测序
DOI:10.18129 / B9.bioc.sequencing
这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅测序。
介绍Bioconductor序列数据
Bioconductor版本:3.10
Bioconductor使高吞吐量基因组数据的分析和理解。我们有大量的包,让严谨的统计分析大量数据,同时保持技术工件。Bioconductor帮助用户把他们的分析结果为生物背景,丰富的可视化的机会。再现性是一个重要的目标Bioconductor分析。不同类型的分析可以使用Bioconductor,例如;排序:RNASeq ChIPSeq变体,拷贝数等;微阵列:表达式,SNP等;领域特定分析:流式细胞术、蛋白质组学等。这些分析,一个典型的进口和使用不同sequence-related文件类型,包括fasta fastq, BAM, gtf,床上,和假发文件等。Bioconductor包支持进口,常见的和先进的操作操作序列如修剪、转换和调整包括质量评估。
作者:Sonali Arora (aut),马丁•摩根(aut) Bioconductor包维护者(cre)
维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >
从内部引用(R,回车引用(测序)):
安装
安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(测序)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes(测序)
| HTML | R脚本 | 介绍Bioconductor序列数据 |
细节
| biocViews | BasicWorkflow,ImmunoOncologyWorkflow,工作流 |
| 版本 | 1.10.0 |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R (> = 3.3.0),GenomicRanges,GenomicAlignments,Biostrings,Rsamtools,ShortRead,BiocParallel,rtracklayer,VariantAnnotation,AnnotationHub,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 |
| 进口 | |
| 链接 | |
| 建议 | knitr,rmarkdown,BiocStyle |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | //www.anjoumacpherson.com/help/workflows/sequencing/ |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | sequencing_1.10.0.tar.gz |
| Windows二进制 | |
| Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sequencing |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/测序 |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/sequencing/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
