csawUsersGuide

DOI:10.18129 / B9.bioc.csawUsersGuide

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见csawUsersGuide．

csaw用户指南

Bioconductor版本:3.10

用于检测ChIP-seq数据中差异绑定区域的csaw包的用户指南。描述如何读入BAM文件以获得每个窗口计数矩阵、过滤以获得感兴趣的高丰度窗口、样本特定偏差的归一化、差分绑定测试、合并每个窗口结果以获得每个区域统计信息，以及DB结果的注释和可视化。

作者:Aaron Lun [aut, cre]

维护者:Aaron Lun 的键盘

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“csawUsersGuide”)

PDF

R脚本

用户指南

细节

biocViews	EpigeneticsWorkflow，工作流
版本	1.2.0
许可证	GPL-3
取决于
进口
链接
建议	csaw，chipseqDBData，刨边机，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene，org.Mm.eg.db，rtracklayer，Rsamtools，Gviz，knitr，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	csawUsersGuide_1.2.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/csawUsersGuide
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/csawUsersGuide
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/csawUsersGuide/
软件包下载报告	下载数据