
| 桅杆 | 安德鲁McDavid | 基于模型的单细胞转录组学分析 |
| 火柴盒 | Luigi Marchionni, Anuj Gupta | 计算、比较和绘制特征的有序向量之间的一致性的实用程序。不同的基因组实验)。该软件包包括顶部通信(CAT)分析。 |
| MatrixGenerics | 彼得希 | S4操作矩阵类对象的通用摘要统计函数 |
| MatrixRider | 埃琳娜格拉希 | 获得给定序列上结合位点矩阵的总亲和度和占用率 |
| 事 | 凯莉·a·贝米斯 | 基于文件的数据结构的快速原型化框架 |
| MaxContrastProjection | 简·萨奥尔 | 沿z维执行3D图像到2D的最大对比度投影 |
| MBAmethyl | 王涛 | 基于模型的DNA甲基化数据分析 |
| 工商管理硕士 | 奥列格Mayba | 包包含功能ASE分析使用元分析基于等位基因特异性表达检测 |
| MBCB | 杰夫•艾伦 | MBCB(基于模型的珠阵背景校正) |
| mbkmeans | 大卫。Risso | 单细胞RNA-seq的小批量K-means聚类 |
| mBPCR | P.M.V. Rancoita | 贝叶斯分段常数回归估计DNA拷贝数 |
| MBQN | 阿丽亚娜Schad | 均数/中位数平衡归一化 |
| mbt | Yuan-De谭 | 多重Beta t检验 |
| mcaGUI | 韦德·科普兰 | 微生物群落分析GUI |
| MCbiclust | 罗伯特•边沁 | 基因表达数据的海量相关双聚类及其相关方法 |
| MCRestimate | 马克•约翰内斯 | 交叉验证的错误分类误差估计 |
| mCSEA | 乔迪Martorell-Marugan | 甲基化CpGs集富集分析 |
| mdgsa | 大卫褐煤 | 多维基因集分析。 |
| mdp | 举行Nakaya | 分子扰动度(Molecular Degree of摄动)根据对照的扰动计算转录组数据样本的得分 |
| mdqc | 加芙Cohen-Freue | 微阵列的马氏距离质量控制 |
| 联合化疗 | 杰克M . .傅 | 靶向测序三组中从头缺失的检测 |
| 餐 | 卡洛斯Ruiz-Arenas | 进行甲基化分析 |
| MeasurementError.cor | 坞城叮 | 相关系数的测量误差模型估计 |
| 肉 | 莎拉·维尔森 | 肌肉表观遗传年龄测试 |
| MEB | 朱佳迪，周燕 | 一种归一化不变最小封闭球方法检测RNA-seq数据的差异表达基因 |
| MEDIPS | 卢卡斯查韦斯 | DNA IP-seq数据分析 |
| MEDME | 马狄亚 | 来自MeDIP富集的模拟实验数据 |
| MEIGOR | Jose A. Egea | 生物信息学全局优化的元启发式 |
| 梅丽莎 | c·a·卡波拉尼 | 单细胞甲基组的贝叶斯聚类和推断 |
| MergeMaid | 于宁波钟 | 合并女仆 |
| Mergeomics | Zeyneb库尔特 | 组学数据的综合网络分析 |
| MeSHDbi | 露崎引人入胜 | DBI从sqlite文件构建mesh相关包 |
| 网格 | Guangchuang余 | 网格丰富和语义分析 |
| meshr | 露崎引人入胜 | 进行MeSH富集分析的工具 |
| 墨西拿 | 马克Pinese | 单基因分类器和抗异常值检测差异表达的两组和生存问题 |
| metaArray | 遭受崔 | 集成微阵列数据进行元分析 |
| 金属底座 | 拉斐尔Aggio | Metab:用于GC-MS生成的代谢组学数据高通量分析的R包。 |
| metabomxtr | 迈克尔Nodzenski | 一个包运行混合模型截断代谢组学数据与正态或对数正态分布 |
| MetaboSignal | Andrea Rodriguez-Martinez, Rafael Ayala | 代谢信号:一种基于网络的方法，覆盖和探索代谢和信号KEGG通路 |
| metaCCA | 安娜Cichonska | 使用典型相关分析的全基因组关联研究的基于统计的多元元分析 |
| MetaCyto | Zicheng胡 | MetaCyto:用于细胞分析数据的元分析包 |
| metagene | 查尔斯·乔利·博帕朗 | 用于产生元基因图的软件包 |
| metagene2 | 埃里克·弗尔涅 | 用于产生元基因图的软件包 |
| metagenomeFeatures | 内森·d·奥尔森 | 标记基因序列分类注释的探索 |
| metagenomeSeq | 约瑟夫·n·保尔森 | 稀疏高通量测序的统计分析 |
| metahdep | 约翰·r·史蒂文斯 | 元分析中的层次依赖 |
| metaMS | Yann Guitton | 基于ms的代谢组学注释管道 |
| MetaNeighbor | Manthan沙 | 单细胞复制性分析 |
| metaSeq | 露崎引人入胜 | 多项研究中RNA-Seq计数数据的元分析 |
| metaseqR | Panagiotis Moulos | 通过组合多种统计算法，用于RNA-Seq数据的分析和结果报告的R包。 |
| metaseqR2 | Panagiotis Moulos | 通过组合多种统计算法，用于RNA-Seq数据的分析和结果报告的R包 |
| metavizr | 赫克托·科拉达·布拉沃 | 用于交互宏基因组数据分析和可视化的metaviz web应用程序的R接口 |
| MetaVolcanoR | 塞萨尔普拉达 | 基因表达元分析可视化工具 |
| MetCirc | 托马斯Naake | 在高分辨率MS/MS代谢组学数据中导航质谱相似性 |
| MethCP | 男孩龚 | 亚硫酸氢盐测序数据的差异甲基化分析 |
| methimpute | 亚伦Taudt | 从WGBS数据推断引导重建完整甲基组 |
| methInheritSim | 帕斯卡Belleau | 模拟全基因组遗传亚硫酸氢盐测序数据 |
| MethPed | 海伦娜卡伦 | 一种用于鉴别小儿脑肿瘤亚型的DNA甲基化分类器工具 |
| methrix | Anand Mayakonda | 快速高效地总结Bisufite测序的通用床图文件 |
| MethTargetedNGS | Muhammad Ahmer Jamil | 对下一代测序数据进行甲基化分析 |
| methVisual | 阿里Zackay | DNA甲基化数据的可视化和统计方法 |
| methyAnalysis | Lei黄 | DNA甲基化数据分析与可视化 |
| MethylAid | L.J.Sinke | 大型Illumina DNA甲基化阵列数据集的可视化和交互式质量控制 |
| methylCC | 斯蒂芬妮·c·希克斯 | 估计DNA甲基化样本中全血的细胞组成 |
| methylGSA | 徐任 | 利用差异甲基化结果的基因集分析 |
| methylInheritance | 阿斯特丽德Deschenes | 基于置换的分析将多代保守差异甲基化元素与治疗效果联系起来 |
| methylKit | Altuna Akalin, Alexander Gosdschan | 高通量亚硫酸氢盐测序结果的DNA甲基化分析 |
| MethylMix | 奥利弗Gevaert | MethylMix:鉴定甲基化驱动的癌症基因 |
| methylMnM | 燕周 | 检测不同甲基化水平(DMR) |
| methylPipe | 卡马尔•基 | 碱基分辨率DNA甲基化数据分析 |
| MethylSeekR | 卢卡斯汉堡 | bisseq数据的分割 |
| methylSig | 雷蒙德·g·卡瓦尔坎特 | MethylSig: WGBS和RRBS数据的差异甲基化测试 |
| methylumi | 肖恩·戴维斯 | 处理Illumina甲基化数据 |
| methyvim | 尼玛赫亚兹 | 有针对性的，稳健的，无模型的差异甲基化分析 |
| MetID | Zhenzhi李 | 假定代谢物id的基于网络的优先排序 |
| MetNet | 托马斯Naake | 从非定向高分辨率质谱数据推断代谢网络 |
| mfa | 基兰•坎贝尔 | 贝叶斯分层混合因子分析器建模基因组分叉 |
| Mfuzz | 马提亚Futschik | 时间序列基因表达数据的软聚类 |
| MGFM | Khadija El Amrani | 微阵列基因表达数据中的标记基因查找器 |
| MGFR | Khadija El Amrani | RNA-seq数据中的Marker Gene Finder |
| mgsa | 塞巴斯蒂安·鲍尔 | 基于模型的基因集分析 |
| MiChip | 乔纳森•布莱克 | 解析和汇总功能 |
| 微生物组 | 狮子座拉赫蒂 | 微生物分析 |
| microbiomeDASim | 贾斯汀•威廉姆斯 | 微生物组差异丰度模拟 |
| MicrobiotaProcess | Shuangbin徐 | 一个用于微生物组分析、可视化和生物标志物发现的R包 |
| 微 | “詹姆斯·f·里德” | 处理microRNAs的数据和函数 |
| MIGSA | 胡安·c·罗德里格斯 | 海量整合基因集分析 |
| mimager | 亚伦Wolen | 微阵列成像仪:微阵列成像仪 |
| 含羞草 | 格雷格Finak | 单细胞测定的混合模型 |
| MineICA | 安妮Biton | 对基因组学数据进行ICA分解分析 |
| minet | 帕特里克·e·迈耶 | 互信息网络 |
| minfi | 卡斯珀·丹尼尔·汉森 | 分析Illumina Infinium DNA甲基化阵列 |
| MinimumDistance | 罗伯特·B·沙尔夫 | Case-Parent trio中De Novo CNV检测包 |
| MiPP | Sukwoo金 | 错误分类惩罚后验分类 |
| 米拉 | 约翰·劳森 | 甲基化调控活性的推断 |
| 海市蜃楼 | Y-h。田口方法 | MiRNA基因表达排序 |
| miRBaseConverter | Taosheng徐 | 一个全面和高效的工具，用于转换和检索不同miRBase版本的mirna信息 |
| miRcomp | 马修·n·麦高 | 评估和比较miRNA表达估计方法的工具 |
| mirIntegrator | 戴安娜·迪亚兹 | 将microRNA表达整合到信号通路中进行通路分析 |
| miRLAB | Thuc Duy Le | 探索miRNA-mRNA关系的干燥实验室 |
| miRmine | 科维奇Randjelovic | 数据包与miRmine数据库中的miRNA-seq数据集作为rangedsummarizeexperiment |
| miRNAmeConverter | 斯特凡·j·豪斯伯格 | 将miRNA名称转换为不同的miRBase版本 |
| miRNApath | 詹姆斯·m·沃德 | miRNApath: miRNA表达数据的富集途径 |
| miRNAtap | 伊恩·辛普森 | miRNAtap: microRNA目标-聚合预测 |
| miRSM | Junpeng张 | 通过整合表达数据和miRNA-靶标结合信息推断miRNA海绵模块 |
| miRspongeR | Junpeng张 | miRNA海绵相互作用网络和模块的鉴定与分析 |
| Mirsynergy | 李越 | Mirsynergy |
| missMethyl | 贝琳达·菲普森，乔瓦娜·马克西莫维奇，安德鲁·朗斯代尔 | 分析Illumina人类甲基化珠片数据 |
| missRows | 冈萨雷斯Ignacio | 多组学数据集成中缺失个体的处理 |
| 米奇 | 马克Ziemann | 多对比基因集富集分析 |
| mitoODE | 格雷戈勒加索尔 | “全基因组RNAi活细胞成像试验中表型的动态建模”中描述的微分方程模型的实现 |
| mixOmics | 金安乐曹 | 组学数据整合项目 |
| MLInterfaces | 诉凯利 | 生物导体容器中数据的R机器学习过程的统一接口 |
| 中长期规划 | 韦贝克托拜厄斯 | 中长期规划 |
