Bioconductor软件包

Bioconductor版本:3.11

维护人员 标题
a4 Tobias Verbeke, Laure counnaud 自动Affymetrix阵列分析伞包
a4Base Tobias Verbeke, Laure counnaud 自动Affymetrix阵列分析基础包
a4Classif Tobias Verbeke, Laure counnaud 自动Affymetrix阵列分析分类包
a4Core Tobias Verbeke, Laure counnaud 自动Affymetrix阵列分析核心包
a4Preproc Tobias Verbeke, Laure counnaud 自动Affymetrix阵列分析预处理包
a4Reporting Tobias Verbeke, Laure counnaud 自动Affymetrix阵列分析报告包
ABAEnrichment 施特菲·格罗特 人类大脑区域的基因表达富集
ABarray 孙永明 微阵列质量保证和统计数据分析应用生物系统基因组调查微阵列(AB1700)基因表达数据。
abseqR 嘉鸿方 抗体库的Rep-Seq数据集的报告和数据分析功能
ABSSeq Wentao杨 ABSSeq:一种新的基于绝对表达差异建模的RNA-Seq分析方法
acde 胡安·巴勃罗·阿科斯塔 差异表达基因的人工成分检测
王牌 何塞·B·普尔 低覆盖率全基因组测序的绝对拷贝数估计
aCGH 季米特洛夫彼得 阵列比较基因组杂交数据的类和函数
ACME 肖恩·戴维斯 计算微阵列富集(ACME)算法
ADaCGH2 雷蒙Diaz-Uriarte 利用并行计算和ff对象分析aCGH实验大数据
亚当 何塞·路易斯·雷巴奇克·菲略 ADAM:活性和多样性分析模块
ADAMgui 何塞·路易斯·雷巴奇克·菲略 活动和多样性分析模块图形用户界面
适应 Weixin蔡 高维多重测试的数据自适应统计
adductomicsR 乔西海耶斯 内收质谱数据集的处理
adSplit 克劳迪奥·Lottaz 注解驱动的集群
AffiXcan 亚历山德罗Lussana 遗传调控表达的功能方法
affxparser 卡斯珀·丹尼尔·汉森 Affymetrix文件解析SDK
affy 拉斐尔·a·伊瑞扎里 Affymetrix寡核苷酸阵列方法
affycomp 拉斐尔·a·伊瑞扎里 非词形表达度量评估的图形工具箱
AffyCompatible 马丁•摩根 Affymetrix基因芯片软件兼容性
affyContam 诉凯利 affymetrix cel文件数据的结构化损坏
affycoretools 詹姆斯·w·麦克唐纳 对使用Affymetrix基因芯片进行重复分析有用的函数
AffyExpress 李学军 Affymetrix质量评估和分析工具
affyILM 米里亚姆·克罗尔和法布里斯·伯杰 背景减法的线性模型和朗缪尔等温线
affyio 本Bolstad 用于解析Affymetrix数据文件的工具
affylmGUI 戈登•史密斯 使用Affymetrix微阵列的limma包的GUI
affyPara 马库斯Schmidberger Affymetrix寡核苷酸阵列的并行预处理方法
affypdnn Laurent Gautier 探测affy包的依赖近邻(PDNN)
affyPLM 本Bolstad 探针级模型的拟合方法
affyQCReport 克雷格Parman 为affyBatch对象生成QC报告
AffyRNADegradation 马里奥Fasold 分析和纠正微阵列数据中由于RNA降解引起的探针位置偏差
AGDEX 翠兰拉尼高 微分表达式分析的一致性
agilp 本尼链 安捷伦表达式数组处理包
AgiMicroRna 佩德罗Lopez-Romero 安捷伦microRNA芯片的加工与差异表达分析
目标 埃里克·R·帕克特 目的:乳腺癌内在分子亚型的绝对赋值
ALDEx2 格雷格Gloor 考虑样本变异的差异丰度分析
alevinQC 夏洛特Soneson 为Alevin输出生成QC报告
AllelicImbalance Jesper R Gadin 研究等位基因特异性表达
AlphaBeta Yadollah Shahryary Dizaji 植物中高通量DNA甲基化数据的表观突变率和谱的计算推断
高山 迈克尔的爱 高山
阿尔卑斯山脉 维纳Thatikonda 表观基因组学数据分析例程
阿尔萨斯 罗恩Wehrens ALS用于混合物的自动化学勘探
altcdfenvs Laurent Gautier 备选CDF环境(又名探针集映射)
意大利苦杏酒 奥利弗Gevaert 使用综合多组学分析和惩罚回归的调控网络推断和驱动基因评估
AMOUNTAIN 李董 多层加权基因共表达网络的有源模块:一种持续优化方法
amplican 大船瓦伦 CRISPR实验自动化分析
AnalysisPageServer 布拉德·弗里德曼 通过web共享R中的交互数据和图表的框架
anamiR Ti-Tai王 miRNA和mRNA表达数据的集成分析包
Anaquin 泰德黄 亮片的统计分析
AneuFinder 亚伦Taudt 单细胞测序数据拷贝数变异分析
曾帮工 马天乐 复杂患者聚类的亲和网络融合
微生物 悦赵 交互式微生物组分析工具包
annaffy 科林·a·史密斯 Affymetrix生物元数据的注释工具
annmap 克里斯Wirth 与Affymetrix阵列和NGS分析相关的基因组注释和可视化包。
注释 生物导体包维护者 微阵列注释
AnnotationDbi 生物导体包维护者 在Bioconductor中操作基于sqlite的注释
AnnotationFilter 生物导体包维护者 过滤生物导体注释资源的设施
AnnotationForge 生物导体包维护者 用于构建基于sqlite的注释数据包的工具
AnnotationFuncs 斯蒂芬·麦金农·爱德华兹 注释翻译函数
AnnotationHub 生物导体包维护者 客户端访问AnnotationHub资源
AnnotationHubData 生物导体包维护者 将公共数据资源转换为Bioconductor数据结构
annotationTools 亚历山大·库恩 注释微阵列和执行跨物种基因表达分析使用平面文件数据库
annotatr 雷蒙德·g·卡瓦尔坎特 基因组区域注释到基因组注释
anota Ola拉尔森 翻译活性分析(ANOTA)。
anota2seq 克里斯蒂安·奥特林,朱莉·洛伦特 使用anota2seq一般适用于转录组范围的翻译效率分析
antiProfiles 赫克托·科拉达·布拉沃 基因表达反谱的实现
铁砧 马丁•摩根 AnVIL计算环境上的Bioconductor
APAlyzer Ruijia王 使用RNA-seq数据进行APA分析的工具包
apComplex 丹尼斯Scholtens 利用AP-MS蛋白质数据估计蛋白质复合体的隶属度
apeglm Anqi朱 GLM系数的近似后验估计
appreci8R 莎拉Sandmann 欣见8r: R/Bioconductor封装,用于过滤snv和短索引,具有高灵敏度和高PPV
aroma.light 亨利克·本特松 仅使用基本R数据类型的微阵列数据规范化和可视化的轻量级方法
ArrayExpress 哈姆·默罕默德 在EBI访问ArrayExpress Microarray数据库并构建Bioconductor数据结构:ExpressionSet, AffyBatch, NChannelSet
ArrayExpressHTS Angela Goncalves, Andrew Tikhonov ArrayExpress高通量测序处理流水线
arrayMvout 诉凯利 表达数组质量保证的多元离群值检测
arrayQuality 艾格尼丝Paquet 评估点状阵列上的阵列质量
arrayQualityMetrics 迈克•史密斯 微阵列数据集的质量度量报告
ArrayTools 亚瑟•李 基因芯片分析包
ArrayTV 埃坦Halper-Stromberg 阵列波校正的实现
ARRmNormalization 让-菲利普•福丁 Illumina甲基化数据的自适应稳健回归归一化
artMS 大卫Jimenez-Morales 质谱分析工具
一只 张倩 祖先特定等位基因频率估计
ASEB Likun王 预测乙酰化赖氨酸位点
ASGSCA 海拉Romdhani 使用广义结构方程模型对多个SNPs和多个性状进行关联研究
亚瑟士 流行Lefort 复杂光谱中的自动统计识别
ASpediaFI Doyeong余 ASpedia-FI:可选剪接事件的功能交互分析
ASpli 给曼奇尼 利用RNA-Seq分析替代剪接
AssessORF Deepank Korandla 利用蛋白质组学和进化保护评估基因预测
资产 Samsiddhi保护好 一个基于子集的异质性状和子类型关联分析的R包
分配 沈莹,W. Evan Johnson, David Jenkins, Mumtehena Rahman 自适应签名选择与集成(ASSIGN)
ATACseqQC Jianhong欧 ATAC-seq质量控制
atSNP Sunyoung胫骨 亲和性试验用于识别调节snp
吸引 塞缪尔·齐默尔曼 寻找代表Kauffman吸引子景观驱动因子的基因表达模块的方法
AUCell 莎拉Aibar AUCell:分析单细胞RNA-seq数据中的“基因集”活性(例如,识别具有特定基因签名的细胞)
自动调谐 克雷格·麦克莱恩 非靶向代谢组学数据处理的自动参数选择
AWFisher Zhiguang霍 一个用于自适应加权fisher方法快速计算的R包
BaalChIP 伊内斯·德·圣地亚哥 BaalChIP:癌症基因组中等位基因特异性转录因子结合的贝叶斯分析
BAC 拉斐尔Gottardo 芯片实验的贝叶斯分析
培根 Maarten van Iterson 使用经验零分布控制关联研究中的偏倚和膨胀
贝德 Andreas Neudecker RNA测序数据差异表达的贝叶斯分析
BadRegionFinder 莎拉Sandmann BadRegionFinder:一个R/Bioconductor包,用于识别覆盖不良的区域
亚历杭德罗Quiroz-Zarate 基因集选择的贝叶斯方法
舞会礼服 杰克傅 灵活的,异构体水平的差异表达分析
bamsignals 约翰内斯·赫尔穆特 从bam文件中提取读计数信号
强盗 西蒙Tiberi 差分拼接的贝叶斯分析
banocc 乔治·温加特,柯蒂斯·胡滕豪尔 成分协方差的贝叶斯分析
basecallQC 托马斯•卡罗尔 使用Illumina基本调用和解复用输入和输出文件
BaseSpaceR 贾里德·奥康奈尔 R SDK for BaseSpace RESTful API
Basic4Cseq 卡罗琳沃尔特 Basic4Cseq: R/Bioconductor用于分析4C-seq数据的包
基础知识 卡特琳娜Vallejos 单细胞测序数据的贝叶斯分析
BasicSTARRseq 安妮卡方式 STARR-seq数据的基本峰值调用
蛇怪 亚伦Lun 在Bioconductor包中冻结Python版本
basilisk.utils 亚伦Lun Basilisk安装实用程序
后面; 亚伦Lun 单细胞批量校正方法
BatchQC Solaiappan Manimaran 批量效果质量控制软件
BayesKnockdown 威廉·查德·杨 BayesKnockdown:从Knockdown数据边缘的后验概率
BayesPeak 乔纳森·凯恩斯 ChIP-seq数据的贝叶斯分析
bayNorm 朱文昊唐 单细胞RNA测序数据规范化
baySeq 托马斯·哈德卡斯尔 计数数据中差异表达模式的经验贝叶斯分析
BBCAnalyzer 莎拉Sandmann BBCAnalyzer: R/Bioconductor用于可视化碱基计数的软件包
BCRANK 亚当Ameur 从排序的DNA序列预测结合位点一致性
bcSeq 嘉兴林 高通量shRNA和CRISPR屏幕中的快速序列映射
BDMMAcorrect 振威戴 元分析的宏基因组读计数数据来自不同的队列
beachmat 亚伦Lun 编译生物导体处理每个矩阵类型
beadarray 马克·邓宁 Illumina BeadArray数据的质量评估和底层分析
beadarraySNP 1月东 Illumina SNP珠阵列的规范化和报告
BeadDataPackR 迈克•史密斯 Illumina BeadArray数据压缩
BEARscc 本杰明Schuster-Boeckler 单细胞簇稳健性的贝叶斯ERCC评估
击败 凯末尔Akman BEAT - BS-Seq变异分析工具包
BEclear 大卫粗声粗气地说 DNA甲基化数据中的批效应修正
bgafun 伊恩•华莱士 一种鉴定蛋白质家族残基的方法
BgeeCall 朱利安Wollbrett 自动RNA-Seq存在/缺失基因表达调用生成
BgeeDB Julien Wollbrett, Julien Roux, Andrea Komljenovic, Frederic Bastian Bgee数据库注释与基因表达数据检索。TopAnat,一个用于UBERON本体的解剖实体丰富分析工具
BGmix 亚历克斯·列文 差异基因表达的贝叶斯模型
bgx 欧内斯特Turro 贝叶斯基因表达
六氯 丰富的野蛮 贝叶斯层次聚类
BicARE 皮埃尔Gestraud 聚类分析与结果探索
BiFET Ahrim梦想 无偏差足迹富集测试
BiGGR Anand K. Gavai, Hannes Hettling 在R中使用代谢重建数据库进行基于约束的建模
bigmelon 泰勒·j·戈里-斯通 大型实验用Illumina甲基化阵列分析
bigmemoryExtras 彼得·m·哈弗蒂 大内存包的扩展,增加了安全性、便利性和因子类
bigPint 林赛·拉特 交互式绘制大多元数据
bioassayR 泰勒辅助工 小分子生物活性的交叉靶标分析
Biobase 生物导体包维护者 Biobase: Bioconductor的基函数
biobroom 约翰·d·斯托里和安德鲁·j·巴斯 将Bioconductor对象转换成整齐的数据帧
biobtreeR 温和的电流的 使用R . biobtree工具
bioCancer 卡里姆Mezhoud 交互式多组学癌症数据可视化与分析
BiocCaseStudies 生物导体包维护者 bioccasionally Studies:支持案例研究专著
BiocCheck 生物导体包维护者 生物导体特定包装检查
BiocDockerManager 维护人员 访问Bioconductor docker图像
BiocFileCache Lori牧羊人 跨会话管理文件
BiocGenerics 生物导体包维护者 在Bioconductor中使用的S4通用函数
biocGraph Florian Hahne 生物信息学中的图表示例和用例
BiocNeighbors 亚伦Lun 生物导体封装的最近邻检测
BiocOncoTK VJ凯里 用于一般癌症基因组学的生物导体组件
BioCor Lluís雷维拉·桑丘 功能相似
BiocParallel 生物导体包维护者 用于并行评估的生物导体设备
BiocPkgTools 肖恩·戴维斯 用于学习有关Bioc包的简单工具的集合
BiocSet 凯拉莫雷尔 代表不同的生物集
BiocSingular 亚伦Lun 生物导体包的奇异值分解
BiocSklearn VJ凯里 通过Rstudio reticulate接口到python sklearn
BiocStyle 生物导体包维护者 小插图和其他Bioconductor文档的标准样式
BiocVersion 生物导体包维护者 设置适当版本的Bioconductor包
biocViews 生物导体包维护者 R包存储库的分类视图
BiocWorkflowTools 迈克•史密斯 帮助Bioconductor工作流包开发的工具
bioDist 生物导体包维护者 不同的距离测量
biomaRt 迈克•史密斯 与BioMart数据库(即Ensembl)的接口
biomformat 保罗·j·麦克默迪 BIOM文件格式的接口包
BioMM Junfang陈 BioMM:使用组学数据进行表型预测的生物知情多阶段机器学习框架
BioMVCClass 伊丽莎白·惠伦 模型-视图-控制器(MVC)类使用Biobase
biomvRCNS 杨杜 多元生物数据拷贝数研究与分割
生命网络 马库斯> 生物网络功能分析的例程
BioNetStat 维尼Jardim 生物网络分析
BioQC 张季涛 用基因集检测组织表达谱的异质性
BioSeqClass 李红 生物序列分类
biosigner Philippe Rinaudo, Etienne Thevenot 从组学数据中发现特征
Biostrings h .页面 生物弦的有效操作
biosvd 安娜琳·戴曼,马修·布劳尔 用于高通量数据处理、异常值检测、噪声去除和动态建模的软件包
BioTIP 王哲珍,X Holly Yang和Yuxi (Jennifer) Sun BioTIP:描述生物临界点的R包
biotmle 尼玛赫亚兹 生物标记发现的有调节统计的目标学习
biovizBase 迈克尔•劳伦斯 基因组数据可视化的基本图形实用程序。
BiRewire 安德里亚·米兰球迷 用于二部图(或二进制事件矩阵)、无向和有向符号图保持度分布(或边际总数)的随机化的高性能例程
birta Benedikt Zacher, Holger Froehlich 转录活性调控的贝叶斯推断
biscuiteer “雅各莫里森” 饼干的方便函数
BiSeq 卡佳Hebestreit 亚硫酸氢盐测序数据的处理和分析
BitSeq Antti Honkela, Panagiotis Papastamoulis RNA-seq数据的转录本表达推断和差异表达分析
blacksheepr RugglesLab 两两差异比较的离群值分析
blima Vojtěch Kulvait 用于探测器(珠)水平上Illumina微阵列预处理和分析的工具
BLMA 锡阮 BLMA:一个用于双层元分析的包
bnbc 腌鱼Fletez-Brant Hi-C数据的带向归一化和批量校正
BPRMeth Chantriolnt-Andreas Kapourani 建模高阶甲基化剖面
大脑 彼得亚雷Dittwald 同位素分布计算的困惑递归算法
brainflowprobes 阿曼达价格 选择BrainFlow目标探针序列的图和注释
