singscoreamlmutations
doi：10.18129/b9.bioc.singscoreamlmutations
此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅singscoreamlmutations。
使用singscore来预测转录组特征中AML中的突变
生物导体版本：3.10
此工作流程包显示了如何使用转录组特征来推断表型。工作流程首先显示如何使用TCGABIOLINKS软件包下载和处理TCGA AML转录组数据。然后，它显示了如何使用SingsCore软件包和MSIGDB的签名来评分样本。最后，在预测AML中的特定突变的背景下，得分的预测能力已显示出来。工作流展示了生物导体套件的相互作用，以实现基因级分析。
作者：Dharmesh D. Bhuva [AUT，CRE]
，Momeneh Foroutan [aut]，yi xie [aut]，Ruqian Lyu [aut]，Joseph Cursons [aut]，Melissa J. Davis [AUT]
维护者：Dharmesh D. Bhuva
引用（从r内，输入引用（“ singscoreamlmutations”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ singscoreamlmutations”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“ singscoreamlmutations”）
| html | R脚本 | 使用singscore来预测转录组特征中AML中的突变 |
| html | R脚本 | 使用singscore来预测转录组特征（中文版本）中AML中的突变 |
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | geneexpressionworkflow，，，，GenomicVariantSworkFlow，，，，Immunooncologyworkflow，，，，工作流程 |
| 版本 | 1.2.0 |
| 执照 | 艺术2.0 |
| 要看 | R（> = 3.6.0） |
| 进口 | dcanr，，，，EDGER，，，，GGPLOT2，，，，栅格，，，，gseabase，，，，mclust，，，，org.hs.eg.db，，，，plyr，，，，RESHAPE2，，，，rtracklayer，，，，唱歌，，，，总结性特征，，，，tcgabiolinks |
| 链接 | |
| 建议 | 尼特，，，，rmarkDown，，，，生物使用，，，，BiocworkFlowTools，，，，拼写 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/davislaboratory/singscoreamlmutations |
| BugReports | https://github.com/davislaboratory/singscoreamlmutations/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | singscoreamlmutations_1.2.0.tar.gz |
| Windows二进制 | |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/singscoreamlmutations |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：包装/singscoreamlmutations |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/singscoreamlmutations/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
