BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal3.masked

DOI:10.18129 / B9.bioc.BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal3.masked

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal3.masked．

Gallus Gallus全掩模基因组序列(UCSC版本galalg3)

Bioconductor版本:3.10

Gallus Gallus (Chicken)的完整基因组序列由UCSC提供(galGal3, 2006年5月)并存储在Biostrings对象中。序列与BSgenome.Ggallus.UCSC相同。galGal3，除了它们每个都在上面有以下4个掩码:(1)组装间隙掩码(AGAPS掩码)，(2)contig内歧义掩码(AMB掩码)，(3)RepeatMasker中的重复掩码(RM掩码)，以及(4)Tandem repeats Finder中的重复掩码(TRF掩码)。默认情况下，只有AGAPS和AMB掩码是“活动的”。

作者:Bioconductor开发团队

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" bsgenome . ggallus . ucsc . galal3 .mask ")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	AnnotationData，BSgenome，Gallus_gallus，遗传学
版本	1.3.99
许可证	艺术- 2.0
取决于	BSgenome(> = 1.31.8),BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal3
进口	BSgenome，BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal3
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包档案

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源包	BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal3.masked_1.3.99.tar.gz
Windows二进制
Mac OS X 10.11 (El Capitan)
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BSgenome.Ggallus.UCSC.galGal3.masked/
软件包下载报告	下载数据