BrainStars Itoshi NIKAIDO 查询BrainStars的基因表达数据和图(B*)
分歧点 贝丝信号 内含子剪接分支点的预测
breakpointR 大卫Porubsky 在Strand-seq数据中查找断点
brendaDb 易周 BRENDA酶数据库
BRGenomics 迈克DeBerardine 高效分析高分辨率基因组数据的工具
拉斐尔Gottardo 差异基因表达的贝叶斯鲁棒推理
BridgeDbR 大多Willighagen 从R中使用BridgeDb标识符映射框架的代码
BrowserViz 保罗·香农 BrowserViz:使用websockets和JSON的交互式R/浏览器图形
BSgenome h .页面 高效表示全基因组及其snp的软件基础设施
bsseq 卡斯珀·丹尼尔·汉森 分析、管理和存储亚硫酸氢盐测序数据
BubbleTree Todd Creasy, Wei Zhu BubbleTree:利用下一代测序数据来阐明体细胞镶嵌中的肿瘤非整倍体和克隆性的直观可视化
BufferedMatrix 本Bolstad 在临时文件中保存的矩阵数据存储对象
BufferedMatrixMethods 本Bolstad 使用BufferedMatrix对象的Microarray数据相关方法
BUMHMM Alina Selega 利用结构探测实验数据计算修正概率的计算管道
bumphunter 拉斐尔·a·伊瑞扎里 撞猎人
公共汽车 远华刘 基因网络重建
BUScorrect 象屿罗 批效应校正与未知子类型
BUSpaRse λ摩西 kallisto | bustools R公用事业
咖啡馆 桑德博伦 表达数据中的染色体畸变查找器
CAGEfightR 马尔特Thodberg 利用Bioconductor对基因表达(CAGE)数据进行Cap分析
篮球选手 Vanja Haberle, Charles Plessy, Damir Baranasic, Sarvesh Nikumbh 分析CAGE (Cap Analysis of Gene Expression)测序数据,精确定位转录起始位点和启动子组挖掘
CALIB 回族赵 从微阵列数据估计绝对表达水平的校准模型
平静 库恩梁 协变量辅助大规模多重测试
相机 史蒂芬诺依曼 收集质谱数据注释相关方法
CAMTHC 露露陈 组织异质性表征混合物的凸分析
癌症 卡里姆Mezhoud 用于访问和建模MSKCC癌症基因组数据的图形用户界面
cancerclass 丹尼尔Kosztyla 从高维分子数据开发和验证诊断测试
CancerInSilico 托马斯·d·谢尔曼,伊莱娜·j·费蒂格 肿瘤进展的计算建模的R接口
CancerMutationAnalysis Simina M. Boca 癌症突变分析
CancerSubtypes Taosheng徐 基于多个基因组数据集的癌症亚型识别、验证和可视化
萤石 凯特琳麦克休 执行染色体血统差异(CAnD)分析
caOmicsV 亨利张 多维癌症基因组数据可视化
红衣主教 凯莉·a·贝米斯 用于统计分析的质谱成像工具箱
狂欢节 Enio Gjerga 使用整数值编程的网络识别(从基因表达数据)的因果推理工具
卡斯珀 大卫Rossell 基于成对读的可选剪接的表征
催化剂 海伦娜·l·克罗威尔 细胞仪数据分析工具
类别 生物导体包维护者 类别分析
categoryCompare Robert M. Flight 使用特征注释的高通量实验元分析
CausalR 格林·布拉德利,史蒂文·巴雷特 因果网络分析方法
cbaf 阿尔曼Shahrisa 自动比较来自cbioportal.org的各种omic数据的功能
cBioPortalData 马塞尔·拉莫斯 暴露并提供来自cBioPortal web资源的数据
ccfindR 小君吸引 癌症克隆查找器
ccmap 亚历克斯·皮克林 组合连接映射
CCPROMISE 学苑曹 两种高维遗传数据典型相关的PROMISE分析
ccrepe 艾玛·施瓦格,克雷格·贝尔斯基,乔治·温加特 ccrepe_and_nc.score
celaref 莎拉·威廉姆斯 单细胞RNAseq细胞集群参照标记
celda 约书亚·坎贝尔 细胞潜狄利克雷分配
cellbaseR 穆罕默德·OE·阿卜杜拉 从高性能的Cellbase web中查询注释数据
CellBench Shian苏 构建单细胞分析方法的基准
cellGrowth 朱利安Gagneur 拟合细胞群生长模型
cellHTS2 约瑟夫·巴里 细胞筛选的分析。cellHTS的修订版
cellity Tomislav Ilicic 单细胞rna序列数据的质量控制
CellMapper 布拉德那里提取 预测特定细胞类型中选择性表达的基因
CellMixS Almut Lutge 评估细胞特异性混合
CellNOptR A.Gabor 利用先验知识网络和摄动数据训练信号网络布尔逻辑模型
cellscape 玛雅史密斯 探索单单元树上下文中的单单元拷贝数配置文件
CellScore 南希Mah 从转录谱评估细胞身份的工具
CellTrails 丹尼尔Ellwanger 分支轨迹的重建、可视化和分析
cellTree 大卫duVerle 作为层次树结构的单细胞RNA-seq数据的推断和可视化
CEMiTool 举行Nakaya 共表达式模块识别工具
ceRNAnetsim Selcen Ari Yuka miRNA与竞争rna (ceRNA)相互作用调控模拟器
CeTF Carlos Alberto Oliveira de Biagi Junior 利用调控影响因子、偏相关和信息论分析转录因子的共表达
CexoR 佩德罗情歌 在ChIP-exo复制中发现高分辨率蛋白质- dna相互作用的R包
CFAssay 赫伯特Braselmann 菌落形成分析的统计分析
CGEN 威廉-惠勒 遗传流行病学中病例对照研究分析的R包
CGHbase 马克·范德威尔 CGHbase:用于arrayCGH数据分析的基函数和类。
CGHcall 马克·范德威尔 调用阵列CGH肿瘤剖面畸变。
cghMCR j .张 找到显示共同增益/损失的染色体区域
CGHnormaliter 巴特·p·范·豪特 不平衡像差阵列CGH数据的归一化。
CGHregions 会发生Vosse 最小化信息损失的阵列CGH数据降维方法。
冠军 元田 Illumina HumanMethylation450和EPIC芯片分析甲基化管道
负责 本杰明·梅恩 从基因表达数据评估R染色体
ChemmineOB 托马斯Girke R接口到OpenBabel功能的子集
ChemmineR 托马斯Girke 化学信息学工具箱
印度豹 Jurrian de Kanter 快速准确的scRNA-seq细胞类型鉴定
别致的 卡门·玛丽亚·利维 ChIP-Seq数据质量控制管道
芝加哥 米哈伊尔·Spivakov 芝加哥:基因组组织捕获Hi-C分析
嵌合体 Raffaele A Calogero 熔合产品的二次分析包
chimeraviz Stian Lagstad 基因融合的可视化工具
ChIPanalyser 帕特里克·马丁 chipanalyzer:预测转录因子结合位点
ChIPComp 李陈 多个ChIP-seq数据集的定量比较
chipenrich 雷蒙德·g·卡瓦尔坎特 ChIP-seq峰值数据的基因集富集
ChIPexoQual 雷内·韦尔奇 ChIPexoQual
ChIPpeakAnno 朱丽华朱丽丽,欧建宏 从ChIP-seq、ChIP-chip实验或任何实验中识别的峰的批量注释导致大量的染色体范围
ChIPQC 汤姆·卡罗,罗里·斯塔克 ChIPseq数据的质量度量
ChIPseeker Guangchuang余 用于芯片峰值注释、比较和可视化的ChIPseeker
chipseq 生物导体包维护者 chipseq:用于分析chipseq数据的包
ChIPseqR 彼得汉保格 在高通量测序数据中识别蛋白质结合位点
ChIPSeqSpike 尼古拉斯Descostes ChIP-Seq数据缩放根据spike-in控制
ChIPsim 彼得汉保格 模拟ChIP-seq实验
ChIPXpress 乔治·吴 ChIPXpress:利用公开的基因表达谱,从ChIP-seq和ChIP-chip数据中识别转录因子靶基因
筷子 Hin-Tak梁 “snp。矩阵'和'X.snp。矩阵的类
chroGPS 奥斯卡雷纳 chroGPS2:表观基因组图谱的生成、可视化和差异分析
chromDraw Jan Janecka chromDraw是一个R包,用于以线性和圆形方式绘制核型方案。
ChromHeatMap 蒂姆·f·雷纳 基因组坐标绘制热图
chromPlot 凯伦·y·奥罗斯蒂卡 基因组数据的全球可视化工具
chromstaR 亚伦Taudt ChIP-Seq数据的组合和差异染色质状态分析
chromswitch 《杰莎 从表观基因组数据中检测染色质状态开关的R包
chromVAR 艾丽西亚Schep 染色质跨区域变化
CHRONOS 帕诺斯Balomenos CHRONOS: microrna介导的亚通路富集分析的时变方法
西塞罗 汉娜多段线 从单细胞染色质可达性数据中精确顺式共可达性
CINdex 看门人尤里卡 染色体不稳定性指数
circRNAprofiler 西蒙娜Aufiero circRNAprofiler:一种基于r的循环rna下游分析计算框架
cisPath Likun王 蛋白质-蛋白质相互作用网络的可视化和管理。
CiteFuse Yingxin林 CiteFuse: CITE-seq数据的多模态分析
ClassifyR 达里奥Strbenac 交叉验证分类问题的框架,应用于差异可变性和差异分布测试
cleanUpdTSeq 欧建宏;朱丽华朱丽华 该包将假定的多聚腺苷酸位点分类为true或false/内部寡核苷酸引物
切肉刀 塞巴斯蒂安·吉布 多肽序列的裂解
clippda Stephen Nyangoma 一个用于临床蛋白质组分析数据的软件包
限幅器 保罗•马提尼 利用路径拓扑的基因集分析
cliqueMS Oriol Senan Campos 源内LC/MS代谢组学数据的同位素、加合物和碎片加合物注释
Clomial Habil Zare 推断肿瘤的克隆组成
单克隆 Irina Ostrovnaya 单克隆测试
clonotypeR 查尔斯·普莱西 T细胞抗原受体序列高通量分析
诺亚·霍夫曼 根据局部相似度阈值进行分类
clstutils 诺亚·霍夫曼 执行分类学赋值的工具。
CluMSID 托拜厄斯Depke MS2谱聚类在代谢物鉴定中的应用
clustComp 奥罗拉多浪迪警官 聚类比较包
clusterExperiment 伊丽莎白Purdom 比较单细胞测序的聚类
ClusterJudge Adrian Pasculescu 利用互信息判断聚类方法的质量
clusterProfiler Guangchuang余 基因和基因簇功能谱的统计分析和可视化
clusterSeq 托马斯·哈德卡斯尔 通过识别共表达模式对高通量测序数据进行聚类
ClusterSignificance 杰森·T·瑟维斯 ClusterSignificance包提供了工具来评估降维数据表示中的类集群是否与排列数据有分离
clusterStab 詹姆斯·w·麦克唐纳 计算微阵列数据的集群稳定性分数
clustifyr 瑞福 基于细胞簇的单细胞rna序列分类器
CMA 罗马霍农 基于微阵列的综合分类
cmapR 泰德Natoli R中的CMap工具
cn.farms Andreas Mitterecker cn。农场-因子分析拷贝数估计
cn.mops Gundula Povysil cn.mops- Mixture of Poissons for CNV detection in NGS data
CNAnorm 斯特凡诺拜里 肿瘤样本拷贝数畸变的归一化方法
cn 通用电气谭 CNE检测与可视化
CNORdt 答:业务 附加到CellNOptR:离散时间处理
CNORfeeder E.Gjerga 集成CellNOptR以添加缺失的链接
CNORfuzzy t . Cokelaer 附加到CellNOptR:模糊逻辑
CNORode Enio Gjerga CellNOptR的ODE插件
CNTools j .张 通过样本矩阵将分段数据转换为区域,以便进行其他高级计算分析。
CNVfilteR 何塞·马科斯·莫雷诺-卡布雷拉 通过SNV呼叫识别CNV呼叫工具的误报
cnvGSA 约瑟夫·卢戈 (罕见)拷贝数变异的基因集分析
CNVPanelizer 托马斯•沃尔夫 在靶向测序应用中可靠的CNV检测
CNVRanger 路德维希Geistlinger CNV范围的总结及表达/表型相关性
CNVrd2 阮黄丹 CNVrd2:一种基于读深的方法,用于从下一代测序数据中检测复杂的常见拷贝数变异并进行基因分型。
CNVtools 克里斯·巴恩斯 用CNV数据检测遗传关联的软件包
cobindR 曼Benary 寻找转录因子结合位点的共现基序
CoCiteStats 生物导体包维护者 基于共引的不同测试统计。
可可 约翰·劳森 坐标共变分析
codelink 迭戈Diez Codelink微阵列数据的操作
食典委 江刘宇超(音) 外显子组全序列归一化和拷贝数变异检测方法
coexnet Juan David Henao coexnet:一个用微阵列数据构建CO-EXpression网络的R包
CoGAPS 伊莱娜·j·费蒂格,托马斯·d·谢尔曼 模式集中的协调基因活动
cogena Zhilong贾 共表达基因集富集分析
coGPS 迎迎魏 癌症异常基因谱集
COHCAP 查尔斯·沃登 用于Illumina甲基化阵列和靶向BS-Seq数据的CpG岛分析管道
可乐 Zuguang顾 共识划分框架
结合 尤里斯最大经济产量 基于视觉整合的成分组学模型
彗星 Tiphaine马丁 coMET:区域表观基因组全关联扫描(EWAS)结果和DNA共甲基化模式的可视化
compartmap 本杰明•约翰逊 从ATAC-seq和甲基化阵列数据推断A/B区
指南针 格雷格Finak 单细胞的组合多功能分析
compcodeR 夏洛特Soneson RNAseq数据仿真、差分表达式分析和差分表达式方法性能比较
compEpiTools 卡马尔•基 计算表观基因组学的工具
CompGO 阿什利·j·瓦登伯格 一个用于。bed文件注释的R管道,比较基因集和数据可视化之间的GO术语富集
ComplexHeatmap Zuguang顾 制作复杂的热图
承认 戴安娜低 细胞排序荧光信号
共识 Tim Peters 通过实验室间检测方法进行基因组测量的跨平台共识分析
ConsensusClusterPlus 马特·威尔克森 ConsensusClusterPlus
consensusDE 阿什利·j·瓦登伯格 RNA-seq分析使用多种算法
consensusOV 本杰明Haibe-Kains 基于基因表达的高级别浆液性卵巢癌亚型分类
consensusSeekeR 阿斯特丽德Deschenes 使用基因组位置和基因组范围检测一组经验中的共识区域
contiBAIT 基兰奥尼尔 利用Strand-Seq数据改进早期构建基因组组装
conumee Volker Hovestadt 使用Illumina DNA甲基化阵列进行增强拷贝数变异分析
转换 杨怡华(Jean) 转换微阵列数据对象
国王杯 詹姆斯·w·麦克唐纳 执行癌症异常值分析的功能。
copynumber Gro流行病学 基于惩罚最小二乘回归的单轨和多轨拷贝数数据分割。
CopyNumberPlots Bernat凝胶 使用核型分析仪功能创建拷贝数图
文案 奥斯卡Krijgsman 使用脱靶读取从目标测序中复制编号信息
警戒线 Anamaria Elek 密码子使用分析与基因表达性预测
CoRegFlux Pauline Trébulle和Mohamed Elati CoRegFlux
CoRegNet 雷米总 CoRegNet:共同调控网络的重建与整合分析
CoreGx 本杰明Haibe-Kains 类和函数作为其他“Gx”包的基础
Cormotif 迎迎魏 相关Motif拟合
CorMut 振鹏李 基于选择压力检测相关突变
CORREP Dongxiao朱 多元相关估计和统计推断程序。
coseq 安德里亚·劳 测序数据的共表达分析
cosmiq 大卫•菲舍尔 cosmiq -将单个质量组合成数量
COSNet 马可Frasca 成本敏感网络用于高度不平衡标签图上的节点标签预测
CountClust 库什戴伊 利用隶属度模型的聚类和可视化RNA-Seq表达数据
countsimQC 夏洛特Soneson 比较计数数据集的特征特征
covEB c . Pacini 块对角协方差矩阵的经验贝叶斯估计
CoverageView 埃内斯托•罗伊 R的覆盖可视化包
covRNA 劳拉的城市 转录组数据的多变量分析
cpvSNP 凯特琳麦克休 在给定的基因集中,SNP关联p值的基因集分析方法
cqn 卡斯珀·丹尼尔·汉森 条件分位数归一化
CRImage Henrik Failmezger,袁银银 CRImage是一个用于细胞分类和计算肿瘤细胞数的程序包
CRISPRseek 朱丽华朱丽华 CRISPR-Cas9基因组编辑系统中靶向导向rna的设计
crisprseekplus 高山Kucukural crisprseekplus
CrispRVariants 海伦林赛 用于计算和可视化目标位置突变的工具
crlmm Benilton S Carvalho, Robert Scharpf, Matt Ritchie 用于Affymetrix SNP 5.0和6.0和Illumina阵列的基因型呼叫(CRLMM)和拷贝数分析工具
CrossICC 于太阳 面向多平台数据分析的交互式共识聚类框架
crossmeta 亚历克斯·皮克林 微阵列数据的跨平台元分析
CSAR 何塞·穆伊诺 用于分析ChIP-seq数据的统计工具
csaw 亚伦Lun Windows芯片序列分析
CSSP 钱德勒左 ChIP-Seq统计能力
CSSQ 乔治亚理工学院风扇实验室 Chip-seq信号量化器管道
ctc 安东尼·卢卡斯 集群和树转换。
CTDquerier 卡莱斯Hernandez-Ferrer 用于CTDbase数据查询、可视化和下游分析
ctgGEM 生物医学工程 从基因表达数据生成树层次可视化