| MLSeq | Gokmen Zararsiz | RNA-Seq数据的机器学习接口 |
| MMAPPR2 | 乔纳森山 | 聚合RNA-Seq突变映射分析管道 |
| MMDiff2 | Gabriele Schweikert | ChIP-Seq数据集的统计检验 |
| MmPalateMiRNA | 家伙布鲁克 | 小鼠腭部miRNA表达分析 |
| MMUPHin | 马本 | 微生物组研究异质性的统一管道元分析方法 |
| mnem | 马丁Pirkl | 混合嵌套效应模型 |
| 这种款式 | 李董 | MODA:加权基因共表达网络的模组差分分析 |
| Modstrings | 菲利克斯·恩斯特 | 研究修改过的核苷酸序列 |
| 遐 | 布丽塔一起创造Velten | 多组学因子分析 |
| mogsa | 陈孟 | 多组学数据综合聚类和基因集分析 |
| 现代艺术博物馆 | 阳光明媚的琼斯 | 多组主稳压器分析 |
| 单片眼镜 | 科尔杰尔 | 单细胞RNA-Seq的聚类、差异表达和轨迹分析 |
| MoonlightR | 安东尼奥·科拉普里科，卡萨琳娜·奥尔森 | 从组学数据中识别癌基因和抑癌基因 |
| 拖把 | 菲利普es | MoPS -基于模型的周期性筛选 |
| 马赛克 | 东峻涌 | mosaic(基于模型的ChIP-Seq单样本和双样本分析和推断) |
| MOSim | 卡洛斯马丁内斯 | 多组学模拟(MOSim) |
| motifbreakR | 西蒙·格特·库切 | 预测单核苷酸多态性在转录因子结合位点上的破坏的包 |
| motifcounter | 沃尔夫冈•科普 | 用于分析DNA序列中的TFBSs的R包 |
| MotifDb | 保罗·香农 | 蛋白质- dna结合序列基序注释集 |
| motifmatchr | 艾丽西亚Schep | 快速主题匹配在R |
| motifRG | Zizhen么 | 为高通量测序数据集设计的鉴别motif发现包 |
| motifStack | Jianhong欧 | 绘制单个或多个DNA、RNA和氨基酸序列的堆叠logo |
| MotIV | 埃洛伊·梅西尔，拉斐尔·戈塔多 | 母题识别与验证 |
| MPFE | 康拉德的负担 | 从亚硫酸盐测序数据估计扩增子甲基化模式分布 |
| mpra | 莱斯利敏 | 分析大量并行报告分析 |
| MPRAnalyze | Tal Ashuach | MPRA数据的统计分析 |
| msa | 乌尔里希Bodenhofer | 多序列比对 |
| MsCoreUtils | rformassspectra软件包维护者 | 质谱数据的核心Utils |
| msgbsR | 本杰明·梅恩 | msgbsR:甲基化敏感基因分型测序(MS-GBS) R功能 |
| MSGFgui | Thomas Lin Pedersen | 一个闪亮的图形用户界面MSGFplus |
| MSGFplus | Thomas Lin Pedersen | R和MS-GF+之间的接口 |
| msmsEDA | 约瑟Gregori | 光谱计数对LC-MS/MS数据的探索性分析 |
| msmsTests | Josep Gregori Font | LC-MS/MS差异表达测试 |
| MSnbase | 劳伦特与 | 质谱和蛋白质组学的基本功能和类 |
| MSnID | 弗拉德Petyuk | LC-MSn蛋白质组鉴定可信度的探索和评估实用程序 |
| msPurity | 托马斯·n·劳森 | 代谢组学中基于质谱碎片的前体离子纯度自动评估 |
| MSstats | 之一Meena崔 | 无标签或基于标签的蛋白质组学实验中DDA、SRM和DIA的蛋白质显著性分析 |
| MSstatsQC | Eralp人偶 | 蛋白质组实验的纵向系统适宜性监测和质量控制 |
| MSstatsQCgui | Eralp人偶 | MSstatsQC包的图形用户界面 |
| MSstatsSampleSize | Ting黄 | 高维基于ms的蛋白质组学实验优化设计的仿真工具 |
| MSstatsTMT | Ting黄 | 串联质量标签(TMT)标记的基于鸟枪质谱的蛋白质组学实验中的蛋白质显著性分析 |
| MTseeker | 蒂姆Triche | 用于人类线粒体变异分析的生物导体工具 |
| Mulcom | 克劳迪奥·Isella | 计算Mulcom测试 |
| MultiAssayExperiment | 马塞尔·拉莫斯 | 在Bioconductor集成多组学实验的软件 |
| multiClust | 内森软件 | multiClust:用于识别癌症转录组谱中生物学相关簇的r包 |
| MultiDataSet | 卡洛斯Ruiz-Arenas | MultiDataSet和ResultSet的实现 |
| multiHiCcompare | 约翰·斯坦斯菲尔德 | 当每个实验条件的副本可用时，标准化并检测Hi-C数据集之间的差异 |
| MultiMed | Simina M. Boca | 同时测试多种生物介质 |
| multiMiR | 马特Mulvahill | 整合多种microrna靶标数据库及其疾病和药物关联 |
| multiOmicsViz | 王静 | 沿着染色体绘制一个组学数据对其他组学数据的影响 |
| 多屏幕 | Mizanur Khondoker | 用于组合多个扫描的R包 |
| 乘 | 凯瑟琳·s·波拉德 | 基于重采样的多重假设检验 |
| 马斯喀特 | 海伦娜·l·克罗威尔 | 多样本多组scRNA-seq数据分析工具 |
| 肌肉 | 亚历克斯·t·卡林卡 | 多序列对准肌肉 |
| MutationalPatterns | Rurika Oka, Freek Manders | 突变过程的全基因组综合分析 |
| MVCClass | 伊丽莎白·惠伦 | 模型-视图-控制器(MVC)类 |
| MWASTools | Andrea Rodriguez-Martinez, Rafael Ayala | MWASTools:执行代谢组范围关联研究的集成管道 |
| mygene | Adam Mark, Cyrus Afrasiabi，吴春雷 | 访问MyGene。Info_服务 |
| myvariant | Adam Mark，吴春雷 | 访问MyVariant.info变量查询和注释服务 |
| mzID | 劳伦特与 | R的mzIdentML解析器 |
| mzR | 斯蒂芬·诺伊曼，劳伦特·盖托，寇强 | 解析器用于netCDF, mzXML, mzData和mzML和mzIdentML文件(质谱数据) |
| NADfinder | 欧建宏，朱丽华 | 调用宽峰测序数据 |
| NanoStringDiff | 翟婷婷，王宏 | 纳米串nCounter数据的差分表达式分析 |
| NanoStringQCPro | 罗伯特•齐曼 | NanoString mRNA基因表达数据的质量度量和数据处理方法 |
| nanotatoR | Surajit巴塔查里亚 | 纳米器:下一代结构变体注释与分类 |
| NarrowPeaks | 佩德罗情歌 | 基于形状的基于功能主成分分析的ChIP-seq变异 |
| NBAMSeq | 徐任 | RNA-Seq数据的负二项式加性模型 |
| NBSplice | 加芙美利奴 | 负二项式模型检测差分拼接 |
| ncdfFlow | 迈克·江，杰克·瓦格纳 | ncdfFlow:为流式细胞术数据提供基于HDF5的存储包。 |
| ncGTW | Chiung-Ting吴 | 通过邻域复合特定图形时间扭曲与错对检测对LC-MS剖面的比对 |
| NCIgraph | 洛朗•雅各布 | 来自NCI路径数据库的路径 |
| ndexr | Florian奥尔 | NDEx R客户端库 |
| NeighborNet | 萨哈尔安萨里 | Neighbor_net分析 |
| nem | Holger Froehlich | (动态)嵌套效应模型和确定性效应传播网络重建表型层次结构 |
| netbenchmark | 加索尔Bellot | 几种基因网络推理方法的基准测试 |
| netbiov | Shailesh tripathi | 一个用于可视化复杂生物网络的软件包 |
| netboost | 帕斯卡Schlosser | boost支持的网络分析 |
| netboxr | 刘敏伟 | netboxr |
| netDx | 信心派 | 基于网络的患者分类器 |
| nethet | Nicolas Staedler, Frank Dondelinger | 用于生物网络异质性高维探索的生物导体包 |
| NetPathMiner | 艾哈迈德穆罕默德 | NetPathMiner用于生物网络构建，路径挖掘和可视化 |
| netprioR | 费边Schmich | 基于网络的基因优先排序模型 |
| netReg | 西蒙Dirmeier | 网络正则化回归模型 |
| netresponse | 狮子座拉赫蒂 | 功能网络分析 |
| NetSAM | Bing张 | 网络系列化与模块化 |
| netSmooth | 乔纳森Ronen | scRNAseq的网络平滑 |
| networkBMA | 杨嘉怡 | 基于回归的网络推理使用贝叶斯模型平均 |
| ngsReports | 史蒂夫Pederson | 加载FastqQC报告和其他NGS相关文件 |
| nnNorm | 阿迪·劳伦提乌·塔尔卡 | 基于鲁棒神经网络的cDNA微阵列数据的空间和强度归一化 |
| NOISeq | 索尼娅Tarazona | RNA-seq数据的探索性分析和差异表达 |
| nondetects | Valeriia Sherina | qPCR数据未检测到 |
| NoRCE | 基尔德Olgun | NoRCE:非编码RNA集Cis注释和富集 |
| normalize450K | 乔纳森·亚历山大·海斯 | Illumina Infinium 450K数据预处理 |
| NormalyzerDE | Jakob Willforss | 评价归一化方法，计算微分表达式分析统计量 |
| NormqPCR | 詹姆斯·珀金斯 | RT-qPCR数据归一化的函数 |
| normr | 约翰内斯·赫尔穆特 | ChIP-seq数据的归一化和差分调用 |
| NPARC | 尼尔斯·Kurzawa | 热蛋白质组分析实验响应曲线的非参数分析 |
| npGSEA | 杰西卡·拉森 | 基因集富集分析的排列近似方法(非排列GSEA) |
| 特种加工 | 远华刘 | 基于常微分方程(ODE)的基因网络预测方法 |
| nucleoSim | 阿斯特丽德Deschenes | 生成合成核小体映射 |
| 诊断 | 圣地亚哥加利西亚语 | R的核小体定位包 |
| nuCpos | 加藤总裁中西宏明 | 核小体位置预测的R包 |
| NuPoP | 中正大学王 | 核小体定位预测的R包 |
| occugene | 奥利弗将 | 多项式占用分布函数 |
| OCplus | 亚历山大plone ( | 微阵列实验的操作特性、样本量和局部fdr |
| odseq | 何塞·吉梅内斯 | 多序列比对中的离群点检测 |
| OGSA | 迈克尔·f·奥克斯 | 离群基因集分析 |
| 益生元 | Benilton卡瓦略 | 寡核苷酸阵列的预处理工具 |
| oligoClasses | 卡瓦略和沙尔夫 | oligo和crlmm支持的高吞吐量数组的类 |
| 奥林 | 马提亚Futschik | 优化的局部强度相关的双色微阵列归一化 |
| OLINgui | 马提亚Futschik | OLIN的图形用户界面 |
| OmaDB | Klara Kaleb, Adrian Altenhoff | OMA REST API的R包装器 |
| omicade4 | 陈孟 | 组学数据集的多重共惯性分析 |
| OmicCircos | 胡应 | 组学数据的高质量圆形可视化 |
| omicplotR | 丹尼尔Giguere | 使用一个闪亮的应用程序对Omic数据集进行可视化探索 |
| omicRexposome | 卡莱斯Hernandez-Ferrer | 暴露组和组学数据关联和集成分析 |
