rnaseqDTU

DOI:10.18129 / B9.bioc.rnaseqDTU

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见rnaseqDTU．

RNA-seq工作流用于Salmon量化后的差异转录本使用

Bioconductor版本:3.10

RNA-seq工作流的差异转录本使用(DTU)后鲑鱼量化。该工作流使用Bioconductor包tximport、DRIMSeq和DEXSeq对模拟数据执行DTU分析。它还展示了如何使用stageR来执行DTU的两阶段测试，这是一个在基因水平上筛选的统计框架，然后确认重要基因中的哪些转录本显示DTU的证据。

作者:Michael Love [aut, cre]， Charlotte Soneson [aut]， Rob Patro [aut]

维护者:Michael Love

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("rnaseqDTU")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“rnaseqDTU”)

超文本标记语言

R脚本

RNA-seq工作流用于Salmon量化后的差异转录本使用

细节

biocViews	GeneExpressionWorkflow，ImmunoOncologyWorkflow，工作流
版本	1.6.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.5.0)，DRIMSeq，DEXSeq，经验丰富的人，DESeq2，刨边机，rafalib，devtools
进口
链接
建议	knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/mikelove/rnaseqDTU/
全靠我
进口我
建议我
链接到我

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	rnaseqDTU_1.6.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rnaseqDTU
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/rnaseqDTU
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/rnaseqDTU/
软件包下载报告	下载数据