cTRAP 努诺·Saraiva-Agostinho 从差异基因表达数据识别候选因果扰动
ctsGE 米甲Sharabi-Schwager 时间序列基因表达数据的聚类
腰带 洛伊特·a·戈夫 袖扣高通量测序数据的分析、探索、操作和可视化。
customProDB 王晓静,文博 从NGS数据生成定制的蛋白质数据库,以RNA-Seq数据为重点,用于蛋白质组学搜索
CVE Andreas模拟 癌症变异探索者
周期 马提亚Futschik 周期表达式模式在时间序列数据中的意义
cydar 亚伦Lun 用质量细胞仪进行差异丰度分析
CytoDx Zicheng胡 无细胞门控的细胞计数数据对临床结果的可靠预测
cytofast ·斯塔姆 一个用于CyTOF数据的快速可视化和分析工具
cytolib 迈克·江,杰克·瓦格纳 用于表示门控细胞仪并与之交互的c++基础结构
cytomapper 尼尔斯·咨询 R中高度多重成像细胞术数据的可视化
CytoML 迈克·江,杰克·瓦格纳 跨平台细胞检测数据共享的GatingML接口
dada2 本杰明·卡拉汉 从扩增子测序数据准确、高分辨率的样本推断
dagLogo Jianhong欧 dagLogo:一个Bioconductor包,用于基于概率论在组中可视化保守的氨基酸序列模式
daMA Jobst Landgrebe 阶乘双色微阵列数据的高效设计与分析
DAMEfinder Stephany Orjuela 发现DAMEs -差异等位基因甲基化区域
DaMiRseq Mattia基 RNA-seq数据挖掘:归一化,特征选择和分类
DAPAR 撒母耳Wieczorek 蛋白质丰度差异分析工具与R
飞镖 郑世杰 基于相关网络拓扑的去噪算法
DBChIP 库恩梁 转录因子与ChIP-seq的差异结合
dcanr Dharmesh D. Bhuva 微分共表达/关联网络分析
dcGSA Jiehuan太阳 纵向基因表达谱的距离相关基因集分析
DChIPRep 贝恩德•克劳斯 分析染色质修饰ChIP-Seq数据与复制
ddCt 张季涛 实时定量PCR (qRT-PCR)分析的ddCt算法
ddPCRclust 本尼迪克特·g·布林克 ddPCR数据的聚类算法
dearseq 鲍里斯·p·海布卢姆 通过稳健方差分量检验对RNA-seq数据进行差分表达式分析
debCAM 露露陈 混合物的凸分析反褶积
debrowser 高山Kucukural 交互式微分表达式分析浏览器
解读 埃里克·赖特 用于策划、分析和操纵生物序列的工具
德科 Francisco Jose Campos Laborie 使用Omic数据分析分解异构队列
DEComplexDisease “孟 一种基于双聚类分析的复杂疾病的差异表达分析和DEGs调查工具
decompTumor2Sig 罗萨里奥·m·皮罗 通过特征修饰将单个肿瘤分解为突变特征
DeconRNASeq Ting龚 用于mRNA-Seq数据的异构组织样本反褶积
decontam 本杰明·卡拉汉 在标记基因和宏基因组测序数据中识别污染物
DEDS 肖渊源 微阵列数据的距离汇总差分表达式
位深蓝 Felipe Albrecht, Markus List 位深蓝
deepSNV 莫里茨Gerstung 深度测序数据中亚克隆snv的检测。
反编排 Andrzej Oleś 差异基因表达数据格式转换器
DEGraph 洛朗•雅各布 图上的两样本测试
DEGreport 曾淡水沼泽 DEG分析报告
DEGseq Likun王 从RNA-seq数据中识别差异表达基因
DelayedArray Herve页面 用于透明地处理磁盘上和内存中类似阵列的数据集的统一框架
DelayedDataFrame 钱氏 使用标准的DataFrame隐喻对数据帧进行延迟操作
DelayedMatrixStats 彼得希 适用于'DelayedMatrix'对象的行和列的函数
deltaCaptureC 迈克尔·夏皮罗 这个包从3C数据中发现中尺度染色质重塑
deltaGseg 戴安娜低 deltaGseg
需求 Jung Hoon Woo, Mariano Alvarez 需求
DeMixT 曹少龙,杨鹏 使用来自RNAseq或微阵列平台的表达数据对具有两到三种成分的异构肿瘤样本进行细胞类型特异性反褶积
阿恩史密特 蛋白质组学数据的差异富集分析
服饰 Jakob Theorell 确定高维实体中集群的基本表型要素
DEqMS Yafeng朱 一种对定量蛋白质组数据进行差异蛋白表达统计分析的工具。
derfinder 莱昂纳多Collado-Torres 通过DER Finder方法在碱基对分辨率下对RNA-seq数据进行注释不可知的差异表达分析
derfinderHelper 莱昂纳多Collado-Torres Derfinder帮助包
derfinderPlot 莱昂纳多Collado-Torres derfinder绘图函数
DEScan2 达里奥Righelli 差异富集扫描2
DESeq 西蒙•安德斯 基于负二项分布的差异基因表达分析
DESeq2 迈克尔的爱 基于负二项分布的差异基因表达分析
DEsingle 逸苗 DEsingle用于检测单细胞RNA-seq数据中的三种差异表达
命运 菲利普·安格勒 创建扩散图
DEsubs 阿里斯蒂迪斯·g·弗拉哈斯,帕诺斯·巴洛梅诺斯 DEsubs:一个R包,用于使用RNA-seq表达实验灵活识别差异表达子通路
DEWSeq Hentze生物信息学团队 基于负二项分布的微分表达窗
DEXSeq 亚历杭德罗雷耶斯 RNA-Seq中差异外显子使用的推断
dexus 京特·Klambauer DEXUS -在未知条件下或没有重复的RNA-Seq研究中识别差异表达
DFP 罗德里戈Alvarez-Glez 基因选择
DIAlignR Shubham古普塔 基于动态规划的MS2色谱图谱比对
DiffBind 罗里斯塔克 ChIP-Seq峰值数据的差分绑定分析
diffcoexp Wenbin魏 微分共表达分析
diffcyt 卢卡斯·m·韦伯 通过高分辨率聚类的高维细胞仪鉴别发现
diffGeneAnalysis Choudary Jagarlamudi 执行差异基因表达分析
diffHic 亚伦Lun Hi-C数据的微分分析
DiffLogo •Treutler DiffLogo:生物低聚物基序的比较可视化
diffloop 迦勒Lareau 从染色质拓扑数据识别差异DNA环
diffuStats 塞吉奥Picart-Armada 生物网络上的扩散分数
diggit 马里亚诺·J·阿尔瓦雷斯 遗传变异驱动细胞表型的推断
导演 凯瑟琳Icay 多层次数据的动态可视化工具
DirichletMultinomial 马丁•摩根 微生物组数据的dirichlet -多项式混合模型机器学习
不和谐的 夏洛特Siska 不协调法:微分相关的一种新方法
DiscoRhythm 马修·卡卢奇 在生物数据中发现节律性的交互式工作流
截然不同的 西蒙Tiberi Distinct:一种通过层次排列测试进行差异分析的方法
dittoSeq 丹尼尔Bunis 用户友好的单细胞和批量RNA测序可视化
散度 Wikum Dinalankara, Luigi Marchionni 差异:通过与基线的差异来评估组学数据的功能
dk Jeffrey T. Leek 用于评估多种测试程序的双Kolmogorov-Smirnov包。
DMCFB Farhad Shokoohi 基于贝叶斯功能方法的差异甲基化胞嘧啶
DMCHMM Farhad Shokoohi 基于隐马尔可夫模型的差异甲基化CpG
DMRcaller 尼古拉·拉杜·扎贝特 差异甲基化区域调用者
DMRcate Tim Peters 甲基化阵列和测序空间分析方法
DMRforPairs 马丁Rijlaarsdam DMRforPairs:使用基于甲基化轮廓的阵列识别独特样品之间的差异甲基化区域
DMRScan 克里斯蒂安·M·佩奇 差异甲基化区域的检测
dmrseq 基冈Korthauer 亚硫酸氢盐全基因组测序中差异甲基化区域的检测和推断
DNABarcodeCompatibility 席琳Trebeau 下一代测序平台上用于多路复用实验的DNA条形码组合优化工具
DNABarcodes Tilo Buschmann 用于创建和分析用于下一代测序多路复用实验的DNA条形码的工具
DNAcopy Venkatraman E. Seshan DNA拷贝数数据分析
DNAshapeR Tsu-Pei赵 DNA形状特征的高通量预测
DominoEffect Marija Buljan, Peter Blattmann 蛋白质热点残基的鉴定与注释
doppelgangR 李维沃尔德伦 从基因组或元数据中识别可能的重复样本
Doscheda 布鲁诺Contrino 下游化学蛋白质组学分析管道
剂量 Guangchuang余 疾病本体语义与丰富分析
定量给料器 ake.vastermark 定量给料器
dpeak 东峻涌 dPeak (ChIP-seq分析中峰的反褶积)
drawProteins 保罗•布伦南 从Uniprot API输出中绘制蛋白质示意图的包
DRIMSeq 马格达雷娜Nowicka RNA-seq中dirichlet多项模型的差异转录本使用和tuQTL分析
DriverNet Jiarui叮 驱动网络:揭示调节癌症转录网络的体细胞驱动突变
DropletUtils 亚伦Lun 处理单细胞液滴数据的实用程序
DrugVsDisease j。Saez-Rodriguez 利用基因集富集分析比较疾病和药物概况
DSS 吴浩,冯浩 测序数据的离散度收缩
DTA Bjoern Schwalb 动态转录组分析
dualKS Eric J. Kort,杨雅荣 双KS判别分析与分类
沙丘 Hector Roux de Bezieux 提高单细胞RNA-Seq细胞类型发现的可复制性
DupChecker “Quanhu盛” 在元分析中检查高通量基因组数据冗余的包
dupRadar Sergi Sayols, Holger Klein RNA-Seq数据集重复率的评估
dyebias 菲利普Lijnzaad 修正滑动依赖基因特异性染料偏倚的GASSCO方法
DynDoc 生物导体包维护者 动态文档工具
EasyqpcR Le Pape Sylvain EasyqpcR用于低通量实时定量PCR数据分析
easyreporting 达里奥Righelli 帮助创建报告,以改进可复制计算研究
easyRNASeq 尼古拉斯Delhomme RNA-Seq数据计数汇总和归一化
EBarrays 明元 同时进行基因聚类和差异表达识别的统一方法
EBcoexpress 约翰·a·道森 微分共表达分析的EBcoexpress
EBImage Andrzej Oleś 图像处理和分析工具箱R
EBSEA 阿尔发Mehmood 基于外显子的基因表达分析策略
EBSeq 宁愣了 用于RNA-seq数据的基因和异构体差异表达分析的R包
EBSeqHMM 宁愣了 在有序RNA-seq实验中识别基因或异构体表达变化的贝叶斯分析
ecolitk Laurent Gautier 大肠杆菌的元数据和工具
EDASeq 大卫。Risso RNA-Seq的探索性数据分析和归一化
埃达 Chia Kuan Hui Burton, Niranjan Nagarajan 差异丰度分析的实验设计
边缘 约翰·d·斯托里,安德鲁·j·巴斯 差异基因表达的提取
刨边机 陈云顺,戈登·史密斯,艾伦·伦,马克·罗宾逊 R .数字基因表达数据的实证分析
eegc 小袁周 基因分类工程评价(eegc)
天哪 莎拉Ballouz 通过关联和程度扩大罪恶感
EGSEA 妈Alhamdoosh 基因集富集分析集成
eiR 托马斯Girke 加速小分子相似性搜索
eisa 伽柏Csardi 通过迭代签名算法进行表达式数据分析
eisaR 迈克尔·施 外显子-内含子分裂分析(EISA)
Graham Alvare,张湘丽 肘关节-通过lOgit方法评估折叠变化
埃尔默 Tiago Chedraoui Silva 利用癌症甲基化组推断调控元件格局和转录因子网络
EMDomics Sadhika Malladi和Daniel Schmolze 基因组学数据差分分析的地球移动距离
EmpiricalBrownsMethod 大卫·吉布斯 使用布朗的方法组合来自相关测试的p值
ENCODExplorer 查尔斯·乔利·博帕朗 ENCODE元数据的编译
EnhancedVolcano 凯文Blighe 准备出版的火山图,增强了颜色和标签
EnMCB 鑫昱 使用集成模型基于甲基化相关块预测疾病进展
ENmix Zongli徐 Illumina HumanMethylation450和MethylationEPIC BeadChip的数据预处理和质量控制
EnrichedHeatmap Zuguang顾 制作丰富的热图
EnrichmentBrowser 路德维希Geistlinger 基于集的和基于网络的丰富分析相结合的无缝导航
enrichplot Guangchuang余 功能丰富结果的可视化
enrichTF 郑魏 转录因子富集分析
ensembldb 约翰内斯Rainer 用于创建和使用基于ensemble的注释数据库的实用程序
ensemblVEP 生物导体包维护者 集成变异效应预测器的R接口
ENVISIONQuery 亚历克斯·利索维奇,罗杰·戴 从ENVISION生物信息学数据门户检索到R
EpiDISH 郑世杰 样本内异质性的表观遗传学解剖
epigenomix 汉斯克莱因 表观遗传和基因转录数据的归一化和混合模型的集成
epihet 晓文陈 从亚硫酸氢盐测序数据确定表观遗传异质性
epiNEM 马丁Pirkl epiNEM
EpiTxDb 菲利克斯·恩斯特 使用AnnotationDbi接口存储和访问外延脚本组信息
epivizr 赫克托·科拉达·布拉沃 R epviz web应用程序的接口
epivizrChart 赫克托·科拉达·布拉沃 R接口到epiviz web组件
epivizrData 赫克托·科拉达·布拉沃 数据管理API的epiviz交互可视化应用程序
epivizrServer 赫克托·科拉达·布拉沃 用于epivizr应用程序和包的WebSocket服务器基础设施
epivizrStandalone 赫克托·科拉达·布拉沃 在R中运行Epiviz交互式基因组数据可视化应用程序
erccdashboard 莎拉·芒罗 用ERCC对照评估差异基因表达实验
erma VJ凯里 表观基因组冒险路线图
ERSSA Zixuan邵 经验RNA-seq样本量分析
esATAC 郑魏 易于使用的ATACseq数据分析系统管道
esetVis 罗兰Cougnaud expressionSet Bioconductor对象的可视化
eudysbiome 小袁周 16S微生物资料的笛卡儿图及偶然性检验
evaluomeR José安东尼奥Bernabé-Díaz 生物信息学指标评价
EventPointer 胡安·巴勃罗·罗梅罗 使用结阵列和RNA-Seq数据有效识别可选剪接事件
ExCluster 马修·坦纳 ExCluster可以在两种条件的RNA-seq数据中检测差异表达的外显子,每个条件至少需要两个独立的生物重复
ExiMiR Sylvain Gubian R函数用于Exiqon miRNA阵列数据的归一化
exomeCopy 迈克尔的爱 从外显子组测序读取深度检测拷贝数变异
exomePeak2 魏甄 偏差感知的MeRIP-Seq峰值调用和量化
ExperimentHub 生物导体包维护者 客户端访问ExperimentHub资源
ExperimentHubData 生物导体包维护者 向ExperimentHub添加资源
explorase 迈克尔•劳伦斯 用于系统生物学数据的探索性数据分析的GUI
ExploreModelMatrix 夏洛特Soneson 设计矩阵的图形探索
ExpressionAtlas 哈姆·默罕默德 从EMBL-EBI Expression Atlas下载数据集
ExpressionView 伽柏Csardi 可视化在基因表达数据中识别的双簇
fabia。 Andreas Mitterecker FABIA:双簇采集的因子分析
factDesign 丹尼斯Scholtens 析因设计微阵列实验分析
FamAgg 约翰内斯Rainer 谱系分析与家族聚集
农场 Djork-Arne Clevert 农场-因子分析稳健的微阵列总结
fastLiquidAssociation 蒂娜甘德森 功能的全基因组应用液体协会
FastqCleaner 莱安德罗拱形门 FASTQ文件质量控制、过滤和裁剪的闪亮应用
fastseg 京特·Klambauer Fastseg -一种快速分割算法
FCBF 蒂亚戈Lubiana 基于快速相关的特征选择滤波器
fCCAC 佩德罗情歌 功能典型相关分析用于评估核酸测序数据集之间的协方差
fCI Shaojun唐 转录组学和蛋白质组学差异表达分析的f-发散截断指数
fcoex 蒂亚戈Lubiana 基于fcbf的单细胞共表达网络
fcScan Pierre Khoueiry Abdallah El-Kurdi fsccan用于检测用户定义选项的坐标集群
fdrame 有效率切尼克斯贝格 微阵列实验FDR调整(FDR- ame)
小伙子 塞吉奥Picart-Armada 代谢组学数据的解释和丰富
有限元法 甄杨 功能表观遗传模块的鉴定
ffpe 李维沃尔德伦 FFPE芯片表达数据的质量评估与控制
FGNet 莎拉Aibar 功能基因网络来源于生物富集分析
fgsea Alexey Sergushichev 快速基因集富集分析
FindMyFriends Thomas Lin Pedersen 微生物比较基因组学研究
FISHalyseR Karesh Arunakirinathan, Andreas Heindl FISHalyseR是一个用于自动FISH量化的包
鱼池 迈克尔的爱 鱼塘:差异转录和基因表达推理复制
FitHiC Ruyu谭 染色体内接触图的置信度估计
flagme 马克·罗宾逊,里卡多·罗莫利 代谢组学GC/MS数据分析
flowAI 詹尼·摩纳哥 流式细胞仪数据自动交互式质量控制
flowBeads 尼古拉·Pontikos flowBeads:流珠数据分析
flowBin 基兰奥尼尔 结合多管流式细胞术数据
flowcatchR 费德里科•马里尼 分析体内显微镜成像数据的工具集中在跟踪流动的血细胞
