snplocs.hsapiens.dbsnp142.grch37

doi:10.18129/b9.bioc.snplocs.hsapiens.dbsnp142.grch37

此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅snplocs.hsapiens.dbsnp142.grch37

HOMO SAPIENS的SNP位置(DBSNP构建142)

生物导体版本:3.10

从NCBI DBSNP构建中提取的HOMO SAPIENS的SNP位置和等位基因142.该软件包使用的源数据文件是由NCBI于2014年10月14日创建的,并包含用于参考基因组GRCH37.p13的SNP。警告:请注意,GRCH37.P13基因组是GRCH37的修补版本,但该补丁不会改变染色体1-22,X,Y,MT。GRCH37本身与来自UCSC *的HG19基因组相同,但对于线粒体染色体除外。因此,该软件包中的SNP可以在bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19中“注入”,它们将降落在正确的位置,但该注入将排除CHRM(即,该序列中不会注入任何内容)。

作者:herv \'e pag \'

维护者:Simon Coetzee

引用(从r内,输入引用(“ snplocs.hsapiens.dbsnp142.grch37”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ snplocs.hsapiens.dbsnp142.grch37”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

PDF 参考手册

细节

生物浏览 AnnotationData,,,,遗传学,,,,homo_sapiens
版本 0.99.5
执照 艺术2.0
要看 r(> = 2.10),iranges,,,,GenomeInfodB,,,,基因组机,,,,BSGENOME(> = 1.25.6)
进口 方法,utils,iranges,,,,GenomeInfodB,,,,基因组机,,,,BSGENOME
链接
建议 生物弦,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19.masked(> = 1.3.19)
系统要求
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包装档案

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源包 snplocs.hsapiens.dbsnp142.grch37_0.99.5.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11(El Capitan)
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/snplocs.hsapiens.dbsnp142.grch37/
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