scRNAseq 2.0.2
的scRNAseq包以的形式提供了对几个公开可用数据集的方便访问SingleCellExperiment对象。这个包的重点是捕获不容易读入R的数据集，例如，read.csv ()．相反，我们做必要的数据修改，这样用户只需要调用一个函数就可以获得一个格式良好的数据SingleCellExperiment．例如:
library(scRNAseq) fluidigm <- ReprocessedFluidigmData() fluidigm##类:singlecel实验实验## dim: 26255 130 ##元数据(3):sample_info群集，其中w_qc ## assays(4): tophat_counts cufflinks_fpkm rsem_counts rsem_tpm ## rownames(26255): A1BG A1BG- as1…ZZEF1 ZZZ3 ## rowData names(0): ## colnames(130): SRR1275356 SRR1274090…SRR1275366 SRR1275261 ## colData names(28): NREADS NALIGNED…Cluster1 Cluster2 ## reducedDimNames(0): ## spikeNames(0): ## altExpNames(0):读者请参阅SummarizedExperiment而且SingleCellExperiment有关如何使用的进一步信息的文档SingleCellExperiment对象。
可用的数据集可以分为两类。类生成的表达式矩阵scRNAseq作者从每个实验的原始测序数据。这包括:
ReprocessedFluidigmData ()从花粉等(2014)．ReprocessedTh2Data ()提供96个T辅助细胞马哈塔等人(2014)．ReprocessedAllenData ()提供了来自小鼠视觉皮层的379个细胞，这是来自Tasic等人(2016)．第二类包含由每项研究的作者提供的表达式矩阵。除了在计数矩阵和样例元数据之间进行交叉检查之外，没有执行进一步的再处理。
| 研究 | 系统 | 单元格数量 | 函数 |
|---|---|---|---|
| 阿兹特金等人(2019) | 非洲爪蟾蜍的尾巴 | 13199 | AztekinTailData () |
| 巴赫等人(2017) | 小鼠乳腺 | 25806 | BachMammaryData () |
| 巴伦等人(2016) | 人类胰腺 | 8569 | BaronPancreasData(人类) |
| 巴伦等人(2016) | 小鼠胰腺 | 1886 | BaronPancreasData(鼠标) |
| 比特纳等人(2015) | 小鼠胚胎干细胞 | 288 | BuettnerESCData () |
| 坎贝尔等人(2017) | 老鼠大脑 | 21086 | CampbellBrainData () |
| Chen et al. (2017) | 老鼠大脑 | 14437 | ChenBrainData () |
| Grun等人(2016) | 小鼠造血干细胞 | 1915 | GrunHSCData () |
| Grun等人(2016) | 人类胰腺 | 1728 | GrunPancreasData () |
| Kolodziejczyk等人(2015) | 小鼠胚胎干细胞 | 704 | KolodziejczykESCData () |
| 拉曼诺等人(2016) | 人类胚胎干细胞 | 1715 | LaMannoBrainData(“人类胚胎”) |
| 拉曼诺等人(2016) | 人类胚胎中脑 | 1977 | LaMannoBrainData(“人类胚胎”) |
| 拉曼诺等人(2016) | 人诱导多能干细胞 | 337 | LaMannoBrainData(人类“诱导多能性”) |
| 拉曼诺等人(2016) | 小鼠成年多巴胺能神经元 | 243 | LaMannoBrainData(“mouse-adult”) |
| 拉曼诺等人(2016) | 人类胚胎中脑 | 1907 | LaMannoBrainData(“老鼠胚胎”) |
| 劳勒等人(2017) | 人类胰腺 | 638 | LawlorPancreasData () |
| Leng等(2015) | 人类胚胎干细胞 | 460 | LengESCData () |
| 伦等(2017) | 416 b细胞 | 192 | LunSpikeInData (416 b) |
| 伦等(2017) | 鼠标滋养层 | 192 | LunSpikeInData(“tropho”) |
| Macosko等人(2015) | 小鼠视网膜 | 49300 | MacoskoRetinaData () |
| 马奎斯等人(2016) | 老鼠大脑 | 5069 | MarquesBrainData () |
| 梅斯默等人(2019) | 人类胚胎干细胞 | 1344 | MessmerESCData () |
| 穆拉罗等人(2016) | 人类胰腺 | 3072 | MuraroPancreasData () |
| Nestorowa等人(2016) | 小鼠造血干细胞 | 1920 | NestorowaHSCData () |