flowCHIC 作者:约阿希姆·舒曼 利用直方图信息分析流式细胞术数据
flowCL 贾斯汀Meskas 流式细胞术细胞群的语义标记
flowClean 腌鱼Fletez-Brant flowClean
flowClust 格雷格·菲纳克,迈克·江,杰克·瓦格纳 流式细胞术的聚类
flowCore 迈克·江,杰克·瓦格纳 flowCore:流式细胞仪数据的基本结构
flowCyBar 约阿希姆舒曼 利用门信息分析流式细胞术数据
flowDensity Mehrnoush马列 序贯流式细胞术数据门控
flowFit 大卫。Rambaldi 估计细胞跟踪染料研究中的增殖
flowFP 草Holyst 流式细胞术指纹图谱
flowMap 萧卓文 在流式细胞术数据中绘制细胞群,使用Friedman-Rafsky测试进行交叉样本比较
flowMatch Ariful Azad 流式细胞术的匹配和元聚类
flowMeans 尼玛Aghaeepour 非参数流式细胞术数据门控
flowMerge 格雷格Finak 流式细胞术数据的聚类合并
flowPeaks Yongchao通用电气 用于流数据聚类的R包
flowPloidy 泰勒史密斯 分析流式细胞仪数据,确定样品倍性
flowPlots n .霍金斯 flowPlots:门控流式细胞术数据的分析图和数据类
FlowRepositoryR 约瑟夫Spidlen FlowRepository R接口
FlowSOM 苏菲·范·加森 使用自组织图进行细胞术数据的可视化和解释
flowSpecs Jakob Theorell 高维细胞术数据处理工具
flowSpy 个戴 流式和大规模细胞术数据工具箱
flowStats 格雷格·菲纳克,迈克·江,杰克·瓦格纳 流式细胞术数据分析的统计学方法
flowTime 克雷·赖特 生物动力系统的流式细胞仪注释与分析
flowTrans 格雷格Finak 流式细胞术数据转换的参数优化
flowType 尼玛Aghaeepour 流式细胞仪表型分析
flowUtils 约瑟夫Spidlen 流式细胞仪实用程序
flowViz 迈克·江,杰克·瓦格纳 流式细胞术可视化
flowVS Ariful Azad 流式细胞仪(和微阵列)的方差稳定
flowWorkspace 格雷格·菲纳克,迈克·江,杰克·瓦格纳 表示门控和非门控细胞术数据集并与之交互的基础设施。
fmcsR 托马斯Girke 错配容忍度最大公共子结构搜索
focalCall 奥斯卡Krijgsman DNA拷贝数数据中焦点畸变的检测
FoldGO 丹尼尔Wiebe 特定折叠GO术语识别包
FourCSeq 迈克•史密斯 封装分析4C测序数据
弗雷泽 基督教莫特 在RNA-Seq数据中找到罕见的剪接事件
frenchFISH 亚当•伯曼 从组织切片的FISH图像量化DNA拷贝数的泊松模型
FRGEpistasis Futao张 数量性状的功能回归分析
frma 马修·n·麦高 冷冻RMA和条形码
frmaTools 马修·n·麦高 冻结RMA工具
FunChIP 爱丽丝Parodi 基于形状的ChIP-Seq峰的聚类和对齐
FunciSNP 西蒙·g·库切 整合功能性非编码数据集与遗传关联研究以识别候选调控snp
funtooNorm 凯瑟琳·克莱因 Infinium HumanMethylation450珠片试剂盒的归一化程序
GA4GHclient Welliton Souza 用于访问GA4GH API数据服务器的Bioconductor包
GA4GHshiny Welliton Souza 与基于ga4gh的数据服务器交互的闪亮应用程序
gaga 大卫Rossell 用于高通量数据分析的GaGa层次模型
Weijun罗 途径分析的一般适用基因集富集
克里斯托弗·裸 R和Gaggle之间的广播数据
盖亚 美国摩根氏菌属 GAIA:用于显著染色体畸变的基因组分析的R包。
GAPGOM 卡斯帕·范·穆里克 GAPGOM(新的基因注释预测和其他GO指标)
GAprediction 乔恩·波林 利用Illumina HumanMethylation450数据预测胎龄
加菲尔德 瓦伦蒂娜Iotchkova 用LD校正的调控或功能信息富集的GWAS分析
空对空导弹 Mattia基 GARS:用于在高维和具有挑战性的数据集中识别变量的鲁棒子集的遗传算法
GateFinder 尼玛Aghaeepour 基于投影的流式和大规模细胞检测门控策略优化
gcapc Mingxiang腾 GC支持的峰值调用者
gcatest 魏昊,约翰·d·斯托里 基因型条件关联检验
gCMAP 托马斯Sandmann 用于连接图类分析的工具
gCMAPWeb 托马斯Sandmann 一个用于基因集富集分析的web界面
gCrisprTools 罗素贝恩 集合Crispr筛选QC和分析的功能套件
gcrma z吴 利用序列信息进行背景调整
GCSConnection Jiefei王 使用谷歌云存储创建R连接
GCSscore 盖伊·m·哈里斯 GCSscore:用于Affymetrix/Thermo Fisher阵列微阵列分析的R包
GDCRNATools 李瑞东,曲汉 GDCRNATools:用于GDC中lncRNA、mRNA和miRNA数据综合分析的R/Bioconductor包
GDSArray 钱氏 将GDS文件表示为类数组对象
gdsfmt Xiuwen郑 CoreArray基因组数据结构(GDS)文件的R接口
geecc 马库斯Boenn 基因集富集分析扩展到权数立方
宝石 香港锅 基因、环境和甲基化相互作用的快速关联研究
双子座 Sidharth耆那教徒的 GEMINI:从成对CRISPR屏幕推断遗传相互作用的变分推理方法
genArise 国际金融公司发展小组 微阵列分析工具
genbankr 盖伯瑞尔贝克 将GenBank文件解析为语义上有用的对象
GeneAccord 阿丽亚娜·l·摩尔 在癌症患者队列中检测克隆专属基因或途径对
GeneAnswers 黄磊,冯刚 基因的综合解释
geneAttribution 亚瑟香肠 与遗传变异相关的候选基因鉴定
GeneBreak 埃弗特·范·登·布鲁克 基因断裂检测
geneClassifiers R柯伊伯 基因分类器的应用
GeneExpressionSignature 曹阳,李飞,鹿晗 基于相似性度量的基因表达特征
genefilter 生物导体包维护者 基因过滤器:从高通量实验中过滤基因的方法
genefu 本杰明Haibe-Kains 乳腺癌基因表达特征的计算
GeneGA 振鹏李 基于mRNA二级结构和密码子使用偏倚的遗传算法设计基因
GeneGeneInteR Mathieu Emily Magalie Houee-Bigot 在基因水平测试基因-基因相互作用的工具
GeneMeta 生物导体包维护者 高通量实验的元分析
GeneNetworkBuilder Jianhong欧 GeneNetworkBuilder:使用ChIP-chip/ChIP-seq数据和基因表达数据构建调控网络的生物导体包
GeneOverlap 李申,西奈山 测试和可视化基因重叠
geneplast 毛罗·卡斯特罗 同源群的进化和可塑性分析
geneplotter 生物导体包维护者 与Bioconductor图形相关的功能
geneRecommender 格雷格已经 一种基因推荐算法,用于识别与查询集基因共表达的基因
GeneRegionScan Lasse Folkersen GeneRegionScan
geneRxCluster 查尔斯·贝瑞 gRx微分聚类
GeneSelectMMD Weiliang邱 基于三分量多元分布混合特征的基因谱边缘分布的基因选择
《创世纪》 Stephanie M. Gogarten 结构化样本中的遗传估计和推断(GENESIS):用于分析来自具有群体结构和/或相关性的样本的遗传数据的统计方法
GeneStructureTools 贝丝信号 剪接基因结构操作与分析工具
geNetClassifier 莎拉Aibar 利用基因表达谱对疾病进行分类并建立相关基因网络
GeneticsDesign R遗传学项目 设计遗传学研究的功能
GeneticsPed 大卫·亨德森 谱系和遗传关系功能
GeneTonic 费德里科•马里尼 喜欢分析和整合微分表达式分析和功能丰富分析的结果
geneXtendeR 波丹Khomtchouk 优化的ChIP-seq数据功能注释
GENIE3 Van Anh Huynh-Thu 树集合的基因网络推理
genoCN 魏太阳 基因分型和拷贝数研究工具
GenoGAM Georg斯特里克 基于GAM的ChIP-Seq数据分析框架
genomation Altuna Akalin, Vedran Franke, Katarzyna Wreczycka 基因组数据汇总、注释和可视化
GenomeInfoDb 生物导体包维护者 用于操作染色体名称的实用程序,包括修改它们以遵循特定的命名风格
genomeIntervals 朱利安Gagneur 基因组区间操作
基因组 克里斯Stubben 基因组测序项目元数据
GenomicAlignments 生物导体包维护者 短基因组排列的表示和操作
GenomicDataCommons 肖恩·戴维斯 NIH / NCI基因组数据共享访问
GenomicFeatures 生物导体包维护者 方便导入和查询基因模型
GenomicFiles 生物导体包维护者 按文件或范围的分布式计算
GenomicInteractions 莉斯Ing-Simmons 处理基因组相互作用数据的实用程序
GenomicOZone 钟华,宋明洲 描绘差异基因活性的突出基因组区
GenomicRanges 生物导体包维护者 基因组间隔的表示和操作
GenomicScores 罗伯特Castelo 用于全基因组位置特定评分的基础设施
GenomicTuples 彼得希 基因组元组的表示与操作
Genominator 布拉德 分析、管理和存储基因组数据
genoset 彼得·m·哈弗蒂 拷贝数分析方法的范围总结实验
genotypeeval 詹妮弗·汤姆 gVCF或VCF文件的QA/QC
genphen 单Kitanovski 在全基因组关联研究(GWAS)中,用贝叶斯推断和统计学习量化基因型和表型之间的关联的工具
GenRank Chakravarthi Kanduri 基于收敛证据的候选基因优先级排序
GenVisR 圣扎迦利斯基德莫尔 基因组可视化R
GEOmetadb 杰克朱 来自NCBI GEO的元数据汇编
GEOquery 肖恩·戴维斯 从NCBI基因表达Omnibus (GEO)获取数据
GEOsubmission 亚历山大·库恩 准备提交给GEO的微阵列数据
gep2pep 弗朗西斯科·纳波利塔诺 途径表达谱(PEPs)的创建与分析
gespeR 费边Schmich 基因特异性表型估计器
GEWIST 邓伟强 基因环境宽互作搜索阈值
GGBase VJ凯里 GGBase基础设施为遗传学基因表达包GGtools
ggbio 迈克尔•劳伦斯 基因组数据的可视化工具
ggcyto 迈克·江,杰克·瓦格纳 用ggplot可视化细胞计数数据
GGPA 东峻涌 graph-GPA:为GWAS结果排序和研究多向架构的图形模型
GGtools VJ凯里 基因表达遗传学分析软件和数据
ggtree Guangchuang余 一个用于树和注释数据可视化的R包
GIGSEA 家朱 基因型估算基因集富集分析
girafe j . Toedling 用于功能探索的基因组间隔和读取比对
GISPA 巴克提已经受理 GISPA:基因集成集剖面分析方法
很高兴 菲利普Hupe DNA得失分析
GladiaTOX PMP S.A. R支持 用于处理高含量筛选数据的R包
Glimma Shian苏 交互式HTML图形
glmGamPoi 江诗丹顿Ahlmann-Eltze 拟合γ -泊松广义线性模型
glmSparseNet 安德烈Verissimo 弹性网络正则化模型的网络中心度度量
GlobalAncova 曼胡默尔 通过模型比较对变量组进行全局测试
globalSeq 阿明罗森伯格 全球计数测验
globaltest Jelle Goeman 与响应变量相关的协变量/特征的测试组,与基因集测试的应用
gmapR 迈克尔•劳伦斯 GMAP/GSNAP/GSTRUCT套件的R接口
GmicR 理查德Virgen-Slane 结合WGCNA和xCell读数与贝叶斯网络学习,生成基因模块免疫细胞网络(GMIC)
gmoviz 凯萨琳Zeglinski 转基因生物和编辑细胞系中复杂基因组变异的无缝可视化
GMRP Yuan-De谭 基于gwas的孟德尔随机化和路径分析
GNET2 陈陈 通过功能模块推理从表达数据构建基因调控网络
GOexpress 凯文Rue-Albrecht 使用基因本体注释可视化微阵列和RNAseq数据
GOfuncR 施特菲·格罗特 利用FUNC富集基因本体
GOFunction 王静 GO-function:从统计上显著的函数中推导出生物学上相关的函数
还装有 莉迪亚Chrabaszcz 为人类基因组找到最具特征的基因本体术语
goProfiles 亚历克斯·桑切斯 goProfiles:一个用于功能配置文件统计分析的R包
GOSemSim Guangchuang余 语义相似性度量
goseq 马修·杨,纳迪亚·戴维森 用于RNA-seq和其他长度偏倚数据的基因本体分析器
GOSim Holger Froehlich GO术语与基因产物功能相似性的计算氧化石墨烯富集分析
goSTAG 布莱恩·d·贝内特 一个工具,使用GO子树标记和注释基因在一个集合
GOstats 生物导体包维护者 用于操作GO和微阵列的工具
GOsummaries Raivo Kolde GO富集分析的词云摘要
哥特 Borbala Mifsud Hi-C数据分析的二项式检验
goTools 艾格尼丝Paquet 基因本体数据库功能
平均绩点 东峻涌 GPA (Genetic analysis in Pleiotropy and Annotation)
gpart软件 金善亚 通过识别单倍型块对高密度测序数据进行人类基因组划分
gpl 生物导体包维护者 广义偏最小二乘分类
gprege 阿尔弗雷多Kalaitzis 基因表达时间序列的高斯过程排序与估计
gpuMagic Jiefei王 一个openCL编译器,能够编译R函数并在GPU上运行代码
gQTLBase VJ凯里 gQTLBase:用于eQTL、mQTL和类似研究的基础设施
gQTLstats VJ凯里 gQTLstats: eQTL和相关研究的计算效率分析
gramm4R Tianlu陈 代谢组与微生物组的广义相关分析及模型构建策略
葡萄 布丽塔一起创造Velten 自适应惩罚在高维回归和分类与外部协变量使用变分贝叶斯
生物导体包维护者 graph:处理图数据结构的包
GraphAlignment 约翰·p·迈耶 GraphAlignment
GraphAT 托马斯LaFramboise 图论关联测验
石墨 Gabriele销售 路径拓扑环境的相互作用
GraphPAC 格里高利Ryslik 用图理论方法鉴定蛋白质突变簇。
GRENITS 爱德华·莫 使用时间序列的基因调控网络推理
GreyListChIP 英国首相戈登•布朗(Gordon Brown) 灰色列表——基于芯片输入的掩码人工制品区域
GRmetrics 尼古拉斯·克拉克,马里奥·梅德弗德维奇 计算生长速率抑制(GR)指标
groHMM 阿努莎·纳加里,图利普·南都,w·李·克劳斯 GRO-seq分析管道
GRridge Mark A. van de Wiel 利用协同数据更好的预测:自适应组正则化岭回归
GSALightning 比利香永昌 基于排列的快速基因集分析
GSAR Yasir Rahmatallah, Galina Glazko 基因集分析
GSCA 志诚记 GSCA:基因集上下文分析
gscreend 凯瑟琳Imkeller 汇总基因筛选分析
GSEABase 生物导体包维护者 基因集富集数据结构与方法
GSEABenchmarkeR 路德维希Geistlinger 可重复的GSEA基准测试
GSEAlm 艾瑟夫巴德或者 基因集富集分析的线性模型工具集
gsean Dongmin荣格 网络基因集富集分析
GSReg Bahman Afsari, Elana J. Fertig 基因集调控(GS-Reg)
GSRI 朱利安格林 基因集调控指数
GSVA 贾斯汀Guinney 微阵列和RNA-seq数据的基因集变异分析
gtrellis Zuguang顾 基因组级网格布局
GUIDEseq 朱丽华朱丽华 GUIDE-seq分析管道
吉他 贾孟 吉他
Gviz 罗伯特Ivanek 沿着基因组坐标绘制数据和注释信息
gwascat VJ凯里 在EMBL-EBI GWAS目录中表示和建模数据
GWASTools Stephanie M. Gogarten 全基因组关联研究工具
gwasurvivr 阿巴斯Rizvi gwasurvivr:用于全基因组生存分析的R包
h5vc 保罗·西奥多·派尔 使用hdf5后端管理对齐计数
hapFabia Andreas Mitterecker hapFabia:在大量测序数据中以罕见变异为特征的非常短的遗传片段鉴定(IBD)
哈曼 杰森·罗斯 使用PCA和基于约束优化的技术从数据集中去除批处理效应
Harshlight 莫里吉奥Pellegrino 一种微阵列芯片的“校正化妆”程序
HCABrowser 生物导体包维护者 浏览人类细胞图谱数据门户
HCAExplorer 生物导体包维护者 浏览人类细胞图谱数据门户
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HDTD Anestis Touloumis 高维转置数据中均值矩阵和协方差矩阵的统计推断
的热图 马尔科姆·佩里 功能基因组学和序列特征的灵活热图
Heatplus 亚历山大plone ( 带有行和/或列协变量和彩色簇的热图
HelloRanges 迈克尔•劳伦斯 向床具用户介绍*Ranges
帮助 里德·f·汤普森 帮助数据分析工具
哼哼 HyungJun曹 多条件下差异表达基因鉴别的异构误差模型
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HIBAG Xiuwen郑 HLA基因型植入与属性套袋
