气道

DOI:10.18129 / B9.bioc.airway

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅气道。

RangedSummarizedExperiment RNA-Seq在气道平滑肌细胞,2014年为了et al PLoS One

Bioconductor版本:3.10

这个包提供了一个RangedSummarizedExperiment对象的阅读数量基因RNA-Seq实验四人气管平滑肌细胞系与地塞米松治疗。细节的基因模型和读计数过程提供了包装饰图案。引用的实验是:为了,江X,瓦格纳P,胡R, Q,王Klanderman B,惠特克RM,段Q, Lasky-Su J, Nikolos C, Jester W,约翰逊M, Panettieri R小,陆Tantisira公斤,维斯圣,问。“RNA-Seq转录组分析识别CRISPLD2糖皮质激素响应基因,调节细胞因子在气道平滑肌细胞功能。”。2014年6月13日;9 (6):e99625。PMID: 24926665。地理:GSE52778。

作者:迈克尔的爱

维修工:迈克尔爱< michaelisaiahlove gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“气道”)

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文档

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browseVignettes(“气道”)

HTML	R脚本	气道平滑肌细胞
PDF		参考手册

细节

biocViews	ExperimentData,地理,RNASeqData,SequencingData
版本	1.6.0
许可证	LGPL
取决于	R (> = 3.5.0),SummarizedExperiment
进口
链接
建议	knitr,GEOquery
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	rnaseqGene
进口我	consensusDE
建议我	适应,apeglm,biobroom,BioCor,BiocSet,DelayedArray,DESeq2,EnhancedVolcano,EnrichmentBrowser,理想的,IHW,IHWpaper,OPWeight,pathwayPCA,pcaExplorer,后代,RegParallel,runibic,SummarizedExperiment,ToPASeq,TTMap
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	airway_1.6.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/airway
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/气道
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/airway/
包下载报告	下载数据