| OmicsLonDA | Ahmed A. Metwally | 组学纵向差异分析 |
| OmicsMarkeR | 小查尔斯·e·德特曼 | “组学”数据集的分类和特征选择 |
| OMICsPCA | Subhadeep Das | 一个R包，用于从异质样本中定量整合和分析多个组学分析 |
| omicsPrint | 戴维的猫 | 交叉组遗传指纹 |
| OmnipathR | 阿尔贝托·瓦尔德奥利瓦斯·厄贝尔兹 | 导入全路径网络 |
| 奥纳西斯 | 尤金尼亚Galeota | OnASSIs本体注释和语义相似性软件 |
| oncomix | 丹尼尔·皮克 | 从肿瘤正常mRNA表达数据识别肿瘤亚群中过表达基因 |
| OncoScore | 卢卡·德·萨诺 | 识别潜在致癌基因的工具 |
| OncoSimulR | 雷蒙Diaz-Uriarte | 具有上位性癌症进展的正向遗传模拟 |
| oneSENSE | 陈永基 | 基于非线性随机嵌入(OneSENSE)的一维单点表达式 |
| onlineFDR | 大卫·罗伯逊 | 在线错误控制 |
| ontoProc | VJ凯里 | 解剖、细胞系等本体的处理 |
| openCyto | 迈克·江，杰克·瓦格纳 | 用于流式细胞仪数据的分层门控管道 |
| openPrimeR | 马蒂亚斯•多尔 | 多重PCR引物设计与分析 |
| openPrimeRui | 马蒂亚斯•多尔 | 多重PCR引物设计与分析的闪亮应用 |
| OpenStats | Hamed Haseli Mashhadi | 用于高通量基因型-表型关联的可重复分析的稳健和可扩展软件包 |
| oposSOM | 亨利Loeffler-Wirth | 转录组数据综合分析 |
| oppar | Soroor Hediyeh zadeh | R |
| oppti | Abdulkadir埃尔玛 | 离群蛋白和磷酸靶标识符 |
| optimalFlow | 斯托伊Inouzhe | optimalFlow |
| OPWeight | 穆罕默德哈桑 | 具有独立信息的最优p值加权 |
| OrderedList | 克劳迪奥·Lottaz | 有序基因表的相似性 |
| ORFik | 哈Tjeldnes | 基因组学中的开放阅读框架 |
| Organism.dplyr | 马丁•摩根 | 基于dplyr的生物导体注释资源访问 |
| OrganismDbi | 生物导体包维护者 | 软件，使不同的数据库包的顺畅接口 |
| OSAT | 李彦 | OSAT:最佳样本分配工具 |
| Oscope | 宁愣了 | Oscope -用于识别非同步单细胞RNA-seq中振荡基因的统计管道 |
| OTUbase | 丹尼尔·贝克 | 提供OTU数据分析的结构和功能 |
| OutlierD | Sukwoo金 | 在高通量数据的M-A散点图上使用分位数回归进行离群值检测 |
| 先驱者 | 基督教莫特 | 探索者- RNA-Seq fInDER中的异常值 |
| OVESEG | 露露陈 | OVESEG-test检测组织/细胞特异性标记物 |
| PAA | Michael Turewicz, Martin Eisenacher | PAA(蛋白质阵列分析仪) |
| packFinder | 杰克Gisby | 包型可转位元素的从头注释 |
| PADOG | 阿迪·劳伦提乌·塔尔卡 | 降低重叠基因权重的途径分析(PADOG) |
| PAIRADISE | 胡强，Levon Demirdjian | 配对分析:差异亚型表达的配对分析 |
| paircompviz | 米甲Burda | 多重比较测试可视化 |
| pandaR | 约瑟夫·n·保尔森，丹·施劳奇 | 熊猫算法 |
| panelcn.mops | Gundula Povysil | CNV检测工具针对NGS面板数据 |
| panp | 华伦 | 负链匹配探针集的存在-缺席调用 |
| PANR | 新王 | 后验关联网络和功能模块从丰富的基因扰动表型推断 |
| PanVizGenerator | Thomas Lin Pedersen | 从你的泛基因组生成PanViz可视化 |
| 爸爸 | 拉斐尔Aggio | 根据代谢组学数据预测代谢通路活性 |
| parglms | VJ凯里 | 支持GLMs/ gee的并行估计 |
| 拙劣的模仿 | VJ凯里 | 参数化和抗异常值检测 |
| 过去的 | 研究亚当 | 路径关联研究工具(PAST) |
| Path2PPI | 奥利弗•菲利普 | 通路相关蛋白质-蛋白质相互作用网络的预测 |
| pathifier | Assif Yitzhaky | 量化癌症通路的失调 |
| PathNet | 路德维希Geistlinger | 使用拓扑信息进行路径分析的R包 |
| PathoStat | Solaiappan Manimaran，赵悦 | PathoStat统计微生物组分析包 |
| pathprint | Sokratis Kariotis | 基因表达阵列分析的通路指纹 |
| pathRender | 文斯凯里 | 渲染分子路径 |
| pathVar | 塞缪尔·齐默尔曼 | 寻找具有显著不同变异性的路径的方法 |
| pathview | Weijun罗 | 基于路径的数据集成和可视化工具集 |
| pathwayPCA | 加布里埃尔奥多姆 | 综合路径分析与现代主成分分析法及基因选择 |
| PathwaySplice | 爱民严 | 一个无偏剪接路径分析的R包 |
| paxtoolsr | 奥古斯汀卢娜 | PaxtoolsR:通过BioPAX和Pathway Commons访问多个数据库的路径 |
| pcaExplorer | 费德里科•马里尼 | 使用主成分方法的RNA-seq数据的交互式可视化 |
| pcaGoPromoter | Morten汉森 | pcaGoPromoter用于分析DNA微阵列数据 |
| pcaMethods | 亨宁Redestig | PCA方法的集合 |
| PCAN | 马修·佩奇和帕特里斯·戈达尔 | 表型一致性分析(PCAN) |
| PCAtools | 凯文Blighe | PCAtools:一切主成分分析 |
| pcot2 | 莎拉的歌 | 主坐标和霍特林t平方法 |
| PCpheno | Nolwenn Le Meur | 表型和细胞组织单位 |
| pcxn | Sokratis Kariotis | 利用pcxnData包探索、分析和可视化函数 |
| pdInfoBuilder | Benilton卡瓦略 | 平台设计信息包构建器 |
| peakPantheR | Arnaud狼吞虎咽的人 | 高分辨率实验的峰拾取与标注 |
| PECA | 托米-芬兰语 | 探针级表达式变化平均 |
| peco | 萧卓文 | ** ** ** ** ** ** ** ** ** ** ** ** ** ** ** ** ** ** ** ** ** ** ** ** ** **周期Pr** ** ** ** ** ** ** ** ** ** ** ** ** ** ** ** ** |
| PepsNMR | 侬·马丁 | 预处理1H-NMR FID信号 |
| pepStat | 格雷戈里·C·伊霍尔特 | 肽微阵列的统计分析 |
| pepXMLTab | 小菁王 | 基于肽FDR解析pepXML文件和过滤器。 |
| 完美的 | Quy曹 | 微生物组数据的排列过滤 |
| perturbatr | 西蒙Dirmeier | 高通量遗传扰动筛选的统计分析 |
| PGA | 温博，徐少航 | 由RNA-Seq衍生的定制数据库识别新肽的包 |
| pgca | 加芙Cohen-Freue | PGCA:连接从MS/MS数据创建的蛋白质组的算法 |
| PGSEA | 卡尔Dykema | 参数基因集富集分析 |
| phantasus | Alexey Sergushichev | 可视化和交互式基因表达分析 |
| PharmacoGx | 本杰明Haibe-Kains | 大规模药物基因组学数据分析 |
| phemd | William S Chen | 表型EMD比较单细胞样本 |
| phenopath | 基兰•坎贝尔 | 具有异质遗传和环境背景的基因组轨迹 |
| phenoTest | Evarist星球 | 以高效、结构化、快速和可扩展的方式测试基因表达和表型之间关联的工具。我们也提供工具做GSEA(基因集富集分析)和拷贝数变异。 |
| PhenStat | 哈米德Haselimashhadi | 表型数据的统计分析 |
| philr | 贾斯汀·西尔弗曼 | 宏基因组数据的基于ILR变换的系统发育划分 |
| phosphonormalizer | 索拉博Saraei | 补偿磷蛋白组中值归一化引入的偏差 |
| PhyloProfile | Vinh Tran | PhyloProfile |
| phyloseq | 保罗·j·麦克默迪 | 处理和分析高通量微生物种群普查数据 |
| π | 海方 | 利用遗传证据在基因和通路水平优先选择药物靶点 |
| 钢琴 | Leif Varemo Wigge | 组学数据综合分析平台 |
| pickgene | Brian S. Yandell | 微阵列表达数据分析的自适应基因选择 |
| 图片 | 升Sauteraud | ChIP-seq的概率推断 |
| Pigengene | Habil Zare | 从基因表达数据推断生物特征 |
| 平 | 升Sauteraud | 基于mnas或超声短读数据的核小体定位概率推断 |
| 一品脱的量 | olli - pekka Huovilainen | 功能基因组数据的两两整合 |
| pipeFrame | 郑魏 | R中生物信息学的管道框架 |
| pkgDepTools | 生物导体包维护者 | 软件包依赖工具 |
| plethy | 丹尼尔底部 | R框架的探索和分析呼吸测量数据 |
| plgem | 诺曼·帕夫卡 | 利用幂律全球误差模型(PLGEM)检测微阵列和蛋白质组学数据集中的差异表达 |
| 钳子 | Crispin米勒 | 实现Affymetrix PLIER算法 |
| PloGO2 | 杰玛·吴，黛娜·帕斯科维奇 | Plot基因本体与KEGG通路注释与丰度 |
| plotGrouper | 约翰·d·加农 | 闪亮的应用程序GUI包装的ggplot内置统计分析 |
| PLPE | Soo-heang Eo | 配对高通量数据差分表达式的局部合并误差检验 |
| 赢钱 | Gwenael G.R. Leday | 分段线性回归样条(PLRS)用于DNA拷贝数和基因表达之间的关联 |
| plw | 马格努斯搁浅地 | 局部调节加权t检验。 |
| plyranges | 斯图尔特•李 | 一个流畅的界面操作基因组范围 |
| pmm | 安娜Drewek | 平行混合模型 |
| pmp | 哪Jankevics | 代谢组学数据集的峰值矩阵处理和信号批量校正 |
| podkat | 乌尔里希Bodenhofer | 位置相关核关联检验 |
| pogo | VJ凯里 | 药物基因组学本体支持 |
| 聚酯 | Jack Fu, Jeff Leek | 模拟RNA-seq读取 |
| Polyfit | 康拉德的负担 | 添加到DESeq，以提高p值和q值 |
| 帖子 | 学苑曹 | 高维数据的正交空间投影检验 |
| PoTRA | Valentin Dinu | 拓扑秩分析的路径 |
| PowerExplorer | 徐巧 | 用于RNA-Seq和蛋白质组学数据的功率估计工具 |
| powerTCR | 希拉里·科赫 | 基于模型的TCR曲目比较分析 |
| PPInfer | Dongmin荣格 | 利用蛋白质相互作用网络推断功能相关蛋白质 |
| ppiStats | 生物导体包维护者 | 蛋白质-蛋白质相互作用统计包 |
| pqsfinder | 雅罗西克亲爱的 | 潜在四重结构形成序列的识别 |
| 普拉达 | Florian Hahne | 基于细胞功能分析的数据分析 |
