Single.mTEC.Transcriptomes

DOI:10.18129 / B9.bioc.Single.mTEC.Transcriptomes

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅Single.mTEC.Transcriptomes。

单细胞鼠标mTEC细胞的转录组数据和分析

Bioconductor版本:3.10

包包含的代码使用该数据来分析单细胞RNA-seq和散装ATAC-seq数据手稿题为:单细胞转录组分析显示协调ectopic-gene髓胸腺上皮细胞的表达模式。这篇论文发表在《自然免疫学》16933 - 941 (2015)。这个包中提供的数据对象已经预处理:原始数据文件可以下载从ArrayExpress下加入标识符e - mtab - 3346和e - mtab - 3624。这个包提供了一个数据记录的装饰图案和可再生的工作流,包括用于生成每个统计的代码和图的手稿。

作者:亚历杭德罗雷耶斯

维护人员:亚历杭德罗雷耶斯<亚历杭德罗。雷耶斯在embl.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“Single.mTEC.Transcriptomes”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“Single.mTEC.Transcriptomes”)

PDF	R脚本	单细胞分析mTEC数据。
PDF		参考手册

细节

biocViews	ExperimentData
版本	1.14.0
许可证	LGPL
取决于	R (> = 3.5.0)
进口
链接
建议	DESeq2,GenomicRanges,GenomicFeatures,genefilter,statmod,gdata,RColorBrewer,ggplot2,gplots,集群,线索、网格gridExtra,ggbio,Gviz,geneplotter,matrixStats,pheatmap,BiocStyle,knitr
SystemRequirements
增强了
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取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	Single.mTEC.Transcriptomes_1.14.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Single.mTEC.Transcriptomes
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Single.mTEC.Transcriptomes
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Single.mTEC.Transcriptomes/
包下载报告	下载数据