systemPipeRdata

DOI:10.18129 / B9.bioc.systemPipeRdata

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见systemPipeRdata

systemPipeRdata: NGS工作流模板和示例数据

Bioconductor版本:3.10

systemPipeRdata是一个帮助包,它用一个命令生成NGS工作流模板,供其父包systemPipeR使用。后者是为下一代序列(NGS)应用程序(如RNA-Seq、RIBO-Seq、ChIP-Seq、VAR-Seq和许多其他应用程序)构建端到端分析管道的环境。systemPipeR的概述部分给出了使用systemPipeRdata的详细示例。

作者:Thomas Girke

维护者:Thomas Girke < Thomas。Girke在ucr.edu>

引文(从R内,输入引用(“systemPipeRdata”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("systemPipeRdata")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“systemPipeRdata”)

超文本标记语言 R脚本 ChIP-Seq工作流模板
超文本标记语言 R脚本 RIBO-Seq工作流模板
超文本标记语言 R脚本 RNA-Seq工作流模板
超文本标记语言 R脚本 systemPipeRdata: NGS工作流模板和示例数据
超文本标记语言 R脚本 VAR-Seq工作流模板
PDF 参考手册
文本 自述
文本 新闻

细节

biocViews 对齐ChIPSeq报道DataImportExperimentDataGeneExpressionGeneSetEnrichment遗传学ImmunoOncology基础设施MethylSeq质量控制RNASeq单核苷酸多态性测序
版本 1.14.2
许可证 艺术- 2.0
取决于 方法
进口 BiocGenerics
链接
建议 RUnitBiocStyleknitrrmarkdownsystemPipeR
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/tgirke/systemPipeRdata
全靠我
进口我 RNASeqR
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 systemPipeRdata_1.14.2.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan)
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/systemPipeRdata
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/systemPipeRdata
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/systemPipeRdata/
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