simpleSingleCell

DOI:10.18129 / B9.bioc.simpleSingleCell

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见simpleSingleCell．

Bioconductor单细胞RNA-seq数据低层次分析的分步工作流程

Bioconductor版本:3.10

以前在这些工作流程中的几乎所有内容都已迁移到https://osca.bioconductor.org上的“用生物导体编组单细胞分析”一书中。这里的大多数小插图主要是为了与现有的外部链接向后兼容而保留的，并提供了到相关OSCA书籍章节的链接。

作者:Aaron Lun [aut, cre]， Davis McCarthy [aut]， John Marioni [aut]

维护者:Aaron Lun 的键盘

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("simpleSingleCell")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“simpleSingleCell”)

超文本标记语言	R脚本	01.简介
超文本标记语言		02.读计数数据
超文本标记语言		03.UMI统计数据
超文本标记语言		04.Droplet-based数据
超文本标记语言		05.修正批效应
超文本标记语言		06.质量控制细节
超文本标记语言		07.在归一化
超文本标记语言		08.检测对比
超文本标记语言		09.高级方差建模
超文本标记语言		10.检测差分表达式
超文本标记语言		11.高级批量校正
超文本标记语言		12.大数据的可扩展性
超文本标记语言	R脚本	13.进一步分析策略

细节

biocViews	ImmunoOncologyWorkflow，SingleCellWorkflow，工作流
版本	1.10.1
许可证	艺术- 2.0
取决于
进口
链接
建议	knitr，rmarkdown，BiocStyle，readxl，R.utils，SingleCellExperiment，嘘，食物，limma，BiocFileCache，org.Mm.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/help/workflows/simpleSingleCell/
全靠我
进口我
建议我
链接到我

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	simpleSingleCell_1.10.1.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/simpleSingleCell
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/simpleSingleCell
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/simpleSingleCell/
软件包下载报告	下载数据