EuPathDB

DOI:10.18129 / B9.bioc.EuPathDB

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅EuPathDB。

提供对病原体的访问注释EuPathDB数据库上的可用资源

Bioconductor版本:3.10

汇集了从各种EuPathDB注释资源数据库(PlasmoDB、ToxoDB TriTrypDB,等等),使它们可用于R使用AnnotationHub框架。

作者:基斯Hughitt (aut (cre)

维护人员:基斯Hughitt <基斯。在gmail.com hughitt >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“EuPathDB”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“EuPathDB”)

HTML	R脚本	使用AnnotationHub EuPathDB资源的访问
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	AnnotationData,AnnotationHub,DataImport,EuPathDB
版本	1.0.1
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5),Biobase,GenomicRanges,GenomeInfoDbData,AnnotationHub(> = 2.13.8)
进口	AnnotationHubData,Biostrings,BiocManager,跑龙套
链接
建议	dplyr,knitr,BiocStyle,rmarkdown,jsonlite
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/khughitt/EuPathDB
BugReports	https://github.com/khughitt/EuPathDB/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	EuPathDB_1.0.1.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/EuPathDB/
包下载报告	下载数据