HiCBricks Koustav朋友 通过HDF文件存储和访问Hi-C数据的框架
HiCcompare 约翰·斯坦斯菲尔德 HiCcompare:多个Hi-C数据集的联合归一化和比较分析
hicrep 杨涛 测量Hi-C数据的再现性
hierGWAS 劳拉Buzdugan 评估预见性GWA研究的统计显著性
hierinf 克劳德Renaux 分层推理
HilbertCurve Zuguang顾 制作二维希尔伯特曲线
HilbertVis 西蒙•安德斯 希尔伯特曲线可视化
HilbertVisGUI 西蒙•安德斯 HilbertVisGUI
希尔达 杨直 利用分层潜狄利克雷分配对突变特征的突变暴露进行统计推断
hipathia 玛尔塔·r·伊达尔戈 HiPathia:高通量通路分析
河马 Kim Tae 异构诱导预处理工具
hiReadsProcessor 尼拉夫V马拉尼 从454/Illumina数据中处理LM-PCR reads的函数
HIREewas 象屿罗 全表观基因组关联研究中细胞类型特异性风险- cpg位点的检测
HiTC 尼古拉斯的仆人 高通量染色体构象捕获分析
hmdbQuery VJ凯里 探索人类代谢组数据库的实用程序
HMMcopy Daniel Lai, Sohrab Shah 拷贝数预测与校正GC和HTS数据的映射偏差
hopach 凯瑟琳·s·波拉德 分层有序分区和折叠混合(HOPACH)
HPAanalyze 安一行 检索和分析人类蛋白质图谱的数据
hpar 劳伦特与 人类蛋白质图谱
HTqPCR 海蒂Dvinge 自动分析高通量qPCR数据
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HTSFilter 安德里亚·劳 筛选复制的高通量转录组测序数据
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HybridMTest Demba Fofana 混合多重测试
安东尼费德里科• 超浓缩
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iASeq 迎迎魏 iASeq:整合多个测序数据集,用于检测等位基因特异性事件
iasva 李东亨,Anthony Cheng 迭代调整代理变量分析
iBBiG Aedin Culhane 基因集的迭代二元聚类
ibh Kircicegi Korkmaz 基于相互作用的同质性评估基因列表
iBMQ 格雷格Imholte eQTL数据的综合贝叶斯模型
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Icens 生物导体包维护者 删减和截断数据的NPMLE
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iCheck Weiliang邱 用于高维Illumina mRNA表达数据的QC管道和数据分析工具
iChip Qianxing莫 基于隐Ising模型的芯片数据贝叶斯建模
iClusterPlus 莫千行,沈荣来 多类型基因组数据的整合聚类
iCNV 子路(周 集成拷贝数变化检测
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理想的 费德里科•马里尼 交互式微分表达式分析
IdeoViz 信心派 沿着染色体表意图绘制数据(连续/离散)
染色体组型 卡尔·j·戴科玛 染色体组型
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IdMappingRetrieval 亚历克斯·利索维奇,罗杰·戴 ID映射数据检索
idr2d 康斯坦丁·Krismer 基因组相互作用数据的不可复制发现率
iGC 梁波著王 基因表达和拷贝数改变的综合分析包
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imageHTS 约瑟夫·巴里 基于高通量显微镜的屏幕分析
ima Seonggyun汉 选择性剪接的多组学数据综合分析
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interactiveDisplayBase 肖恩Balcome 支持强大的闪亮的Bioconductor对象的web显示的基本包
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iterativeBMAsurv 杨嘉怡 生存分析的迭代贝叶斯模型平均(BMA)算法
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利瓦伊 何塞·路易斯·雷巴奇克·菲略 景观表达可视化界面
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M3D 汤姆·梅奥 在测试组中识别不同甲基化区域
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maanova 基思·谢泼德 分析微阵列实验的工具
Maaslin2 劳伦McIver Maaslin2
macat Joern Toedling 微阵列染色体分析工具
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MACPET Ioannis Vardaxis 基于模型的配对端数据分析
MACSQuantifyR 拉斐尔阀盖 快速处理MACSQuantify FACS数据
made4 Aedin Culhane 利用ADE4对微阵列数据进行多元分析
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marray 杨怡华(Jean) 双色斑点微阵列数据的探索性分析
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maSigPro 玛丽亚·何塞·努埃达 时间进程基因表达数据的显著基因表达谱差异
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mbt Yuan-De谭 多重Beta t检验
mcaGUI 韦德·科普兰 微生物群落分析GUI
MCbiclust 罗伯特•边沁 基因表达数据的海量相关双聚类及其相关方法
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mCSEA 乔迪Martorell-Marugan 甲基化CpGs集富集分析
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MSGFgui Thomas Lin Pedersen 一个闪亮的图形用户界面MSGFplus
MSGFplus Thomas Lin Pedersen R和MS-GF+之间的接口
msmsEDA 约瑟Gregori 光谱计数对LC-MS/MS数据的探索性分析
msmsTests Josep Gregori Font LC-MS/MS差异表达测试
MSnbase 劳伦特与 质谱和蛋白质组学的基本功能和类
MSnID 弗拉德Petyuk LC-MSn蛋白质组鉴定可信度的探索和评估实用程序
msPurity 托马斯·n·劳森 代谢组学中基于质谱碎片的前体离子纯度自动评估
MSstats 之一Meena崔 无标签或基于标签的蛋白质组学实验中DDA、SRM和DIA的蛋白质显著性分析
MSstatsQC Eralp人偶 蛋白质组实验的纵向系统适宜性监测和质量控制
MSstatsQCgui Eralp人偶 MSstatsQC包的图形用户界面
MSstatsSampleSize Ting黄 高维基于ms的蛋白质组学实验优化设计的仿真工具
MSstatsTMT Ting黄 串联质量标签(TMT)标记的基于鸟枪质谱的蛋白质组学实验中的蛋白质显著性分析
MTseeker 蒂姆Triche 用于人类线粒体变异分析的生物导体工具
Mulcom 克劳迪奥·Isella 计算Mulcom测试
MultiAssayExperiment 马塞尔·拉莫斯 在Bioconductor集成多组学实验的软件
multiClust 内森软件 multiClust:用于识别癌症转录组谱中生物学相关簇的r包
MultiDataSet 卡洛斯Ruiz-Arenas MultiDataSet和ResultSet的实现
multiHiCcompare 约翰·斯坦斯菲尔德 当每个实验条件的副本可用时,标准化并检测Hi-C数据集之间的差异
MultiMed Simina M. Boca 同时测试多种生物介质
multiMiR 马特Mulvahill 整合多种microrna靶标数据库及其疾病和药物关联
multiOmicsViz 王静 沿着染色体绘制一个组学数据对其他组学数据的影响
多屏幕 Mizanur Khondoker 用于组合多个扫描的R包
凯瑟琳·s·波拉德 基于重采样的多重假设检验
马斯喀特 海伦娜·l·克罗威尔 多样本多组scRNA-seq数据分析工具
肌肉 亚历克斯·t·卡林卡 多序列对准肌肉
MutationalPatterns Rurika Oka, Freek Manders 突变过程的全基因组综合分析
MVCClass 伊丽莎白·惠伦 模型-视图-控制器(MVC)类
MWASTools Andrea Rodriguez-Martinez, Rafael Ayala MWASTools:执行代谢组范围关联研究的集成管道
mygene Adam Mark, Cyrus Afrasiabi,吴春雷 访问MyGene。Info_服务
myvariant Adam Mark,吴春雷 访问MyVariant.info变量查询和注释服务
mzID 劳伦特与 R的mzIdentML解析器
mzR 斯蒂芬·诺伊曼,劳伦特·盖托,寇强 解析器用于netCDF, mzXML, mzData和mzML和mzIdentML文件(质谱数据)
NADfinder 欧建宏,朱丽华 调用宽峰测序数据
NanoStringDiff 翟婷婷,王宏 纳米串nCounter数据的差分表达式分析
NanoStringQCPro 罗伯特•齐曼 NanoString mRNA基因表达数据的质量度量和数据处理方法
nanotatoR Surajit巴塔查里亚 纳米器:下一代结构变体注释与分类
NarrowPeaks 佩德罗情歌 基于形状的基于功能主成分分析的ChIP-seq变异
NBAMSeq 徐任 RNA-Seq数据的负二项式加性模型
NBSplice 加芙美利奴 负二项式模型检测差分拼接
ncdfFlow 迈克·江,杰克·瓦格纳 ncdfFlow:为流式细胞术数据提供基于HDF5的存储包。
ncGTW Chiung-Ting吴 通过邻域复合特定图形时间扭曲与错对检测对LC-MS剖面的比对
NCIgraph 洛朗•雅各布 来自NCI路径数据库的路径
ndexr Florian奥尔 NDEx R客户端库
NeighborNet 萨哈尔安萨里 Neighbor_net分析
nem Holger Froehlich (动态)嵌套效应模型和确定性效应传播网络重建表型层次结构
netbenchmark 加索尔Bellot 几种基因网络推理方法的基准测试
netbiov Shailesh tripathi 一个用于可视化复杂生物网络的软件包
netboost 帕斯卡Schlosser boost支持的网络分析
netboxr 刘敏伟 netboxr
netDx 信心派 基于网络的患者分类器
nethet Nicolas Staedler, Frank Dondelinger 用于生物网络异质性高维探索的生物导体包
NetPathMiner 艾哈迈德穆罕默德 NetPathMiner用于生物网络构建,路径挖掘和可视化
netprioR 费边Schmich 基于网络的基因优先排序模型
netReg 西蒙Dirmeier 网络正则化回归模型
netresponse 狮子座拉赫蒂 功能网络分析
NetSAM Bing张 网络系列化与模块化
netSmooth 乔纳森Ronen scRNAseq的网络平滑
networkBMA 杨嘉怡 基于回归的网络推理使用贝叶斯模型平均
ngsReports 史蒂夫Pederson 加载FastqQC报告和其他NGS相关文件
nnNorm 阿迪·劳伦提乌·塔尔卡 基于鲁棒神经网络的cDNA微阵列数据的空间和强度归一化
NOISeq 索尼娅Tarazona RNA-seq数据的探索性分析和差异表达
nondetects Valeriia Sherina qPCR数据未检测到
NoRCE 基尔德Olgun NoRCE:非编码RNA集Cis注释和富集
normalize450K 乔纳森·亚历山大·海斯 Illumina Infinium 450K数据预处理
NormalyzerDE Jakob Willforss 评价归一化方法,计算微分表达式分析统计量
NormqPCR 詹姆斯·珀金斯 RT-qPCR数据归一化的函数
normr 约翰内斯·赫尔穆特 ChIP-seq数据的归一化和差分调用
NPARC 尼尔斯·Kurzawa 热蛋白质组分析实验响应曲线的非参数分析
npGSEA 杰西卡·拉森 基因集富集分析的排列近似方法(非排列GSEA)
特种加工 远华刘 基于常微分方程(ODE)的基因网络预测方法
nucleoSim 阿斯特丽德Deschenes 生成合成核小体映射
诊断 圣地亚哥加利西亚语 R的核小体定位包
nuCpos 加藤总裁中西宏明 核小体位置预测的R包
NuPoP 中正大学王 核小体定位预测的R包
occugene 奥利弗将 多项式占用分布函数
OCplus 亚历山大plone ( 微阵列实验的操作特性、样本量和局部fdr
odseq 何塞·吉梅内斯 多序列比对中的离群点检测
OGSA 迈克尔·f·奥克斯 离群基因集分析
益生元 Benilton卡瓦略 寡核苷酸阵列的预处理工具
oligoClasses 卡瓦略和沙尔夫 oligo和crlmm支持的高吞吐量数组的类
奥林 马提亚Futschik 优化的局部强度相关的双色微阵列归一化
OLINgui 马提亚Futschik OLIN的图形用户界面
OmaDB Klara Kaleb, Adrian Altenhoff OMA REST API的R包装器
omicade4 陈孟 组学数据集的多重共惯性分析
OmicCircos 胡应 组学数据的高质量圆形可视化
omicplotR 丹尼尔Giguere 使用一个闪亮的应用程序对Omic数据集进行可视化探索
omicRexposome 卡莱斯Hernandez-Ferrer 暴露组和组学数据关联和集成分析
OmicsLonDA Ahmed A. Metwally 组学纵向差异分析
OmicsMarkeR 小查尔斯·e·德特曼 “组学”数据集的分类和特征选择
OMICsPCA Subhadeep Das 一个R包,用于从异质样本中定量整合和分析多个组学分析
omicsPrint 戴维的猫 交叉组遗传指纹
OmnipathR 阿尔贝托·瓦尔德奥利瓦斯·厄贝尔兹 导入全路径网络
奥纳西斯 尤金尼亚Galeota OnASSIs本体注释和语义相似性软件
oncomix 丹尼尔·皮克 从肿瘤正常mRNA表达数据识别肿瘤亚群中过表达基因
OncoScore 卢卡·德·萨诺 识别潜在致癌基因的工具
OncoSimulR 雷蒙Diaz-Uriarte 具有上位性癌症进展的正向遗传模拟
oneSENSE 陈永基 基于非线性随机嵌入(OneSENSE)的一维单点表达式
onlineFDR 大卫·罗伯逊 在线错误控制
ontoProc VJ凯里 解剖、细胞系等本体的处理
openCyto 迈克·江,杰克·瓦格纳 用于流式细胞仪数据的分层门控管道
openPrimeR 马蒂亚斯•多尔 多重PCR引物设计与分析
openPrimeRui 马蒂亚斯•多尔 多重PCR引物设计与分析的闪亮应用
OpenStats Hamed Haseli Mashhadi 用于高通量基因型-表型关联的可重复分析的稳健和可扩展软件包
oposSOM 亨利Loeffler-Wirth 转录组数据综合分析
oppar Soroor Hediyeh zadeh R
oppti Abdulkadir埃尔玛 离群蛋白和磷酸靶标识符
optimalFlow 斯托伊Inouzhe optimalFlow
OPWeight 穆罕默德哈桑 具有独立信息的最优p值加权
OrderedList 克劳迪奥·Lottaz 有序基因表的相似性
ORFik 哈Tjeldnes 基因组学中的开放阅读框架
Organism.dplyr 马丁•摩根 基于dplyr的生物导体注释资源访问
OrganismDbi 生物导体包维护者 软件,使不同的数据库包的顺畅接口
OSAT 李彦 OSAT:最佳样本分配工具
Oscope 宁愣了 Oscope -用于识别非同步单细胞RNA-seq中振荡基因的统计管道
OTUbase 丹尼尔·贝克 提供OTU数据分析的结构和功能
OutlierD Sukwoo金 在高通量数据的M-A散点图上使用分位数回归进行离群值检测
先驱者 基督教莫特 探索者- RNA-Seq fInDER中的异常值
OVESEG 露露陈 OVESEG-test检测组织/细胞特异性标记物
PAA Michael Turewicz, Martin Eisenacher PAA(蛋白质阵列分析仪)
packFinder 杰克Gisby 包型可转位元素的从头注释
PADOG 阿迪·劳伦提乌·塔尔卡 降低重叠基因权重的途径分析(PADOG)
PAIRADISE 胡强,Levon Demirdjian 配对分析:差异亚型表达的配对分析
paircompviz 米甲Burda 多重比较测试可视化
pandaR 约瑟夫·n·保尔森,丹·施劳奇 熊猫算法
panelcn.mops Gundula Povysil CNV检测工具针对NGS面板数据
panp 华伦 负链匹配探针集的存在-缺席调用
PANR 新王 后验关联网络和功能模块从丰富的基因扰动表型推断
PanVizGenerator Thomas Lin Pedersen 从你的泛基因组生成PanViz可视化
爸爸 拉斐尔Aggio 根据代谢组学数据预测代谢通路活性
parglms VJ凯里 支持GLMs/ gee的并行估计
拙劣的模仿 VJ凯里 参数化和抗异常值检测
过去的 研究亚当 路径关联研究工具(PAST)
