methylationArrayAnalysis

DOI:10.18129 / B9.bioc.methylationArrayAnalysis

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅methylationArrayAnalysis。

为分析甲基化数组数据跨包Bioconductor工作流。

Bioconductor版本:3.10

在人类基因组中甲基化是与开发和相关疾病。Illumina公司英飞纳姆甲基化阵列是目前最常见的方式询问整个人类基因组甲基化。这个Bioconductor工作流使用多个包分析甲基化数组的数据。具体来说,我们将演示步骤在一个典型的微分甲基化分析管道包括:质量控制、过滤、标准化、数据探索和统计测试probe-wise微分甲基化。我们进一步大纲等分析微分的甲基化区域,微分可变性分析,评估细胞类型组成和基因本体测试。最后,我们提供了一些如何想象甲基化数组数据的例子。

作者:Jovana Maksimovic (aut (cre)

维护人员:Jovana Maksimovic < Jovana。在mcri.edu.au maksimovic >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“methylationArrayAnalysis”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“methylationArrayAnalysis”)

HTML

R脚本

为分析甲基化数组数据跨包Bioconductor工作流

细节

biocViews	EpigeneticsWorkflow,工作流
版本	1.10.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.3.0),knitr,rmarkdown,BiocStyle,limma,minfi,IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19,IlluminaHumanMethylation450kmanifest,RColorBrewer,missMethyl,matrixStats,minfiData,Gviz,DMRcate,stringr,FlowSorted.Blood.450k
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	methylationArrayAnalysis_1.10.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methylationArrayAnalysis
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ methylationArrayAnalysis
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/methylationArrayAnalysis/
包下载报告	下载数据