recountworkflow

doi：10.18129/b9.bioc.RecountWorkFlow

此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅recountworkflow。

重新计算工作流程：使用生物导体访问70,000多个人RNA-seq样品

生物导体版本：3.10

ROCONT2资源由超过70,000多个均匀处理的人RNA-seq样品，包括GTEX在内。可以通过recount2网站和重新计算生物处理套件访问处理后的数据。此工作流程详细说明了如何使用重新包装以及如何将其与其他生物导体软件包集成在一起，以进行多项分析，这些分析可以使用Recouts2资源进行。特别是，我们描述了如何在ReCount2中计算覆盖量计数矩阵以及获得公共元数据的不同方式，这可以促进下游分析。分步方向显示了如何进行基因水平差异表达分析，可视化基础水平基因组覆盖率数据并在多个特征级别上执行分析。因此，此工作流提供了更多信息，以了解Recout2中的数据和R代码的汇编以使用数据。

作者：Leonardo Collado-Torres [AUT，CRE]，Abhinav Nellore [CTB]，Andrew E. Jaffe [CTB]

维护者：leonardo collado-torres

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ recountworkflow”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ recoutworkflow”）

html	R脚本	重新计算工作流程：使用生物导体访问70,000多个人RNA-seq样品
文本		消息

细节

生物浏览	ResourceQueryingWorkFlow，，，，工作流程
版本	1.10.0
执照	艺术2.0
要看	R（> = 3.4.0）
进口	叙事（> = 1.2.3），基因组机，，，，林玛，，，，EDGER，，，，deseq2，，，，地区报告（> = 1.11.2），clusterProfiler（> = 3.5.5），org.hs.eg.db（> = 3.4.1），GPLOTS，，，，德芬德，，，，rtracklayer（> = 1.36.4），GenomicFeatures，，，，Bumphunter（> = 1.17.2），derfinderplot
链接
建议	生物使用（> = 2.5.19），BiocworkFlowTools，，，，尼特，，，，SessionInfo，，，，rmarkDown，，，，编织
系统要求
增强
URL	https://github.com/lieberinstitute/recountworkflow
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/recountworkflow/
取决于我
进口我
建议我
链接到我

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	recountworkflow_1.10.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11（El Capitan）
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/recountworkflow
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/recoutworkflow
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/recountworkflow/
软件包下载报告	下载统计