| 婴儿车 | 彭刘 | 聚合RNA-seq数据集以组装转录模型 |
| prebs | Karolis Uziela | 用于改进微阵列可比性的RNA-seq数据的探针区域表达估计 |
| PrecisionTrialDrawer | 乔治•Melloni | 一个分析和设计基于NGS的自定义基因面板的工具 |
| PREDA | 弗朗西斯科·法拉利 | 职位相关数据分析 |
| predictionet | Benjamin Haibe-Kains, Catharina Olsen | 为(但不限于)基因组数据设计的预测网络的推断 |
| preprocessCore | 本Bolstad | 预处理函数的集合 |
| primirTSS | Pumin李 | primirna转录起始位点的预测 |
| 王子 | 迈克尔Skinnider | 从共洗脱预测相互作用体 |
| 奖 | Daryanaz Dargahi | 奖品:一个基于层次分析法的优先级估计R包 |
| proBAMr | 小菁王 | 在鸟枪蛋白质组数据中为psm生成SAM文件 |
| proBatch | Chloe H. Lee | 蛋白质组学中批量效应的诊断和校正工具 |
| 过程 | 小春就李 | Ciphergen SELDI-TOF处理 |
| procoil | 乌尔里希Bodenhofer | 螺旋蛋白的寡聚化预测 |
| proDA | 江诗丹顿Ahlmann-Eltze | 无标签质谱数据的差异丰度分析 |
| proFIA | 亚历克西斯Delabriere | FIA-HRMS数据预处理 |
| profileplyr | 汤姆·卡罗尔，道格·巴罗斯 | 用profileplyr在基因组范围内读取信号的可视化和注释 |
| profileScoreDist | 鲍尔·o·韦斯特马克 | 档案得分分布 |
| 后代 | 阿尔贝托Valdeolivas | 从基因表达推断活性的通路响应基因 |
| projectR | 吉纳维芙Stein-O ' brien | 从PCA、CoGAPS、NMF、相关性和聚类中投影权重的函数 |
| pRoloc | 劳伦特与 | 空间蛋白质组学统一的生物信息学框架 |
| pRolocGUI | 劳伦特与 | 空间蛋白质组学数据的交互式可视化 |
| 承诺 | 斯坦·庞德，曹学远 | 投影到最有趣的统计证据 |
| 适当的 | 吴皓 | RNAseq的前瞻性功率评估 |
| 道具 | Lichy汉 | 概率路径评分(PROPS) |
| Prostar | 撒母耳Wieczorek | 为DAPAR提供一个GUI |
| proteinProfiles | 朱利安格林 | 蛋白质分析 |
| ProteomicsAnnotationHubData | 劳伦特与 | 将公共蛋白质组学数据资源转换为Bioconductor数据结构 |
| ProteoMM | 尤利娅·V·卡尔皮耶维奇 | 基于多数据集模型的差异表达蛋白质组学分析平台 |
| proteoQC | 博温 | 蛋白质组学数据质量控制的R包 |
| ProtGenerics | 劳伦特与 | S4 Bioconductor蛋白质组学基础设施的通用功能 |
| PSEA | 亚历山大·库恩 | 人群特异性表达分析。 |
| psichomics | 努诺·Saraiva-Agostinho | 可选剪接量化、分析和可视化的图形界面 |
| PSICQUIC | 保罗·香农 | 蛋白质组学标准倡议公共查询接口 |
| psygenet2r | Alba Gutierrez-Sacristan | psygenet2r -一个用于查询PsyGeNET和在精神障碍中进行共病研究的R包 |
| PubScore | 蒂亚戈Lubiana | 自动计算基因的文献相关性 |
| pulsedSilac | Marc Pages-Gallego | 脉冲- silac定量蛋白质组学数据分析 |
| 彪马 | Xuejun刘 | 微阵列分析中的传播不确定性(包括Affymetrix传统3'阵列和外显子阵列以及人类转录组阵列2.0) |
| PureCN | 马库斯·里斯特 | 拷贝号调用和SNV分类使用目标短读测序 |
| pvac | 吕俊，皮埃尔·r·布歇尔 | 基于pca的Affymetrix阵列基因过滤 |
| pvca | 李将鹰 | 主方差成分分析(PVCA) |
| Pviz | 升Sauteraud | 基于Gviz的肽标注和数据可视化 |
| PWMEnrich | 迭戈Diez | PWM富集分析 |
| pwOmics | 麻仁Sitte | 基于路径的组学数据集成 |
| pwrEWAS | Stefan Graw | 一个用户友好的工具，用于表观基因组广泛关联研究(EWAS)的综合功率估计 |
| qckitfastq | 8月广 | FASTQ质量控制 |
| qcmetrics | 劳伦特与 | 质量控制框架 |
| QDNAseq | 达乌德您 | 染色体畸变的定量DNA测序 |
| qpcrNorm | 杰西卡3月 | 高通量qPCR数据的数据驱动归一化策略。 |
| qpgraph | 罗伯特Castelo | 从高通量基因组数据估计遗传和分子调控网络 |
| qPLEXanalyzer | 阿什利本纪念册 | qPLEX-RIME数据分析工具 |
| qrqc | 文斯水牛 | 快速阅读质量控制 |
| qsea | 马提亚Lienhard | IP-seq数据分析和可视化 |
| qsmooth | 斯蒂芬妮·c·希克斯 | 平滑分位数归一化 |
| QSutils | 奔驰Guerrero-Murillo | 准物种多样性 |
| Qtlizer | 马提亚Munz | Qtlizer: GWAS结果的综合QTL注释 |
| 限定符 | 迈克江 | 门控流式细胞术实验的质量控制 |
| quantro | 斯蒂芬妮·希克斯 | 何时使用分位数归一化的测试 |
| quantsmooth | 1月东 | 阵列数据的分位数平滑与基因组可视化 |
| QuartPAC | 格里高利Ryslik | 蛋白质四阶结构突变簇的鉴定。 |
| QuasR | 迈克尔·施 | 在R中量化和注释短读 |
| QuaternaryProd | 卡尔·托尼·法克里 | 计算有符号和无符号因果图的四元点积得分统计量 |
| QUBIC | 余张 | 一个支持基因共表达分析的定性聚类R包 |
| qusage | 克里斯托弗·保伦 | qusage:基因表达的定量集分析 |
| qvalue | 约翰·d·斯托里，安德鲁·j·巴斯 | 错误发现率控制的q值估计 |
| R3CPET | Mohamed Nadhir Djekidel | 3CPET:利用分层狄利克雷过程在Chia-PET实验中寻找协因子配合物 |
| r3Cseq | Supat Thongjuea或 | 染色体构象捕获分析和下一代测序(3C-seq) |
| R453Plus1Toolbox | 汉斯克莱因 | 用于从罗氏基因组测序系统导入和分析数据的软件包 |
| R4RNA | 丹尼尔·赖 | 用于RNA可视化和分析的R包 |
| RaggedExperiment | 马丁•摩根 | 跨样本的稀疏实验和分析的表示 |
| 雨 | 保罗·f·塔本 | 结合非参数方法的节律性分析 |
| 罗摩 | 拉斐尔Gottardo | 微阵列的稳健分析 |
| ramwas | 安德烈·沙巴林 | 用于浓缩平台的快速甲基体范围关联研究管道 |
| RandomWalkRestartMH | 阿尔贝托·瓦尔德奥利瓦斯·厄贝尔兹 | 在多路和异构网络上随机行走并重新启动 |
| randPack | 罗伯特先生 | 临床试验随机化例程 |
| randRotation | 彼得Hettegger | 批处理结构高维数据的随机旋转方法 |
| RankProd | 弗朗西斯科·德尔卡拉托雷 | 鉴别差异表达基因的秩积法及其在元分析中的应用 |
| RareVariantVis | 托马斯Stokowy | 全基因组测序数据中罕见基因组变异分析套件 |
| Rariant | 朱利安格林 | 通过非共识基调用频率的变化鉴定和评估单核苷酸变异 |
| RbcBook1 | 文斯凯里 | 支持施普林格Bioconductor专著 |
| RBGL | 生物导体包维护者 | BOOST图形库的接口 |
| RBioinf | 罗伯特先生 | RBioinf |
| rBiopaxParser | 弗兰克·克莱默 | 解析BioPax文件并用R表示 |
| 遏制 | Dongmei李 | RBM:用于微阵列和RNA-Seq数据分析的R包 |
| Rbowtie | 迈克尔·施 | 领结包装 |
| Rbowtie2 | 郑魏 | 一个R包装的蝴蝶结和适配器删除 |
| rbsurv | Soo-heang Eo | 基于微阵列数据的稳健可能性生存建模 |
| Rcade | 乔纳森·凯恩斯 | 基于r的ChIP-seq和差分表达式分析-一个集成基于计数的ChIP-seq分析与差分表达式汇总数据的工具 |
| 美国广播公司 | 拉博拉Uyar | RNA中心注释系统 |
| RCASPAR | Douaa Mugahid, Lars Kaderali | 基于分段基线危险Cox回归模型的生存时间预测包。 |
| rcellminer | Augustin Luna, Vinodh Rajapakse, Fathi Elloumi | rcellminer: NCI-60细胞系的分子特征、药物反应和化学结构 |
| rCGH | 弗雷德里克通讯器 | 基于数组的CGH数据分析与可视化的综合管道 |
| RchyOptimyx | Adrin Jalali, Nima Aghaeepour | 用于流式细胞术的优化细胞层次结构 |
| RcisTarget | 莎拉Aibar | 识别基因列表上富集的转录因子结合基序 |
| RCM | 尤里斯最大经济产量 | 用负二项分布拟合微生物组的行-列关联模型 |
| Rcpi | 南肖 | 药物发现中化合物-蛋白质相互作用的分子信息学工具包 |
| Rcwl | 羌胡 | 使用CWL包装命令工具和管道 |
| RcwlPipelines | 羌胡 | 基于Rcwl的生物信息学管道 |
| RCy3 | 亚历克斯·皮科 | 访问和控制细胞质的功能 |
| RCyjs | 保罗·香农 | 在cytoscape.js中显示和操作图形 |
| RDAVIDWebService | 克里斯托瓦尔弗雷斯诺 | 一个R包，用于使用Web服务API从DAVID检索数据到R对象。 |
| rDGIdb | 托马斯Thurnherr | rwrapper for DGIdb |
| Rdisop | 史蒂芬诺依曼 | 同位素模式的分解 |
| RDRToolbox | Christoph Bartenhagen | Isomap和LLE的非线性降维包。 |
| ReactomeGSA | 约翰内斯偶联 | 用于比较多组学基因集分析的反应组分析服务的客户端 |
| ReactomePA | Guangchuang余 | 反应组通路分析 |
| readat | 理查德棉花 | 功能读取和操作SomaLogic ADAT文件 |
| ReadqPCR | 詹姆斯·珀金斯 | 读取qPCR数据 |
| 犹太人的尊称 | 卡尔·j·戴科玛 | 区域表达偏差 |
| REBET | 比尔·惠勒 | 分地区负担测试(REBET) |
| receptLoss | 丹尼尔·皮克 | 肿瘤亚群中表达缺失基因的无监督鉴定 |
| reconsi | 尤里斯最大经济产量 | 用于同时推断的崩溃空分布的重新采样 |
| 重新计票 | 莱昂纳多Collado-Torres | 从重新计票项目中探索和下载数据 |
| 收回 | Panagiotis Moulos | 一个R包，用于创建复杂的基因组剖面图 |
| 红色的 | 毛罗·卡斯特罗 | 交互式可视化和嵌套网络的操作 |
| REDseq | 朱丽华朱丽华 | 限制性内切酶处理的高通量测序数据分析 |
| RefNet | 保罗·香农 | 一个可查询的分子相互作用的集合，从许多来源 |