| 理查德等人(2018) | 小鼠CD8+ T细胞 | 572 | RichardTCellData () |
| 罗曼诺夫等人(2017) | 老鼠大脑 | 2881 | RomanovBrainData () |
| Segerstolpe等人(2016) | 人类胰腺 | 3514 | SegerstolpePancreasData () |
| Shekhar等人(2016) | 小鼠视网膜 | 44994 | ShekharRetinaData () |
| Usoskin et al. (2015) | 老鼠大脑 | 864 | UsoskinBrainData () |
| Tasic等人(2016) | 老鼠大脑 | 1809 | TasicBrainData () |
| Xin等(2016) | 人类胰腺 | 1600 | XinPancreasData () |
| Zeisel et al. (2015) | 老鼠大脑 | 3005 | ZeiselBrainData () |
如果您希望将数据集添加到此包中，请与我们联系。唯一的要求是数据集具有公开可用的表达式值(理想情况下是计数)和示例注释。格式越难/自定义越好，因为它包含在这个包中将为R/Bioconductor社区的其他用户提供更多的价值。
如果您已经编写了处理所需数据集的代码SingleCellExperiment-like形式，我们将欢迎一个拉请求在这里．确保你有以下文件可以加快这个过程:
本月/脚本/ make-X-Y-data。限制型心肌病类的所有组件的Rmarkdown报告SingleCellExperiment．X应该是相关研究第一作者的姓氏吗Y应该是生物系统的名字。本月/脚本/ make-X-Y-metadata。R，一个R脚本，在本月/ extdata / metadata-X-Y.csv．中描述的元数据文件格式ExperimentHub文档。R / XYData。R，一个定义函数的R源文件XYData ()从ExperimentHub下载组件，并创建一个SingleCellExperiment对象。建议潜在的贡献者检查包中的一些现有脚本，以了解编码约定。请记住，我们更有可能接受那些与我们自己写的东西没有区别的贡献!
作为一般规则，10X Genomics的数据集不适合包含在这个包中。它们要么很容易加载(例如，使用来自DropletUtils包)，或者更合适的是使用专用的10X包，如TENxPBMCData或TENxBrainData．也就是说，如果原始作者对格式进行了充分的定制，则将考虑纳入。
阿兹特金，C.， T. W.希斯科克，J. C.马里奥尼，J. B.戈登，B. D.西蒙斯和J. Jullien, 2019。“在非洲爪蟾尾巴中发现再生组织细胞。”科学364(6441): 653 - 58。
巴赫，K.彭萨，M.格泽拉克，J.哈德菲尔德，D. J.亚当斯，J. C.马里奥尼和W. T.卡勒德。2017。“通过单细胞RNA测序揭示乳腺上皮细胞分化动态。”Nat Commun。8(1): 2128。
Baron, M.， A. Veres, S. L. Wolock, A. L. Faust, R. Gaujoux, A. Vetere, J. H. Ryu，等。2016。“人类和小鼠胰腺的单细胞转录组图揭示了细胞间和细胞内的群体结构。”细胞系统3(4): 346 - 60。
比特纳，F. K. N.纳塔拉扬，F. P.卡萨尔，V.普罗瑟皮奥，A.夏尔多纳，F. J.泰斯，S. A.泰希曼，J. C.马里奥尼和O.斯蒂格尔。2015。“单细胞rna测序数据中细胞间异质性的计算分析揭示了隐藏的细胞亚群。”生物科技Nat。》。33(2): 155 - 60。
坎贝尔，J. N.， E. Z. Macosko, H. Fenselau, T. H. Pers, A. Lyubetskaya, D. Tenen, M. Goldman等。2017。弓状下丘脑和中隆起细胞类型的分子普查。Nat。>。20(3): 484 - 96。
陈锐，吴晓霞，蒋丽丽，张宇。2017。“单细胞rna测序揭示下丘脑细胞多样性。”细胞代表18(13): 3227 - 41。
Grun, D.， M. J. Muraro, J. C. Boisset, K. Wiebrands, A. Lyubimova, G. Dharmadhikari, M. van den Born，等。2016。“利用单细胞转录组数据从头预测干细胞身份。”细胞干细胞19(2): 266 - 77。
Kolodziejczyk, a.a.， J. K. Kim, J. C. Tsang, T. Ilicic, J. Henriksson, K. N. Natarajan, A. C. Tuck，等。2015。“单细胞rna -多能状态测序解锁模块化转录变异。”细胞干细胞17(4): 471 - 85。
拉曼诺，G.， D.吉尔博格，S.科德鲁皮，K.西村，C.萨尔托，A. Zeisel, L. E. Borm，等。2016。小鼠、人类和干细胞中脑发育的分子多样性细胞167(2): 566 - 80。
劳勒，N.， J.乔治，M. Bolisetty, R. Kursawe, L. Sun, V. Sivakamasundari, I. Kycia, P. Robson和M. L. Stitzel, 2017。“单细胞转录组识别人类胰岛细胞特征，并揭示2型糖尿病中细胞类型特异性表达变化。”基因组Res。27(2): 208 - 22所示。
