HSMMSingleCell

DOI:10.18129 / B9.bioc.HSMMSingleCell

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见HSMMSingleCell．

人骨骼肌成肌细胞(HSMM)的单细胞RNA-Seq鉴定

Bioconductor版本:3.10

骨骼肌成肌细胞在分化过程中经历了一系列形态和转录变化。在本实验中，原代人骨骼肌成肌细胞(HSMM)在高丝裂原条件(GM)下扩增，然后通过切换到低丝裂原培养基(DM)进行分化。RNA-Seq文库从几百个细胞中的每个细胞中测序，这些细胞在血清诱导分化的时间过程中被采集。使用Fluidigm C1微流体系统在血清切换后的4个时间点(0,24,48,72小时)分别捕获49至77个细胞。从每个细胞中分离出RNA，用于构建mRNA-Seq文库，然后测序到每个文库深度约400万reads，从而得到每个细胞的完整基因表达谱。

作者:Cole Trapnell

维护者:Cole Trapnell < Cole at broadinstitute.org>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("HSMMSingleCell")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	ExperimentData，RNASeqData
版本	1.6.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 2.10)
进口
链接
建议
SystemRequirements
增强了
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进口我	单片眼镜
建议我	cellTree
链接到我
构建报告

包档案

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源包	HSMMSingleCell_1.6.0.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HSMMSingleCell
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/HSMMSingleCell
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HSMMSingleCell/
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