| RefPlus | Kai-Ming常 | 外推策略(RMA+)和外推平均(RMA++)方法的函数集。 |
| 地区 | Bernat凝胶 | 基于排列试验的基因组区域关联分析 |
| regionReport | 莱昂纳多Collado-Torres | 为一组基因组区域或DESeq2/edgeR结果生成HTML或PDF报告 |
| regsplice | 卢卡斯·m·韦伯 | 基于l1正则化的差分拼接检测方法 |
| regutools | Joselyn查韦斯 | regutools:从RegulonDB中提取数据的R包 |
| REMP | 忆南向郑 | 重复元素甲基化预测 |
| Repitools | 马克。罗宾逊 | 外遗传性工具 |
| ReportingTools | 杰森·a·哈克尼，加布里埃尔·贝克尔，杰西卡·l·拉森 | 用于制作各种格式的报告的工具 |
| RepViz | Thomas Faux, Asta Laiho | 基因组区域的复制导向可视化 |
| ReQON | 克里斯托弗Cabanski | 重新校准核苷酸的质量 |
| restfulSE | 什维塔Gopaulakrishnan | 通过summarizeexperiment接口访问类似矩阵的HDF5服务器内容或BigQuery内容 |
| rexposome | 卡莱斯Hernandez-Ferrer | 暴露体探索和结果数据分析 |
| rfaRm | 劳拉·塞尔斯·维达尔，拉斐尔·阿亚拉 | Rfam数据库的R接口 |
| rfPred | 雨果Varet | 将rfPred功能预测分数分配给missense变量列表 |
| rGADEM | Arnaud所有权 | 从头母题发现 |
| RGalaxy | 生物导体包维护者 | 在银河网络平台上提供R功能 |
| Rgin | 赫克托耳Climente-Gonzalez | R轧子 |
| RGMQL | 西蒙·帕洛 | R/Bioconductor的GenoMetric查询语言 |
| RGraph2js | 史蒂芬卡诺 | 将图形转换为D3js脚本 |
| Rgraphviz | 卡斯珀·丹尼尔·汉森 | 为R图对象提供绘图功能 |
| rGREAT | Zuguang顾 | GREAT分析客户端 |
| RGSEA | 成成马 | 随机基因集富集分析 |
| rgsepd | Stamm卡尔 | 基因集富集/投影显示 |
| rhdf5 | 迈克•史密斯 | R HDF5接口 |
| rhdf5client | 文森特·凯里 | 从h5serv访问HDF5内容 |
| rhdf5filters | 迈克•史密斯 | HDF5压缩滤波器 |
| Rhdf5lib | 迈克•史密斯 | hdf5库作为R包 |
| Rhisat2 | 夏洛特Soneson | R包装HISAT2校准器 |
| Rhtslib | 生物导体包维护者 | HTSlib高通量测序库作为R包 |
| RiboProfiling | 答:Popa | 核糖体分析数据分析:从BAM到数据表示和解释 |
| ribor | 迈克尔耿 | Ribo文件的R接口 |
| riboSeqR | 托马斯·哈德卡斯尔 | 核糖体分析实验的测序数据分析 |
| ribosomeProfilingQC | Jianhong欧 | 核糖体分析质量控制 |
| RImmPort | 胡自成，Ravi Shankar | rimport:启用准备分析的免疫研究数据 |
| 林格 | j . Toedling | 芯片-芯片寡聚阵列的研究 |
| RIPSeeker | 李越 | RIPSeeker:用于从RIP-seq实验中识别蛋白质相关转录本的统计包 |
| Risa | Alejandra Gonzalez-Beltran | 将实验元数据从ISA-tab转换为Bioconductor数据结构 |
| 日坛 | 迈克尔·齐默尔曼 | 术语注释和网络资源的快速集成 |
| 河 | Yungil金 | RIVER的R包(RNA-Informed Variant Effect on Regulation) |
| RJMCMCNucleosomes | 阿斯特丽德Deschenes | 具有高通量短读数据的全基因组核小体定位贝叶斯层次模型(MNase-Seq) |
| RLMM | Nusrat Rabbee | 非对称SNP阵列的基因型调用算法 |
| Rmagpie | 卡米尔Maumet | 基于MicroArray基因表达的程序误差率估计 |
| RMassBank | RMassBank在Eawag | 处理串联MS文件和构建MassBank记录的工作流 |
| rmelting | j·阿拉 | 5 . R接口 |
| RmiR | 弗朗西斯科·Favero | 包装工作与miRNA和miRNA靶与R |
| Rmmquant | Zytnicki马提亚 | RNA-Seq多重映射Reads量化工具 |
| RNAAgeCalc | 徐任 | 多组织转录年龄计算器 |
| RNAdecay | 里德索伦森 | RNA降解数据的极大似然衰减建模 |
| RNAinteract | 贝恩德•菲舍尔 | 从多维特征估计成对相互作用 |
| RNAither | 佬司Kaderali | 高通量RNAi筛选的统计分析 |
| RNAmodR | 菲利克斯·恩斯特 | 在高通量测序数据中检测转录后修饰 |
| RNAmodR。AlkAnilineSeq | 菲利克斯·恩斯特 | AlkAnilineSeq检测m7G, m3C和D的修饰 |
| RNAmodR。毫升 | 菲利克斯·恩斯特 | 利用机器学习检测转录后修饰的模式 |
| RNAmodR。RiboMethSeq | 菲利克斯·恩斯特 | RiboMethSeq检测2'-O甲基化 |
| RNAprobR | Nikos Sidiropoulos | 基于RNA结构探测数据的大量并行测序分析的R包 |
| RNAsense | 马库斯Rosenblatt | 时间分辨RNA-Seq数据分析 |
| rnaseqcomp | Mingxiang腾 | RNA-seq定量管道的基准 |
| rnaSeqMap | 米甲Okoniewski | rnaSeq二次分析 |
| RNASeqPower | 特里·M·瑟诺 | RNAseq研究样本量 |
| RNASeqR | Kuan-Hao曹国伟 | RNASeqR:用于自动两组RNA-Seq分析工作流程的R包 |
| RnBeads | 费边穆勒 | RnBeads |
| Rnits | Dipen P. Sangurdekar | R时间序列数据的归一化和推断 |
| 咆哮 | 埃琳娜格拉希 | 从RNA-seq比对中鉴别APA的使用差异 |
| 中华民国 | 文斯凯里 | ROC的实用程序，具有微阵列焦点 |
| ROCpAI | Juan-Pedro加西亚 | 用于评价分类器的部分区域指标 |
| Roleswitch | 李越 | 利用单个样本的配对表达数据推断miRNA-mRNA相互作用 |
| 的方式 | 劳伦特与 | 本体查找服务的R接口 |
| ROntoTools | Calin Voichita | R Onto-Tools套件 |
| ropls | 艾蒂安·a·泰弗诺特 | 用PCA、PLS(-DA)和oppls (-DA)对组学数据进行多元分析和特征选择 |
| ROSeq | Krishan古普塔 | 基于秩的基因表达建模方法 |
| 腐烂 | 托米-芬兰语 | 可重复性优化检验统计量 |
| 战 | 狮子座拉赫蒂 | RPA:用于探针级分析的稳健概率平均 |
| RProtoBufLib | 迈克·江，杰克·瓦格纳 | c++头文件和协议缓冲区的静态库 |
| RpsiXML | 张季涛 | R接口到PSI-MI 2.5文件 |
| rpx | 劳伦特与 | R到ProteomeXchange存储库的接口 |
| Rqc | Welliton Souza | 高通量测序数据的质量控制工具 |
| rqt | 伊利亚·兹班尼科夫 | Rqt:用于基因级元分析的实用程序 |
| rqubic | 张季涛 | R中表达式数据分析的定性聚类算法 |
| rRDP | 迈克尔Hahsler | RDP分类器接口 |
| RRHO | 乔纳森Rosenblatt | 有序表间一致性的推断 |
| rrvgo | 塞尔吉Sayols | 减少+可视化GO |
| Rsamtools | 生物导体包维护者 | 二进制对齐(BAM)、FASTA、变量调用(BCF)和tabix文件导入 |
| rsbml | 迈克尔•劳伦斯 | R对SBML的支持，使用libsbml |
| rScudo | 马特奥Ciciani | 诊断目的的基于签名的聚类 |
| RSeqAn | 8月广 | R SeqAn |
| Rsubread | 史伟，廖杨，戈登·K·史密斯 | 子读序列对齐和计数R |
| RSVSim | Christoph Bartenhagen | RSVSim:用于模拟结构变化的R/Bioconductor包 |
| rSWeeP | 丹利·r·费尔南德斯 | 氨基酸序列出现的低维比较矩阵的创建函数 |
| rTANDEM | 弗雷德里克·弗尔涅 | 串联蛋白识别算法的接口 |
| RTCA | 张季涛 | 用于分析xCELLigence系统(RTCA)数据的开源工具包 |
| RTCGA | Marcin辛斯 | 癌症基因组图谱数据集成 |
| RTCGAToolbox | 马塞尔·拉莫斯 | 用于导出TCGA消防软管数据的新工具 |
| 研制 | 毛罗·卡斯特罗 | RTN:转录调控网络的重建和调控分析 |
| RTNduals | Mauro Castro, Clarice Groeneveld | “对偶规则”的共规则与推论分析 |
| RTNsurvival | 克拉丽斯·格罗内费尔德，莫罗·a·a·卡斯特罗 | 使用RTN包推断的转录网络进行生存分析 |
| RTopper | 路易吉马尔基奥尼 | 该软件包旨在跨多个基因组平台执行基因集分析 |
| rtracklayer | 迈克尔•劳伦斯 | R界面到基因组注释文件和UCSC基因组浏览器 |
| Rtreemix | 嘉斯米娜Bogojeska | Rtreemix:突变树混合模型。 |
| rTRM | 迭戈Diez | 从PPI网络中鉴定转录调节模块 |
| rTRMui | 迭戈Diez | rTRM的闪亮用户界面 |
| runibic | Patryk Orzechowski | runibic:用于分析R中基因表达数据的基于行的聚类算法 |
| RUVcorr | Saskia Freytag | 去除不需要的基因变异基因相关性和相关分析 |
| RUVnormalize | 洛朗•雅各布 | 正则表达式数组数据的规范化 |
| RUVSeq | 大卫。Risso | 从RNA-Seq数据中去除不需要的变化 |
| 旅游房车 | 托马斯·谢尔曼 | 计算相关个体共享罕见变异的概率估计值 |
| rWikiPathways | 大多Willighagen | rWikiPathways -用于WikiPathways API的R客户端库 |
| S4Vectors | 生物导体包维护者 | 生物导体中矢量和列表容器的基础 |
| 安全 | 路德维希Geistlinger | 功能与表达的显著性分析 |
| sagenhaft | 蒂姆Beissbarth | 用于读取和比较SAGE库的函数集合 |
| SAGx | 每Broberg | 基因芯片的统计分析 |
| SAIGEgds | Xiuwen郑 | 在全现象关联研究中使用GDS文件的广义混合模型的可伸缩实现 |
| samExploreR | shailesh tripathi | samExploreR包:高性能读摘要计算向量与测序深度缩减模拟可用 |
| sampleClassifier | Khadija El Amrani | 样本分类器 |
| SamSPECTRAL | Habil | 在流式细胞仪数据中识别细胞群。 |
| sangerseqR | 乔纳森山 | R中Sanger测序数据的工具 |
| 圣诞老人 | 亚历克斯·j·科尼什 | 网络关联的空间分析 |
