此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见CAGEWorkflow.
Bioconductor版本:3.10
使用R/Bioconductor分析Cap分析基因表达(CAGE)数据的工作流程。
作者:Malte Thodberg [aut, cre]
维护者:Malte Thodberg
引文(从R内,输入引用(“CAGEWorkflow”)
):
要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“CAGEWorkflow”)
超文本标记语言 | R脚本 | CAGEWorkflow |
文本 | 新闻 |
biocViews | AnnotationWorkflow,GeneExpressionWorkflow,工作流 |
版本 | 1.2.0 |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | R (>= 3.6.0),CAGEfightR,纳米管 |
进口 | |
链接 | |
建议 | knitr,kableExtra,rmarkdown,BiocStyle,BiocWorkflowTools,pheatmap,ggseqlogo,冬青,magrittr,ggforce,ggthemes,tidyverse,dplyr,GenomicRanges,SummarizedExperiment,GenomicFeatures,BiocParallel,InteractionSet,Gviz,DESeq2,limma,刨边机,statmod,BiasedUrn,股东价值分析,TFBSTools,motifmatchr,pathview,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene,org.Mm.eg.db,JASPAR2016,png |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | CAGEWorkflow_1.2.0.tar.gz |
Windows二进制 | |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CAGEWorkflow |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CAGEWorkflow |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/CAGEWorkflow/ |
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