HDCytoData

DOI:10.18129 / B9.bioc.HDCytoData

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅HDCytoData。

集合Bioconductor高维血细胞计数基准数据集的对象格式

Bioconductor版本:3.10

数据包包含一组公开高维血细胞计数基准数据,格式化为SummarizedExperiment和flowSet Bioconductor对象格式,包括所有必需的元数据。行元数据包括样本id、组id、病人id,参考细胞群或集群标签(可用),和标签识别的飙升的细胞(可用)。列元数据包括通道名称、蛋白质标记名称,和蛋白质标记类(细胞或细胞状态)。

作者:夏洛特卢卡斯·m·韦伯(aut (cre) Soneson (aut)

维护人员:卢卡斯·m·韦伯在gmail.com < lukas.weber.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“HDCytoData”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“HDCytoData”)

HTML	R脚本	1。HDCytoData包
HTML	R脚本	2。例子和用例
HTML	R脚本	3所示。贡献的指导方针
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	ExperimentData,ExperimentHub,ExpressionData,FlowCytometryData,Homo_sapiens_Data,ImmunoOncologyData,SingleCellData
版本	1.6.6
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	ExperimentHub,SummarizedExperiment,flowCore
进口	跑龙套、方法
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,Rtsne,umap,ggplot2,FlowSOM,mclust,diffcyt
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/lmweber/HDCytoData
BugReports	https://github.com/lmweber/HDCytoData/issues
取决于我	cytofWorkflow
进口我
建议我	diffcyt
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	HDCytoData_1.6.6.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HDCytoData
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ HDCytoData
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HDCytoData/
包下载报告	下载数据