| sapFinder | 徐少航，文博 | 鸟枪蛋白质组学中变异肽检测和可视化的软件包。 |
| 衬衣 | 丹尼斯·威利 | 后缀阵列核平滑用于相关序列基序和多基序域的发现 |
| savR | 布伦特·考尔德 | 解析和分析Illumina SAV文件 |
| SBGNview | 小希盾 | 将组学数据叠加到SBGN通路图上 |
| SBMLR | 托马斯Radivoyevitch | SBML-R接口和分析工具 |
| SC3 | 弗拉基米尔•Kiselev | 单细胞共识聚类 |
| Scale4C | 卡罗琳沃尔特 | Scale4C:一个R/Bioconductor包，用于4C-seq数据的尺度空间转换 |
| scAlign | 尼尔森·约翰森 | 一种单细胞基因组学的比对与整合方法 |
| 扫描。通用产品 | Stephen R. Piccolo | 单通道阵列归一化(SCAN)和通用表达式码(UPC) |
| SCANVIS | 菲德拉Agius | SCANVIS -一个用于评分，注释和可视化拼接连接的工具 |
| 嘘 | 戴维斯麦卡锡 | 基因表达数据单细胞分析工具箱 |
| scBFA | Ruoxin李 | 一种使用基因检测模式来降低scRNA-seq噪声表达谱的降维工具 |
| SCBN | 燕周 | 不同物种间RNA-seq数据的统计归一化方法和差异表达分析 |
| scClassify | Yingxin林 | scclassification:单细胞分层分类 |
| scDblFinder | Pierre-Luc日尔曼 | scDblFinder |
| scDD | 基冈Korthauer | 单细胞RNA-seq数据的混合建模，以识别具有差异分布的基因 |
| scde | 让粉丝 | 单细胞差异表达 |
| scds | 丹尼斯Kostka | 单细胞RNA测序数据的双序列硅内注释 |
| scFeatureFilter | Guillaume Devailly | 一种基于相关的单细胞RNAseq数据质量滤波方法 |
| scfind | 弗拉基米尔•Kiselev | 一个搜索工具单细胞RNA-seq数据的基因列表 |
| scGPS | 关丽珍阮 | 单细胞亚群的完整分析，从识别亚群到分析它们之间的关系(scGPS =单细胞亚群的全球预测) |
| schex | Saskia Freytag | 单细胞组学数据的Hexbin图 |
| 散粒 | Shila Ghazanfar | 单细胞高阶检验 |
| ScISI | 托尼蒋介石 | 在硅交互组 |
| scMAGeCK | 枭龙程 | 在单细胞CRISPR筛选数据中识别与多种表达表型相关的基因 |
| scmap | 弗拉基米尔•Kiselev | 单细胞RNA-seq数据的无监督投影工具 |
| scMerge | 凯文·王 | scMerge:合并多批scRNA-seq数据 |
| scmeth | Divy Kangeyan | 对甲基化数据进行质量控制分析 |
| SCnorm | 朗达巴彻 | 单细胞RNA-seq数据的规范化 |
| 司康饼 | 大卫。Risso | 规范化表达式数据的单单元概述 |
| Sconify | 泰勒·J·伯恩斯 | 用于执行基于knn的流式和大规模细胞术数据统计的工具包 |
| 范围 | 如金王 | 单细胞DNA测序的归一化和拷贝数估计方法 |
| scoreInvHap | 卡洛斯·鲁伊斯 | 获取预定义区域的反转状态 |
| scPCA | 菲利普波瓦洛 | 稀疏对比主成分分析 |
| scPipe | Luyi田 | 单细胞RNA-seq数据分析管道 |
| 食物 | 亚伦Lun | 单细胞rna序列数据分析方法 |
| scRecover | 逸苗 | 用于植入单细胞RNA-seq数据的屏幕盖 |
| 颈背 | 哲王 | 单细胞RNA-Seq UMI过滤辅助器(scruff) |
| 用水晶球占卜 | 威廉·汤斯 | 高维数据的小计数分析方法 |
| scsR | 安德里亚·弗兰切斯基尼，罗杰·迈耶，克里斯蒂安·冯·梅林 | SiRNA对种子脱靶效应的校正 |
| scTensor | 露崎引人入胜 | 通过张量分解从单细胞RNA-seq数据集检测细胞-细胞相互作用 |
| scTGIF | 露崎引人入胜 | 未注释单细胞RNA-Seq数据的细胞类型注释 |
| scTHI | 米歇尔·切 | 从单细胞RNA测序数据中识别显著激活的配体-受体相互作用 |
| SDAMS | Yuntong李 | 代谢组学和蛋白质组学数据的差异丰度分析 |
| segmentSeq | 托马斯·哈德卡斯尔 | 从高通量测序数据中识别小RNA位点的方法 |
| selectKSigs | 杨直 | 使用基于困惑度的测量和交叉验证选择突变特征的数量 |
| SELEX | 哈曼·j·巴斯梅克 | 用于分析SELEX-seq数据的函数 |
| SemDist | 伊恩·冈萨雷斯 | 基于信息增值的功能预测器评估 |
| semisup | 阿明罗森伯格 | 半监督混合模型 |
| SEPIRA | 个陈 | 调控活动的系统表观基因组推断 |
| seq2pathway | 杨新安，王哲真撰稿 | 下一代测序数据的功能基因集(或称为通路)分析的新工具 |
| SeqArray | Xiuwen郑 | 大规模全基因组序列变异呼叫的数据管理 |
| seqbias | 丹尼尔·琼斯 | 高通量测序数据中每个位置偏差的估计 |
| seqCAT | Erik Fasterius | 高通量测序细胞认证工具包 |
| seqCNA | 大卫Mosen-Ansorena | 高通量测序癌症数据拷贝数分析 |
| seqcombo | Guangchuang余 | 序列重组和重组的可视化工具 |
| SeqGSEA | RNA-Seq数据的基因集富集分析(GSEA):整合差异表达和剪接 | |
| seqLogo | 罗伯特Ivanek | DNA序列比对的序列标识 |
| seqPattern | Vanja Haberle | 在一组排序序列中可视化寡核苷酸模式和基序出现 |
| seqplots | Przemyslaw Stempor | 一种交互式工具，用于沿基因组特征使用平均图和热图可视化NGS信号和序列motif密度 |
| seqsetvis | 约瑟夫·R·博伊德 | 为下一代测序数据设置基于可视化 |
| SeqSQC | 钱氏 | 用于样本质量检查的生物导体包与下一代测序数据 |
| seqTools | 沃尔夫冈•凯泽 | fastq文件的核苷酸、序列和质量内容分析 |
| SeqVarTools | Stephanie M. Gogarten | 用于不同数据的工具 |
| 芝麻 | 扫读周 | 分析Illumina Infinium DNA甲基化阵列的工具 |
| SEtools | Pierre-Luc日尔曼 | SEtools:用于总结实验的工具 |
| sevenbridges | 南肖 | 七桥平台API客户端和R通用工作流语言工具构建器 |
| sevenC | 乔纳斯Ibn-Salem | 利用ChIP-seq在CTCF基序上的相关性捕获计算染色体构象 |
| SGSeq | 伦纳德·戈尔茨坦 | 从RNA-seq数据拼接事件预测和量化 |
| SharedObject | Jiefei王 | 在多个R进程之间共享R对象，而不存在内存复制 |
| shinyMethyl | 让-菲利普•福丁 | Illumina甲基化阵列的交互式可视化 |
| shinyTANDEM | 弗雷德里克·弗尔涅 | 为rTANDEM提供一个GUI |
| ShortRead | 生物导体包维护者 | FASTQ输入和操作 |
| SIAMCAT | 康拉德Zych | 微生物群落与宿主表型之间关系的统计推断 |
| SICtools | Xiaobin兴 | 找到两个有密切关系的bam文件之间的SNV/Indel差异 |
| sigaR | 韦塞尔·n·范·维林根 | R .整合基因组学分析的统计学 |
| SigCheck | 罗里斯塔克 | 对照随机特征、已知特征和排列数据/元数据，检查基因特征的预后性能 |
| sigFeature | Pijush Das Developer | sigFeature:使用SVM-RFE和t-统计量进行显著特征选择 |
| SigFuge | 帕特里克·金 | SigFuge |
| siggenes | Holger Schwender | 使用SAM和Efron的经验贝叶斯方法进行多重测试 |
| 风景 | Elika Garg | HTS的统计和诊断图 |
| signatureSearch | 玉柱段 | 结合功能富集分析的基因表达搜索环境 |
| 签名者 | 升Valieris | 变异特征发现的经验贝叶斯方法 |
| 印 | 亚历山大·古伊 | signet:基因网络中的选择推理 |
| sigPathway | Weil赖 | 路径分析 |
| SigsPack | Franziska舒曼 | 单样本的突变特征估计 |
| sigsquared | UnJin李 | 功能验证信号通路的基因签名生成 |
| SIM卡 | 蕾妮·x·德·梅内塞斯 | 两个人类基因组数据集的综合分析 |
| SIMAT | mr . Nezami Ranjbar | GC-SIM-MS数据处理和分析工具 |
| SimBindProfiles | 贝蒂娜费舍尔 | 相似的绑定配置文件 |
| SIMD | Jiadi朱 | 使用MeDIP-seq数据(SIMD)进行统计推断，以推断每个CpG位点的甲基化水平 |
| SimFFPE | 拉妮魏 | 用于FFPE组织的NGS读取模拟器 |
| similaRpeak | 阿斯特丽德Deschenes | 用于估计两个ChIP-Seq配置文件之间相似程度的度量 |
| SIMLR | 卢卡·德·萨诺 | 基于多核学习的单细胞解释 |
| simpleaffy | Crispin米勒 | 非常简单的Affymetrix数据的高级分析 |
| simulatorZ | (张 | 独立基因组数据集集合模拟器 |
| sincell | 米格尔·茱莉亚，安东尼奥·劳塞尔 | R包用于从单细胞RNA-seq数据统计评估细胞状态层次结构 |
| SingleCellExperiment | 大卫。Risso | S4类单单元数据 |
| SingleCellSignalR | 雅克Colinge | 使用单细胞RNAseq数据分析的细胞信号转导 |
| singleCellTK | 大卫•詹金斯 | 单细胞RNA-Seq数据的交互分析 |
| 单 | 亚伦Lun | 基于参考的单细胞RNA-Seq注释 |
| singscore | Dharmesh D. Bhuva | 基于排名的单样本基因集评分方法 |
| SISPA | 巴克提已经受理 | 样本集成集轮廓分析方法 |
| sitePath | 澄霁 | 蛋白质进化中氨基酸取代固定位点的检测 |
| sizepower | Weiliang邱 | 微阵列研究中的样本容量和功率计算 |
| skewr | 瑞安帕特尼 | 可视化强度由Illumina的人类甲基化450k串珠芯片产生 |
| 激流回旋 | 戴维斯麦卡锡 | 单细胞RNA-Seq数据的阶因潜变量建模 |
| SLGI | Nolwenn Le Meur | 合成致命基因相互作用 |
| 弹弓 | 凯利街 | 订购单细胞测序的工具 |
| 紧身的 | 埃里克·j·科特 | 在LINCS L1000数据分析中加入乐趣 |
| SLqPCR | 马蒂亚斯•科尔 | SIRS-Lab GmbH的实时定量PCR数据分析功能 |
| SMAD | 青州张 | AP-MS数据的统计模型(SMAD) |
| SMAP | 罗宾·安德森 | 数组- cgh拷贝数分析的分段极大值后验方法 |
| 击杀 | 尼尔·阿里·维杰通加，安德鲁·达蒙·约翰斯顿 | 整合转录组和表观基因组的显著性模块 |
| SNAGEE | 大卫Venet | 信噪比在基因表达实验中的应用 |
| snapCGH | 约翰Marioni | aCGH数据的分割、归一化和处理 |
| snapcount | 檐沟查尔斯 | R/Bioconductor封装，与Snaptron接口，快速查询表达计数 |