冷宁，朱丽芳，C. Barry，李勇，崔俊杰，李晓霞，蒋平，R. M. Stewart, J. A. Thomson, C. Kendziorski。2015。“Oscope在非同步单细胞RNA-seq实验中发现了振荡基因。”Nat方法。12(10): 947 - 50。
伦，A. T. L, F. J.卡列罗-涅托，L.海姆-维尔莫夫斯基，B.戈特根斯，J. C.马里奥尼。2017。“评估用于单细胞RNA测序数据分析的峰值归一化的可靠性。”基因组Res。27日(11):1795 - 1806。
马科斯科，E. Z.， A.巴苏，R. Satija, J. Nemesh, K. Shekhar, M. Goldman, I. Tirosh等。2015。“利用纳米升液滴对单个细胞进行高度平行的全基因组表达分析。”细胞161(5): 1202 - 14所示。
Mahata, B.， X. Zhang, A. A. Kolodziejczyk, V. Proserpio, L. Haim-Vilmovsky, A. E. Taylor, D. Hebenstreit等。2014。“单细胞RNA测序显示T辅助细胞重新合成类固醇，以促进免疫稳态。”细胞代表7(4): 1130 - 42。
马奎斯，S.， A. Zeisel, S. Codeluppi, D. van Bruggen, A. Mendanha Falcao, L. Xiao, H. Li，等。2016。幼鼠和成年鼠中枢神经系统中少突胶质细胞的异质性科学352(6291): 1326 - 9。
梅斯默，T.， F.冯·梅恩，A.萨维诺，F.桑托斯，H.穆罕默德，A. T. L.伦，J. C.马里奥尼和W.雷克，2019。“在单细胞分辨率下，幼稚和启动的人类多能干细胞的转录异质性。”细胞的代表。26(4): 815 - 24。
穆拉罗，M. J.， G. Dharmadhikari, D. Grun, N. Groen, T. Dielen, E. Jansen, L. van Gurp，等。2016。"人类胰腺的单细胞转录组图谱"细胞系统3(4): 385 - 94。
Nestorowa, S.， F. K. Hamey, B. Pijuan Sala, E. Diamanti, M. Shepherd, E. Laurenti, N. K. Wilson, D. G. Kent，和B. Gottgens. 2016。小鼠造血干细胞和祖细胞分化的单细胞分辨率图。血128(8): 20-31。
波伦，T. J. Nowakowski, J. Shuga，王晓霞，A. A. Leyrat，吕俊华，李楠等。2014。“低覆盖率单细胞mRNA测序揭示了发育中的大脑皮层中的细胞异质性和激活的信号通路。”生物科技Nat。》。32(10): 1053 - 8。
理查德，A. C.，伦a.t.l .，刘伟云，B.戈特根斯，J. C.马里奥尼和G. M.格里菲斯，2018。T细胞的细胞溶解能力与初始刺激强度无关。Immunol Nat。19日(8):849 - 58。
罗曼诺夫，R. A.， A. Zeisel, J. Bakker, F. Girach, A. Hellysaz, R. Tomer, A. Alpar等。2017。“对下丘脑组织的分子调查揭示了不同的多巴胺神经元亚型。”Nat。>。20(2): 176 - 88。
Segerstolpe, A. Palasantza, P. Eliasson, E. M. Andersson, A. C. Andreasson, X. Sun, S. Picelli，等。2016。人类胰岛在健康和2型糖尿病中的单细胞转录组分析细胞金属底座。24(4): 593 - 607。
谢卡尔，K.， S. W.拉潘，I. E.惠特尼，N. M. Tran, E. Z. Macosko, M. Kowalczyk, X. Adiconis等。2016。“视网膜双极神经元的单细胞转录组综合分类”细胞166(5): 1308 - 23所示。
Tasic, B.， V. Menon, T. N. Nguyen, T. K. Kim, T. Jarsky, Z. Yao, B. Levi，等。2016。“通过单细胞转录组揭示成年小鼠皮层细胞分类。”Nat。>。19(2): 335 - 46所示。
乌索斯金，D.， A. Furlan, S. Islam, H. Abdo, P. Lonnerberg, D. Lou, J. Hjerling-Leffler等。2015。“通过大规模单细胞RNA测序对感觉神经元类型进行无偏倚分类。”Nat。>。18(1): 145 - 53。
辛毅，金J.，冈本H.，倪M.，魏Y.， C. Adler, A. J. Murphy, G. D. Yancopoulos，林C.， J. Gromada。2016。“单个人类胰岛细胞的RNA测序揭示了2型糖尿病基因。”细胞金属底座。24(4): 608 - 15所示。
Zeisel, A. B. Munoz-Manchado, S. Codeluppi, P. Lonnerberg, G. La Manno, A. Jureus, S. Marques等，2015。“大脑结构。单细胞RNA-seq揭示了小鼠皮层和海马体中的细胞类型。”科学347(6226): 1138 - 42。