curatedTCGAData

DOI:10.18129 / B9.bioc.curatedTCGAData

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅curatedTCGAData。

策划癌症基因组图谱的数据(TCGA) MultiAssayExperiment对象

Bioconductor版本:3.10

这个包提供了公开数据从癌症基因组图谱(TCGA) MultiAssayExperiment对象。MultiAssayExperiment集成多个化验(如RNA-seq,拷贝数变异,微rna,蛋白质,和其他人)与临床和病理资料。它还链接分析条形码与病人标识符,使和谐构造子集(特性)的行和列(病人/样本)在整个多组学实验。

作者:马塞尔•拉莫斯(aut (cre),李维Waldron[所有],卢卡斯希弗[所有],路德维希Geistlinger[所有],瓦莱丽Obenchain[所有],马丁·摩根(施)

维护人员:马塞尔·拉莫斯<烫发。拉莫斯在roswellpark.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“curatedTCGAData”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“curatedTCGAData”)

HTML	R脚本	curatedTCGAData
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CancerData,ExperimentData,ExperimentHub,Homo_sapiens_Data,ReproducibleResearch
版本	1.8.1
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5.0),MultiAssayExperiment
进口	AnnotationHub,ExperimentHub,HDF5Array,S4Vectors统计数据,SummarizedExperiment,跑龙套
链接
建议	BiocStyle,knitr,readr,rmarkdown,TCGAutils,testthat
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/waldronlab/curatedTCGAData/issues
取决于我
进口我	意大利苦杏酒,BiocOncoTK
建议我	CNVRanger,德科,glmSparseNet,TCGAutils
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	curatedTCGAData_1.8.1.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/curatedTCGAData
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ curatedTCGAData
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/curatedTCGAData/
包下载报告	下载数据