maEndToEnd

DOI:10.18129 / B9.bioc.maEndToEnd

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅maEndToEnd。

微分的端到端流程使用Affymetrix微阵列基因表达

Bioconductor版本:3.10

在本文中,我们走过一个端到端的Affymetrix微阵列微分表达式工作流使用Bioconductor包。这个工作流是直接适用于当前的“基因”类型的数组,如HuGene或MoGene数组,但是可以很容易地适应类似的平台。这里的数据分析是一个典型的临床微阵列数据集比较发炎和non-inflamed结肠组织在两个疾病亚型。对于每一个疾病,炎症之间的差异基因表达和non-inflamed结肠组织进行了分析。我们将开始从玻璃纸的原始数据文件,展示如何将它们导入到一个Bioconductor ExpressionSet,执行质量控制和标准化,最后(DE)基因差异表达分析,其次是一些富集分析。

作者:贝恩德•克劳斯(aut),斯蒂芬妮Reisenauer (cre, aut)

维护人员:斯蒂芬妮Reisenauer <斯蒂菲。在tum.de reisenauer >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“maEndToEnd”)

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文档

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HTML	R脚本	微分的端到端流程使用Affymetrix微阵列基因表达
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpressionWorkflow,工作流
版本	2.6.1
许可证	麻省理工学院
取决于	R (> = 3.5.0),Biobase,oligoClasses,ArrayExpress,pd.hugene.1.0.st.v1,hugene10sttranscriptcluster.db,益生元,arrayQualityMetrics,limma,topGO,ReactomePA,clusterProfiler,gplots,ggplot2,geneplotter,pheatmap,RColorBrewer,dplyr,tidyr,stringr,matrixStats,genefilter,openxlsx,Rgraphviz
进口
链接
建议	BiocStyle,knitr,devtools,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/help/workflows/
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包档案

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源包	maEndToEnd_2.6.1.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/maEndToEnd
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ maEndToEnd
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/maEndToEnd/
包下载报告	下载数据