这个包是弃用。它可能会从生物导体中取出。请参考包装终止指南了解更多信息。
此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅snplocs.hsapiens.dbsnp141.grch38。
生物导体版本:3.10
从NCBI DBSNP构建中提取的HOMO SAPIENS的SNP位置和等位基因141.该软件包使用的源数据文件是由NCBI于2014年5月1日创建的,并包含用于参考Genome GRCH38的SNP。请注意,这些SNP可以“注入” bsgenome.hsapiens.ncbi.grch38或bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38中。重要说明:此软件包已弃用。请根据最新的DBSNP构建使用SNPLOCS数据包(例如,构建144或构建149)。您可以调用R从R中调用BSGENOME :: opic.snps()以获取可用的SNPLOCS数据软件包的列表。
作者:Herve页面
维护者:H。页面
引用(从r内,输入引用(“ snplocs.hsapiens.dbsnp141.grch38”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ snplocs.hsapiens.dbsnp141.grch38”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
参考手册 |
生物浏览 | AnnotationData,,,,遗传学,,,,homo_sapiens,,,,snplocs |
版本 | 0.99.11 |
执照 | 艺术2.0 |
依靠 | r(> = 2.10),S4VECTORS,,,,iranges,,,,GenomeInfodB,,,,基因组机,,,,BSGENOME(> = 1.33.9) |
进口 | 方法,utils,S4VECTORS,,,,iranges,,,,GenomeInfodB,,,,基因组机,,,,BSGENOME |
链接 | |
建议 | 生物弦,,,,bsgenome.hsapiens.ncbi.grch38(> = 1.3.19) |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | Genotypeeval,,,,xtrasnplocs.hsapiens.dbsnp141.grch38 |
链接到我 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | snplocs.hsapiens.dbsnp141.grch38_0.99.11.tar.gz |
Windows二进制 | |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/snplocs.hsapiens.dbsnp141.grch38/ |
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