RforProteomics

DOI:10.18129 / B9.bioc.RforProteomics

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅RforProteomics。

伙伴计划的“蛋白质组学数据分析使用R和Bioconductor”出版

Bioconductor版本:3.10

这个包包含代码演示了使用R和Bioconductor蛋白质组学数据分析”和“使用R和Bioconductor蛋白质组学数据的可视化”手稿。小插曲描述所需的代码和数据复制本文中描述的示例和数据和功能蛋白质组学可视化。它还包含各种功能为质谱和蛋白质组学发现R软件。

作者:Laurent与(aut (cre)托马斯·林皮德森[所有],塞巴斯蒂安·吉布(施),弗拉德Petyuk(施)

维修工:Laurent与< lg390在cam.ac.uk >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“RforProteomics”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“RforProteomics”)

HTML	R脚本	为蛋白质组学数据分析使用R
HTML	R脚本	使用R和Bioconductor蛋白质组学数据的可视化
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ExperimentData,MassSpectrometryData,ReproducibleResearch
版本	1.24.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	MSnbase(> = 2.5.3)
进口	R.utils,闪亮的,biocViews,BiocManager
链接
建议	AnnotationDbi,rpx,DT,knitr,rmarkdown,BiocStyle,mzR,xcms,msdata,等压线,MALDIquant(> = 1.12),MALDIquantForeign,readBrukerFlexData,rTANDEM,synapter,synapterdata,IPPD,Rdisop,OrgMassSpecR,SummarizedExperiment,大脑,的方式,hpar,GO.db,org.Hs.eg.db,e1071,biomaRt,RColorBrewer,ggplot2,reshape2,xtable,晶格,mzID,pRoloc,pRolocdata,MSGFplus,MSnID,msmsTests,msmsEDA,部,corrplot,beanplot,Heatplus,gplots,维恩图,protViz,genefilter,情节,gridExtra,dplyr,lubridate
SystemRequirements
增强了	切肉刀
URL	http://lgatto.github.com/RforProteomics/
取决于我
进口我
建议我	MSstatsQC,proteoQC,qcmetrics
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	RforProteomics_1.24.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RforProteomics
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ RforProteomics
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RforProteomics/
包下载报告	下载数据