SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37

DOI:10.18129 / B9.bioc.SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37

此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37．

智人的SNP位点(dbSNP Build 144)

Bioconductor版本:3.10

从NCBI dbSNP Build 144中提取的智人SNP位点和等位基因。用于此包的源数据文件由NCBI于2015年5月29-30日创建，包含映射到参考基因组GRCh37.p13的snp。警告:注意，GRCh37。p13基因组是GRCh37的补丁版本。然而，补丁不会改变染色体1-22,X, Y, MT. GRCh37本身与来自UCSC的hg19基因组相同*，除了*的线粒体染色体。因此，该包中的snp可以被“注入”到bsgome . hsapiens . ucsc中。hg19，它们将降落在正确的位置，但这一注入将排除chrM(即不会按该顺序注入任何东西)。

作者:Herve页面

维护人员:H. Pagès

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" snplcs . hsapens . dbsnp144 . grch37 ")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	AnnotationData，遗传学，Homo_sapiens，SNPlocs
版本	0.99.20
许可证	艺术- 2.0
取决于	BSgenome(> = 1.43.4)
进口	方法,跑龙套,BiocGenerics，S4Vectors，IRanges，GenomeInfoDb，GenomicRanges，BSgenome
链接
建议	Biostrings，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	eQTL
进口我	appreci8R
建议我	AllelicImbalance，GenomicScores，GGtools，MafDb.1Kgenomes.phase1.hs37d5，MafDb.1Kgenomes.phase3.hs37d5，MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.hs37d5，MafDb.ExAC.r1.0.hs37d5，MafDb.ExAC.r1.0.nonTCGA.hs37d5，MafDb.gnomAD.r2.1.hs37d5，MafDb.gnomADex.r2.1.hs37d5，MafDb.TOPMed.freeze5.hg19，VariantFiltering，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37
我的链接

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37_0.99.20.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan)
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37/
包下载报告	下载数据