BgeeCall

DOI:10.18129 / B9.bioc.BgeeCall

此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见BgeeCall．

RNA-Seq存在/缺失基因的自动表达称为生成

Bioconductor版本:3.10

参考基因间区由Bgee RNA-Seq管道生成。这些基因间区域用于生成所有Bgee RNA-Seq存在/缺失表达调用。BgeeCall现在允许为任何RNA-Seq库生成存在/缺席调用，只要已经为相应的物种生成了参考基因间序列。表达存在/缺失的阈值不再是任意定义的，而是根据Bgee中集成的所有RNA-Seq库的表达计算。

作者:Julien Wollbrett [aut, cre]， Julien Roux [aut]， Sara Fonseca Costa [ctb]， Marc Robinson Rechavi [ctb]， Frederic Bastian [aut]

维护者:Julien Wollbrett < Julien。Wollbrett在uil .ch>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“BgeeCall”)

超文本标记语言	R脚本	RNA-Seq存在/缺失基因的自动表达称为生成
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression，RNASeq，软件，工作流
版本	1.2.1 "
在Bioconductor公司	BioC 3.11 (R-4.0)(< 6个月)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.6.0)
进口	GenomicFeatures，rhdf5，tximport，Biostrings，rtracklayer，biomaRt，jsonlite，方法，grDevices，图形，统计，utils
链接
建议	knitr，testthat，rmarkdown，AnnotationHub，httr
SystemRequirements	kallisto
增强了
URL	https://github.com/BgeeDB/BgeeCall
BugReports	https://github.com/BgeeDB/BgeeCall/issues
全靠我
进口我
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给我的链接

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	BgeeCall_1.2.1.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan)
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/BgeeCall
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BgeeCall
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BgeeCall/
软件包下载报告	下载数据