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pasillaBamSubset
DOI:10.18129 / B9.bioc.pasillaBamSubset
这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅pasillaBamSubset。
BAM的子集文件从“Pasilla”实验
Bioconductor版本:3.10
BAM文件untreated1子集。bam(单头读)和untreated3。bam (paired-end读取)从“Pasilla”实验(Pasilla混战,布鲁克斯et al .,基因组研究2011)。看到的小插图pasilla数据包如何untreated1 BAM文件。bam untreated3。bam RNA-Seq读取序列数据的获得是由NCBI基因表达综合下加入数字GSM461176 GSM461181。还包含飞4号染色体的DNA序列读取可以映射。
作者:Herve页面
维修工:Herve页< hpages fredhutch.org >
从内部引用(R,回车引用(“pasillaBamSubset”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“pasillaBamSubset”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
| 参考手册 |
细节
| biocViews | DNASeqData,ExperimentData,基因组,RNASeqData |
| 版本 | 0.24.0 |
| 许可证 | LGPL |
| 取决于 | |
| 进口 | |
| 链接 | |
| 建议 | pasilla |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | GenomicAlignments,GenomicFeatures,GenomicRanges,IRanges,karyoploteR,plyranges,TransView |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | pasillaBamSubset_0.24.0.tar.gz |
| Windows二进制 | |
| Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pasillaBamSubset |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ pasillaBamSubset |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/pasillaBamSubset/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