Path2PPI 奥利弗•菲利普 通路相关蛋白质-蛋白质相互作用网络的预测
pathifier Assif Yitzhaky 量化癌症通路的失调
PathNet 路德维希Geistlinger 使用拓扑信息进行路径分析的R包
PathoStat Solaiappan Manimaran,赵悦 PathoStat统计微生物组分析包
pathprint Sokratis Kariotis 基因表达阵列分析的通路指纹
pathRender 文斯凯里 渲染分子路径
pathVar 塞缪尔·齐默尔曼 寻找具有显著不同变异性的路径的方法
pathview Weijun罗 基于路径的数据集成和可视化工具集
pathwayPCA 加布里埃尔奥多姆 综合路径分析与现代主成分分析法及基因选择
PathwaySplice 爱民严 一个无偏剪接路径分析的R包
paxtoolsr 奥古斯汀卢娜 PaxtoolsR:通过BioPAX和Pathway Commons访问多个数据库的路径
pcaExplorer 费德里科•马里尼 使用主成分方法的RNA-seq数据的交互式可视化
pcaGoPromoter Morten汉森 pcaGoPromoter用于分析DNA微阵列数据
pcaMethods 亨宁Redestig PCA方法的集合
PCAN 马修·佩奇和帕特里斯·戈达尔 表型一致性分析(PCAN)
PCAtools 凯文Blighe PCAtools:一切主成分分析
pcot2 莎拉的歌 主坐标和霍特林t平方法
PCpheno Nolwenn Le Meur 表型和细胞组织单位
pcxn Sokratis Kariotis 利用pcxnData包探索、分析和可视化函数
pdInfoBuilder Benilton卡瓦略 平台设计信息包构建器
peakPantheR Arnaud狼吞虎咽的人 高分辨率实验的峰拾取与标注
PECA 托米-芬兰语 探针级表达式变化平均
peco 萧卓文 ** ** ** ** ** ** ** ** ** ** ** ** ** ** ** ** ** ** ** ** ** ** ** ** ** **周期Pr** ** ** ** ** ** ** ** ** ** ** ** ** ** ** ** **
PepsNMR 侬·马丁 预处理1H-NMR FID信号
pepStat 格雷戈里·C·伊霍尔特 肽微阵列的统计分析
pepXMLTab 小菁王 基于肽FDR解析pepXML文件和过滤器。
完美的 Quy曹 微生物组数据的排列过滤
perturbatr 西蒙Dirmeier 高通量遗传扰动筛选的统计分析
PGA 温博,徐少航 由RNA-Seq衍生的定制数据库识别新肽的包
pgca 加芙Cohen-Freue PGCA:连接从MS/MS数据创建的蛋白质组的算法
PGSEA 卡尔Dykema 参数基因集富集分析
phantasus Alexey Sergushichev 可视化和交互式基因表达分析
PharmacoGx 本杰明Haibe-Kains 大规模药物基因组学数据分析
phemd William S Chen 表型EMD比较单细胞样本
phenopath 基兰•坎贝尔 具有异质遗传和环境背景的基因组轨迹
phenoTest Evarist星球 以高效、结构化、快速和可扩展的方式测试基因表达和表型之间关联的工具。我们也提供工具做GSEA(基因集富集分析)和拷贝数变异。
PhenStat 哈米德Haselimashhadi 表型数据的统计分析
philr 贾斯汀·西尔弗曼 宏基因组数据的基于ILR变换的系统发育划分
phosphonormalizer 索拉博Saraei 补偿磷蛋白组中值归一化引入的偏差
PhyloProfile Vinh Tran PhyloProfile
phyloseq 保罗·j·麦克默迪 处理和分析高通量微生物种群普查数据
π 海方 利用遗传证据在基因和通路水平优先选择药物靶点
钢琴 Leif Varemo Wigge 组学数据综合分析平台
pickgene Brian S. Yandell 微阵列表达数据分析的自适应基因选择
图片 升Sauteraud ChIP-seq的概率推断
Pigengene Habil Zare 从基因表达数据推断生物特征
升Sauteraud 基于mnas或超声短读数据的核小体定位概率推断
一品脱的量 olli - pekka Huovilainen 功能基因组数据的两两整合
pipeFrame 郑魏 R中生物信息学的管道框架
pkgDepTools 生物导体包维护者 软件包依赖工具
plethy 丹尼尔底部 R框架的探索和分析呼吸测量数据
plgem 诺曼·帕夫卡 利用幂律全球误差模型(PLGEM)检测微阵列和蛋白质组学数据集中的差异表达
钳子 Crispin米勒 实现Affymetrix PLIER算法
PloGO2 杰玛·吴,黛娜·帕斯科维奇 Plot基因本体与KEGG通路注释与丰度
plotGrouper 约翰·d·加农 闪亮的应用程序GUI包装的ggplot内置统计分析
PLPE Soo-heang Eo 配对高通量数据差分表达式的局部合并误差检验
赢钱 Gwenael G.R. Leday 分段线性回归样条(PLRS)用于DNA拷贝数和基因表达之间的关联
plw 马格努斯搁浅地 局部调节加权t检验。
plyranges 斯图尔特•李 一个流畅的界面操作基因组范围
pmm 安娜Drewek 平行混合模型
pmp 哪Jankevics 代谢组学数据集的峰值矩阵处理和信号批量校正
podkat 乌尔里希Bodenhofer 位置相关核关联检验
pogo VJ凯里 药物基因组学本体支持
聚酯 Jack Fu, Jeff Leek 模拟RNA-seq读取
Polyfit 康拉德的负担 添加到DESeq,以提高p值和q值
帖子 学苑曹 高维数据的正交空间投影检验
PoTRA Valentin Dinu 拓扑秩分析的路径
PowerExplorer 徐巧 用于RNA-Seq和蛋白质组学数据的功率估计工具
powerTCR 希拉里·科赫 基于模型的TCR曲目比较分析
PPInfer Dongmin荣格 利用蛋白质相互作用网络推断功能相关蛋白质
ppiStats 生物导体包维护者 蛋白质-蛋白质相互作用统计包
pqsfinder 雅罗西克亲爱的 潜在四重结构形成序列的识别
普拉达 Florian Hahne 基于细胞功能分析的数据分析
婴儿车 彭刘 聚合RNA-seq数据集以组装转录模型
prebs Karolis Uziela 用于改进微阵列可比性的RNA-seq数据的探针区域表达估计
PrecisionTrialDrawer 乔治•Melloni 一个分析和设计基于NGS的自定义基因面板的工具
PREDA 弗朗西斯科·法拉利 职位相关数据分析
predictionet Benjamin Haibe-Kains, Catharina Olsen 为(但不限于)基因组数据设计的预测网络的推断
preprocessCore 本Bolstad 预处理函数的集合
primirTSS Pumin李 primirna转录起始位点的预测
王子 迈克尔Skinnider 从共洗脱预测相互作用体
Daryanaz Dargahi 奖品:一个基于层次分析法的优先级估计R包
proBAMr 小菁王 在鸟枪蛋白质组数据中为psm生成SAM文件
proBatch Chloe H. Lee 蛋白质组学中批量效应的诊断和校正工具
过程 小春就李 Ciphergen SELDI-TOF处理
procoil 乌尔里希Bodenhofer 螺旋蛋白的寡聚化预测
proDA 江诗丹顿Ahlmann-Eltze 无标签质谱数据的差异丰度分析
proFIA 亚历克西斯Delabriere FIA-HRMS数据预处理
profileplyr 汤姆·卡罗尔,道格·巴罗斯 用profileplyr在基因组范围内读取信号的可视化和注释
profileScoreDist 鲍尔·o·韦斯特马克 档案得分分布
后代 阿尔贝托Valdeolivas 从基因表达推断活性的通路响应基因
projectR 吉纳维芙Stein-O ' brien 从PCA、CoGAPS、NMF、相关性和聚类中投影权重的函数
pRoloc 劳伦特与 空间蛋白质组学统一的生物信息学框架
pRolocGUI 劳伦特与 空间蛋白质组学数据的交互式可视化
承诺 斯坦·庞德,曹学远 投影到最有趣的统计证据
适当的 吴皓 RNAseq的前瞻性功率评估
道具 Lichy汉 概率路径评分(PROPS)
Prostar 撒母耳Wieczorek 为DAPAR提供一个GUI
proteinProfiles 朱利安格林 蛋白质分析
ProteomicsAnnotationHubData 劳伦特与 将公共蛋白质组学数据资源转换为Bioconductor数据结构
ProteoMM 尤利娅·V·卡尔皮耶维奇 基于多数据集模型的差异表达蛋白质组学分析平台
proteoQC 博温 蛋白质组学数据质量控制的R包
ProtGenerics 劳伦特与 S4 Bioconductor蛋白质组学基础设施的通用功能
PSEA 亚历山大·库恩 人群特异性表达分析。
psichomics 努诺·Saraiva-Agostinho 可选剪接量化、分析和可视化的图形界面
PSICQUIC 保罗·香农 蛋白质组学标准倡议公共查询接口
psygenet2r Alba Gutierrez-Sacristan psygenet2r -一个用于查询PsyGeNET和在精神障碍中进行共病研究的R包
PubScore 蒂亚戈Lubiana 自动计算基因的文献相关性
pulsedSilac Marc Pages-Gallego 脉冲- silac定量蛋白质组学数据分析
彪马 Xuejun刘 微阵列分析中的传播不确定性(包括Affymetrix传统3'阵列和外显子阵列以及人类转录组阵列2.0)
PureCN 马库斯·里斯特 拷贝号调用和SNV分类使用目标短读测序
pvac 吕俊,皮埃尔·r·布歇尔 基于pca的Affymetrix阵列基因过滤
pvca 李将鹰 主方差成分分析(PVCA)
Pviz 升Sauteraud 基于Gviz的肽标注和数据可视化
PWMEnrich 迭戈Diez PWM富集分析
pwOmics 麻仁Sitte 基于路径的组学数据集成
pwrEWAS Stefan Graw 一个用户友好的工具,用于表观基因组广泛关联研究(EWAS)的综合功率估计
qckitfastq 8月广 FASTQ质量控制
qcmetrics 劳伦特与 质量控制框架
QDNAseq 达乌德您 染色体畸变的定量DNA测序
qpcrNorm 杰西卡3月 高通量qPCR数据的数据驱动归一化策略。
qpgraph 罗伯特Castelo 从高通量基因组数据估计遗传和分子调控网络
qPLEXanalyzer 阿什利本纪念册 qPLEX-RIME数据分析工具
qrqc 文斯水牛 快速阅读质量控制
qsea 马提亚Lienhard IP-seq数据分析和可视化
qsmooth 斯蒂芬妮·c·希克斯 平滑分位数归一化
QSutils 奔驰Guerrero-Murillo 准物种多样性
Qtlizer 马提亚Munz Qtlizer: GWAS结果的综合QTL注释
限定符 迈克江 门控流式细胞术实验的质量控制
quantro 斯蒂芬妮·希克斯 何时使用分位数归一化的测试
quantsmooth 1月东 阵列数据的分位数平滑与基因组可视化
QuartPAC 格里高利Ryslik 蛋白质四阶结构突变簇的鉴定。
QuasR 迈克尔·施 在R中量化和注释短读
QuaternaryProd 卡尔·托尼·法克里 计算有符号和无符号因果图的四元点积得分统计量
QUBIC 余张 一个支持基因共表达分析的定性聚类R包
qusage 克里斯托弗·保伦 qusage:基因表达的定量集分析
qvalue 约翰·d·斯托里,安德鲁·j·巴斯 错误发现率控制的q值估计
R3CPET Mohamed Nadhir Djekidel 3CPET:利用分层狄利克雷过程在Chia-PET实验中寻找协因子配合物
r3Cseq Supat Thongjuea或 染色体构象捕获分析和下一代测序(3C-seq)
R453Plus1Toolbox 汉斯克莱因 用于从罗氏基因组测序系统导入和分析数据的软件包
R4RNA 丹尼尔·赖 用于RNA可视化和分析的R包
RaggedExperiment 马丁•摩根 跨样本的稀疏实验和分析的表示
保罗·f·塔本 结合非参数方法的节律性分析
罗摩 拉斐尔Gottardo 微阵列的稳健分析
ramwas 安德烈·沙巴林 用于浓缩平台的快速甲基体范围关联研究管道
RandomWalkRestartMH 阿尔贝托·瓦尔德奥利瓦斯·厄贝尔兹 在多路和异构网络上随机行走并重新启动
randPack 罗伯特先生 临床试验随机化例程
randRotation 彼得Hettegger 批处理结构高维数据的随机旋转方法
RankProd 弗朗西斯科·德尔卡拉托雷 鉴别差异表达基因的秩积法及其在元分析中的应用
RareVariantVis 托马斯Stokowy 全基因组测序数据中罕见基因组变异分析套件
Rariant 朱利安格林 通过非共识基调用频率的变化鉴定和评估单核苷酸变异
RbcBook1 文斯凯里 支持施普林格Bioconductor专著
RBGL 生物导体包维护者 BOOST图形库的接口
RBioinf 罗伯特先生 RBioinf
rBiopaxParser 弗兰克·克莱默 解析BioPax文件并用R表示
遏制 Dongmei李 RBM:用于微阵列和RNA-Seq数据分析的R包
Rbowtie 迈克尔·施 领结包装
Rbowtie2 郑魏 一个R包装的蝴蝶结和适配器删除
rbsurv Soo-heang Eo 基于微阵列数据的稳健可能性生存建模
Rcade 乔纳森·凯恩斯 基于r的ChIP-seq和差分表达式分析-一个集成基于计数的ChIP-seq分析与差分表达式汇总数据的工具
美国广播公司 拉博拉Uyar RNA中心注释系统
RCASPAR Douaa Mugahid, Lars Kaderali 基于分段基线危险Cox回归模型的生存时间预测包。
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rCGH 弗雷德里克通讯器 基于数组的CGH数据分析与可视化的综合管道
RchyOptimyx Adrin Jalali, Nima Aghaeepour 用于流式细胞术的优化细胞层次结构
RcisTarget 莎拉Aibar 识别基因列表上富集的转录因子结合基序
RCM 尤里斯最大经济产量 用负二项分布拟合微生物组的行-列关联模型
Rcpi 南肖 药物发现中化合物-蛋白质相互作用的分子信息学工具包
Rcwl 羌胡 使用CWL包装命令工具和管道
RcwlPipelines 羌胡 基于Rcwl的生物信息学管道
RCy3 亚历克斯·皮科 访问和控制细胞质的功能
RCyjs 保罗·香农 在cytoscape.js中显示和操作图形
RDAVIDWebService 克里斯托瓦尔弗雷斯诺 一个R包,用于使用Web服务API从DAVID检索数据到R对象。
rDGIdb 托马斯Thurnherr rwrapper for DGIdb
Rdisop 史蒂芬诺依曼 同位素模式的分解
RDRToolbox Christoph Bartenhagen Isomap和LLE的非线性降维包。
ReactomeGSA 约翰内斯偶联 用于比较多组学基因集分析的反应组分析服务的客户端
ReactomePA Guangchuang余 反应组通路分析
readat 理查德棉花 功能读取和操作SomaLogic ADAT文件
ReadqPCR 詹姆斯·珀金斯 读取qPCR数据
犹太人的尊称 卡尔·j·戴科玛 区域表达偏差
REBET 比尔·惠勒 分地区负担测试(REBET)
receptLoss 丹尼尔·皮克 肿瘤亚群中表达缺失基因的无监督鉴定
reconsi 尤里斯最大经济产量 用于同时推断的崩溃空分布的重新采样
重新计票 莱昂纳多Collado-Torres 从重新计票项目中探索和下载数据
收回 Panagiotis Moulos 一个R包,用于创建复杂的基因组剖面图
红色的 毛罗·卡斯特罗 交互式可视化和嵌套网络的操作
REDseq 朱丽华朱丽华 限制性内切酶处理的高通量测序数据分析
RefNet 保罗·香农 一个可查询的分子相互作用的集合,从许多来源
RefPlus Kai-Ming常 外推策略(RMA+)和外推平均(RMA++)方法的函数集。
地区 Bernat凝胶 基于排列试验的基因组区域关联分析
regionReport 莱昂纳多Collado-Torres 为一组基因组区域或DESeq2/edgeR结果生成HTML或PDF报告
regsplice 卢卡斯·m·韦伯 基于l1正则化的差分拼接检测方法
regutools Joselyn查韦斯 regutools:从RegulonDB中提取数据的R包
REMP 忆南向郑 重复元素甲基化预测
Repitools 马克。罗宾逊 外遗传性工具
ReportingTools 杰森·a·哈克尼,加布里埃尔·贝克尔,杰西卡·l·拉森 用于制作各种格式的报告的工具
RepViz Thomas Faux, Asta Laiho 基因组区域的复制导向可视化
ReQON 克里斯托弗Cabanski 重新校准核苷酸的质量
restfulSE 什维塔Gopaulakrishnan 通过summarizeexperiment接口访问类似矩阵的HDF5服务器内容或BigQuery内容
rexposome 卡莱斯Hernandez-Ferrer 暴露体探索和结果数据分析
rfaRm 劳拉·塞尔斯·维达尔,拉斐尔·阿亚拉 Rfam数据库的R接口
rfPred 雨果Varet 将rfPred功能预测分数分配给missense变量列表
rGADEM Arnaud所有权 从头母题发现
RGalaxy 生物导体包维护者 在银河网络平台上提供R功能
Rgin 赫克托耳Climente-Gonzalez R轧子
RGMQL 西蒙·帕洛 R/Bioconductor的GenoMetric查询语言
RGraph2js 史蒂芬卡诺 将图形转换为D3js脚本
Rgraphviz 卡斯珀·丹尼尔·汉森 为R图对象提供绘图功能
rGREAT Zuguang顾 GREAT分析客户端
RGSEA 成成马 随机基因集富集分析
rgsepd Stamm卡尔 基因集富集/投影显示
rhdf5 迈克•史密斯 R HDF5接口
rhdf5client 文森特·凯里 从h5serv访问HDF5内容