| 球形结构 | 约翰·d·斯托里 | 微阵列的监督归一化 |
| SNPediaR | 大卫褐煤 | 从SNPedia中查询数据 |
| SNPhood | 基督教阿诺德 | SNPhood:利用NGS数据研究、量化和可视化SNPs的表观基因组邻域 |
| SNPRelate | Xiuwen郑 | SNP数据相关性和主成分分析的并行计算工具集 |
| snpStats | 大卫·克莱顿 | SnpMatrix和XSnpMatrix类和方法 |
| soGGi | 汤姆•卡罗尔 | 将ChIP-seq, MNase-seq和motif的出现可视化为分组基因组间隔的汇总图 |
| 寄居 | 寄居的开发者 | 单分子轨迹的统计分析 |
| SomaticSignatures | 朱利安格林 | 体细胞签名 |
| SpacePAC | 格里高利Ryslik | 三维蛋白质空间突变簇的模拟识别。 |
| 猎犬 | 雷切尔女王 | 空间转录组学分析 |
| sparseDOSSA | 任博宇，Emma Schwager, George Weingart | 模拟合成丰度的稀疏数据观测 |
| sparseMatrixStats | 江诗丹顿Ahlmann-Eltze | 稀疏矩阵的行和列的摘要统计 |
| sparsenetgls | Irene SL Zeng | 广义最小二乘回归中高斯图结构学习估计在多元正态回归中的应用 |
| SparseSignatures | 卢卡·德·萨诺 | SparseSignatures |
| SpatialCPie | 约瑟夫Bergenstraahle | 空间转录组数据的聚类分析 |
| specL | 基督教Panse | 准备肽谱匹配用于靶向蛋白质组学 |
| SpeCond | 弗洛伦斯卡瓦利 | 从表达数据中检测特定条件 |
| SpectralTAD | 凯伦Cresswell | SpectralTAD:使用光谱聚类进行分层TAD检测 |
| SPEM | 欣阳 | s系统参数估计方法 |
| SPIA | 阿迪·劳伦提乌·塔尔卡 | 信号通路影响分析(SPIA)使用通路过度表达和异常信号扰动的联合证据 |
| spicyR | 埃利斯帕特里克 | 原位细胞术数据的空间分析 |
| SpidermiR | 克劳迪娅静脉 | SpidermiR:用于miRNA数据综合网络分析的R/Bioconductor包 |
| spikeLI | 恩里科Carlon | Affymetrix刺入Langmuir等温线数据分析工具 |
| spkTools | 马修·N·麦考 | 插入数组的方法 |
| 飞溅 | 路加福音Zappia | 单细胞RNA测序数据的简单模拟 |
| splicegear | Laurent Gautier | splicegear |
| SplicingGraphs | h .页面 | 创建，操作，可视化拼接图，并分配RNA-seq读取他们 |
| splineTimeR | Herbert Braselmann, Martin Selmansberger | 利用样条回归模型对基因表达数据进行时程差异分析，然后进行基因关联网络重建 |
| 分裂 | 戴安娜低 | 文本的拼接解释器 |
| splots | 沃尔夫冈•休伯 | 在微量滴定板或幻灯片格式的高通量分析的可视化 |
| 海绵 | 马库斯列表 | 基因表达的稀疏偏相关 |
| spotSegmentation | 克里斯Fraley | 微阵列光斑块的分割与网格化 |
| spqn | 易王 | 空间分位数归一化 |
| SQLDataFrame | 钱氏 | SQL数据库在DataFrame隐喻中的表示 |
| SQUADD | 武术Sankar | SQUAD软件的附加组件 |
| sRACIPE | Vivek Kohar | 系统生物学工具，模拟基因调节电路 |
| SRAdb | 杰克朱 | 来自NCBI SRA和工具的元数据编译 |
| sRAP | 查尔斯·沃登 | 简化RNA-Seq分析管道 |
| SRGnet | Isar Nassiri | SRGnet:一个R包，用于从转录组数据研究基因突变的协同反应 |
| srnadiff | Zytnicki马提亚 | 从RNA-seq数据中发现差异表达的未注释基因组区域 |
| sscore | 理查德•肯尼迪 | Affymetrix寡核苷酸微阵列的S-Score算法 |
| sscu | 于太阳 | 所选密码子使用的强度 |
| sSeq | 丹尼余 | 小样本量RNA-seq实验中负二项式模型色散的收缩估计 |
| ssize | 格雷戈里·r·沃恩斯 | 估计微阵列样本量 |
| SSPA | Maarten van Iterson | 微阵列和下一代测序数据的一般样本量和功率分析 |
| ssPATHS | 娜塔莉·r·戴维森 | ssPATHS:单样本路径评分 |
| ssrch | VJ凯里 | 一个简单的搜索引擎 |
| ssviz | 戴安娜低 | 一个小型RNA-seq可视化工具和分析工具包 |
| 经验丰富的人 | Koen Van den Berge | stageR:对R中高通量基因表达数据进行分期分析 |
| 斯坦 | 拉斐尔Campos-Martin | 基因组状态注释包 |
| staRank | Juliane Siebourg | 稳定的排名 |
| StarBioTrek | 克劳迪娅静脉 | StarBioTrek |
| 斯塔尔 | Benedikt米基罗 | Affymetrix芯片-芯片数据的简单平铺阵列分析 |
| STATegRa | David Gomez-Cabrero, Núria Planell报道 | 多组学数据集成类和方法 |
| statTarget | 半的菜肴 | 分子谱的统计分析 |
| stepNorm | 肖渊源 | cDNA芯片的逐步归一化函数 |
| strandCheckR | Thu-Hien来 | 计算bam文件的绞线信息 |
| 彩带 | 马丁•摩根 | 启用大文件的流处理 |
| STRINGdb | Damian Szklarczyk | 检索相互作用蛋白质数据库的搜索工具 |
| STROMA4 | Sadiq萨利赫 | 为TNBC患者分配属性 |
| 结构体 | 加文·里斯·劳埃德 | 在R中使用基于类的模板进行统计 |
| Structstrings | 菲利克斯·恩斯特 | 使用Biostrings实现点括号注释 |
| structToolbox | 加文·里斯·劳埃德 | 代谢组学和其他组学的数据处理和分析工具 |
| StructuralVariantAnnotation | 丹尼尔·卡梅隆 | 用于结构变量的变量注释 |
| SubCellBarCode | 亚斯兰谭 | SubCellBarCode:用于稳健映射和可视化整个人类空间蛋白质组的集成工作流 |
| subSeq | 安德鲁·j·巴斯，约翰·d·斯托里 | 高通量测序计数数据的子采样 |
| SummarizedBenchmark | 帕特里克·金 | 类和方法，用于执行基准比较 |
| SummarizedExperiment | 生物导体包维护者 | SummarizedExperiment容器 |
| supraHex | 海方 | supraHex:用于分析表格组学数据的超六角形图 |
| survcomp | Benjamin haebe - kains, Markus Schroeder, Catharina Olsen | 生存分析的性能评估与比较 |
| survtype | Dongmin荣格 | 存活数据的亚型识别 |
| 寿司 | 道格拉斯·H·潘斯蒂尔 | 基因组数据可视化工具 |
| 股东价值分析 | 杰弗里·t·利克，约翰·d·斯托里，w·埃文·约翰逊 | 替代变量分析 |
| SVAPLSseq | Sutirtha Chakraborty | svaplsseq -一个R包，用于估计隐藏的不需要的可变性因素，并对其进行调整，以实现基于RNAseq数据的更强大和准确的差分表达式分析 |
| SWATH2stats | 彼得Blattmann | 转换和过滤统计包的SWATH数据 |
| SwathXtend | Jemma吴 | SWATH扩展了库生成和统计数据分析 |
| swfdr | Simina M. Boca, Jeffrey T. Leek | 科学明智的错误发现率和比例真零假设估计 |
| SwimR | 兰迪·布莱克 | SwimR:一套用于秀丽隐杆线虫游泳行为量化的分析工具 |
| 开关箱 | Bahman Afsari, Luigi Marchionni, Wikum Dinalankara | 使用K-Top-Scoring-Pair (KTSP)算法基于对切换训练和验证分类器的实用程序 |
| switchde | 基兰•坎贝尔 | 跨越单细胞轨迹的开关样差异表达 |
| synapter | 劳伦特·盖托和塞巴斯蒂安·吉布 | 无标签数据分析管道，优化识别和定量 |
| synergyfinder | 淑玉商量郑 | 计算和可视化药物组合的协同得分 |
| SynExtend | 尼古拉斯·厄尔 | 使用Synteny对象的工具 |
| synlet | Chunxuan邵 | 合成致命RNAi筛选数据的命中选择 |
| SynMut | Haogao顾 | SynMut:设计具有不同基因组特征的同义突变序列 |
| systemPipeR | 托马斯Girke | systemPipeR: NGS工作流和报告生成环境 |
| TAPseq | Andreas Gschwind | 针对TAP-seq的靶向scRNA-seq引物设计 |
| 目标 | 马哈茂德•艾哈迈德 | 预测转录因子的组合功能 |
| TargetScore | 李越 | TargetScore:使用microRNA过表达数据和序列信息推断microRNA目标 |
| TargetSearch | Alvaro Cuadros-Inostroza | GC-MS代谢物谱数据分析包 |
| TarSeqQC | 加芙美利奴 | 定向测序实验质量控制 |
| TBSignatureProfiler | 大卫•詹金斯 | 利用TB路径签名分析RA-Seq数据 |
| 移行细胞癌 | 孙建强，西山友明 | TCC:标签计数数据的差分表达式分析与稳健归一化策略 |
| TCGAbiolinks | Tiago Chedraoui Silva, Antonio Colaprico | TCGAbiolinks:用于与GDC数据整合分析的R/Bioconductor包 |
| TCGAbiolinksGUI | 蒂亚戈·c·席尔瓦 | TCGAbiolinksGUI:分析癌症分子和临床数据的图形用户界面 |
| TCGAutils | 马塞尔·拉莫斯 | 用于数据管理的TCGA实用函数 |
| TCseq | Mengjun吴 | 时间序列数据分析 |
| TDARACNE | Zoppoli Pietro | 从时间过程数据进行网络逆向工程。 |
| tenXplore | VJ凯里 | 来自10x基因组的130万小鼠神经元scRNA-seq的本体论探索 |
| TEQC | 曼胡默尔 | 目标捕获实验的质量控制 |
| ternarynet | 马修·n·麦高 | 三元网络估计 |
| TFARM | Liuba Nausicaa Martino | 转录因子关联规则矿工 |
| TFBSTools | 通用电气谭 | 转录因子结合位点(TFBS)分析软件包 |
| TFEA。芯片 | Laura Puente Santamaría | 分析转录因子富集 |
| TFHAZ | 阿尔贝托Marchesi | 转录因子高聚集区 |
| TFutils | 什维塔Gopaulakrishnan | TFutils |
| tidybulk | 斯特凡诺Mangiola | 将转录组学引入潮流宇宙 |
| tigre | Antti Honkela | 基于高斯过程表达重构的转录因子推断 |
| tilingArray | (徐 | 高密度寡核苷酸平铺阵列的转录本作图 |
| timecourse | 御川台 | 发育微阵列时间过程数据的统计分析 |
