SNPlocs.Hsapiens.dbSNP149.GRCh38

DOI:10.18129 / B9.bioc.SNPlocs.Hsapiens.dbSNP149.GRCh38

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SNPlocs.Hsapiens.dbSNP149.GRCh38。

SNP地点智人(dbSNP构建149)

Bioconductor版本:3.10

SNP等位基因位置和智人从NCBI dbSNP建造149。源数据文件用于这个包是由NCBI 11月8 - 12之间,2016年,包含snp GRCh38映射到参考基因组。p7 (GRCh38的补丁版本,并不改变染色体22页,X, Y, MT)。注意,这些单核苷酸多态性可以在BSgenome.Hsapiens.NCBI“注入”。GRCh38或BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38。

作者:Herve页面

维修工:h .页< hpages fredhutch.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SNPlocs.Hsapiens.dbSNP149.GRCh38”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	AnnotationData,遗传学,Homo_sapiens,SNPlocs
版本	0.99.20
许可证	艺术- 2.0
取决于	BSgenome(> = 1.43.4)
进口	方法,跑龙套,BiocGenerics,S4Vectors,IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges,BSgenome
链接
建议	Biostrings,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我	MafDb.1Kgenomes.phase1.GRCh38,MafDb.1Kgenomes.phase3.GRCh38,MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.GRCh38,MafDb.ExAC.r1.0.GRCh38,MafDb.ExAC.r1.0.nonTCGA.GRCh38,MafDb.gnomAD.r2.1.GRCh38,MafDb.gnomAD.r3.0.GRCh38,MafDb.gnomADex.r2.1.GRCh38,MafDb.TOPMed.freeze5.hg38
我的链接

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SNPlocs.Hsapiens.dbSNP149.GRCh38_0.99.20.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SNPlocs.Hsapiens.dbSNP149.GRCh38/
包下载报告	下载数据