rhdf5filters 迈克•史密斯 HDF5压缩滤波器
Rhdf5lib 迈克•史密斯 hdf5库作为R包
Rhisat2 夏洛特Soneson R包装HISAT2校准器
Rhtslib 生物导体包维护者 HTSlib高通量测序库作为R包
RiboProfiling 答:Popa 核糖体分析数据分析:从BAM到数据表示和解释
ribor 迈克尔耿 Ribo文件的R接口
riboSeqR 托马斯·哈德卡斯尔 核糖体分析实验的测序数据分析
ribosomeProfilingQC Jianhong欧 核糖体分析质量控制
RImmPort 胡自成,Ravi Shankar rimport:启用准备分析的免疫研究数据
林格 j . Toedling 芯片-芯片寡聚阵列的研究
RIPSeeker 李越 RIPSeeker:用于从RIP-seq实验中识别蛋白质相关转录本的统计包
Risa Alejandra Gonzalez-Beltran 将实验元数据从ISA-tab转换为Bioconductor数据结构
日坛 迈克尔·齐默尔曼 术语注释和网络资源的快速集成
Yungil金 RIVER的R包(RNA-Informed Variant Effect on Regulation)
RJMCMCNucleosomes 阿斯特丽德Deschenes 具有高通量短读数据的全基因组核小体定位贝叶斯层次模型(MNase-Seq)
RLMM Nusrat Rabbee 非对称SNP阵列的基因型调用算法
Rmagpie 卡米尔Maumet 基于MicroArray基因表达的程序误差率估计
RMassBank RMassBank在Eawag 处理串联MS文件和构建MassBank记录的工作流
rmelting j·阿拉 5 . R接口
RmiR 弗朗西斯科·Favero 包装工作与miRNA和miRNA靶与R
Rmmquant Zytnicki马提亚 RNA-Seq多重映射Reads量化工具
RNAAgeCalc 徐任 多组织转录年龄计算器
RNAdecay 里德索伦森 RNA降解数据的极大似然衰减建模
RNAinteract 贝恩德•菲舍尔 从多维特征估计成对相互作用
RNAither 佬司Kaderali 高通量RNAi筛选的统计分析
RNAmodR 菲利克斯·恩斯特 在高通量测序数据中检测转录后修饰
RNAmodR。AlkAnilineSeq 菲利克斯·恩斯特 AlkAnilineSeq检测m7G, m3C和D的修饰
RNAmodR。毫升 菲利克斯·恩斯特 利用机器学习检测转录后修饰的模式
RNAmodR。RiboMethSeq 菲利克斯·恩斯特 RiboMethSeq检测2'-O甲基化
RNAprobR Nikos Sidiropoulos 基于RNA结构探测数据的大量并行测序分析的R包
RNAsense 马库斯Rosenblatt 时间分辨RNA-Seq数据分析
rnaseqcomp Mingxiang腾 RNA-seq定量管道的基准
rnaSeqMap 米甲Okoniewski rnaSeq二次分析
RNASeqPower 特里·M·瑟诺 RNAseq研究样本量
RNASeqR Kuan-Hao曹国伟 RNASeqR:用于自动两组RNA-Seq分析工作流程的R包
RnBeads 费边穆勒 RnBeads
Rnits Dipen P. Sangurdekar R时间序列数据的归一化和推断
咆哮 埃琳娜格拉希 从RNA-seq比对中鉴别APA的使用差异
中华民国 文斯凯里 ROC的实用程序,具有微阵列焦点
ROCpAI Juan-Pedro加西亚 用于评价分类器的部分区域指标
Roleswitch 李越 利用单个样本的配对表达数据推断miRNA-mRNA相互作用
的方式 劳伦特与 本体查找服务的R接口
ROntoTools Calin Voichita R Onto-Tools套件
ropls 艾蒂安·a·泰弗诺特 用PCA、PLS(-DA)和oppls (-DA)对组学数据进行多元分析和特征选择
ROSeq Krishan古普塔 基于秩的基因表达建模方法
腐烂 托米-芬兰语 可重复性优化检验统计量
狮子座拉赫蒂 RPA:用于探针级分析的稳健概率平均
RProtoBufLib 迈克·江,杰克·瓦格纳 c++头文件和协议缓冲区的静态库
RpsiXML 张季涛 R接口到PSI-MI 2.5文件
rpx 劳伦特与 R到ProteomeXchange存储库的接口
Rqc Welliton Souza 高通量测序数据的质量控制工具
rqt 伊利亚·兹班尼科夫 Rqt:用于基因级元分析的实用程序
rqubic 张季涛 R中表达式数据分析的定性聚类算法
rRDP 迈克尔Hahsler RDP分类器接口
RRHO 乔纳森Rosenblatt 有序表间一致性的推断
rrvgo 塞尔吉Sayols 减少+可视化GO
Rsamtools 生物导体包维护者 二进制对齐(BAM)、FASTA、变量调用(BCF)和tabix文件导入
rsbml 迈克尔•劳伦斯 R对SBML的支持,使用libsbml
rScudo 马特奥Ciciani 诊断目的的基于签名的聚类
RSeqAn 8月广 R SeqAn
Rsubread 史伟,廖杨,戈登·K·史密斯 子读序列对齐和计数R
RSVSim Christoph Bartenhagen RSVSim:用于模拟结构变化的R/Bioconductor包
rSWeeP 丹利·r·费尔南德斯 氨基酸序列出现的低维比较矩阵的创建函数
rTANDEM 弗雷德里克·弗尔涅 串联蛋白识别算法的接口
RTCA 张季涛 用于分析xCELLigence系统(RTCA)数据的开源工具包
RTCGA Marcin辛斯 癌症基因组图谱数据集成
RTCGAToolbox 马塞尔·拉莫斯 用于导出TCGA消防软管数据的新工具
研制 毛罗·卡斯特罗 RTN:转录调控网络的重建和调控分析
RTNduals Mauro Castro, Clarice Groeneveld “对偶规则”的共规则与推论分析
RTNsurvival 克拉丽斯·格罗内费尔德,莫罗·a·a·卡斯特罗 使用RTN包推断的转录网络进行生存分析
RTopper 路易吉马尔基奥尼 该软件包旨在跨多个基因组平台执行基因集分析
rtracklayer 迈克尔•劳伦斯 R界面到基因组注释文件和UCSC基因组浏览器
Rtreemix 嘉斯米娜Bogojeska Rtreemix:突变树混合模型。
rTRM 迭戈Diez 从PPI网络中鉴定转录调节模块
rTRMui 迭戈Diez rTRM的闪亮用户界面
runibic Patryk Orzechowski runibic:用于分析R中基因表达数据的基于行的聚类算法
RUVcorr Saskia Freytag 去除不需要的基因变异基因相关性和相关分析
RUVnormalize 洛朗•雅各布 正则表达式数组数据的规范化
RUVSeq 大卫。Risso 从RNA-Seq数据中去除不需要的变化
旅游房车 托马斯·谢尔曼 计算相关个体共享罕见变异的概率估计值
rWikiPathways 大多Willighagen rWikiPathways -用于WikiPathways API的R客户端库
S4Vectors 生物导体包维护者 生物导体中矢量和列表容器的基础
安全 路德维希Geistlinger 功能与表达的显著性分析
sagenhaft 蒂姆Beissbarth 用于读取和比较SAGE库的函数集合
SAGx 每Broberg 基因芯片的统计分析
SAIGEgds Xiuwen郑 在全现象关联研究中使用GDS文件的广义混合模型的可伸缩实现
samExploreR shailesh tripathi samExploreR包:高性能读摘要计算向量与测序深度缩减模拟可用
sampleClassifier Khadija El Amrani 样本分类器
SamSPECTRAL Habil 在流式细胞仪数据中识别细胞群。
sangerseqR 乔纳森山 R中Sanger测序数据的工具
圣诞老人 亚历克斯·j·科尼什 网络关联的空间分析
sapFinder 徐少航,文博 鸟枪蛋白质组学中变异肽检测和可视化的软件包。
衬衣 丹尼斯·威利 后缀阵列核平滑用于相关序列基序和多基序域的发现
savR 布伦特·考尔德 解析和分析Illumina SAV文件
SBGNview 小希盾 将组学数据叠加到SBGN通路图上
SBMLR 托马斯Radivoyevitch SBML-R接口和分析工具
SC3 弗拉基米尔•Kiselev 单细胞共识聚类
Scale4C 卡罗琳沃尔特 Scale4C:一个R/Bioconductor包,用于4C-seq数据的尺度空间转换
scAlign 尼尔森·约翰森 一种单细胞基因组学的比对与整合方法
扫描。通用产品 Stephen R. Piccolo 单通道阵列归一化(SCAN)和通用表达式码(UPC)
SCANVIS 菲德拉Agius SCANVIS -一个用于评分,注释和可视化拼接连接的工具
戴维斯麦卡锡 基因表达数据单细胞分析工具箱
scBFA Ruoxin李 一种使用基因检测模式来降低scRNA-seq噪声表达谱的降维工具
SCBN 燕周 不同物种间RNA-seq数据的统计归一化方法和差异表达分析
scClassify Yingxin林 scclassification:单细胞分层分类
scDblFinder Pierre-Luc日尔曼 scDblFinder
scDD 基冈Korthauer 单细胞RNA-seq数据的混合建模,以识别具有差异分布的基因
scde 让粉丝 单细胞差异表达
scds 丹尼斯Kostka 单细胞RNA测序数据的双序列硅内注释
scFeatureFilter Guillaume Devailly 一种基于相关的单细胞RNAseq数据质量滤波方法
scfind 弗拉基米尔•Kiselev 一个搜索工具单细胞RNA-seq数据的基因列表
scGPS 关丽珍阮 单细胞亚群的完整分析,从识别亚群到分析它们之间的关系(scGPS =单细胞亚群的全球预测)
schex Saskia Freytag 单细胞组学数据的Hexbin图
散粒 Shila Ghazanfar 单细胞高阶检验
ScISI 托尼蒋介石 在硅交互组
scMAGeCK 枭龙程 在单细胞CRISPR筛选数据中识别与多种表达表型相关的基因
scmap 弗拉基米尔•Kiselev 单细胞RNA-seq数据的无监督投影工具
scMerge 凯文·王 scMerge:合并多批scRNA-seq数据
scmeth Divy Kangeyan 对甲基化数据进行质量控制分析
SCnorm 朗达巴彻 单细胞RNA-seq数据的规范化
司康饼 大卫。Risso 规范化表达式数据的单单元概述
Sconify 泰勒·J·伯恩斯 用于执行基于knn的流式和大规模细胞术数据统计的工具包
范围 如金王 单细胞DNA测序的归一化和拷贝数估计方法
scoreInvHap 卡洛斯·鲁伊斯 获取预定义区域的反转状态
scPCA 菲利普波瓦洛 稀疏对比主成分分析
scPipe Luyi田 单细胞RNA-seq数据分析管道
食物 亚伦Lun 单细胞rna序列数据分析方法
scRecover 逸苗 用于植入单细胞RNA-seq数据的屏幕盖
颈背 哲王 单细胞RNA-Seq UMI过滤辅助器(scruff)
用水晶球占卜 威廉·汤斯 高维数据的小计数分析方法
scsR 安德里亚·弗兰切斯基尼,罗杰·迈耶,克里斯蒂安·冯·梅林 SiRNA对种子脱靶效应的校正
scTensor 露崎引人入胜 通过张量分解从单细胞RNA-seq数据集检测细胞-细胞相互作用
scTGIF 露崎引人入胜 未注释单细胞RNA-Seq数据的细胞类型注释
scTHI 米歇尔·切 从单细胞RNA测序数据中识别显著激活的配体-受体相互作用
SDAMS Yuntong李 代谢组学和蛋白质组学数据的差异丰度分析
segmentSeq 托马斯·哈德卡斯尔 从高通量测序数据中识别小RNA位点的方法
selectKSigs 杨直 使用基于困惑度的测量和交叉验证选择突变特征的数量
SELEX 哈曼·j·巴斯梅克 用于分析SELEX-seq数据的函数
SemDist 伊恩·冈萨雷斯 基于信息增值的功能预测器评估
semisup 阿明罗森伯格 半监督混合模型
SEPIRA 个陈 调控活动的系统表观基因组推断
seq2pathway 杨新安,王哲真撰稿 下一代测序数据的功能基因集(或称为通路)分析的新工具
SeqArray Xiuwen郑 大规模全基因组序列变异呼叫的数据管理
seqbias 丹尼尔·琼斯 高通量测序数据中每个位置偏差的估计
seqCAT Erik Fasterius 高通量测序细胞认证工具包
seqCNA 大卫Mosen-Ansorena 高通量测序癌症数据拷贝数分析
seqcombo Guangchuang余 序列重组和重组的可视化工具
SeqGSEA RNA-Seq数据的基因集富集分析(GSEA):整合差异表达和剪接
seqLogo 罗伯特Ivanek DNA序列比对的序列标识
seqPattern Vanja Haberle 在一组排序序列中可视化寡核苷酸模式和基序出现
seqplots Przemyslaw Stempor 一种交互式工具,用于沿基因组特征使用平均图和热图可视化NGS信号和序列motif密度
seqsetvis 约瑟夫·R·博伊德 为下一代测序数据设置基于可视化
SeqSQC 钱氏 用于样本质量检查的生物导体包与下一代测序数据
seqTools 沃尔夫冈•凯泽 fastq文件的核苷酸、序列和质量内容分析
SeqVarTools Stephanie M. Gogarten 用于不同数据的工具
芝麻 扫读周 分析Illumina Infinium DNA甲基化阵列的工具
SEtools Pierre-Luc日尔曼 SEtools:用于总结实验的工具
sevenbridges 南肖 七桥平台API客户端和R通用工作流语言工具构建器
sevenC 乔纳斯Ibn-Salem 利用ChIP-seq在CTCF基序上的相关性捕获计算染色体构象
SGSeq 伦纳德·戈尔茨坦 从RNA-seq数据拼接事件预测和量化
SharedObject Jiefei王 在多个R进程之间共享R对象,而不存在内存复制
shinyMethyl 让-菲利普•福丁 Illumina甲基化阵列的交互式可视化
shinyTANDEM 弗雷德里克·弗尔涅 为rTANDEM提供一个GUI
ShortRead 生物导体包维护者 FASTQ输入和操作
SIAMCAT 康拉德Zych 微生物群落与宿主表型之间关系的统计推断
SICtools Xiaobin兴 找到两个有密切关系的bam文件之间的SNV/Indel差异
sigaR 韦塞尔·n·范·维林根 R .整合基因组学分析的统计学
SigCheck 罗里斯塔克 对照随机特征、已知特征和排列数据/元数据,检查基因特征的预后性能
sigFeature Pijush Das Developer sigFeature:使用SVM-RFE和t-统计量进行显著特征选择
SigFuge 帕特里克·金 SigFuge
siggenes Holger Schwender 使用SAM和Efron的经验贝叶斯方法进行多重测试
风景 Elika Garg HTS的统计和诊断图
signatureSearch 玉柱段 结合功能富集分析的基因表达搜索环境
签名者 升Valieris 变异特征发现的经验贝叶斯方法
亚历山大·古伊 signet:基因网络中的选择推理
sigPathway Weil赖 路径分析
SigsPack Franziska舒曼 单样本的突变特征估计
sigsquared UnJin李 功能验证信号通路的基因签名生成
SIM卡 蕾妮·x·德·梅内塞斯 两个人类基因组数据集的综合分析
SIMAT mr . Nezami Ranjbar GC-SIM-MS数据处理和分析工具
SimBindProfiles 贝蒂娜费舍尔 相似的绑定配置文件
SIMD Jiadi朱 使用MeDIP-seq数据(SIMD)进行统计推断,以推断每个CpG位点的甲基化水平
SimFFPE 拉妮魏 用于FFPE组织的NGS读取模拟器
similaRpeak 阿斯特丽德Deschenes 用于估计两个ChIP-Seq配置文件之间相似程度的度量
SIMLR 卢卡·德·萨诺 基于多核学习的单细胞解释
simpleaffy Crispin米勒 非常简单的Affymetrix数据的高级分析
simulatorZ (张 独立基因组数据集集合模拟器
sincell 米格尔·茱莉亚,安东尼奥·劳塞尔 R包用于从单细胞RNA-seq数据统计评估细胞状态层次结构
SingleCellExperiment 大卫。Risso S4类单单元数据
SingleCellSignalR 雅克Colinge 使用单细胞RNAseq数据分析的细胞信号转导
singleCellTK 大卫•詹金斯 单细胞RNA-Seq数据的交互分析
亚伦Lun 基于参考的单细胞RNA-Seq注释
singscore Dharmesh D. Bhuva 基于排名的单样本基因集评分方法
SISPA 巴克提已经受理 样本集成集轮廓分析方法
sitePath 澄霁 蛋白质进化中氨基酸取代固定位点的检测
sizepower Weiliang邱 微阵列研究中的样本容量和功率计算
skewr 瑞安帕特尼 可视化强度由Illumina的人类甲基化450k串珠芯片产生
激流回旋 戴维斯麦卡锡 单细胞RNA-Seq数据的阶因潜变量建模
SLGI Nolwenn Le Meur 合成致命基因相互作用
弹弓 凯利街 订购单细胞测序的工具
紧身的 埃里克·j·科特 在LINCS L1000数据分析中加入乐趣
SLqPCR 马蒂亚斯•科尔 SIRS-Lab GmbH的实时定量PCR数据分析功能
SMAD 青州张 AP-MS数据的统计模型(SMAD)
SMAP 罗宾·安德森 数组- cgh拷贝数分析的分段极大值后验方法
击杀 尼尔·阿里·维杰通加,安德鲁·达蒙·约翰斯顿 整合转录组和表观基因组的显著性模块
SNAGEE 大卫Venet 信噪比在基因表达实验中的应用
snapCGH 约翰Marioni aCGH数据的分割、归一化和处理
snapcount 檐沟查尔斯 R/Bioconductor封装,与Snaptron接口,快速查询表达计数
球形结构 约翰·d·斯托里 微阵列的监督归一化
SNPediaR 大卫褐煤 从SNPedia中查询数据
SNPhood 基督教阿诺德 SNPhood:利用NGS数据研究、量化和可视化SNPs的表观基因组邻域
SNPRelate Xiuwen郑 SNP数据相关性和主成分分析的并行计算工具集
