generegulation

DOI:10.18129 / B9.bioc.generegulation

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见generegulation．

通过序列匹配寻找已知转录因子的候选结合位点

Bioconductor版本:3.10

转录因子蛋白(TFs)与基因转录起始位点(tss)上游的DNA启动子区域的结合是基因表达和许多细胞过程被控制的最重要机制之一。尽管近年来已有许多新的数据可用于识别转录因子结合位点(TFBSs)，其中包括ChIP-seq和DNase I超敏区，但序列匹配仍然发挥着重要作用。在这个工作流程中，我们展示了使用模式生物酵母在DNA序列中寻找候选TF结合位点的生物导体技术。这里展示的方法同样适用于其他生物。

作者:Bioconductor Package Maintainer [aut, cre]

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" generregulation ")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“generegulation”)

超文本标记语言

R脚本

通过序列匹配寻找已知转录因子的候选结合位点

细节

biocViews	EpigeneticsWorkflow，工作流
版本	1.10.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.3.0)，BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3，Biostrings，GenomicFeatures，MotifDb，S4Vectors，TxDb.Scerevisiae.UCSC.sacCer3.sgdGene，motifStack，org.Sc.sgd.db，seqLogo
进口
链接
建议	knitr，rmarkdown，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/help/workflows/generegulation/
全靠我
进口我
建议我
链接到我

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	generegulation_1.10.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan)
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/generegulation
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ generregulation
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/generegulation/
软件包下载报告	下载数据