| timeOmics | 安东尼Bodein | 时间课程多组学数据集成 |
| timescape | 玛雅史密斯 | 患者克隆时间 |
| TimeSeriesExperiment | 阮兰香 | 短时间序列数据分析 |
| 锡 | Bjarne Johannessen | 转录组不稳定性分析 |
| TissueEnrich | 阿施施耆那教徒的 | 组织特异性基因富集分析 |
| TitanCNA | 加文·哈 | 肿瘤全基因组测序的亚克隆拷贝数和LOH预测 |
| tkWidgets | j .张 | 基于R的tk小部件 |
| TMixClust | 莫妮卡Golumbeanu | 基于高斯混合效应模型和平滑样条的基因表达时间序列聚类 |
| TNBC。CMS | Doyeong余 | TNBC。CMS：Prediction of TNBC Consensus Molecular Subtypes |
| 三硝基甲苯 | 总部位于马 | 基因组特征的交互式可视化 |
| 烤面包 | 章子怡李 | 异质组织分析工具 |
| tofsims | 洛伦兹格柏 | 飞行时间次级离子质谱(ToF-SIMS)成像数据的导入、处理和分析 |
| ToPASeq | 伊凡娜Ihnatova | 基于拓扑的RNA-seq数据通路分析 |
| topconfects | 保罗•哈里森 | 最高置信效应大小 |
| topdownr | 塞巴斯蒂安·吉布 | 自上而下蛋白质组学中碎片化条件的研究 |
| topGO | Adrian Alexa | 基因本体的富集分析 |
| 泛太平洋伙伴关系 | 多罗斯蔡尔兹 | 分析热蛋白质组分析(TPP)实验 |
| TPP2D | 尼尔斯·Kurzawa | 利用二维热谱(DLPTP)检测配体-蛋白质相互作用 |
| tracktables | 汤姆•卡罗尔 | 构建IGV跟踪和HTML报告 |
| trackViewer | Jianhong欧 | R/Bioconductor软件包，具有web界面，可绘制优雅的交互式轨道或棒棒糖图，以促进多组学数据的综合分析 |
| tradeSeq | Hector Roux de Bezieux | 基于轨迹的测序数据差异表达分析 |
| transcriptogramer | 迭戈极其 | 基于转录图的转录分析 |
| transcriptR | Armen R. Karapetyan | 基于ChIP和RNA-Seq的初级转录本检测和定量的综合工具 |
| 石棉水泥板 | 康斯坦丁·Krismer | rna结合蛋白基序分析 |
| tRanslatome | 托玛·特巴尔迪，埃里克·达西 | 多水平基因表达的比较 |
| TransView | 尤利乌斯•穆勒 | 读取密度图的构建和接入。ChIPSeq和RNASeq数据集的可视化 |
| tra利用 | 李陈 | 基因组间隔中GWAS特征相关SNP富集分析 |
| TreeAndLeaf | 米蕾卡多佐 | 树状图可视化和插入多层信息的替代方案 |
| treeio | Guangchuang余 | 系统发生树输入和输出的基类和函数 |
| TreeSummarizedExperiment | Ruizhu黄 | tresummarizeexperiment:一个S4类的树状结构数据 |
| trena | 保罗·香农 | 利用基因表达、先验、机器学习来拟合转录调节网络 |
| 时尚的 | 朗达巴彻 | 时间过程表达式数据的断点分析 |
| triform | 托马斯•卡罗尔 | Triform在转录因子ChIP-sequencing数据中发现富集区域(峰) |
| 触发 | 约翰·d·斯托里 | 基因表达遗传学的转录调控推论 |
| 三人组 | Holger Schwender | 个案-亲本研究中SNP和SNP相互作用的检测 |
| 三层 | 雅罗西克亲爱的 | 搜索和可视化的分子内三聚体形成序列在DNA |
| tRNA | Felix GM Ernst | 分析tRNA的序列和结构 |
| tRNAdbImport | 菲利克斯·恩斯特 | 从tRNAdb和mitotRNAdb导入GRanges对象 |
| tRNAscanImport | 菲利克斯·恩斯特 | 导入tRNAscan-SE结果文件作为GRanges对象 |
| TRONCO | 卢卡·德·萨诺 | TRONCO，一个用于转化肿瘤学的R包 |
| TSCAN | 志诚记 | TSCAN:单细胞分析工具 |
| tscR | Perez-Sanz,费尔南多 | 结合坡度和Frechet距离的时间序列聚类包 |
| tspair | Jeffrey T. Leek | 微阵列分类的最高评分对 |
| TSRchitect | r·泰勒·拉伯恩 | 从大规模TSS分析数据中识别启动子 |
| TTMap | 瑞秋Jeitziner | Two-Tier Mapper:基于拓扑数据分析的聚类工具 |
| TurboNorm | Maarten van Iterson | 适用于微阵列归一化的快速散点图平滑器 |
| TVTB | 凯文Rue-Albrecht | TVTB: VCF工具箱 |
| tweeDEseq | 胡安·R·冈萨雷斯 | 使用Poisson-Tweedie分布族的RNA-seq数据分析 |
| 《暮光之城》 | 斯蒂芬妮Scheid | 估计局部错误发现率 |
| twoddpcr | 安东尼赵 | 对二维液滴数字PCR (ddPCR)数据进行分类，并量化起始分子的数量 |
| tximeta | 迈克尔的爱 | 自动元数据的文本量化导入 |
| tximport | 迈克尔的爱 | 导入并总结转录水平估计，用于转录水平和基因水平分析 |
| TxRegInfra | VJ凯里 | 转录调控网络多组规范的元数据管理 |
| TypeInfo | 邓肯庙朗 | 可选类型规格 |
| Ularcirc | 大卫·汉弗莱斯 | 用于规范和反向剪接分析(即圆形和mRNA分析)的闪亮应用程序 |
| 撤销 | Niya王 | 肿瘤-基质混合表达的无监督反褶积 |
| unifiedWMWqPCR | 尤里斯最大经济产量 | 统一Wilcoxon-Mann Whitney检验qPCR数据差异表达 |
| UniProt.ws | 生物导体包维护者 | R接口到UniProt Web服务 |
| Uniquorn | “Raik奥托” | 基于加权突变/变分指纹的癌细胞系鉴定 |
| universalmotif | Benjamin Jean-Marie Tremblay | 使用R导入、修改和导出图案 |
| 的作用 | 陈郝 | uSORT:用于基因选择的自精炼排序管道 |
| VanillaICE | 罗伯特Scharpf | 高通量基因分型阵列的隐马尔可夫模型 |
| variancePartition | 加布里埃尔·霍夫曼 | 在多水平基因表达实验中量化和解释多种变异 |
| VariantAnnotation | 生物导体包维护者 | 遗传变异的注释 |
| VariantExperiment | 钱氏 | 一个用于VCF/GDS数据和GDS后端的rangedsummarizeexperiment容器 |
| VariantFiltering | 罗伯特Castelo | 编码和非编码遗传变异的筛选 |
| VariantTools | 迈克尔•劳伦斯 | 变量调用的探索性分析工具 |
| vasp | 慧慧于 | 群体中剪接变异的量化与可视化 |
| vbmp | 尼古拉喇嘛 | 变分贝叶斯多项式概率回归 |
| VCFArray | 钱氏 | 将磁盘上/远程VCF文件表示为类似数组的对象 |
| 维加 | 桑德罗摩根氏菌属 | 一个用于拷贝数数据分割的R包 |
| VegaMC | 桑德罗摩根氏菌属 | VegaMC:一个实现变分分段平滑模型的包，用于识别癌症中的驱动染色体失衡 |
| VennDetail | Kai郭 | 一个用于可视化和提取细节的包 |
| vidger | 布兰登Monier | 在R中创建RNAseq数据的快速可视化 |
| 毒蛇 | 马里亚诺·J·阿尔瓦雷斯 | 基于丰富规则分析的蛋白质活性虚拟推断 |
| ViSEAGO | Aurelien Brionne | ViSEAGO:一个Bioconductor包，用于使用基因本体和语义相似性聚类生物功能 |
| vsn | 沃尔夫冈•休伯 | 微阵列数据方差稳定与校正 |
| vtpnet | VJ凯里 | 变异转录因子-表型网络 |
| 火神 | 费德里科·m·乔吉 | 使用网络进行虚拟芯片序列数据分析 |
| waddR | 朱利安Flesch | 基于2-Wasserstein距离检测差异分布的统计检验 |
| 西瓜 | 利奥 | Illumina 450甲基化阵列归一化和度量 |
| wavClusteR | 费德里科•Comoglio | PAR-CLIP数据中rna -蛋白质相互作用位点的敏感和高分辨率识别 |
| waveTiling | Kristof De Beuf | 基于小波的平铺阵列转录组分析模型 |
| 韦弗 | 赛斯猎鹰 | 用于处理Sweave文档的工具和扩展 |
| webbioc | 科林·a·史密斯 | Bioconductor Web界面 |
| weitrix | 保罗•哈里森 | 加权矩阵操作，用加权或稀疏数据寻找变异成分 |
| widgetTools | Jianhua张 | 创建一个交互式tcltk小部件 |
| wiggleplotr | Kaur Alasoo | 从BigWig文件中制作读覆盖图 |
| 扳手 | 赫克托·科拉达·布拉沃 | 扳手归一化稀疏计数数据 |
| XBSeq | 远航刘 | 测试RNA-seq数据的差异表达 |
| XCIR | 升Sauteraud | XCI-inference |
| xcms | 史蒂芬诺依曼 | LC-MS和GC-MS数据分析 |
| XDE | 罗伯特Scharpf | XDE:用于差异基因表达交叉研究分析的贝叶斯层次模型 |
| Xeva | 本杰明Haibe-Kains | 患者源性异种移植(PDX)数据分析 |
| XINA | Lang Ho Lee和Sasha A. Singh | 基于多重等压质量标记的动力学数据网络分析 |
| xmapbridge | 克里斯Wirth | 将绘图文件导出到xmapBridge，以便在X:Map中进行可视化 |
| xps | 基督教Stratowa | 非对称寡核苷酸阵列包括外显子阵列，全基因组阵列和平板阵列的处理和分析 |
| XVector | Herve页面 | 生物导体中外部载体表示和操作的基础 |
| 山药 | 莱斯利敏 | 高通量代谢组学工具 |
| YAPSA | 丹尼尔Huebschmann | 又一个用于签名分析的软件包 |
| yaqcaffy | 劳伦特与 | Affymetrix表达数据质量控制及再现性分析 |
| 纱 | 约瑟夫·N·保尔森 | YARN:鲁棒多条件RNA-Seq预处理和归一化 |
| zFPKM | 罗恩·阿玛 | 促进zFPKM转换的一套函数 |
| zinbwave | 大卫。Risso | RNA-Seq数据的零膨胀负二项式模型 |
| zlibbioc | 生物导体包维护者 | 一个R包的zlib-1.2.5 |
Bioconductor（R）版本：
- 3.11 (4.0)
- 3.10 (3.6)
- 3.9 (3.6)
- 3.8 (3.5)
- 3.7 (3.5)
- 3.6 (3.4)
- 3.5 (3.4)
- 3.4 (3.3)
- 3.3 (3.3)
- 3.2 (3.2)
- 3.1 (3.2)
- 3.0 (3.1)
- 2.14 (3.1)
- 2.13 (3.0)
- 2.12 (3.0)
- 2.11 (2.15)
- 2.10 (2.15)
- 2.9 (2.14)
- 2.8 (2.13)
- 2.7 (2.12)
- 2.6 (2.11)
- 2.5 (2.10)
- 2.4 (2.9)
- 2.3 (2.8)
- 2.2 (2.7)
- 2.1 (2.6)
- 2.0 (2.5)
- 1.9 (2.4)
- 1.8 (2.3)
- 1.7 (2.2)
- 1.6 (2.1)
释放公告．