snpStats 大卫·克莱顿 SnpMatrix和XSnpMatrix类和方法
soGGi 汤姆•卡罗尔 将ChIP-seq, MNase-seq和motif的出现可视化为分组基因组间隔的汇总图
寄居 寄居的开发者 单分子轨迹的统计分析
SomaticSignatures 朱利安格林 体细胞签名
SpacePAC 格里高利Ryslik 三维蛋白质空间突变簇的模拟识别。
猎犬 雷切尔女王 空间转录组学分析
sparseDOSSA 任博宇,Emma Schwager, George Weingart 模拟合成丰度的稀疏数据观测
sparseMatrixStats 江诗丹顿Ahlmann-Eltze 稀疏矩阵的行和列的摘要统计
sparsenetgls Irene SL Zeng 广义最小二乘回归中高斯图结构学习估计在多元正态回归中的应用
SparseSignatures 卢卡·德·萨诺 SparseSignatures
SpatialCPie 约瑟夫Bergenstraahle 空间转录组数据的聚类分析
specL 基督教Panse 准备肽谱匹配用于靶向蛋白质组学
SpeCond 弗洛伦斯卡瓦利 从表达数据中检测特定条件
SpectralTAD 凯伦Cresswell SpectralTAD:使用光谱聚类进行分层TAD检测
SPEM 欣阳 s系统参数估计方法
SPIA 阿迪·劳伦提乌·塔尔卡 信号通路影响分析(SPIA)使用通路过度表达和异常信号扰动的联合证据
spicyR 埃利斯帕特里克 原位细胞术数据的空间分析
SpidermiR 克劳迪娅静脉 SpidermiR:用于miRNA数据综合网络分析的R/Bioconductor包
spikeLI 恩里科Carlon Affymetrix刺入Langmuir等温线数据分析工具
spkTools 马修·N·麦考 插入数组的方法
飞溅 路加福音Zappia 单细胞RNA测序数据的简单模拟
splicegear Laurent Gautier splicegear
SplicingGraphs h .页面 创建,操作,可视化拼接图,并分配RNA-seq读取他们
splineTimeR Herbert Braselmann, Martin Selmansberger 利用样条回归模型对基因表达数据进行时程差异分析,然后进行基因关联网络重建
分裂 戴安娜低 文本的拼接解释器
splots 沃尔夫冈•休伯 在微量滴定板或幻灯片格式的高通量分析的可视化
海绵 马库斯列表 基因表达的稀疏偏相关
spotSegmentation 克里斯Fraley 微阵列光斑块的分割与网格化
spqn 易王 空间分位数归一化
SQLDataFrame 钱氏 SQL数据库在DataFrame隐喻中的表示
SQUADD 武术Sankar SQUAD软件的附加组件
sRACIPE Vivek Kohar 系统生物学工具,模拟基因调节电路
SRAdb 杰克朱 来自NCBI SRA和工具的元数据编译
sRAP 查尔斯·沃登 简化RNA-Seq分析管道
SRGnet Isar Nassiri SRGnet:一个R包,用于从转录组数据研究基因突变的协同反应
srnadiff Zytnicki马提亚 从RNA-seq数据中发现差异表达的未注释基因组区域
sscore 理查德•肯尼迪 Affymetrix寡核苷酸微阵列的S-Score算法
sscu 于太阳 所选密码子使用的强度
sSeq 丹尼余 小样本量RNA-seq实验中负二项式模型色散的收缩估计
ssize 格雷戈里·r·沃恩斯 估计微阵列样本量
SSPA Maarten van Iterson 微阵列和下一代测序数据的一般样本量和功率分析
ssPATHS 娜塔莉·r·戴维森 ssPATHS:单样本路径评分
ssrch VJ凯里 一个简单的搜索引擎
ssviz 戴安娜低 一个小型RNA-seq可视化工具和分析工具包
经验丰富的人 Koen Van den Berge stageR:对R中高通量基因表达数据进行分期分析
斯坦 拉斐尔Campos-Martin 基因组状态注释包
staRank Juliane Siebourg 稳定的排名
StarBioTrek 克劳迪娅静脉 StarBioTrek
斯塔尔 Benedikt米基罗 Affymetrix芯片-芯片数据的简单平铺阵列分析
STATegRa David Gomez-Cabrero, Núria Planell报道 多组学数据集成类和方法
statTarget 半的菜肴 分子谱的统计分析
stepNorm 肖渊源 cDNA芯片的逐步归一化函数
strandCheckR Thu-Hien来 计算bam文件的绞线信息
彩带 马丁•摩根 启用大文件的流处理
STRINGdb Damian Szklarczyk 检索相互作用蛋白质数据库的搜索工具
STROMA4 Sadiq萨利赫 为TNBC患者分配属性
结构体 加文·里斯·劳埃德 在R中使用基于类的模板进行统计
Structstrings 菲利克斯·恩斯特 使用Biostrings实现点括号注释
structToolbox 加文·里斯·劳埃德 代谢组学和其他组学的数据处理和分析工具
StructuralVariantAnnotation 丹尼尔·卡梅隆 用于结构变量的变量注释
SubCellBarCode 亚斯兰谭 SubCellBarCode:用于稳健映射和可视化整个人类空间蛋白质组的集成工作流
subSeq 安德鲁·j·巴斯,约翰·d·斯托里 高通量测序计数数据的子采样
SummarizedBenchmark 帕特里克·金 类和方法,用于执行基准比较
SummarizedExperiment 生物导体包维护者 SummarizedExperiment容器
supraHex 海方 supraHex:用于分析表格组学数据的超六角形图
survcomp Benjamin haebe - kains, Markus Schroeder, Catharina Olsen 生存分析的性能评估与比较
survtype Dongmin荣格 存活数据的亚型识别
寿司 道格拉斯·H·潘斯蒂尔 基因组数据可视化工具
股东价值分析 杰弗里·t·利克,约翰·d·斯托里,w·埃文·约翰逊 替代变量分析
SVAPLSseq Sutirtha Chakraborty svaplsseq -一个R包,用于估计隐藏的不需要的可变性因素,并对其进行调整,以实现基于RNAseq数据的更强大和准确的差分表达式分析
SWATH2stats 彼得Blattmann 转换和过滤统计包的SWATH数据
SwathXtend Jemma吴 SWATH扩展了库生成和统计数据分析
swfdr Simina M. Boca, Jeffrey T. Leek 科学明智的错误发现率和比例真零假设估计
SwimR 兰迪·布莱克 SwimR:一套用于秀丽隐杆线虫游泳行为量化的分析工具
开关箱 Bahman Afsari, Luigi Marchionni, Wikum Dinalankara 使用K-Top-Scoring-Pair (KTSP)算法基于对切换训练和验证分类器的实用程序
switchde 基兰•坎贝尔 跨越单细胞轨迹的开关样差异表达
synapter 劳伦特·盖托和塞巴斯蒂安·吉布 无标签数据分析管道,优化识别和定量
synergyfinder 淑玉商量郑 计算和可视化药物组合的协同得分
SynExtend 尼古拉斯·厄尔 使用Synteny对象的工具
synlet Chunxuan邵 合成致命RNAi筛选数据的命中选择
SynMut Haogao顾 SynMut:设计具有不同基因组特征的同义突变序列
systemPipeR 托马斯Girke systemPipeR: NGS工作流和报告生成环境
TAPseq Andreas Gschwind 针对TAP-seq的靶向scRNA-seq引物设计
目标 马哈茂德•艾哈迈德 预测转录因子的组合功能
TargetScore 李越 TargetScore:使用microRNA过表达数据和序列信息推断microRNA目标
TargetSearch Alvaro Cuadros-Inostroza GC-MS代谢物谱数据分析包
TarSeqQC 加芙美利奴 定向测序实验质量控制
TBSignatureProfiler 大卫•詹金斯 利用TB路径签名分析RA-Seq数据
移行细胞癌 孙建强,西山友明 TCC:标签计数数据的差分表达式分析与稳健归一化策略
TCGAbiolinks Tiago Chedraoui Silva, Antonio Colaprico TCGAbiolinks:用于与GDC数据整合分析的R/Bioconductor包
TCGAbiolinksGUI 蒂亚戈·c·席尔瓦 TCGAbiolinksGUI:分析癌症分子和临床数据的图形用户界面
TCGAutils 马塞尔·拉莫斯 用于数据管理的TCGA实用函数
TCseq Mengjun吴 时间序列数据分析
TDARACNE Zoppoli Pietro 从时间过程数据进行网络逆向工程。
tenXplore VJ凯里 来自10x基因组的130万小鼠神经元scRNA-seq的本体论探索
TEQC 曼胡默尔 目标捕获实验的质量控制
ternarynet 马修·n·麦高 三元网络估计
TFARM Liuba Nausicaa Martino 转录因子关联规则矿工
TFBSTools 通用电气谭 转录因子结合位点(TFBS)分析软件包
TFEA。芯片 Laura Puente Santamaría 分析转录因子富集
TFHAZ 阿尔贝托Marchesi 转录因子高聚集区
TFutils 什维塔Gopaulakrishnan TFutils
tidybulk 斯特凡诺Mangiola 将转录组学引入潮流宇宙
tigre Antti Honkela 基于高斯过程表达重构的转录因子推断
tilingArray (徐 高密度寡核苷酸平铺阵列的转录本作图
timecourse 御川台 发育微阵列时间过程数据的统计分析
timeOmics 安东尼Bodein 时间课程多组学数据集成
timescape 玛雅史密斯 患者克隆时间
TimeSeriesExperiment 阮兰香 短时间序列数据分析
Bjarne Johannessen 转录组不稳定性分析
TissueEnrich 阿施施耆那教徒的 组织特异性基因富集分析
TitanCNA 加文·哈 肿瘤全基因组测序的亚克隆拷贝数和LOH预测
tkWidgets j .张 基于R的tk小部件
TMixClust 莫妮卡Golumbeanu 基于高斯混合效应模型和平滑样条的基因表达时间序列聚类
TNBC。CMS Doyeong余 TNBC。CMS:Prediction of TNBC Consensus Molecular Subtypes
三硝基甲苯 总部位于马 基因组特征的交互式可视化
烤面包 章子怡李 异质组织分析工具
tofsims 洛伦兹格柏 飞行时间次级离子质谱(ToF-SIMS)成像数据的导入、处理和分析
ToPASeq 伊凡娜Ihnatova 基于拓扑的RNA-seq数据通路分析
topconfects 保罗•哈里森 最高置信效应大小
topdownr 塞巴斯蒂安·吉布 自上而下蛋白质组学中碎片化条件的研究
topGO Adrian Alexa 基因本体的富集分析
泛太平洋伙伴关系 多罗斯蔡尔兹 分析热蛋白质组分析(TPP)实验
TPP2D 尼尔斯·Kurzawa 利用二维热谱(DLPTP)检测配体-蛋白质相互作用
tracktables 汤姆•卡罗尔 构建IGV跟踪和HTML报告
trackViewer Jianhong欧 R/Bioconductor软件包,具有web界面,可绘制优雅的交互式轨道或棒棒糖图,以促进多组学数据的综合分析
tradeSeq Hector Roux de Bezieux 基于轨迹的测序数据差异表达分析
transcriptogramer 迭戈极其 基于转录图的转录分析
transcriptR Armen R. Karapetyan 基于ChIP和RNA-Seq的初级转录本检测和定量的综合工具
石棉水泥板 康斯坦丁·Krismer rna结合蛋白基序分析
tRanslatome 托玛·特巴尔迪,埃里克·达西 多水平基因表达的比较
TransView 尤利乌斯•穆勒 读取密度图的构建和接入。ChIPSeq和RNASeq数据集的可视化
tra利用 李陈 基因组间隔中GWAS特征相关SNP富集分析
TreeAndLeaf 米蕾卡多佐 树状图可视化和插入多层信息的替代方案
treeio Guangchuang余 系统发生树输入和输出的基类和函数
TreeSummarizedExperiment Ruizhu黄 tresummarizeexperiment:一个S4类的树状结构数据
trena 保罗·香农 利用基因表达、先验、机器学习来拟合转录调节网络
时尚的 朗达巴彻 时间过程表达式数据的断点分析
triform 托马斯•卡罗尔 Triform在转录因子ChIP-sequencing数据中发现富集区域(峰)
触发 约翰·d·斯托里 基因表达遗传学的转录调控推论
三人组 Holger Schwender 个案-亲本研究中SNP和SNP相互作用的检测
三层 雅罗西克亲爱的 搜索和可视化的分子内三聚体形成序列在DNA
tRNA Felix GM Ernst 分析tRNA的序列和结构
tRNAdbImport 菲利克斯·恩斯特 从tRNAdb和mitotRNAdb导入GRanges对象
tRNAscanImport 菲利克斯·恩斯特 导入tRNAscan-SE结果文件作为GRanges对象
TRONCO 卢卡·德·萨诺 TRONCO,一个用于转化肿瘤学的R包
TSCAN 志诚记 TSCAN:单细胞分析工具
tscR Perez-Sanz,费尔南多 结合坡度和Frechet距离的时间序列聚类包
tspair Jeffrey T. Leek 微阵列分类的最高评分对
TSRchitect r·泰勒·拉伯恩 从大规模TSS分析数据中识别启动子
TTMap 瑞秋Jeitziner Two-Tier Mapper:基于拓扑数据分析的聚类工具
TurboNorm Maarten van Iterson 适用于微阵列归一化的快速散点图平滑器
TVTB 凯文Rue-Albrecht TVTB: VCF工具箱
tweeDEseq 胡安·R·冈萨雷斯 使用Poisson-Tweedie分布族的RNA-seq数据分析
《暮光之城》 斯蒂芬妮Scheid 估计局部错误发现率
twoddpcr 安东尼赵 对二维液滴数字PCR (ddPCR)数据进行分类,并量化起始分子的数量
tximeta 迈克尔的爱 自动元数据的文本量化导入
tximport 迈克尔的爱 导入并总结转录水平估计,用于转录水平和基因水平分析
TxRegInfra VJ凯里 转录调控网络多组规范的元数据管理
TypeInfo 邓肯庙朗 可选类型规格
Ularcirc 大卫·汉弗莱斯 用于规范和反向剪接分析(即圆形和mRNA分析)的闪亮应用程序
撤销 Niya王 肿瘤-基质混合表达的无监督反褶积
unifiedWMWqPCR 尤里斯最大经济产量 统一Wilcoxon-Mann Whitney检验qPCR数据差异表达
UniProt.ws 生物导体包维护者 R接口到UniProt Web服务
Uniquorn “Raik奥托” 基于加权突变/变分指纹的癌细胞系鉴定
universalmotif Benjamin Jean-Marie Tremblay 使用R导入、修改和导出图案
的作用 陈郝 uSORT:用于基因选择的自精炼排序管道
VanillaICE 罗伯特Scharpf 高通量基因分型阵列的隐马尔可夫模型
variancePartition 加布里埃尔·霍夫曼 在多水平基因表达实验中量化和解释多种变异
VariantAnnotation 生物导体包维护者 遗传变异的注释
VariantExperiment 钱氏 一个用于VCF/GDS数据和GDS后端的rangedsummarizeexperiment容器
VariantFiltering 罗伯特Castelo 编码和非编码遗传变异的筛选
VariantTools 迈克尔•劳伦斯 变量调用的探索性分析工具
vasp 慧慧于 群体中剪接变异的量化与可视化
vbmp 尼古拉喇嘛 变分贝叶斯多项式概率回归
VCFArray 钱氏 将磁盘上/远程VCF文件表示为类似数组的对象
维加 桑德罗摩根氏菌属 一个用于拷贝数数据分割的R包
VegaMC 桑德罗摩根氏菌属 VegaMC:一个实现变分分段平滑模型的包,用于识别癌症中的驱动染色体失衡
VennDetail Kai郭 一个用于可视化和提取细节的包
vidger 布兰登Monier 在R中创建RNAseq数据的快速可视化
毒蛇 马里亚诺·J·阿尔瓦雷斯 基于丰富规则分析的蛋白质活性虚拟推断
ViSEAGO Aurelien Brionne ViSEAGO:一个Bioconductor包,用于使用基因本体和语义相似性聚类生物功能
vsn 沃尔夫冈•休伯 微阵列数据方差稳定与校正
vtpnet VJ凯里 变异转录因子-表型网络
火神 费德里科·m·乔吉 使用网络进行虚拟芯片序列数据分析
waddR 朱利安Flesch 基于2-Wasserstein距离检测差异分布的统计检验
西瓜 利奥 Illumina 450甲基化阵列归一化和度量
wavClusteR 费德里科•Comoglio PAR-CLIP数据中rna -蛋白质相互作用位点的敏感和高分辨率识别
waveTiling Kristof De Beuf 基于小波的平铺阵列转录组分析模型
韦弗 赛斯猎鹰 用于处理Sweave文档的工具和扩展
webbioc 科林·a·史密斯 Bioconductor Web界面
weitrix 保罗•哈里森 加权矩阵操作,用加权或稀疏数据寻找变异成分
widgetTools Jianhua张 创建一个交互式tcltk小部件
wiggleplotr Kaur Alasoo 从BigWig文件中制作读覆盖图
扳手 赫克托·科拉达·布拉沃 扳手归一化稀疏计数数据
XBSeq 远航刘 测试RNA-seq数据的差异表达
XCIR 升Sauteraud XCI-inference
xcms 史蒂芬诺依曼 LC-MS和GC-MS数据分析
XDE 罗伯特Scharpf XDE:用于差异基因表达交叉研究分析的贝叶斯层次模型
Xeva 本杰明Haibe-Kains 患者源性异种移植(PDX)数据分析
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